# TARGET T0325 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0325.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.007 0.022 0.034 0.047 0.108 0.074 0.636 2 S 0.059 0.008 0.032 0.029 0.066 0.170 0.070 0.565 3 N 0.011 0.003 0.038 0.015 0.048 0.179 0.049 0.658 4 K 0.002 0.001 0.204 0.076 0.117 0.178 0.075 0.346 5 K 0.001 0.001 0.537 0.072 0.108 0.038 0.132 0.112 6 L 0.001 0.001 0.755 0.063 0.065 0.012 0.067 0.037 7 I 0.001 0.001 0.847 0.046 0.048 0.007 0.027 0.023 8 I 0.002 0.001 0.882 0.035 0.031 0.011 0.016 0.022 9 N 0.026 0.007 0.678 0.027 0.044 0.067 0.069 0.082 10 A 0.021 0.006 0.287 0.019 0.042 0.187 0.149 0.290 11 D 0.115 0.007 0.082 0.011 0.022 0.229 0.067 0.467 12 D 0.101 0.005 0.086 0.020 0.041 0.141 0.293 0.312 13 F 0.017 0.008 0.054 0.011 0.026 0.214 0.065 0.606 14 G 0.006 0.013 0.064 0.032 0.080 0.211 0.042 0.553 15 Y 0.017 0.017 0.020 0.007 0.008 0.126 0.029 0.776 16 T 0.242 0.117 0.003 0.002 0.002 0.012 0.606 0.016 17 P 0.068 0.558 0.010 0.002 0.003 0.059 0.121 0.178 18 A 0.028 0.555 0.013 0.003 0.009 0.074 0.068 0.251 19 V 0.013 0.892 0.006 0.003 0.003 0.010 0.040 0.034 20 T 0.004 0.961 0.001 0.001 0.002 0.004 0.020 0.009 21 Q 0.002 0.967 0.003 0.001 0.001 0.002 0.014 0.010 22 G 0.005 0.937 0.006 0.004 0.005 0.004 0.034 0.006 23 I 0.008 0.897 0.010 0.001 0.002 0.003 0.075 0.005 24 I 0.007 0.939 0.009 0.003 0.002 0.002 0.030 0.009 25 E 0.013 0.755 0.073 0.015 0.013 0.009 0.061 0.060 26 A 0.079 0.118 0.183 0.017 0.017 0.055 0.405 0.126 27 H 0.801 0.014 0.031 0.005 0.003 0.017 0.077 0.052 28 K 0.176 0.005 0.002 0.001 0.001 0.022 0.011 0.782 29 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.075 0.006 0.910 30 G 0.004 0.004 0.114 0.035 0.118 0.203 0.119 0.403 31 V 0.012 0.004 0.141 0.167 0.099 0.087 0.153 0.336 32 V 0.008 0.003 0.347 0.088 0.064 0.061 0.098 0.330 33 T 0.020 0.013 0.254 0.085 0.110 0.084 0.175 0.261 34 S 0.029 0.012 0.308 0.042 0.075 0.098 0.091 0.345 35 T 0.046 0.010 0.252 0.054 0.090 0.088 0.095 0.364 36 T 0.018 0.009 0.198 0.059 0.109 0.075 0.258 0.274 37 A 0.021 0.014 0.150 0.061 0.129 0.108 0.087 0.429 38 L 0.073 0.015 0.112 0.101 0.099 0.132 0.110 0.357 39 P 0.016 0.029 0.034 0.022 0.029 0.141 0.052 0.677 40 T 0.059 0.247 0.016 0.005 0.011 0.078 0.070 0.515 41 S 0.129 0.624 0.010 0.004 0.003 0.028 0.100 0.101 42 P 0.039 0.790 0.010 0.003 0.002 0.021 0.048 0.087 43 Y 0.025 0.927 0.003 0.001 0.001 0.005 0.014 0.026 44 F 0.019 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 45 L 0.018 0.914 0.003 0.001 0.001 0.003 0.039 0.021 46 E 0.006 0.579 0.008 0.001 0.001 0.008 0.359 0.039 47 A 0.013 0.898 0.005 0.001 0.001 0.004 0.070 0.010 48 M 0.045 0.886 0.010 0.001 0.001 0.004 0.036 0.018 49 E 0.087 0.668 0.013 0.001 0.002 0.016 0.046 0.168 50 S 0.028 0.037 0.021 0.001 0.001 0.026 0.745 0.142 51 A 0.092 0.141 0.031 0.005 0.003 0.072 0.413 0.244 52 R 0.323 0.031 0.015 0.002 0.004 0.083 0.045 0.496 53 I 0.010 0.004 0.008 0.002 0.002 0.089 0.027 0.859 54 S 0.062 0.022 0.015 0.002 0.004 0.102 0.061 0.732 55 A 0.243 0.034 0.015 0.004 0.003 0.102 0.071 0.527 56 P 0.041 0.038 0.046 0.008 0.013 0.173 0.070 0.611 57 T 0.017 0.035 0.096 0.008 0.021 0.127 0.068 0.627 58 L 0.048 0.058 0.147 0.049 0.054 0.191 0.095 0.358 59 A 0.022 0.047 0.255 0.035 0.045 0.071 0.182 0.343 60 I 0.011 0.060 0.414 0.064 0.138 0.080 0.082 0.150 61 G 0.005 0.022 0.509 0.038 0.123 0.038 0.106 0.158 62 V 0.010 0.023 0.383 0.237 0.146 0.041 0.073 0.087 63 H 0.008 0.013 0.575 0.059 0.107 0.038 0.121 0.078 64 L 0.012 0.026 0.297 0.106 0.182 0.072 0.154 0.151 65 T 0.013 0.013 0.511 0.071 0.127 0.043 0.106 0.116 66 L 0.114 0.019 0.216 0.075 0.104 0.103 0.102 0.266 67 T 0.140 0.015 0.136 0.070 0.079 0.090 0.142 0.328 68 L 0.038 0.010 0.033 0.013 0.033 0.136 0.039 0.698 69 N 0.052 0.007 0.025 0.011 0.026 0.129 0.046 0.704 70 Q 0.055 0.006 0.022 0.039 0.027 0.139 0.042 0.671 71 A 0.063 0.010 0.021 0.014 0.029 0.118 0.037 0.708 72 K 0.085 0.010 0.019 0.015 0.021 0.115 0.038 0.697 73 P 0.024 0.009 0.030 0.027 0.025 0.128 0.038 0.719 74 I 0.056 0.020 0.017 0.009 0.012 0.084 0.034 0.769 75 L 0.385 0.042 0.025 0.017 0.017 0.085 0.071 0.357 76 P 0.176 0.026 0.025 0.011 0.015 0.102 0.057 0.588 77 R 0.059 0.013 0.020 0.009 0.021 0.107 0.038 0.733 78 E 0.022 0.006 0.027 0.015 0.031 0.165 0.036 0.696 79 M 0.027 0.011 0.036 0.025 0.041 0.156 0.057 0.647 80 V 0.127 0.028 0.040 0.025 0.038 0.146 0.053 0.543 81 P 0.051 0.023 0.043 0.027 0.040 0.138 0.055 0.624 82 S 0.044 0.027 0.033 0.016 0.026 0.120 0.036 0.698 83 L 0.277 0.101 0.026 0.019 0.024 0.109 0.071 0.373 84 V 0.068 0.071 0.021 0.013 0.017 0.123 0.048 0.639 85 D 0.127 0.160 0.015 0.010 0.019 0.087 0.051 0.531 86 E 0.146 0.263 0.017 0.016 0.021 0.086 0.086 0.365 87 A 0.049 0.304 0.016 0.018 0.027 0.105 0.040 0.441 88 G 0.048 0.411 0.020 0.019 0.035 0.058 0.089 0.321 89 Y 0.056 0.549 0.012 0.018 0.027 0.058 0.075 0.206 90 F 0.043 0.263 0.020 0.020 0.034 0.043 0.432 0.146 91 W 0.024 0.505 0.014 0.019 0.030 0.045 0.233 0.131 92 H 0.032 0.701 0.013 0.012 0.023 0.026 0.085 0.107 93 Q 0.030 0.706 0.018 0.017 0.021 0.028 0.060 0.121 94 S 0.042 0.635 0.025 0.015 0.022 0.036 0.091 0.134 95 I 0.087 0.500 0.042 0.018 0.018 0.045 0.129 0.161 96 F 0.282 0.307 0.020 0.011 0.013 0.047 0.086 0.234 97 E 0.104 0.075 0.024 0.008 0.009 0.065 0.303 0.410 98 E 0.039 0.295 0.010 0.004 0.006 0.063 0.073 0.509 99 K 0.041 0.225 0.014 0.004 0.006 0.095 0.019 0.595 100 V 0.012 0.181 0.013 0.006 0.003 0.103 0.033 0.649 101 N 0.023 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.014 102 L 0.039 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.010 103 E 0.006 0.544 0.005 0.001 0.001 0.008 0.398 0.037 104 E 0.008 0.905 0.002 0.001 0.001 0.005 0.061 0.018 105 V 0.009 0.911 0.001 0.001 0.001 0.005 0.060 0.013 106 Y 0.003 0.951 0.004 0.001 0.001 0.003 0.024 0.014 107 N 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.014 108 E 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 109 W 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 110 D 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 111 A 0.001 0.537 0.004 0.001 0.001 0.002 0.450 0.005 112 Q 0.001 0.917 0.002 0.001 0.001 0.001 0.078 0.001 113 I 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 114 I 0.004 0.963 0.011 0.002 0.001 0.002 0.008 0.009 115 S 0.052 0.383 0.050 0.010 0.007 0.022 0.400 0.076 116 F 0.185 0.062 0.092 0.006 0.003 0.028 0.563 0.061 117 M 0.799 0.006 0.008 0.002 0.001 0.019 0.023 0.143 118 K 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.005 0.904 119 S 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.059 0.003 0.932 120 G 0.005 0.001 0.027 0.008 0.015 0.233 0.019 0.692 121 R 0.018 0.002 0.019 0.016 0.009 0.155 0.023 0.758 122 R 0.162 0.019 0.046 0.016 0.012 0.132 0.077 0.536 123 P 0.074 0.025 0.063 0.011 0.016 0.111 0.076 0.624 124 D 0.040 0.029 0.242 0.021 0.031 0.107 0.106 0.424 125 H 0.031 0.058 0.183 0.024 0.039 0.106 0.142 0.417 126 I 0.061 0.056 0.177 0.035 0.048 0.157 0.076 0.391 127 D 0.128 0.086 0.105 0.034 0.055 0.117 0.219 0.257 128 S 0.058 0.167 0.079 0.020 0.061 0.133 0.110 0.374 129 H 0.037 0.101 0.084 0.031 0.084 0.136 0.089 0.438 130 H 0.025 0.051 0.144 0.127 0.151 0.105 0.129 0.268 131 N 0.085 0.059 0.106 0.083 0.158 0.118 0.115 0.278 132 V 0.082 0.027 0.090 0.092 0.142 0.086 0.158 0.324 133 H 0.043 0.029 0.084 0.099 0.205 0.100 0.084 0.356 134 G 0.014 0.014 0.049 0.058 0.119 0.097 0.055 0.595 135 K 0.045 0.053 0.045 0.085 0.089 0.098 0.057 0.530 136 N 0.239 0.188 0.014 0.023 0.033 0.059 0.120 0.324 137 K 0.024 0.181 0.031 0.020 0.025 0.108 0.099 0.512 138 K 0.016 0.515 0.022 0.025 0.039 0.058 0.070 0.254 139 L 0.013 0.882 0.005 0.004 0.005 0.009 0.033 0.049 140 L 0.002 0.954 0.002 0.003 0.003 0.003 0.024 0.009 141 G 0.001 0.938 0.004 0.002 0.003 0.002 0.044 0.007 142 V 0.001 0.979 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 0.002 143 A 0.001 0.985 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 144 L 0.003 0.936 0.005 0.003 0.001 0.001 0.049 0.003 145 A 0.003 0.952 0.014 0.003 0.002 0.001 0.018 0.008 146 L 0.066 0.833 0.018 0.003 0.003 0.006 0.042 0.027 147 A 0.226 0.096 0.182 0.018 0.007 0.024 0.359 0.088 148 R 0.478 0.051 0.005 0.005 0.004 0.021 0.029 0.408 149 K 0.059 0.003 0.004 0.001 0.001 0.029 0.011 0.892 150 Y 0.006 0.006 0.011 0.009 0.009 0.153 0.013 0.792 151 Q 0.019 0.006 0.006 0.003 0.006 0.063 0.011 0.887 152 L 0.079 0.017 0.021 0.022 0.012 0.117 0.052 0.680 153 P 0.096 0.066 0.114 0.042 0.057 0.111 0.092 0.422 154 L 0.063 0.024 0.066 0.022 0.041 0.083 0.076 0.627 155 R 0.030 0.021 0.183 0.058 0.061 0.101 0.075 0.471 156 N 0.080 0.026 0.083 0.031 0.040 0.084 0.094 0.562 157 A 0.068 0.038 0.043 0.029 0.038 0.120 0.069 0.596 158 S 0.075 0.040 0.034 0.015 0.027 0.098 0.048 0.662 159 R 0.040 0.027 0.028 0.030 0.037 0.111 0.103 0.625 160 S 0.060 0.071 0.025 0.021 0.030 0.108 0.095 0.590 161 I 0.110 0.107 0.021 0.027 0.028 0.115 0.073 0.518 162 E 0.057 0.141 0.017 0.015 0.019 0.098 0.040 0.613 163 T 0.138 0.343 0.010 0.008 0.013 0.055 0.061 0.371 164 K 0.111 0.351 0.020 0.013 0.014 0.076 0.072 0.343 165 D 0.093 0.418 0.016 0.015 0.021 0.058 0.070 0.310 166 Y 0.109 0.300 0.025 0.015 0.021 0.073 0.087 0.370 167 L 0.077 0.264 0.028 0.023 0.033 0.083 0.106 0.385 168 E 0.083 0.167 0.037 0.022 0.031 0.087 0.093 0.479 169 L 0.085 0.132 0.033 0.026 0.034 0.107 0.082 0.501 170 Y 0.134 0.083 0.034 0.021 0.035 0.098 0.084 0.511 171 Q 0.103 0.034 0.025 0.023 0.036 0.106 0.123 0.551 172 D 0.064 0.035 0.023 0.018 0.027 0.125 0.082 0.628 173 V 0.024 0.024 0.025 0.020 0.033 0.148 0.045 0.681 174 R 0.024 0.025 0.026 0.015 0.022 0.138 0.031 0.720 175 T 0.198 0.141 0.024 0.020 0.022 0.102 0.091 0.403 176 P 0.136 0.210 0.018 0.009 0.012 0.095 0.053 0.465 177 D 0.095 0.281 0.019 0.011 0.019 0.083 0.060 0.431 178 E 0.061 0.276 0.024 0.016 0.026 0.094 0.083 0.420 179 M 0.063 0.294 0.034 0.026 0.045 0.092 0.105 0.341 180 L 0.077 0.353 0.033 0.033 0.055 0.074 0.110 0.264 181 Y 0.049 0.333 0.037 0.033 0.054 0.072 0.095 0.326 182 Q 0.036 0.321 0.055 0.049 0.071 0.082 0.063 0.323 183 F 0.061 0.330 0.056 0.049 0.068 0.076 0.079 0.281 184 Y 0.141 0.282 0.046 0.030 0.047 0.067 0.131 0.256 185 D 0.138 0.124 0.029 0.025 0.034 0.075 0.249 0.326 186 K 0.026 0.054 0.017 0.016 0.025 0.080 0.394 0.388 187 A 0.058 0.132 0.015 0.012 0.022 0.123 0.102 0.535 188 I 0.046 0.091 0.014 0.018 0.024 0.119 0.202 0.488 189 S 0.026 0.418 0.008 0.006 0.010 0.068 0.097 0.367 190 T 0.028 0.832 0.002 0.002 0.003 0.020 0.026 0.087 191 E 0.012 0.824 0.006 0.005 0.003 0.019 0.056 0.075 192 T 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.006 193 I 0.022 0.927 0.002 0.001 0.001 0.002 0.038 0.007 194 L 0.015 0.845 0.015 0.003 0.002 0.006 0.094 0.022 195 Q 0.023 0.879 0.010 0.001 0.001 0.007 0.035 0.044 196 L 0.070 0.780 0.016 0.001 0.001 0.014 0.054 0.064 197 L 0.080 0.577 0.035 0.005 0.005 0.026 0.123 0.148 198 D 0.118 0.367 0.009 0.003 0.004 0.037 0.052 0.411 199 M 0.122 0.099 0.043 0.011 0.011 0.080 0.182 0.453 200 V 0.095 0.045 0.036 0.025 0.019 0.120 0.162 0.497 201 V 0.046 0.010 0.024 0.007 0.012 0.089 0.056 0.756 202 C 0.071 0.004 0.020 0.005 0.006 0.099 0.030 0.766 203 S 0.483 0.008 0.008 0.003 0.003 0.049 0.032 0.416 204 E 0.060 0.008 0.006 0.002 0.005 0.102 0.013 0.805 205 G 0.006 0.006 0.040 0.007 0.036 0.159 0.026 0.719 206 E 0.010 0.022 0.120 0.114 0.196 0.094 0.100 0.343 207 V 0.004 0.012 0.143 0.180 0.211 0.050 0.124 0.276 208 F 0.002 0.006 0.242 0.247 0.318 0.018 0.080 0.086 209 E 0.005 0.005 0.186 0.297 0.373 0.015 0.058 0.061 210 I 0.010 0.006 0.256 0.268 0.267 0.027 0.036 0.130 211 N 0.004 0.010 0.221 0.181 0.372 0.036 0.036 0.140 212 C 0.015 0.018 0.139 0.134 0.209 0.087 0.056 0.342 213 H 0.132 0.077 0.070 0.122 0.125 0.095 0.129 0.250 214 P 0.118 0.080 0.041 0.032 0.053 0.099 0.083 0.494 215 A 0.038 0.073 0.062 0.031 0.052 0.128 0.133 0.484 216 F 0.041 0.199 0.042 0.025 0.032 0.095 0.091 0.475 217 I 0.079 0.457 0.033 0.018 0.022 0.057 0.065 0.269 218 D 0.110 0.533 0.026 0.012 0.014 0.042 0.052 0.212 219 T 0.108 0.307 0.050 0.017 0.018 0.055 0.202 0.244 220 I 0.184 0.239 0.044 0.017 0.017 0.077 0.095 0.327 221 L 0.236 0.053 0.046 0.017 0.023 0.083 0.149 0.394 222 Q 0.070 0.022 0.017 0.009 0.011 0.102 0.075 0.695 223 N 0.115 0.023 0.008 0.005 0.009 0.083 0.042 0.716 224 Q 0.055 0.014 0.006 0.005 0.007 0.100 0.021 0.791 225 S 0.094 0.036 0.014 0.009 0.021 0.122 0.041 0.662 226 G 0.070 0.041 0.019 0.013 0.021 0.135 0.041 0.661 227 Y 0.018 0.046 0.033 0.032 0.041 0.129 0.051 0.651 228 C 0.051 0.203 0.030 0.017 0.025 0.080 0.064 0.530 229 M 0.093 0.387 0.021 0.034 0.034 0.063 0.106 0.261 230 P 0.027 0.422 0.032 0.023 0.038 0.056 0.099 0.303 231 R 0.014 0.841 0.006 0.011 0.018 0.016 0.039 0.055 232 I 0.016 0.836 0.012 0.015 0.023 0.015 0.020 0.064 233 R 0.007 0.829 0.015 0.038 0.047 0.009 0.023 0.032 234 E 0.043 0.693 0.021 0.022 0.051 0.017 0.089 0.064 235 V 0.092 0.093 0.035 0.051 0.037 0.022 0.612 0.059 236 E 0.036 0.140 0.021 0.091 0.089 0.046 0.326 0.251 237 I 0.091 0.106 0.018 0.010 0.032 0.108 0.064 0.571 238 L 0.013 0.098 0.030 0.081 0.066 0.163 0.096 0.453 239 T 0.021 0.365 0.005 0.005 0.007 0.045 0.066 0.485 240 S 0.049 0.928 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.009 241 Q 0.012 0.922 0.002 0.001 0.001 0.008 0.026 0.029 242 E 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 243 V 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 244 K 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 245 E 0.003 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 246 A 0.063 0.785 0.039 0.002 0.001 0.007 0.075 0.027 247 I 0.144 0.015 0.461 0.003 0.001 0.010 0.336 0.029 248 E 0.905 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.007 0.078 249 E 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.939 250 R 0.001 0.001 0.020 0.001 0.004 0.195 0.004 0.775 251 G 0.004 0.001 0.024 0.003 0.012 0.064 0.019 0.874 252 I 0.011 0.003 0.075 0.138 0.027 0.087 0.043 0.616 253 L 0.010 0.008 0.605 0.045 0.063 0.042 0.043 0.184 254 L 0.036 0.015 0.150 0.085 0.092 0.072 0.062 0.489 255 A 0.005 0.005 0.629 0.063 0.035 0.031 0.032 0.199 256 N 0.082 0.135 0.144 0.040 0.058 0.065 0.145 0.330 257 Y 0.229 0.144 0.094 0.032 0.034 0.067 0.116 0.283 258 E 0.079 0.075 0.054 0.055 0.068 0.088 0.063 0.519 259 S 0.072 0.030 0.022 0.018 0.042 0.085 0.082 0.649 260 L 0.070 0.023 0.024 0.050 0.056 0.135 0.102 0.541 261 A 0.048 0.016 0.019 0.038 0.068 0.120 0.062 0.628 262 M 0.033 0.012 0.011 0.019 0.038 0.082 0.045 0.760