# TARGET T0326 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0326.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 378 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.005 0.003 0.001 0.105 0.839 2 P 0.219 0.017 0.005 0.002 0.086 0.672 3 I 0.357 0.034 0.007 0.002 0.086 0.515 4 N 0.487 0.071 0.011 0.003 0.058 0.369 5 V 0.251 0.040 0.006 0.002 0.129 0.572 6 P 0.072 0.013 0.021 0.005 0.748 0.140 7 S 0.009 0.004 0.034 0.009 0.846 0.097 8 G 0.004 0.004 0.026 0.011 0.799 0.156 9 L 0.015 0.033 0.008 0.014 0.667 0.262 10 P 0.011 0.018 0.011 0.068 0.168 0.725 11 A 0.011 0.011 0.050 0.802 0.071 0.055 12 V 0.017 0.002 0.034 0.875 0.045 0.027 13 K 0.022 0.001 0.027 0.871 0.049 0.029 14 V 0.040 0.002 0.025 0.878 0.034 0.021 15 L 0.022 0.006 0.010 0.924 0.021 0.016 16 A 0.016 0.002 0.011 0.912 0.051 0.008 17 K 0.012 0.002 0.015 0.812 0.122 0.036 18 E 0.008 0.001 0.022 0.603 0.283 0.082 19 G 0.058 0.007 0.009 0.036 0.511 0.379 20 I 0.314 0.015 0.005 0.007 0.111 0.547 21 F 0.804 0.018 0.007 0.006 0.064 0.101 22 V 0.763 0.013 0.009 0.004 0.053 0.157 23 M 0.449 0.019 0.007 0.006 0.114 0.405 24 T 0.135 0.006 0.009 0.010 0.198 0.642 25 E 0.010 0.001 0.256 0.539 0.139 0.055 26 K 0.016 0.003 0.222 0.603 0.126 0.031 27 R 0.014 0.004 0.200 0.635 0.127 0.021 28 A 0.016 0.005 0.085 0.707 0.121 0.066 29 I 0.013 0.006 0.061 0.744 0.102 0.075 30 H 0.022 0.008 0.068 0.594 0.176 0.133 31 Q 0.036 0.009 0.045 0.394 0.255 0.261 32 D 0.031 0.009 0.037 0.231 0.248 0.445 33 I 0.063 0.031 0.028 0.112 0.265 0.501 34 R 0.096 0.026 0.014 0.031 0.257 0.576 35 P 0.120 0.011 0.042 0.033 0.374 0.420 36 L 0.221 0.006 0.049 0.013 0.372 0.340 37 E 0.824 0.008 0.012 0.007 0.078 0.071 38 I 0.966 0.002 0.001 0.003 0.010 0.018 39 L 0.986 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 40 I 0.986 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 41 L 0.963 0.001 0.001 0.007 0.010 0.018 42 N 0.807 0.003 0.003 0.011 0.060 0.116 43 L 0.381 0.018 0.004 0.009 0.140 0.448 44 M 0.112 0.018 0.008 0.009 0.412 0.440 45 P 0.022 0.007 0.102 0.070 0.632 0.167 46 D 0.012 0.005 0.139 0.117 0.609 0.119 47 K 0.018 0.008 0.180 0.277 0.421 0.096 48 I 0.027 0.010 0.047 0.639 0.142 0.135 49 K 0.031 0.010 0.027 0.726 0.083 0.122 50 T 0.026 0.006 0.020 0.816 0.042 0.090 51 E 0.012 0.001 0.012 0.936 0.013 0.026 52 I 0.006 0.001 0.008 0.958 0.011 0.016 53 Q 0.003 0.001 0.005 0.978 0.006 0.007 54 L 0.003 0.001 0.006 0.980 0.006 0.005 55 L 0.002 0.001 0.010 0.976 0.008 0.003 56 R 0.002 0.001 0.018 0.965 0.011 0.004 57 L 0.002 0.001 0.016 0.951 0.019 0.011 58 L 0.002 0.002 0.023 0.837 0.066 0.070 59 G 0.003 0.003 0.024 0.264 0.194 0.512 60 N 0.004 0.005 0.022 0.060 0.280 0.629 61 T 0.014 0.007 0.017 0.013 0.387 0.562 62 P 0.027 0.005 0.079 0.021 0.376 0.491 63 L 0.115 0.016 0.097 0.041 0.333 0.398 64 Q 0.355 0.014 0.039 0.026 0.253 0.314 65 V 0.629 0.009 0.009 0.022 0.092 0.240 66 N 0.731 0.006 0.003 0.011 0.068 0.182 67 V 0.901 0.003 0.002 0.005 0.025 0.064 68 T 0.941 0.001 0.001 0.002 0.014 0.040 69 L 0.963 0.001 0.002 0.003 0.010 0.021 70 L 0.940 0.003 0.002 0.004 0.013 0.038 71 Y 0.869 0.005 0.002 0.003 0.030 0.090 72 T 0.611 0.015 0.006 0.006 0.162 0.200 73 E 0.299 0.018 0.026 0.009 0.396 0.252 74 T 0.142 0.028 0.037 0.013 0.520 0.260 75 H 0.132 0.046 0.038 0.013 0.493 0.278 76 K 0.105 0.027 0.027 0.010 0.429 0.403 77 P 0.050 0.020 0.078 0.026 0.638 0.189 78 K 0.029 0.010 0.094 0.037 0.630 0.200 79 H 0.042 0.015 0.049 0.028 0.523 0.342 80 T 0.078 0.041 0.010 0.023 0.316 0.533 81 P 0.095 0.024 0.007 0.031 0.135 0.708 82 I 0.115 0.011 0.070 0.431 0.141 0.232 83 E 0.164 0.004 0.095 0.454 0.167 0.115 84 H 0.245 0.008 0.119 0.404 0.147 0.077 85 I 0.412 0.013 0.044 0.347 0.089 0.095 86 L 0.332 0.005 0.042 0.461 0.078 0.083 87 K 0.370 0.005 0.045 0.370 0.093 0.117 88 F 0.315 0.010 0.032 0.346 0.112 0.185 89 Y 0.203 0.014 0.018 0.244 0.157 0.364 90 T 0.166 0.021 0.015 0.113 0.199 0.485 91 T 0.167 0.021 0.027 0.091 0.246 0.448 92 F 0.024 0.003 0.463 0.252 0.175 0.083 93 S 0.036 0.004 0.564 0.170 0.159 0.068 94 A 0.046 0.006 0.539 0.186 0.165 0.057 95 V 0.075 0.023 0.127 0.254 0.227 0.293 96 K 0.067 0.022 0.105 0.140 0.301 0.365 97 D 0.026 0.015 0.341 0.075 0.395 0.148 98 R 0.011 0.003 0.437 0.031 0.421 0.097 99 K 0.016 0.003 0.266 0.005 0.471 0.238 100 F 0.081 0.015 0.021 0.001 0.406 0.476 101 D 0.151 0.003 0.001 0.001 0.196 0.649 102 G 0.906 0.008 0.001 0.001 0.013 0.073 103 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 104 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 106 T 0.654 0.002 0.001 0.001 0.062 0.281 107 G 0.100 0.003 0.002 0.001 0.215 0.679 108 A 0.036 0.013 0.004 0.001 0.264 0.683 109 P 0.060 0.031 0.016 0.005 0.374 0.514 110 V 0.069 0.013 0.106 0.016 0.453 0.344 111 E 0.142 0.015 0.121 0.017 0.363 0.343 112 L 0.181 0.047 0.165 0.045 0.240 0.321 113 L 0.120 0.087 0.024 0.030 0.188 0.550 114 P 0.086 0.021 0.025 0.019 0.237 0.611 115 F 0.005 0.001 0.711 0.137 0.111 0.036 116 E 0.007 0.003 0.666 0.146 0.142 0.036 117 E 0.006 0.003 0.740 0.109 0.119 0.024 118 V 0.015 0.012 0.185 0.308 0.247 0.233 119 D 0.016 0.015 0.137 0.364 0.228 0.240 120 Y 0.010 0.009 0.104 0.616 0.143 0.118 121 W 0.011 0.005 0.035 0.707 0.103 0.139 122 E 0.001 0.001 0.023 0.948 0.017 0.011 123 E 0.001 0.001 0.018 0.960 0.012 0.009 124 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.004 125 T 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 126 E 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.005 127 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 128 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 129 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 130 W 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 132 R 0.001 0.001 0.010 0.970 0.012 0.007 133 H 0.001 0.001 0.016 0.917 0.036 0.030 134 N 0.001 0.001 0.025 0.393 0.154 0.425 135 V 0.004 0.003 0.007 0.015 0.148 0.823 136 Y 0.071 0.011 0.007 0.006 0.217 0.688 137 S 0.328 0.008 0.009 0.008 0.170 0.478 138 T 0.833 0.008 0.008 0.015 0.040 0.096 139 M 0.908 0.006 0.006 0.030 0.014 0.035 140 F 0.799 0.005 0.020 0.133 0.010 0.033 141 I 0.398 0.005 0.042 0.450 0.024 0.080 142 C 0.037 0.003 0.047 0.837 0.021 0.055 143 W 0.009 0.001 0.067 0.863 0.026 0.034 144 A 0.001 0.001 0.028 0.962 0.006 0.003 145 A 0.001 0.001 0.007 0.990 0.002 0.001 146 Q 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 147 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 148 G 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 149 L 0.001 0.001 0.009 0.987 0.003 0.001 150 Y 0.001 0.001 0.015 0.979 0.005 0.001 151 Y 0.001 0.001 0.014 0.966 0.009 0.010 152 F 0.001 0.005 0.027 0.869 0.069 0.030 153 Y 0.002 0.002 0.029 0.620 0.208 0.139 154 G 0.002 0.002 0.009 0.031 0.363 0.592 155 I 0.032 0.033 0.022 0.018 0.448 0.446 156 P 0.147 0.041 0.028 0.024 0.226 0.535 157 K 0.222 0.058 0.078 0.033 0.299 0.309 158 Y 0.201 0.028 0.070 0.031 0.313 0.357 159 E 0.123 0.031 0.043 0.038 0.366 0.399 160 L 0.060 0.015 0.033 0.042 0.469 0.381 161 P 0.065 0.011 0.058 0.065 0.437 0.364 162 Q 0.131 0.016 0.137 0.060 0.438 0.218 163 K 0.246 0.019 0.150 0.056 0.324 0.206 164 L 0.394 0.027 0.106 0.049 0.208 0.215 165 S 0.479 0.015 0.047 0.027 0.191 0.241 166 G 0.567 0.006 0.023 0.011 0.150 0.244 167 V 0.740 0.011 0.011 0.007 0.084 0.146 168 Y 0.789 0.008 0.007 0.007 0.071 0.119 169 K 0.785 0.003 0.006 0.008 0.079 0.119 170 H 0.821 0.005 0.005 0.007 0.055 0.107 171 R 0.896 0.006 0.003 0.006 0.031 0.059 172 V 0.848 0.021 0.003 0.009 0.033 0.086 173 A 0.559 0.026 0.006 0.008 0.223 0.177 174 K 0.227 0.011 0.030 0.015 0.526 0.192 175 D 0.096 0.006 0.066 0.028 0.659 0.145 176 S 0.097 0.013 0.072 0.029 0.665 0.125 177 V 0.204 0.020 0.067 0.025 0.426 0.257 178 L 0.356 0.097 0.062 0.039 0.215 0.231 179 F 0.327 0.084 0.071 0.044 0.338 0.137 180 R 0.274 0.031 0.052 0.046 0.403 0.195 181 G 0.117 0.009 0.041 0.028 0.570 0.235 182 H 0.122 0.060 0.028 0.026 0.569 0.195 183 D 0.144 0.033 0.029 0.020 0.498 0.277 184 D 0.107 0.011 0.069 0.033 0.588 0.193 185 F 0.196 0.016 0.074 0.029 0.485 0.199 186 F 0.461 0.052 0.037 0.028 0.236 0.186 187 W 0.470 0.086 0.015 0.019 0.166 0.244 188 A 0.233 0.027 0.008 0.008 0.324 0.399 189 P 0.119 0.012 0.036 0.015 0.458 0.361 190 H 0.098 0.022 0.151 0.028 0.481 0.220 191 S 0.115 0.024 0.150 0.034 0.517 0.161 192 R 0.134 0.016 0.156 0.059 0.416 0.219 193 Y 0.179 0.017 0.111 0.059 0.370 0.263 194 T 0.357 0.015 0.070 0.055 0.250 0.253 195 E 0.502 0.029 0.045 0.055 0.146 0.223 196 V 0.359 0.095 0.014 0.070 0.110 0.351 197 K 0.224 0.022 0.020 0.121 0.149 0.465 198 K 0.004 0.001 0.163 0.785 0.035 0.013 199 E 0.004 0.001 0.230 0.712 0.045 0.009 200 D 0.005 0.001 0.374 0.569 0.045 0.007 201 I 0.013 0.004 0.183 0.715 0.055 0.029 202 D 0.018 0.006 0.113 0.718 0.076 0.069 203 K 0.024 0.009 0.085 0.548 0.112 0.221 204 V 0.028 0.022 0.017 0.063 0.665 0.206 205 P 0.006 0.003 0.081 0.051 0.757 0.102 206 E 0.009 0.001 0.048 0.019 0.813 0.111 207 L 0.226 0.015 0.036 0.019 0.607 0.098 208 E 0.531 0.008 0.008 0.024 0.131 0.298 209 I 0.888 0.012 0.006 0.016 0.026 0.052 210 L 0.917 0.003 0.004 0.017 0.022 0.036 211 A 0.936 0.001 0.003 0.009 0.014 0.036 212 E 0.869 0.006 0.004 0.009 0.031 0.081 213 S 0.442 0.026 0.005 0.003 0.452 0.072 214 D 0.033 0.002 0.032 0.004 0.912 0.017 215 E 0.013 0.001 0.041 0.004 0.928 0.013 216 A 0.040 0.005 0.022 0.005 0.912 0.016 217 G 0.282 0.014 0.005 0.005 0.343 0.351 218 V 0.778 0.015 0.002 0.007 0.047 0.150 219 Y 0.946 0.002 0.002 0.008 0.016 0.027 220 V 0.985 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 221 V 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 222 A 0.988 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 223 N 0.847 0.003 0.001 0.002 0.136 0.010 224 K 0.124 0.002 0.016 0.003 0.840 0.015 225 S 0.030 0.002 0.031 0.003 0.912 0.022 226 E 0.062 0.008 0.013 0.001 0.895 0.020 227 R 0.295 0.004 0.002 0.001 0.213 0.486 228 Q 0.926 0.009 0.001 0.001 0.012 0.052 229 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 230 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 231 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 232 T 0.875 0.003 0.001 0.001 0.025 0.096 233 G 0.432 0.012 0.004 0.004 0.152 0.396 234 H 0.109 0.024 0.022 0.006 0.380 0.459 235 P 0.057 0.011 0.072 0.015 0.618 0.227 236 E 0.048 0.022 0.141 0.024 0.531 0.234 237 Y 0.044 0.037 0.081 0.038 0.527 0.272 238 D 0.020 0.016 0.020 0.054 0.405 0.486 239 R 0.002 0.001 0.098 0.783 0.080 0.037 240 Y 0.002 0.001 0.105 0.825 0.054 0.013 241 T 0.002 0.001 0.093 0.840 0.054 0.009 242 L 0.001 0.001 0.042 0.919 0.024 0.013 243 R 0.001 0.001 0.018 0.951 0.015 0.014 244 D 0.001 0.001 0.017 0.953 0.017 0.011 245 E 0.001 0.001 0.009 0.967 0.011 0.012 246 Y 0.001 0.001 0.009 0.970 0.010 0.008 247 Y 0.002 0.001 0.014 0.952 0.019 0.013 248 R 0.001 0.001 0.018 0.950 0.018 0.011 249 D 0.002 0.001 0.028 0.906 0.038 0.026 250 I 0.001 0.001 0.044 0.878 0.045 0.031 251 G 0.003 0.003 0.084 0.689 0.112 0.109 252 R 0.004 0.002 0.137 0.622 0.118 0.117 253 N 0.012 0.011 0.110 0.258 0.229 0.381 254 L 0.017 0.015 0.072 0.150 0.253 0.493 255 K 0.022 0.016 0.025 0.031 0.252 0.654 256 V 0.027 0.008 0.007 0.007 0.184 0.768 257 P 0.035 0.022 0.007 0.005 0.142 0.790 258 I 0.029 0.049 0.006 0.003 0.149 0.763 259 P 0.028 0.065 0.033 0.008 0.322 0.544 260 A 0.015 0.017 0.380 0.033 0.378 0.176 261 N 0.023 0.023 0.368 0.040 0.401 0.147 262 Y 0.026 0.037 0.273 0.051 0.460 0.152 263 F 0.018 0.028 0.067 0.025 0.617 0.245 264 P 0.009 0.018 0.167 0.031 0.666 0.109 265 N 0.011 0.032 0.145 0.039 0.650 0.123 266 D 0.012 0.042 0.102 0.045 0.650 0.150 267 D 0.004 0.014 0.024 0.012 0.774 0.173 268 P 0.002 0.004 0.219 0.041 0.642 0.092 269 T 0.005 0.010 0.171 0.038 0.672 0.104 270 K 0.010 0.019 0.141 0.063 0.635 0.132 271 T 0.012 0.015 0.027 0.078 0.322 0.546 272 P 0.019 0.017 0.041 0.175 0.253 0.496 273 I 0.051 0.023 0.047 0.302 0.202 0.376 274 L 0.101 0.025 0.034 0.398 0.147 0.294 275 T 0.100 0.016 0.022 0.434 0.101 0.326 276 W 0.058 0.005 0.016 0.778 0.043 0.100 277 W 0.017 0.003 0.016 0.906 0.027 0.031 278 S 0.004 0.001 0.017 0.948 0.015 0.015 279 H 0.001 0.001 0.014 0.974 0.005 0.006 280 A 0.001 0.001 0.007 0.987 0.003 0.003 281 H 0.001 0.001 0.008 0.983 0.006 0.003 282 L 0.001 0.001 0.009 0.980 0.007 0.003 283 F 0.001 0.001 0.013 0.968 0.012 0.005 284 F 0.001 0.001 0.020 0.958 0.017 0.003 285 S 0.002 0.001 0.014 0.951 0.023 0.008 286 N 0.002 0.001 0.011 0.944 0.021 0.021 287 W 0.007 0.003 0.024 0.899 0.036 0.030 288 L 0.025 0.002 0.051 0.843 0.047 0.032 289 N 0.044 0.001 0.035 0.805 0.069 0.045 290 Y 0.194 0.002 0.016 0.650 0.065 0.072 291 C 0.340 0.003 0.005 0.527 0.039 0.086 292 I 0.551 0.001 0.005 0.379 0.029 0.035 293 Y 0.701 0.002 0.003 0.262 0.013 0.019 294 Q 0.793 0.003 0.001 0.152 0.016 0.035 295 K 0.508 0.007 0.002 0.076 0.073 0.334 296 T 0.106 0.010 0.003 0.010 0.158 0.714 297 P 0.114 0.017 0.009 0.019 0.330 0.511 298 Y 0.094 0.055 0.014 0.014 0.302 0.521 299 R 0.062 0.024 0.030 0.013 0.395 0.476 300 L 0.003 0.001 0.817 0.051 0.105 0.022 301 E 0.007 0.001 0.813 0.059 0.102 0.019 302 D 0.008 0.004 0.707 0.098 0.155 0.028 303 I 0.029 0.058 0.029 0.078 0.253 0.553 304 H 0.024 0.018 0.003 0.026 0.142 0.787