# TARGET T0326 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0326.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 378 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.002 0.001 0.003 0.009 0.002 0.940 2 P 0.225 0.024 0.004 0.004 0.007 0.004 0.732 3 I 0.636 0.018 0.007 0.007 0.029 0.008 0.294 4 N 0.731 0.046 0.009 0.010 0.035 0.006 0.163 5 V 0.401 0.070 0.006 0.013 0.026 0.010 0.474 6 P 0.076 0.022 0.028 0.005 0.078 0.080 0.712 7 S 0.003 0.002 0.029 0.003 0.057 0.891 0.015 8 G 0.006 0.007 0.043 0.006 0.168 0.676 0.095 9 L 0.009 0.028 0.008 0.018 0.372 0.010 0.555 10 P 0.012 0.053 0.014 0.037 0.020 0.017 0.846 11 A 0.002 0.002 0.129 0.821 0.002 0.015 0.029 12 V 0.001 0.001 0.067 0.920 0.001 0.005 0.004 13 K 0.001 0.001 0.033 0.962 0.001 0.002 0.001 14 V 0.002 0.001 0.010 0.982 0.001 0.003 0.002 15 L 0.009 0.003 0.009 0.968 0.002 0.006 0.002 16 A 0.001 0.001 0.008 0.971 0.001 0.020 0.001 17 K 0.001 0.001 0.008 0.920 0.002 0.069 0.001 18 E 0.001 0.001 0.017 0.311 0.011 0.652 0.008 19 G 0.004 0.001 0.004 0.017 0.029 0.928 0.019 20 I 0.236 0.014 0.004 0.021 0.041 0.012 0.674 21 F 0.846 0.031 0.003 0.011 0.016 0.003 0.089 22 V 0.804 0.019 0.004 0.016 0.018 0.005 0.135 23 M 0.512 0.014 0.003 0.011 0.060 0.007 0.394 24 T 0.160 0.011 0.007 0.030 0.157 0.006 0.630 25 E 0.006 0.002 0.085 0.778 0.024 0.070 0.036 26 K 0.004 0.001 0.128 0.733 0.007 0.110 0.018 27 R 0.014 0.006 0.195 0.622 0.022 0.075 0.067 28 A 0.043 0.017 0.154 0.512 0.038 0.104 0.132 29 I 0.031 0.013 0.173 0.433 0.039 0.246 0.065 30 H 0.023 0.005 0.175 0.260 0.053 0.407 0.078 31 Q 0.034 0.005 0.142 0.167 0.227 0.180 0.245 32 D 0.067 0.011 0.115 0.090 0.150 0.180 0.388 33 I 0.127 0.029 0.038 0.064 0.222 0.061 0.459 34 R 0.173 0.029 0.011 0.013 0.171 0.023 0.580 35 P 0.154 0.010 0.050 0.020 0.060 0.049 0.657 36 L 0.192 0.003 0.024 0.008 0.429 0.050 0.294 37 E 0.885 0.002 0.013 0.003 0.025 0.020 0.053 38 I 0.988 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 39 L 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 40 I 0.983 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 41 L 0.917 0.001 0.002 0.003 0.007 0.003 0.066 42 N 0.471 0.004 0.012 0.003 0.141 0.017 0.353 43 L 0.132 0.026 0.023 0.008 0.202 0.029 0.580 44 M 0.032 0.006 0.009 0.005 0.118 0.013 0.818 45 P 0.013 0.007 0.088 0.099 0.115 0.081 0.596 46 D 0.008 0.004 0.137 0.230 0.221 0.180 0.219 47 K 0.010 0.003 0.102 0.449 0.109 0.182 0.145 48 I 0.021 0.004 0.026 0.744 0.030 0.059 0.115 49 K 0.030 0.006 0.010 0.776 0.042 0.034 0.102 50 T 0.036 0.006 0.006 0.826 0.036 0.014 0.076 51 E 0.010 0.001 0.002 0.959 0.004 0.006 0.018 52 I 0.007 0.001 0.003 0.978 0.002 0.004 0.005 53 Q 0.008 0.001 0.004 0.976 0.003 0.004 0.006 54 L 0.007 0.001 0.006 0.976 0.001 0.006 0.003 55 L 0.007 0.001 0.009 0.968 0.003 0.010 0.002 56 R 0.006 0.001 0.012 0.952 0.002 0.024 0.003 57 L 0.005 0.001 0.014 0.909 0.005 0.056 0.010 58 L 0.009 0.005 0.031 0.645 0.025 0.241 0.044 59 G 0.005 0.004 0.022 0.146 0.046 0.711 0.065 60 N 0.012 0.003 0.026 0.053 0.267 0.454 0.185 61 T 0.030 0.007 0.005 0.011 0.443 0.023 0.481 62 P 0.047 0.009 0.081 0.064 0.154 0.293 0.351 63 L 0.245 0.011 0.093 0.052 0.190 0.174 0.235 64 Q 0.625 0.025 0.028 0.021 0.039 0.026 0.237 65 V 0.883 0.012 0.003 0.009 0.012 0.005 0.075 66 N 0.880 0.004 0.001 0.004 0.012 0.006 0.093 67 V 0.865 0.003 0.001 0.001 0.007 0.005 0.118 68 T 0.925 0.002 0.001 0.002 0.013 0.004 0.053 69 L 0.953 0.002 0.002 0.001 0.007 0.003 0.033 70 L 0.942 0.003 0.001 0.002 0.007 0.004 0.042 71 Y 0.912 0.010 0.002 0.003 0.012 0.004 0.058 72 T 0.655 0.014 0.008 0.007 0.034 0.017 0.265 73 E 0.262 0.009 0.045 0.009 0.146 0.137 0.392 74 T 0.128 0.012 0.053 0.010 0.195 0.317 0.284 75 H 0.136 0.043 0.048 0.014 0.260 0.164 0.335 76 K 0.088 0.033 0.011 0.004 0.294 0.030 0.540 77 P 0.050 0.018 0.038 0.005 0.118 0.149 0.622 78 K 0.047 0.014 0.036 0.005 0.206 0.422 0.269 79 H 0.057 0.025 0.018 0.008 0.325 0.165 0.403 80 T 0.066 0.025 0.002 0.006 0.244 0.008 0.649 81 P 0.083 0.031 0.008 0.049 0.073 0.024 0.732 82 I 0.067 0.016 0.076 0.590 0.034 0.094 0.123 83 E 0.086 0.008 0.087 0.616 0.059 0.058 0.086 84 H 0.159 0.012 0.067 0.618 0.033 0.029 0.081 85 I 0.205 0.011 0.030 0.663 0.017 0.025 0.049 86 L 0.175 0.006 0.047 0.672 0.021 0.038 0.042 87 K 0.208 0.006 0.047 0.594 0.038 0.058 0.049 88 F 0.205 0.009 0.047 0.464 0.063 0.107 0.105 89 Y 0.234 0.039 0.043 0.219 0.099 0.117 0.250 90 T 0.183 0.038 0.026 0.119 0.152 0.126 0.356 91 T 0.141 0.019 0.022 0.081 0.132 0.092 0.513 92 F 0.065 0.016 0.122 0.335 0.075 0.097 0.291 93 S 0.056 0.011 0.208 0.254 0.105 0.146 0.219 94 A 0.051 0.016 0.276 0.217 0.097 0.122 0.222 95 V 0.088 0.029 0.106 0.148 0.131 0.059 0.439 96 K 0.075 0.028 0.094 0.086 0.065 0.072 0.581 97 D 0.038 0.007 0.333 0.124 0.077 0.141 0.281 98 R 0.033 0.003 0.260 0.083 0.123 0.367 0.131 99 K 0.088 0.018 0.126 0.009 0.173 0.353 0.232 100 F 0.180 0.009 0.006 0.001 0.052 0.015 0.738 101 D 0.262 0.001 0.002 0.001 0.397 0.011 0.326 102 G 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.021 103 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 104 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 105 I 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 106 T 0.374 0.002 0.001 0.001 0.083 0.036 0.505 107 G 0.069 0.005 0.002 0.001 0.560 0.054 0.311 108 A 0.057 0.028 0.002 0.001 0.347 0.011 0.553 109 P 0.068 0.032 0.013 0.002 0.087 0.038 0.759 110 V 0.052 0.048 0.165 0.012 0.181 0.090 0.451 111 E 0.081 0.019 0.234 0.017 0.210 0.138 0.302 112 L 0.062 0.042 0.289 0.024 0.173 0.102 0.308 113 L 0.068 0.077 0.038 0.007 0.384 0.023 0.402 114 P 0.044 0.024 0.048 0.007 0.081 0.033 0.763 115 F 0.001 0.001 0.786 0.102 0.006 0.087 0.017 116 E 0.001 0.003 0.770 0.107 0.009 0.101 0.009 117 E 0.001 0.001 0.748 0.134 0.013 0.074 0.029 118 V 0.005 0.009 0.292 0.410 0.084 0.058 0.142 119 D 0.004 0.009 0.262 0.435 0.034 0.134 0.122 120 Y 0.003 0.004 0.155 0.627 0.029 0.134 0.049 121 W 0.001 0.001 0.025 0.923 0.010 0.015 0.025 122 E 0.001 0.001 0.010 0.979 0.002 0.005 0.003 123 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.006 0.001 124 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 125 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 127 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 128 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 129 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 130 W 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 131 S 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.015 0.002 132 R 0.001 0.001 0.011 0.923 0.005 0.056 0.005 133 H 0.001 0.001 0.035 0.644 0.008 0.305 0.007 134 N 0.001 0.001 0.017 0.116 0.018 0.837 0.012 135 V 0.005 0.003 0.019 0.041 0.191 0.554 0.188 136 Y 0.035 0.003 0.002 0.002 0.518 0.013 0.428 137 S 0.243 0.007 0.004 0.004 0.217 0.036 0.489 138 T 0.899 0.004 0.003 0.004 0.026 0.010 0.054 139 M 0.970 0.002 0.001 0.005 0.004 0.001 0.017 140 F 0.980 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.006 141 I 0.910 0.004 0.003 0.020 0.009 0.003 0.050 142 C 0.322 0.011 0.003 0.044 0.083 0.010 0.527 143 W 0.015 0.002 0.037 0.519 0.108 0.040 0.278 144 A 0.001 0.001 0.047 0.898 0.010 0.018 0.026 145 A 0.001 0.001 0.022 0.969 0.001 0.006 0.003 146 Q 0.001 0.001 0.013 0.981 0.001 0.005 0.001 147 A 0.001 0.001 0.006 0.981 0.001 0.013 0.001 148 G 0.001 0.001 0.006 0.970 0.001 0.023 0.001 149 L 0.001 0.001 0.012 0.953 0.002 0.031 0.002 150 Y 0.001 0.001 0.017 0.927 0.003 0.047 0.004 151 Y 0.002 0.001 0.011 0.910 0.004 0.064 0.009 152 F 0.007 0.003 0.014 0.686 0.075 0.097 0.118 153 Y 0.005 0.003 0.015 0.213 0.090 0.604 0.070 154 G 0.011 0.004 0.014 0.035 0.206 0.563 0.167 155 I 0.059 0.014 0.004 0.014 0.238 0.016 0.655 156 P 0.105 0.025 0.005 0.009 0.046 0.015 0.795 157 K 0.170 0.039 0.017 0.015 0.067 0.024 0.667 158 Y 0.173 0.032 0.026 0.022 0.138 0.062 0.547 159 E 0.167 0.035 0.027 0.022 0.175 0.073 0.501 160 L 0.130 0.010 0.015 0.022 0.320 0.042 0.462 161 P 0.111 0.014 0.047 0.042 0.108 0.115 0.561 162 Q 0.180 0.046 0.128 0.054 0.156 0.109 0.327 163 K 0.233 0.017 0.111 0.050 0.109 0.157 0.324 164 L 0.398 0.056 0.090 0.052 0.075 0.122 0.208 165 S 0.340 0.024 0.049 0.048 0.114 0.173 0.253 166 G 0.367 0.010 0.026 0.020 0.128 0.176 0.273 167 V 0.590 0.025 0.015 0.015 0.069 0.056 0.230 168 Y 0.706 0.013 0.010 0.009 0.051 0.030 0.181 169 K 0.681 0.005 0.013 0.010 0.065 0.031 0.195 170 H 0.780 0.006 0.006 0.009 0.037 0.013 0.148 171 R 0.901 0.011 0.002 0.008 0.011 0.005 0.062 172 V 0.843 0.030 0.001 0.009 0.011 0.004 0.102 173 A 0.480 0.014 0.003 0.010 0.022 0.027 0.443 174 K 0.096 0.005 0.014 0.022 0.097 0.642 0.125 175 D 0.032 0.005 0.020 0.015 0.161 0.633 0.134 176 S 0.051 0.013 0.031 0.022 0.372 0.090 0.421 177 V 0.126 0.032 0.093 0.071 0.149 0.166 0.362 178 L 0.349 0.067 0.127 0.094 0.058 0.109 0.196 179 F 0.362 0.061 0.133 0.081 0.056 0.096 0.210 180 R 0.180 0.026 0.100 0.071 0.091 0.371 0.160 181 G 0.095 0.008 0.062 0.021 0.152 0.424 0.238 182 H 0.104 0.030 0.042 0.016 0.248 0.116 0.444 183 D 0.082 0.014 0.094 0.023 0.264 0.218 0.304 184 D 0.103 0.006 0.105 0.020 0.264 0.242 0.260 185 F 0.384 0.036 0.108 0.021 0.077 0.119 0.255 186 F 0.684 0.048 0.015 0.011 0.040 0.022 0.179 187 W 0.619 0.015 0.009 0.012 0.065 0.024 0.254 188 A 0.531 0.010 0.004 0.006 0.097 0.008 0.343 189 P 0.514 0.018 0.008 0.011 0.046 0.018 0.386 190 H 0.499 0.030 0.029 0.022 0.091 0.038 0.290 191 S 0.345 0.016 0.044 0.033 0.136 0.153 0.272 192 R 0.224 0.016 0.039 0.051 0.183 0.159 0.329 193 Y 0.219 0.021 0.070 0.172 0.121 0.148 0.249 194 T 0.242 0.011 0.084 0.153 0.106 0.149 0.255 195 E 0.291 0.034 0.111 0.162 0.097 0.105 0.199 196 V 0.238 0.065 0.067 0.165 0.096 0.094 0.275 197 K 0.113 0.019 0.044 0.183 0.077 0.139 0.425 198 K 0.020 0.005 0.159 0.439 0.088 0.169 0.119 199 E 0.016 0.003 0.236 0.460 0.062 0.152 0.071 200 D 0.029 0.013 0.358 0.361 0.034 0.130 0.073 201 I 0.029 0.013 0.283 0.464 0.046 0.082 0.082 202 D 0.026 0.007 0.266 0.387 0.042 0.178 0.094 203 K 0.020 0.010 0.131 0.442 0.080 0.236 0.082 204 V 0.023 0.008 0.023 0.034 0.247 0.031 0.634 205 P 0.016 0.003 0.068 0.035 0.163 0.524 0.190 206 E 0.073 0.005 0.061 0.025 0.135 0.585 0.116 207 L 0.473 0.020 0.021 0.020 0.055 0.016 0.396 208 E 0.804 0.008 0.008 0.020 0.022 0.007 0.132 209 I 0.909 0.008 0.010 0.020 0.007 0.005 0.040 210 L 0.875 0.010 0.006 0.023 0.012 0.005 0.069 211 A 0.698 0.006 0.010 0.023 0.040 0.021 0.202 212 E 0.457 0.056 0.012 0.023 0.147 0.053 0.251 213 S 0.131 0.013 0.006 0.003 0.239 0.009 0.599 214 D 0.014 0.002 0.050 0.016 0.111 0.774 0.033 215 E 0.007 0.003 0.032 0.008 0.057 0.871 0.022 216 A 0.100 0.018 0.037 0.024 0.298 0.127 0.396 217 G 0.334 0.027 0.008 0.017 0.103 0.046 0.464 218 V 0.826 0.022 0.006 0.013 0.026 0.008 0.098 219 Y 0.913 0.006 0.007 0.019 0.010 0.004 0.041 220 V 0.932 0.003 0.006 0.030 0.006 0.005 0.020 221 V 0.957 0.002 0.003 0.012 0.004 0.003 0.018 222 A 0.925 0.011 0.003 0.019 0.007 0.005 0.030 223 N 0.728 0.010 0.008 0.020 0.023 0.024 0.188 224 K 0.142 0.004 0.055 0.034 0.175 0.492 0.098 225 S 0.035 0.003 0.051 0.007 0.099 0.746 0.059 226 E 0.085 0.008 0.039 0.001 0.374 0.273 0.219 227 R 0.276 0.007 0.011 0.001 0.229 0.059 0.417 228 Q 0.908 0.005 0.004 0.001 0.022 0.005 0.055 229 I 0.975 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 230 F 0.986 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 231 V 0.952 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.036 232 T 0.720 0.008 0.001 0.001 0.042 0.020 0.207 233 G 0.196 0.009 0.003 0.001 0.295 0.071 0.424 234 H 0.076 0.024 0.014 0.006 0.274 0.040 0.565 235 P 0.039 0.007 0.146 0.049 0.137 0.453 0.171 236 E 0.041 0.018 0.177 0.058 0.120 0.399 0.186 237 Y 0.074 0.068 0.077 0.083 0.251 0.118 0.330 238 D 0.037 0.024 0.014 0.064 0.170 0.037 0.653 239 R 0.003 0.001 0.058 0.824 0.016 0.074 0.024 240 Y 0.002 0.001 0.050 0.879 0.009 0.050 0.010 241 T 0.002 0.002 0.045 0.899 0.006 0.023 0.022 242 L 0.003 0.003 0.020 0.922 0.007 0.019 0.027 243 R 0.002 0.001 0.012 0.943 0.004 0.023 0.015 244 D 0.001 0.001 0.007 0.954 0.003 0.029 0.005 245 E 0.001 0.001 0.007 0.960 0.003 0.019 0.010 246 Y 0.003 0.001 0.007 0.934 0.005 0.038 0.011 247 Y 0.002 0.001 0.010 0.943 0.005 0.025 0.014 248 R 0.003 0.001 0.016 0.929 0.009 0.027 0.017 249 D 0.003 0.002 0.020 0.906 0.008 0.029 0.031 250 I 0.002 0.002 0.026 0.863 0.011 0.081 0.014 251 G 0.006 0.002 0.048 0.685 0.027 0.192 0.039 252 R 0.007 0.002 0.067 0.414 0.044 0.416 0.049 253 N 0.010 0.006 0.051 0.145 0.059 0.604 0.125 254 L 0.027 0.022 0.014 0.027 0.170 0.062 0.678 255 K 0.062 0.030 0.018 0.007 0.115 0.046 0.722 256 V 0.062 0.020 0.008 0.005 0.233 0.015 0.658 257 P 0.057 0.031 0.007 0.003 0.084 0.025 0.792 258 I 0.046 0.070 0.003 0.002 0.113 0.006 0.760 259 P 0.036 0.026 0.017 0.004 0.031 0.013 0.873 260 A 0.013 0.011 0.485 0.047 0.050 0.277 0.117 261 N 0.018 0.011 0.391 0.050 0.093 0.329 0.107 262 Y 0.030 0.083 0.254 0.039 0.213 0.096 0.285 263 F 0.026 0.051 0.012 0.003 0.359 0.027 0.522 264 P 0.015 0.016 0.046 0.007 0.143 0.464 0.309 265 N 0.011 0.026 0.039 0.007 0.205 0.539 0.173 266 D 0.018 0.048 0.052 0.016 0.434 0.164 0.269 267 D 0.013 0.029 0.023 0.005 0.228 0.029 0.675 268 P 0.004 0.006 0.166 0.021 0.068 0.651 0.084 269 T 0.006 0.011 0.100 0.026 0.083 0.679 0.094 270 K 0.030 0.028 0.103 0.063 0.326 0.171 0.279 271 T 0.037 0.015 0.006 0.017 0.295 0.010 0.620 272 P 0.089 0.018 0.029 0.049 0.068 0.062 0.686 273 I 0.332 0.065 0.042 0.095 0.097 0.077 0.292 274 L 0.354 0.038 0.019 0.121 0.075 0.030 0.363 275 T 0.321 0.023 0.024 0.153 0.083 0.029 0.367 276 W 0.106 0.008 0.047 0.609 0.049 0.084 0.097 277 W 0.049 0.006 0.063 0.621 0.068 0.104 0.089 278 S 0.032 0.009 0.059 0.627 0.072 0.063 0.136 279 H 0.006 0.002 0.066 0.841 0.013 0.032 0.039 280 A 0.003 0.001 0.050 0.903 0.006 0.027 0.010 281 H 0.001 0.001 0.035 0.918 0.005 0.034 0.006 282 L 0.002 0.001 0.035 0.910 0.006 0.035 0.010 283 F 0.001 0.001 0.016 0.933 0.004 0.039 0.007 284 F 0.001 0.001 0.009 0.967 0.003 0.016 0.004 285 S 0.001 0.001 0.009 0.958 0.006 0.021 0.004 286 N 0.001 0.001 0.006 0.960 0.005 0.023 0.004 287 W 0.001 0.001 0.008 0.965 0.002 0.019 0.004 288 L 0.001 0.001 0.011 0.969 0.001 0.014 0.003 289 N 0.002 0.001 0.009 0.966 0.003 0.019 0.002 290 Y 0.003 0.001 0.009 0.957 0.002 0.025 0.004 291 C 0.008 0.001 0.009 0.938 0.003 0.033 0.008 292 I 0.036 0.005 0.018 0.875 0.007 0.046 0.013 293 Y 0.071 0.003 0.023 0.769 0.013 0.088 0.033 294 Q 0.111 0.008 0.023 0.389 0.082 0.254 0.132 295 K 0.104 0.044 0.021 0.288 0.195 0.202 0.146 296 T 0.080 0.009 0.004 0.017 0.524 0.025 0.342 297 P 0.059 0.015 0.114 0.052 0.116 0.275 0.368 298 Y 0.089 0.068 0.096 0.021 0.351 0.146 0.228 299 R 0.104 0.032 0.109 0.015 0.131 0.056 0.553 300 L 0.006 0.002 0.712 0.180 0.007 0.052 0.041 301 E 0.006 0.003 0.644 0.190 0.022 0.108 0.026 302 D 0.005 0.003 0.620 0.132 0.026 0.158 0.056 303 I 0.023 0.048 0.049 0.123 0.066 0.041 0.650 304 H 0.005 0.002 0.008 0.011 0.009 0.008 0.956