# TARGET T0326 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0326.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1929 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.006 0.003 0.002 0.112 0.820 2 P 0.189 0.016 0.005 0.002 0.093 0.695 3 I 0.241 0.032 0.007 0.002 0.103 0.614 4 N 0.301 0.102 0.011 0.004 0.090 0.492 5 V 0.166 0.049 0.007 0.003 0.221 0.554 6 P 0.070 0.019 0.022 0.009 0.647 0.232 7 S 0.017 0.007 0.022 0.013 0.737 0.203 8 G 0.009 0.009 0.022 0.031 0.637 0.292 9 L 0.015 0.021 0.012 0.096 0.469 0.387 10 P 0.011 0.015 0.019 0.494 0.142 0.319 11 A 0.009 0.005 0.017 0.914 0.031 0.024 12 V 0.008 0.001 0.008 0.963 0.012 0.008 13 K 0.009 0.001 0.007 0.963 0.013 0.008 14 V 0.012 0.001 0.008 0.966 0.009 0.004 15 L 0.006 0.002 0.005 0.974 0.009 0.005 16 A 0.004 0.001 0.007 0.962 0.023 0.003 17 K 0.004 0.001 0.012 0.917 0.054 0.012 18 E 0.004 0.001 0.018 0.763 0.165 0.049 19 G 0.027 0.004 0.008 0.047 0.416 0.498 20 I 0.258 0.015 0.004 0.007 0.102 0.613 21 F 0.812 0.017 0.005 0.006 0.057 0.102 22 V 0.803 0.011 0.007 0.005 0.045 0.129 23 M 0.503 0.017 0.007 0.008 0.095 0.371 24 T 0.172 0.006 0.013 0.016 0.178 0.616 25 E 0.015 0.001 0.217 0.592 0.115 0.060 26 K 0.020 0.003 0.227 0.603 0.111 0.037 27 R 0.011 0.003 0.183 0.676 0.107 0.020 28 A 0.010 0.004 0.090 0.727 0.113 0.055 29 I 0.007 0.004 0.053 0.770 0.100 0.066 30 H 0.011 0.006 0.060 0.572 0.182 0.169 31 Q 0.015 0.008 0.039 0.281 0.296 0.363 32 D 0.013 0.008 0.042 0.163 0.286 0.487 33 I 0.025 0.020 0.037 0.096 0.281 0.542 34 R 0.042 0.016 0.022 0.049 0.287 0.584 35 P 0.050 0.008 0.101 0.126 0.351 0.363 36 L 0.132 0.009 0.119 0.113 0.297 0.329 37 E 0.510 0.016 0.071 0.118 0.147 0.137 38 I 0.741 0.006 0.017 0.076 0.069 0.092 39 L 0.850 0.004 0.011 0.060 0.034 0.042 40 I 0.846 0.005 0.012 0.082 0.029 0.027 41 L 0.786 0.004 0.015 0.096 0.055 0.043 42 N 0.597 0.006 0.018 0.097 0.134 0.149 43 L 0.283 0.024 0.009 0.061 0.177 0.445 44 M 0.119 0.024 0.007 0.020 0.357 0.472 45 P 0.054 0.011 0.052 0.084 0.485 0.313 46 D 0.035 0.008 0.065 0.133 0.539 0.220 47 K 0.086 0.016 0.072 0.295 0.361 0.170 48 I 0.094 0.010 0.021 0.636 0.082 0.158 49 K 0.137 0.008 0.024 0.635 0.084 0.112 50 T 0.180 0.008 0.022 0.607 0.078 0.105 51 E 0.190 0.009 0.023 0.608 0.067 0.103 52 I 0.102 0.004 0.033 0.655 0.089 0.117 53 Q 0.087 0.003 0.035 0.654 0.100 0.120 54 L 0.132 0.005 0.037 0.600 0.111 0.114 55 L 0.161 0.010 0.033 0.548 0.127 0.121 56 R 0.201 0.005 0.046 0.419 0.166 0.164 57 L 0.320 0.006 0.044 0.360 0.103 0.168 58 L 0.513 0.006 0.036 0.228 0.080 0.138 59 G 0.630 0.006 0.021 0.150 0.057 0.136 60 N 0.664 0.013 0.012 0.071 0.062 0.177 61 T 0.584 0.013 0.006 0.020 0.101 0.277 62 P 0.367 0.010 0.009 0.012 0.237 0.365 63 L 0.215 0.034 0.023 0.014 0.325 0.389 64 Q 0.103 0.022 0.030 0.017 0.503 0.326 65 V 0.085 0.015 0.064 0.066 0.514 0.255 66 N 0.087 0.012 0.054 0.104 0.449 0.294 67 V 0.193 0.017 0.047 0.233 0.274 0.236 68 T 0.317 0.013 0.029 0.288 0.133 0.219 69 L 0.368 0.011 0.028 0.406 0.083 0.105 70 L 0.471 0.013 0.021 0.355 0.061 0.079 71 Y 0.421 0.009 0.028 0.430 0.049 0.063 72 T 0.297 0.005 0.049 0.516 0.069 0.064 73 E 0.181 0.004 0.090 0.547 0.110 0.068 74 T 0.119 0.015 0.063 0.559 0.130 0.114 75 H 0.093 0.021 0.056 0.430 0.169 0.231 76 K 0.077 0.012 0.095 0.202 0.200 0.415 77 P 0.050 0.011 0.258 0.122 0.445 0.115 78 K 0.026 0.005 0.296 0.091 0.484 0.098 79 H 0.033 0.004 0.032 0.009 0.503 0.419 80 T 0.308 0.018 0.004 0.003 0.249 0.418 81 P 0.474 0.004 0.001 0.001 0.052 0.467 82 I 0.909 0.005 0.001 0.002 0.016 0.067 83 E 0.962 0.001 0.001 0.002 0.009 0.025 84 H 0.976 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 85 I 0.917 0.003 0.001 0.004 0.014 0.061 86 L 0.530 0.006 0.002 0.009 0.093 0.360 87 K 0.158 0.007 0.014 0.018 0.348 0.456 88 F 0.061 0.008 0.029 0.020 0.503 0.380 89 Y 0.069 0.017 0.037 0.036 0.514 0.326 90 T 0.080 0.046 0.020 0.038 0.372 0.444 91 T 0.058 0.023 0.017 0.055 0.203 0.644 92 F 0.007 0.002 0.206 0.645 0.078 0.061 93 S 0.015 0.002 0.253 0.596 0.089 0.045 94 A 0.012 0.004 0.251 0.634 0.078 0.021 95 V 0.009 0.005 0.142 0.721 0.087 0.036 96 K 0.010 0.004 0.153 0.656 0.121 0.056 97 D 0.010 0.006 0.241 0.423 0.210 0.110 98 R 0.009 0.005 0.181 0.240 0.318 0.248 99 K 0.008 0.004 0.036 0.009 0.244 0.700 100 F 0.029 0.007 0.007 0.001 0.266 0.689 101 D 0.101 0.002 0.001 0.001 0.187 0.709 102 G 0.892 0.004 0.001 0.001 0.017 0.086 103 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 104 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 106 T 0.594 0.002 0.001 0.001 0.055 0.349 107 G 0.079 0.004 0.002 0.001 0.172 0.743 108 A 0.017 0.010 0.002 0.001 0.202 0.768 109 P 0.039 0.025 0.008 0.002 0.326 0.599 110 V 0.060 0.029 0.027 0.005 0.402 0.477 111 E 0.086 0.026 0.031 0.007 0.478 0.371 112 L 0.081 0.030 0.101 0.034 0.420 0.333 113 L 0.074 0.056 0.060 0.040 0.369 0.402 114 P 0.068 0.032 0.073 0.037 0.476 0.315 115 F 0.002 0.002 0.702 0.111 0.149 0.033 116 E 0.005 0.005 0.626 0.141 0.177 0.046 117 E 0.006 0.005 0.630 0.107 0.206 0.046 118 V 0.013 0.014 0.133 0.223 0.306 0.311 119 D 0.019 0.023 0.120 0.206 0.282 0.349 120 Y 0.024 0.030 0.066 0.244 0.274 0.362 121 W 0.017 0.009 0.013 0.277 0.164 0.521 122 E 0.001 0.001 0.009 0.964 0.011 0.015 123 E 0.001 0.001 0.006 0.984 0.005 0.003 124 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 125 T 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.003 126 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.004 127 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 128 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 129 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 130 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 132 R 0.001 0.001 0.007 0.969 0.012 0.011 133 H 0.001 0.001 0.014 0.891 0.045 0.050 134 N 0.002 0.002 0.021 0.267 0.202 0.507 135 V 0.003 0.003 0.009 0.015 0.169 0.801 136 Y 0.035 0.011 0.007 0.005 0.229 0.713 137 S 0.105 0.009 0.012 0.008 0.235 0.631 138 T 0.420 0.021 0.023 0.024 0.172 0.339 139 M 0.676 0.015 0.021 0.052 0.076 0.159 140 F 0.750 0.008 0.029 0.116 0.028 0.069 141 I 0.471 0.007 0.034 0.393 0.027 0.068 142 C 0.090 0.005 0.035 0.800 0.020 0.050 143 W 0.016 0.001 0.052 0.887 0.019 0.025 144 A 0.001 0.001 0.034 0.955 0.005 0.004 145 A 0.001 0.001 0.012 0.984 0.002 0.001 146 Q 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 147 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 148 G 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 149 L 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 150 Y 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 151 Y 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 152 F 0.001 0.001 0.010 0.961 0.010 0.017 153 Y 0.001 0.001 0.020 0.800 0.034 0.145 154 G 0.001 0.001 0.002 0.003 0.041 0.952 155 I 0.034 0.006 0.010 0.004 0.146 0.799 156 P 0.220 0.008 0.009 0.003 0.129 0.631 157 K 0.732 0.029 0.010 0.004 0.047 0.178 158 Y 0.839 0.010 0.004 0.003 0.038 0.105 159 E 0.812 0.008 0.004 0.004 0.042 0.130 160 L 0.357 0.014 0.005 0.009 0.128 0.487 161 P 0.196 0.006 0.013 0.008 0.251 0.526 162 Q 0.230 0.005 0.041 0.007 0.286 0.430 163 K 0.406 0.012 0.072 0.010 0.228 0.272 164 L 0.597 0.013 0.045 0.009 0.158 0.178 165 S 0.621 0.010 0.015 0.004 0.114 0.235 166 G 0.650 0.004 0.008 0.003 0.105 0.230 167 V 0.812 0.007 0.004 0.002 0.050 0.125 168 Y 0.859 0.005 0.003 0.002 0.039 0.093 169 K 0.853 0.002 0.003 0.003 0.047 0.092 170 H 0.892 0.003 0.002 0.002 0.029 0.071 171 R 0.931 0.004 0.002 0.002 0.018 0.043 172 V 0.865 0.017 0.003 0.005 0.031 0.079 173 A 0.501 0.022 0.007 0.007 0.351 0.113 174 K 0.135 0.007 0.040 0.016 0.681 0.121 175 D 0.053 0.004 0.064 0.025 0.762 0.091 176 S 0.105 0.024 0.070 0.024 0.686 0.091 177 V 0.193 0.029 0.084 0.031 0.354 0.310 178 L 0.274 0.109 0.120 0.046 0.225 0.226 179 F 0.247 0.071 0.157 0.052 0.352 0.121 180 R 0.233 0.028 0.115 0.052 0.405 0.166 181 G 0.092 0.013 0.057 0.029 0.581 0.228 182 H 0.074 0.061 0.018 0.011 0.691 0.144 183 D 0.077 0.025 0.020 0.010 0.645 0.223 184 D 0.049 0.010 0.035 0.013 0.751 0.143 185 F 0.133 0.018 0.034 0.012 0.622 0.181 186 F 0.383 0.050 0.019 0.018 0.239 0.290 187 W 0.426 0.112 0.008 0.014 0.148 0.292 188 A 0.242 0.026 0.006 0.013 0.250 0.463 189 P 0.159 0.016 0.017 0.029 0.321 0.458 190 H 0.165 0.029 0.045 0.038 0.375 0.348 191 S 0.203 0.035 0.073 0.043 0.347 0.298 192 R 0.239 0.028 0.094 0.102 0.271 0.266 193 Y 0.160 0.026 0.119 0.089 0.354 0.253 194 T 0.188 0.023 0.109 0.082 0.331 0.267 195 E 0.112 0.021 0.074 0.086 0.335 0.372 196 V 0.066 0.052 0.021 0.123 0.218 0.521 197 K 0.032 0.011 0.006 0.066 0.116 0.770 198 K 0.003 0.001 0.053 0.883 0.037 0.023 199 E 0.008 0.003 0.105 0.773 0.085 0.027 200 D 0.011 0.005 0.200 0.670 0.094 0.020 201 I 0.028 0.007 0.155 0.629 0.116 0.066 202 D 0.026 0.007 0.114 0.585 0.144 0.125 203 K 0.038 0.008 0.080 0.367 0.149 0.360 204 V 0.047 0.022 0.008 0.024 0.223 0.676 205 P 0.039 0.009 0.037 0.022 0.371 0.523 206 E 0.093 0.002 0.042 0.018 0.419 0.426 207 L 0.588 0.009 0.017 0.014 0.199 0.173 208 E 0.856 0.002 0.003 0.010 0.048 0.081 209 I 0.947 0.002 0.001 0.009 0.013 0.028 210 L 0.946 0.002 0.001 0.015 0.013 0.024 211 A 0.952 0.001 0.001 0.008 0.010 0.028 212 E 0.865 0.005 0.001 0.007 0.032 0.090 213 S 0.458 0.022 0.003 0.004 0.371 0.143 214 D 0.066 0.005 0.016 0.005 0.828 0.080 215 E 0.033 0.003 0.036 0.013 0.869 0.045 216 A 0.077 0.006 0.026 0.014 0.837 0.040 217 G 0.383 0.014 0.012 0.027 0.316 0.247 218 V 0.737 0.015 0.008 0.052 0.064 0.124 219 Y 0.847 0.004 0.010 0.062 0.035 0.042 220 V 0.920 0.002 0.005 0.043 0.011 0.019 221 V 0.941 0.002 0.004 0.031 0.011 0.010 222 A 0.881 0.006 0.004 0.029 0.038 0.042 223 N 0.472 0.007 0.010 0.017 0.399 0.096 224 K 0.092 0.004 0.064 0.013 0.726 0.101 225 S 0.074 0.009 0.087 0.013 0.653 0.164 226 E 0.106 0.015 0.070 0.007 0.691 0.112 227 R 0.188 0.004 0.020 0.003 0.310 0.475 228 Q 0.757 0.019 0.008 0.002 0.073 0.140 229 I 0.945 0.003 0.002 0.001 0.018 0.032 230 F 0.981 0.003 0.001 0.001 0.004 0.011 231 V 0.971 0.002 0.001 0.001 0.007 0.019 232 T 0.850 0.006 0.001 0.002 0.037 0.104 233 G 0.434 0.019 0.003 0.004 0.152 0.387 234 H 0.095 0.017 0.009 0.003 0.311 0.565 235 P 0.068 0.012 0.021 0.011 0.493 0.395 236 E 0.072 0.026 0.049 0.024 0.487 0.341 237 Y 0.089 0.054 0.053 0.058 0.437 0.309 238 D 0.058 0.028 0.026 0.074 0.475 0.339 239 R 0.027 0.014 0.066 0.364 0.308 0.221 240 Y 0.038 0.017 0.110 0.347 0.311 0.177 241 T 0.018 0.012 0.095 0.462 0.307 0.106 242 L 0.005 0.005 0.126 0.672 0.128 0.064 243 R 0.006 0.005 0.076 0.757 0.099 0.058 244 D 0.003 0.001 0.092 0.798 0.074 0.032 245 E 0.003 0.001 0.055 0.881 0.039 0.021 246 Y 0.005 0.003 0.040 0.898 0.035 0.019 247 Y 0.007 0.003 0.034 0.869 0.049 0.038 248 R 0.008 0.001 0.040 0.860 0.053 0.038 249 D 0.009 0.002 0.042 0.820 0.084 0.042 250 I 0.006 0.003 0.044 0.834 0.071 0.043 251 G 0.010 0.004 0.092 0.656 0.146 0.092 252 R 0.009 0.002 0.170 0.613 0.135 0.071 253 N 0.018 0.006 0.167 0.478 0.166 0.166 254 L 0.033 0.016 0.085 0.351 0.212 0.303 255 K 0.036 0.019 0.029 0.103 0.215 0.598 256 V 0.048 0.011 0.017 0.047 0.248 0.629 257 P 0.049 0.025 0.016 0.028 0.215 0.668 258 I 0.036 0.050 0.011 0.013 0.200 0.691 259 P 0.028 0.052 0.054 0.017 0.345 0.505 260 A 0.008 0.010 0.546 0.039 0.291 0.105 261 N 0.014 0.015 0.487 0.037 0.339 0.107 262 Y 0.017 0.025 0.348 0.046 0.432 0.132 263 F 0.014 0.026 0.056 0.019 0.636 0.250 264 P 0.007 0.016 0.153 0.028 0.681 0.115 265 N 0.010 0.030 0.133 0.040 0.666 0.121 266 D 0.011 0.036 0.090 0.042 0.675 0.147 267 D 0.004 0.013 0.030 0.019 0.694 0.239 268 P 0.003 0.007 0.238 0.071 0.553 0.129 269 T 0.007 0.013 0.191 0.084 0.558 0.147 270 K 0.014 0.023 0.143 0.194 0.457 0.170 271 T 0.014 0.015 0.025 0.230 0.209 0.507 272 P 0.016 0.008 0.047 0.581 0.126 0.220 273 I 0.036 0.010 0.049 0.667 0.102 0.136 274 L 0.061 0.010 0.056 0.698 0.087 0.087 275 T 0.054 0.008 0.039 0.743 0.066 0.091 276 W 0.029 0.003 0.024 0.861 0.032 0.050 277 W 0.007 0.001 0.015 0.944 0.016 0.016 278 S 0.002 0.001 0.011 0.972 0.008 0.007 279 H 0.001 0.001 0.007 0.988 0.002 0.003 280 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 281 H 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 282 L 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 283 F 0.001 0.001 0.008 0.979 0.008 0.004 284 F 0.001 0.001 0.013 0.971 0.011 0.004 285 S 0.001 0.001 0.012 0.964 0.016 0.006 286 N 0.002 0.001 0.011 0.952 0.019 0.016 287 W 0.005 0.003 0.020 0.912 0.034 0.027 288 L 0.014 0.002 0.036 0.878 0.044 0.027 289 N 0.025 0.001 0.037 0.836 0.062 0.040 290 Y 0.093 0.002 0.025 0.773 0.049 0.058 291 C 0.201 0.005 0.010 0.657 0.039 0.088 292 I 0.377 0.004 0.017 0.491 0.048 0.064 293 Y 0.522 0.005 0.013 0.353 0.046 0.060 294 Q 0.539 0.010 0.008 0.199 0.085 0.160 295 K 0.231 0.017 0.007 0.078 0.164 0.504 296 T 0.058 0.014 0.005 0.013 0.264 0.645 297 P 0.050 0.010 0.054 0.062 0.500 0.324 298 Y 0.059 0.027 0.071 0.053 0.459 0.330 299 R 0.045 0.023 0.100 0.063 0.547 0.223 300 L 0.008 0.004 0.561 0.170 0.195 0.063 301 E 0.020 0.005 0.563 0.177 0.163 0.072 302 D 0.020 0.010 0.430 0.232 0.222 0.085 303 I 0.022 0.026 0.052 0.176 0.197 0.527 304 H 0.016 0.014 0.005 0.034 0.138 0.792