# TARGET T0325 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0325.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 2 S 0.094 0.029 0.006 0.008 0.006 0.021 0.837 3 N 0.170 0.014 0.023 0.012 0.161 0.043 0.577 4 K 0.411 0.007 0.017 0.007 0.156 0.021 0.381 5 K 0.776 0.004 0.004 0.003 0.028 0.005 0.180 6 L 0.928 0.002 0.001 0.003 0.012 0.002 0.051 7 I 0.976 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 8 I 0.953 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 9 N 0.633 0.009 0.001 0.003 0.027 0.005 0.321 10 A 0.211 0.016 0.018 0.013 0.150 0.103 0.488 11 D 0.052 0.020 0.065 0.012 0.303 0.283 0.265 12 D 0.032 0.026 0.115 0.015 0.337 0.272 0.202 13 F 0.014 0.013 0.079 0.013 0.293 0.261 0.328 14 G 0.011 0.026 0.046 0.011 0.227 0.433 0.247 15 Y 0.006 0.034 0.034 0.014 0.334 0.092 0.486 16 T 0.004 0.018 0.022 0.034 0.254 0.023 0.645 17 P 0.001 0.001 0.100 0.563 0.062 0.246 0.028 18 A 0.001 0.002 0.072 0.591 0.021 0.280 0.034 19 V 0.001 0.004 0.014 0.856 0.026 0.025 0.074 20 T 0.001 0.001 0.001 0.962 0.005 0.007 0.024 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.002 22 G 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 27 H 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.012 0.002 28 K 0.001 0.001 0.003 0.897 0.003 0.094 0.002 29 R 0.001 0.001 0.001 0.229 0.007 0.761 0.002 30 G 0.001 0.001 0.001 0.041 0.055 0.866 0.036 31 V 0.074 0.020 0.003 0.035 0.077 0.025 0.767 32 V 0.519 0.053 0.007 0.040 0.047 0.012 0.322 33 T 0.437 0.012 0.019 0.086 0.101 0.028 0.316 34 S 0.438 0.014 0.046 0.207 0.059 0.067 0.169 35 T 0.340 0.005 0.055 0.329 0.073 0.091 0.106 36 T 0.281 0.006 0.073 0.395 0.069 0.069 0.107 37 A 0.217 0.007 0.081 0.462 0.047 0.095 0.091 38 L 0.298 0.030 0.083 0.227 0.068 0.212 0.082 39 P 0.255 0.021 0.073 0.108 0.141 0.234 0.168 40 T 0.099 0.016 0.023 0.042 0.312 0.098 0.410 41 S 0.041 0.007 0.035 0.077 0.279 0.047 0.514 42 P 0.004 0.007 0.332 0.402 0.059 0.114 0.081 43 Y 0.003 0.005 0.140 0.587 0.100 0.093 0.073 44 F 0.001 0.001 0.047 0.843 0.026 0.030 0.053 45 L 0.001 0.001 0.006 0.950 0.011 0.016 0.015 46 E 0.001 0.001 0.003 0.968 0.005 0.013 0.010 47 A 0.001 0.001 0.002 0.977 0.007 0.008 0.006 48 M 0.001 0.001 0.001 0.984 0.005 0.006 0.004 49 E 0.001 0.001 0.001 0.976 0.003 0.015 0.004 50 S 0.001 0.001 0.003 0.961 0.002 0.028 0.005 51 A 0.001 0.001 0.007 0.941 0.005 0.035 0.011 52 R 0.001 0.001 0.020 0.861 0.007 0.101 0.010 53 I 0.001 0.001 0.022 0.580 0.019 0.359 0.020 54 S 0.001 0.002 0.028 0.335 0.106 0.433 0.095 55 A 0.002 0.005 0.025 0.018 0.217 0.076 0.656 56 P 0.002 0.002 0.082 0.010 0.115 0.706 0.083 57 T 0.007 0.003 0.080 0.004 0.120 0.722 0.066 58 L 0.065 0.009 0.027 0.003 0.294 0.041 0.562 59 A 0.365 0.026 0.008 0.002 0.111 0.027 0.462 60 I 0.792 0.011 0.004 0.001 0.033 0.007 0.153 61 G 0.912 0.004 0.003 0.001 0.012 0.004 0.065 62 V 0.952 0.002 0.002 0.001 0.007 0.002 0.034 63 H 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 64 L 0.961 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.028 65 T 0.949 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.039 66 L 0.819 0.011 0.003 0.003 0.014 0.006 0.145 67 T 0.651 0.016 0.007 0.007 0.057 0.038 0.223 68 L 0.232 0.015 0.019 0.013 0.205 0.313 0.203 69 N 0.071 0.010 0.018 0.007 0.361 0.299 0.233 70 Q 0.116 0.034 0.021 0.011 0.313 0.063 0.441 71 A 0.121 0.092 0.032 0.016 0.127 0.081 0.530 72 K 0.058 0.036 0.042 0.020 0.154 0.119 0.570 73 P 0.027 0.033 0.038 0.021 0.310 0.114 0.456 74 I 0.013 0.022 0.042 0.046 0.337 0.106 0.433 75 L 0.009 0.012 0.160 0.113 0.149 0.183 0.374 76 P 0.014 0.009 0.213 0.107 0.110 0.250 0.298 77 R 0.016 0.025 0.186 0.119 0.163 0.189 0.302 78 E 0.020 0.035 0.085 0.147 0.197 0.082 0.434 79 M 0.020 0.017 0.107 0.159 0.112 0.208 0.376 80 V 0.032 0.025 0.099 0.151 0.104 0.251 0.338 81 P 0.048 0.040 0.102 0.160 0.136 0.182 0.332 82 S 0.061 0.070 0.056 0.147 0.173 0.127 0.366 83 L 0.031 0.023 0.042 0.099 0.159 0.165 0.482 84 V 0.014 0.012 0.049 0.143 0.196 0.435 0.152 85 D 0.011 0.008 0.037 0.139 0.186 0.453 0.165 86 E 0.020 0.014 0.030 0.173 0.284 0.210 0.270 87 A 0.040 0.019 0.029 0.256 0.128 0.147 0.381 88 G 0.073 0.030 0.047 0.384 0.092 0.092 0.281 89 Y 0.062 0.014 0.059 0.548 0.056 0.061 0.199 90 F 0.049 0.007 0.055 0.650 0.051 0.064 0.124 91 W 0.045 0.006 0.049 0.745 0.029 0.049 0.076 92 H 0.055 0.008 0.046 0.733 0.030 0.052 0.076 93 Q 0.050 0.006 0.037 0.750 0.032 0.043 0.083 94 S 0.048 0.004 0.040 0.751 0.043 0.041 0.074 95 I 0.024 0.003 0.055 0.728 0.046 0.082 0.063 96 F 0.017 0.006 0.086 0.611 0.048 0.160 0.072 97 E 0.012 0.004 0.211 0.306 0.071 0.274 0.122 98 E 0.011 0.002 0.221 0.155 0.072 0.424 0.116 99 K 0.014 0.009 0.219 0.087 0.118 0.313 0.239 100 V 0.010 0.044 0.033 0.030 0.387 0.042 0.454 101 N 0.006 0.007 0.004 0.022 0.113 0.013 0.836 102 L 0.001 0.001 0.029 0.916 0.015 0.024 0.015 103 E 0.001 0.001 0.007 0.966 0.008 0.013 0.005 104 E 0.001 0.001 0.005 0.978 0.002 0.009 0.005 105 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 106 Y 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.001 107 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 108 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 109 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 110 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 112 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 113 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 114 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 115 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 116 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 117 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 118 K 0.001 0.001 0.001 0.958 0.001 0.040 0.001 119 S 0.001 0.001 0.002 0.447 0.009 0.540 0.002 120 G 0.001 0.001 0.001 0.018 0.103 0.799 0.078 121 R 0.011 0.016 0.001 0.003 0.169 0.015 0.785 122 R 0.061 0.081 0.002 0.002 0.063 0.006 0.786 123 P 0.072 0.005 0.054 0.013 0.156 0.043 0.657 124 D 0.147 0.005 0.059 0.014 0.490 0.088 0.198 125 H 0.533 0.052 0.082 0.021 0.076 0.065 0.171 126 I 0.545 0.021 0.043 0.025 0.054 0.080 0.232 127 D 0.333 0.018 0.045 0.032 0.145 0.189 0.237 128 S 0.140 0.008 0.073 0.043 0.224 0.301 0.210 129 H 0.116 0.025 0.064 0.081 0.223 0.217 0.274 130 H 0.163 0.030 0.088 0.170 0.188 0.173 0.189 131 N 0.229 0.039 0.072 0.254 0.075 0.142 0.190 132 V 0.234 0.023 0.070 0.344 0.049 0.131 0.149 133 H 0.203 0.023 0.069 0.325 0.066 0.221 0.092 134 G 0.230 0.023 0.064 0.241 0.090 0.256 0.096 135 K 0.140 0.020 0.078 0.186 0.171 0.215 0.189 136 N 0.061 0.008 0.059 0.145 0.215 0.082 0.430 137 K 0.007 0.003 0.228 0.320 0.083 0.251 0.107 138 K 0.005 0.013 0.169 0.407 0.048 0.268 0.090 139 L 0.003 0.005 0.046 0.781 0.030 0.046 0.089 140 L 0.001 0.001 0.002 0.938 0.010 0.007 0.042 141 G 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.002 142 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 143 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 144 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 145 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 146 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 147 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 148 R 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.014 0.001 149 K 0.001 0.001 0.003 0.919 0.002 0.075 0.001 150 Y 0.001 0.001 0.004 0.501 0.021 0.464 0.008 151 Q 0.001 0.002 0.003 0.041 0.067 0.741 0.144 152 L 0.009 0.005 0.002 0.007 0.069 0.011 0.898 153 P 0.154 0.013 0.011 0.013 0.095 0.026 0.688 154 L 0.403 0.023 0.030 0.024 0.065 0.038 0.417 155 R 0.595 0.022 0.020 0.028 0.055 0.024 0.255 156 N 0.555 0.020 0.013 0.028 0.076 0.019 0.289 157 A 0.244 0.013 0.013 0.038 0.129 0.031 0.533 158 S 0.091 0.013 0.026 0.056 0.167 0.102 0.544 159 R 0.045 0.015 0.046 0.087 0.210 0.171 0.425 160 S 0.029 0.016 0.051 0.113 0.227 0.129 0.435 161 I 0.023 0.009 0.067 0.180 0.167 0.178 0.375 162 E 0.020 0.012 0.072 0.192 0.149 0.186 0.369 163 T 0.022 0.015 0.083 0.217 0.158 0.132 0.373 164 K 0.025 0.010 0.093 0.280 0.120 0.170 0.302 165 D 0.033 0.008 0.102 0.316 0.108 0.178 0.256 166 Y 0.037 0.011 0.098 0.364 0.088 0.143 0.258 167 L 0.044 0.012 0.065 0.418 0.076 0.113 0.271 168 E 0.051 0.010 0.044 0.462 0.071 0.090 0.271 169 L 0.054 0.007 0.033 0.513 0.055 0.078 0.260 170 Y 0.059 0.012 0.035 0.561 0.042 0.069 0.223 171 Q 0.066 0.010 0.043 0.587 0.056 0.062 0.178 172 D 0.066 0.007 0.058 0.619 0.049 0.089 0.112 173 V 0.063 0.005 0.066 0.581 0.059 0.131 0.095 174 R 0.074 0.009 0.062 0.513 0.077 0.162 0.104 175 T 0.091 0.012 0.046 0.436 0.100 0.128 0.187 176 P 0.105 0.014 0.049 0.392 0.099 0.131 0.210 177 D 0.091 0.012 0.040 0.379 0.117 0.161 0.200 178 E 0.082 0.012 0.035 0.349 0.131 0.149 0.242 179 M 0.089 0.010 0.047 0.416 0.103 0.128 0.207 180 L 0.116 0.012 0.058 0.478 0.076 0.119 0.142 181 Y 0.140 0.011 0.058 0.514 0.067 0.089 0.121 182 Q 0.171 0.011 0.053 0.510 0.056 0.086 0.112 183 F 0.190 0.012 0.051 0.482 0.057 0.101 0.105 184 Y 0.185 0.012 0.057 0.454 0.067 0.095 0.129 185 D 0.142 0.012 0.074 0.458 0.073 0.111 0.131 186 K 0.112 0.010 0.078 0.439 0.098 0.139 0.124 187 A 0.073 0.011 0.064 0.413 0.117 0.146 0.176 188 I 0.042 0.009 0.053 0.311 0.139 0.200 0.246 189 S 0.031 0.006 0.045 0.300 0.159 0.219 0.240 190 T 0.025 0.008 0.040 0.352 0.165 0.138 0.272 191 E 0.024 0.011 0.042 0.500 0.105 0.075 0.243 192 T 0.016 0.009 0.028 0.623 0.061 0.054 0.210 193 I 0.004 0.002 0.015 0.888 0.024 0.023 0.044 194 L 0.004 0.001 0.009 0.933 0.013 0.015 0.025 195 Q 0.002 0.001 0.007 0.948 0.008 0.016 0.018 196 L 0.002 0.001 0.004 0.952 0.009 0.016 0.015 197 L 0.003 0.001 0.006 0.942 0.010 0.025 0.014 198 D 0.002 0.001 0.008 0.909 0.009 0.056 0.015 199 M 0.002 0.001 0.017 0.863 0.013 0.073 0.031 200 V 0.004 0.003 0.045 0.768 0.027 0.105 0.047 201 V 0.007 0.002 0.072 0.574 0.032 0.261 0.051 202 C 0.007 0.004 0.060 0.383 0.113 0.322 0.111 203 S 0.013 0.012 0.030 0.093 0.297 0.160 0.394 204 E 0.015 0.008 0.031 0.020 0.242 0.173 0.512 205 G 0.024 0.011 0.057 0.012 0.267 0.431 0.198 206 E 0.102 0.007 0.047 0.008 0.260 0.235 0.341 207 V 0.461 0.009 0.009 0.003 0.101 0.018 0.398 208 F 0.859 0.009 0.003 0.002 0.035 0.004 0.087 209 E 0.951 0.006 0.002 0.002 0.004 0.002 0.033 210 I 0.964 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.025 211 N 0.930 0.002 0.001 0.001 0.011 0.004 0.050 212 C 0.802 0.012 0.001 0.002 0.039 0.006 0.137 213 H 0.419 0.016 0.004 0.006 0.098 0.013 0.444 214 P 0.163 0.012 0.072 0.029 0.167 0.235 0.321 215 A 0.092 0.039 0.124 0.051 0.224 0.271 0.199 216 F 0.074 0.032 0.145 0.061 0.218 0.175 0.295 217 I 0.044 0.021 0.059 0.067 0.226 0.120 0.463 218 D 0.025 0.020 0.050 0.106 0.192 0.120 0.488 219 T 0.007 0.005 0.206 0.400 0.099 0.174 0.109 220 I 0.005 0.005 0.227 0.448 0.095 0.139 0.081 221 L 0.005 0.005 0.292 0.444 0.046 0.148 0.060 222 Q 0.007 0.004 0.231 0.465 0.055 0.151 0.086 223 N 0.008 0.007 0.170 0.432 0.073 0.188 0.121 224 Q 0.007 0.008 0.095 0.361 0.178 0.174 0.177 225 S 0.008 0.009 0.057 0.224 0.205 0.145 0.351 226 G 0.005 0.006 0.111 0.306 0.127 0.252 0.194 227 Y 0.005 0.004 0.121 0.421 0.073 0.215 0.162 228 C 0.005 0.004 0.068 0.527 0.093 0.113 0.190 229 M 0.006 0.004 0.020 0.720 0.067 0.065 0.117 230 P 0.008 0.004 0.011 0.773 0.026 0.042 0.135 231 R 0.004 0.003 0.005 0.876 0.013 0.018 0.081 232 I 0.002 0.001 0.002 0.972 0.003 0.007 0.011 233 R 0.002 0.001 0.003 0.977 0.003 0.007 0.007 234 E 0.002 0.001 0.003 0.977 0.002 0.013 0.003 235 V 0.002 0.001 0.004 0.979 0.003 0.008 0.004 236 E 0.001 0.001 0.011 0.970 0.004 0.011 0.003 237 I 0.002 0.001 0.018 0.924 0.005 0.047 0.004 238 L 0.002 0.001 0.038 0.764 0.020 0.160 0.014 239 T 0.003 0.006 0.020 0.570 0.145 0.191 0.066 240 S 0.003 0.001 0.004 0.238 0.167 0.032 0.555 241 Q 0.001 0.001 0.025 0.942 0.004 0.025 0.003 242 E 0.001 0.001 0.019 0.953 0.004 0.021 0.003 243 V 0.001 0.001 0.009 0.982 0.001 0.005 0.002 244 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 245 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 246 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 247 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 248 E 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.015 0.001 249 E 0.001 0.001 0.005 0.850 0.004 0.136 0.003 250 R 0.001 0.001 0.002 0.115 0.008 0.872 0.002 251 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.933 0.029 252 I 0.088 0.009 0.001 0.001 0.029 0.004 0.868 253 L 0.687 0.018 0.001 0.001 0.036 0.002 0.254 254 L 0.852 0.019 0.002 0.001 0.009 0.002 0.115 255 A 0.824 0.007 0.001 0.001 0.027 0.006 0.134 256 N 0.630 0.007 0.001 0.002 0.055 0.004 0.302 257 Y 0.206 0.010 0.185 0.139 0.123 0.105 0.232 258 E 0.097 0.005 0.271 0.144 0.150 0.186 0.147 259 S 0.075 0.008 0.335 0.160 0.134 0.134 0.152 260 L 0.100 0.035 0.087 0.168 0.148 0.107 0.353 261 A 0.084 0.040 0.032 0.078 0.010 0.155 0.602 262 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.994