# TARGET T0325 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0325.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 128 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.604 0.248 0.097 0.038 0.012 0.002 0.001 2 S 0.377 0.279 0.174 0.125 0.039 0.006 0.001 3 N 0.206 0.338 0.205 0.144 0.079 0.025 0.002 4 K 0.029 0.086 0.152 0.290 0.278 0.144 0.022 5 K 0.007 0.056 0.128 0.250 0.330 0.191 0.037 6 L 0.001 0.001 0.003 0.017 0.087 0.453 0.439 7 I 0.003 0.009 0.019 0.071 0.200 0.430 0.266 8 I 0.001 0.001 0.003 0.009 0.040 0.309 0.637 9 N 0.001 0.005 0.015 0.052 0.111 0.347 0.469 10 A 0.001 0.005 0.009 0.033 0.103 0.300 0.549 11 D 0.010 0.040 0.074 0.125 0.180 0.273 0.299 12 D 0.012 0.018 0.034 0.088 0.196 0.400 0.253 13 F 0.019 0.034 0.053 0.107 0.214 0.353 0.221 14 G 0.045 0.078 0.120 0.188 0.198 0.248 0.124 15 Y 0.044 0.068 0.100 0.157 0.237 0.291 0.103 16 T 0.028 0.077 0.112 0.222 0.294 0.205 0.061 17 P 0.053 0.191 0.283 0.245 0.146 0.066 0.017 18 A 0.033 0.112 0.179 0.269 0.238 0.127 0.041 19 V 0.004 0.014 0.032 0.087 0.218 0.419 0.225 20 T 0.003 0.018 0.049 0.139 0.305 0.371 0.116 21 Q 0.014 0.070 0.158 0.267 0.268 0.182 0.042 22 G 0.003 0.009 0.020 0.081 0.218 0.455 0.214 23 I 0.001 0.002 0.003 0.012 0.059 0.405 0.520 24 I 0.006 0.032 0.093 0.257 0.300 0.256 0.056 25 E 0.010 0.051 0.140 0.308 0.329 0.150 0.011 26 A 0.006 0.016 0.027 0.080 0.297 0.487 0.088 27 H 0.009 0.031 0.096 0.254 0.329 0.244 0.037 28 K 0.094 0.362 0.296 0.173 0.058 0.016 0.002 29 R 0.061 0.217 0.301 0.284 0.109 0.023 0.004 30 G 0.037 0.127 0.172 0.244 0.252 0.139 0.029 31 V 0.014 0.085 0.166 0.255 0.304 0.148 0.028 32 V 0.008 0.015 0.031 0.094 0.240 0.412 0.199 33 T 0.016 0.071 0.129 0.232 0.268 0.202 0.082 34 S 0.013 0.031 0.051 0.089 0.152 0.339 0.325 35 T 0.005 0.015 0.029 0.085 0.179 0.349 0.338 36 T 0.007 0.018 0.036 0.087 0.176 0.303 0.373 37 A 0.007 0.013 0.021 0.046 0.106 0.287 0.520 38 L 0.009 0.016 0.027 0.060 0.113 0.289 0.487 39 P 0.006 0.012 0.022 0.050 0.097 0.294 0.520 40 T 0.007 0.018 0.026 0.067 0.145 0.343 0.393 41 S 0.004 0.019 0.046 0.124 0.281 0.350 0.177 42 P 0.007 0.040 0.095 0.207 0.271 0.270 0.111 43 Y 0.002 0.011 0.027 0.089 0.206 0.415 0.251 44 F 0.001 0.002 0.005 0.024 0.141 0.514 0.312 45 L 0.004 0.045 0.167 0.322 0.261 0.171 0.029 46 E 0.002 0.039 0.175 0.344 0.251 0.153 0.037 47 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.076 0.544 0.371 48 M 0.001 0.002 0.013 0.098 0.336 0.486 0.064 49 E 0.006 0.185 0.386 0.295 0.100 0.026 0.002 50 S 0.002 0.016 0.086 0.340 0.398 0.148 0.010 51 A 0.001 0.003 0.008 0.056 0.365 0.522 0.045 52 R 0.013 0.136 0.318 0.372 0.133 0.025 0.003 53 I 0.210 0.522 0.185 0.064 0.015 0.003 0.001 54 S 0.072 0.268 0.321 0.240 0.083 0.014 0.001 55 A 0.104 0.239 0.256 0.244 0.129 0.027 0.001 56 P 0.214 0.338 0.237 0.143 0.054 0.014 0.001 57 T 0.133 0.290 0.257 0.206 0.092 0.021 0.002 58 L 0.006 0.027 0.072 0.202 0.381 0.272 0.041 59 A 0.005 0.033 0.081 0.196 0.355 0.267 0.063 60 I 0.001 0.001 0.003 0.015 0.056 0.309 0.616 61 G 0.001 0.001 0.005 0.024 0.084 0.300 0.586 62 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 0.169 0.798 63 H 0.001 0.002 0.005 0.018 0.053 0.208 0.714 64 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.032 0.251 0.707 65 T 0.001 0.004 0.013 0.040 0.127 0.339 0.477 66 L 0.001 0.003 0.010 0.031 0.102 0.388 0.464 67 T 0.006 0.023 0.051 0.119 0.262 0.401 0.138 68 L 0.020 0.056 0.114 0.249 0.276 0.221 0.064 69 N 0.070 0.176 0.206 0.193 0.185 0.143 0.027 70 Q 0.055 0.132 0.202 0.279 0.209 0.106 0.016 71 A 0.122 0.158 0.191 0.212 0.188 0.112 0.017 72 K 0.070 0.113 0.162 0.239 0.231 0.162 0.023 73 P 0.080 0.098 0.119 0.200 0.273 0.201 0.028 74 I 0.184 0.285 0.243 0.169 0.081 0.031 0.007 75 L 0.227 0.196 0.194 0.195 0.123 0.055 0.010 76 P 0.325 0.297 0.184 0.117 0.053 0.020 0.004 77 R 0.234 0.261 0.206 0.154 0.093 0.044 0.008 78 E 0.077 0.113 0.170 0.238 0.230 0.149 0.024 79 M 0.126 0.139 0.158 0.205 0.199 0.147 0.025 80 V 0.211 0.242 0.201 0.166 0.108 0.058 0.013 81 P 0.096 0.122 0.161 0.224 0.218 0.149 0.029 82 S 0.107 0.152 0.181 0.234 0.205 0.103 0.017 83 L 0.243 0.260 0.213 0.160 0.083 0.035 0.007 84 V 0.357 0.252 0.167 0.128 0.066 0.026 0.005 85 D 0.390 0.283 0.156 0.094 0.049 0.022 0.005 86 E 0.186 0.178 0.183 0.203 0.154 0.080 0.016 87 A 0.201 0.226 0.205 0.187 0.115 0.055 0.011 88 G 0.097 0.093 0.114 0.185 0.240 0.215 0.056 89 Y 0.115 0.148 0.171 0.209 0.193 0.132 0.033 90 F 0.146 0.166 0.172 0.192 0.168 0.124 0.032 91 W 0.102 0.121 0.137 0.190 0.207 0.186 0.057 92 H 0.126 0.117 0.125 0.175 0.203 0.195 0.058 93 Q 0.151 0.154 0.148 0.174 0.169 0.155 0.048 94 S 0.176 0.174 0.160 0.181 0.160 0.119 0.029 95 I 0.131 0.126 0.133 0.187 0.209 0.169 0.044 96 F 0.202 0.175 0.156 0.173 0.159 0.109 0.026 97 E 0.247 0.201 0.171 0.175 0.123 0.069 0.014 98 E 0.270 0.263 0.173 0.144 0.090 0.052 0.009 99 K 0.300 0.240 0.160 0.135 0.095 0.060 0.009 100 V 0.107 0.134 0.167 0.220 0.237 0.121 0.016 101 N 0.138 0.266 0.254 0.212 0.099 0.029 0.002 102 L 0.064 0.206 0.286 0.269 0.138 0.034 0.002 103 E 0.370 0.428 0.148 0.042 0.010 0.002 0.001 104 E 0.029 0.130 0.279 0.317 0.192 0.047 0.006 105 V 0.002 0.008 0.027 0.117 0.370 0.437 0.039 106 Y 0.006 0.084 0.227 0.359 0.248 0.071 0.004 107 N 0.030 0.257 0.362 0.235 0.086 0.027 0.002 108 E 0.001 0.005 0.025 0.145 0.376 0.400 0.048 109 W 0.001 0.001 0.002 0.016 0.148 0.644 0.189 110 D 0.005 0.083 0.312 0.388 0.164 0.044 0.004 111 A 0.009 0.104 0.275 0.365 0.195 0.049 0.004 112 Q 0.001 0.002 0.003 0.023 0.157 0.625 0.190 113 I 0.001 0.006 0.032 0.184 0.421 0.330 0.026 114 I 0.025 0.336 0.358 0.209 0.059 0.012 0.001 115 S 0.010 0.054 0.184 0.409 0.277 0.061 0.005 116 F 0.006 0.019 0.037 0.126 0.408 0.375 0.030 117 M 0.045 0.214 0.323 0.297 0.103 0.018 0.001 118 K 0.308 0.458 0.156 0.060 0.015 0.003 0.001 119 S 0.094 0.219 0.305 0.250 0.109 0.023 0.002 120 G 0.179 0.261 0.230 0.195 0.106 0.027 0.001 121 R 0.118 0.218 0.232 0.232 0.151 0.045 0.004 122 R 0.120 0.236 0.227 0.234 0.129 0.048 0.006 123 P 0.018 0.036 0.069 0.159 0.304 0.329 0.086 124 D 0.008 0.027 0.067 0.161 0.269 0.300 0.168 125 H 0.004 0.009 0.019 0.056 0.155 0.389 0.369 126 I 0.002 0.003 0.005 0.017 0.060 0.276 0.638 127 D 0.002 0.006 0.012 0.035 0.078 0.267 0.599 128 S 0.002 0.005 0.011 0.028 0.065 0.255 0.634 129 H 0.001 0.003 0.008 0.025 0.087 0.319 0.556 130 H 0.003 0.009 0.020 0.057 0.141 0.340 0.429 131 N 0.003 0.013 0.032 0.089 0.189 0.342 0.331 132 V 0.003 0.006 0.013 0.038 0.123 0.387 0.429 133 H 0.014 0.050 0.087 0.179 0.242 0.267 0.160 134 G 0.037 0.082 0.134 0.198 0.223 0.216 0.111 135 K 0.023 0.047 0.068 0.136 0.241 0.340 0.145 136 N 0.018 0.067 0.125 0.248 0.290 0.202 0.050 137 K 0.055 0.205 0.257 0.229 0.156 0.076 0.022 138 K 0.021 0.097 0.217 0.305 0.223 0.103 0.033 139 L 0.002 0.008 0.018 0.062 0.232 0.529 0.150 140 L 0.001 0.020 0.076 0.219 0.367 0.272 0.044 141 G 0.020 0.188 0.334 0.287 0.120 0.047 0.005 142 V 0.002 0.016 0.063 0.227 0.394 0.262 0.036 143 A 0.001 0.002 0.002 0.010 0.084 0.598 0.304 144 L 0.002 0.025 0.128 0.388 0.326 0.123 0.007 145 A 0.012 0.202 0.365 0.283 0.114 0.023 0.001 146 L 0.001 0.006 0.030 0.183 0.450 0.317 0.014 147 A 0.002 0.009 0.033 0.165 0.440 0.332 0.019 148 R 0.122 0.450 0.279 0.116 0.026 0.006 0.001 149 K 0.288 0.462 0.166 0.065 0.015 0.003 0.001 150 Y 0.037 0.133 0.307 0.333 0.156 0.032 0.002 151 Q 0.286 0.371 0.206 0.093 0.035 0.008 0.001 152 L 0.097 0.119 0.172 0.293 0.230 0.081 0.009 153 P 0.234 0.269 0.208 0.161 0.090 0.034 0.004 154 L 0.077 0.099 0.149 0.222 0.253 0.170 0.029 155 R 0.088 0.110 0.136 0.201 0.231 0.191 0.043 156 N 0.097 0.129 0.160 0.214 0.208 0.155 0.036 157 A 0.113 0.139 0.151 0.202 0.210 0.151 0.035 158 S 0.172 0.208 0.186 0.179 0.140 0.094 0.021 159 R 0.207 0.183 0.174 0.193 0.145 0.082 0.015 160 S 0.311 0.222 0.160 0.139 0.101 0.057 0.010 161 I 0.318 0.208 0.166 0.144 0.101 0.055 0.009 162 E 0.322 0.220 0.163 0.144 0.095 0.049 0.009 163 T 0.300 0.204 0.164 0.149 0.107 0.064 0.012 164 K 0.271 0.203 0.170 0.162 0.118 0.065 0.012 165 D 0.266 0.194 0.166 0.161 0.124 0.075 0.014 166 Y 0.244 0.186 0.161 0.173 0.135 0.083 0.017 167 L 0.228 0.168 0.150 0.171 0.156 0.106 0.022 168 E 0.227 0.197 0.172 0.174 0.132 0.080 0.019 169 L 0.232 0.195 0.175 0.175 0.130 0.075 0.017 170 Y 0.183 0.161 0.154 0.183 0.175 0.116 0.028 171 Q 0.158 0.153 0.171 0.203 0.175 0.112 0.028 172 D 0.247 0.203 0.169 0.159 0.118 0.080 0.024 173 V 0.233 0.195 0.164 0.155 0.125 0.094 0.034 174 R 0.145 0.124 0.124 0.171 0.193 0.172 0.071 175 T 0.129 0.114 0.129 0.170 0.191 0.182 0.084 176 P 0.149 0.120 0.130 0.171 0.179 0.170 0.081 177 D 0.169 0.135 0.124 0.154 0.166 0.165 0.087 178 E 0.151 0.113 0.110 0.142 0.163 0.195 0.125 179 M 0.114 0.091 0.100 0.143 0.178 0.218 0.156 180 L 0.097 0.083 0.091 0.131 0.173 0.241 0.185 181 Y 0.074 0.058 0.065 0.102 0.162 0.288 0.250 182 Q 0.098 0.081 0.087 0.125 0.173 0.254 0.182 183 F 0.098 0.091 0.100 0.139 0.174 0.236 0.163 184 Y 0.092 0.069 0.075 0.119 0.184 0.280 0.181 185 D 0.115 0.092 0.092 0.130 0.179 0.251 0.142 186 K 0.138 0.129 0.128 0.159 0.165 0.184 0.097 187 A 0.148 0.120 0.115 0.154 0.185 0.191 0.086 188 I 0.136 0.124 0.121 0.152 0.175 0.194 0.097 189 S 0.180 0.159 0.135 0.156 0.156 0.149 0.064 190 T 0.231 0.200 0.155 0.142 0.120 0.106 0.045 191 E 0.174 0.143 0.131 0.153 0.164 0.168 0.067 192 T 0.091 0.125 0.134 0.177 0.207 0.194 0.072 193 I 0.075 0.105 0.144 0.197 0.217 0.202 0.060 194 L 0.203 0.234 0.179 0.151 0.114 0.094 0.025 195 Q 0.095 0.172 0.205 0.210 0.172 0.117 0.030 196 L 0.025 0.036 0.065 0.158 0.301 0.342 0.071 197 L 0.057 0.107 0.174 0.252 0.234 0.151 0.025 198 D 0.205 0.311 0.203 0.142 0.082 0.047 0.010 199 M 0.082 0.140 0.180 0.234 0.218 0.125 0.021 200 V 0.040 0.055 0.105 0.221 0.285 0.245 0.049 201 V 0.227 0.249 0.181 0.157 0.113 0.061 0.012 202 C 0.211 0.260 0.206 0.184 0.097 0.036 0.005 203 S 0.170 0.199 0.195 0.222 0.151 0.057 0.006 204 E 0.301 0.313 0.194 0.120 0.058 0.014 0.001 205 G 0.145 0.316 0.275 0.187 0.064 0.012 0.001 206 E 0.026 0.154 0.232 0.313 0.213 0.060 0.003 207 V 0.001 0.007 0.029 0.129 0.369 0.412 0.054 208 F 0.001 0.001 0.002 0.014 0.095 0.487 0.401 209 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.186 0.790 210 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.066 0.930 211 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.096 0.895 212 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.132 0.855 213 H 0.001 0.001 0.001 0.007 0.037 0.205 0.750 214 P 0.001 0.002 0.006 0.018 0.060 0.273 0.640 215 A 0.003 0.009 0.017 0.051 0.140 0.413 0.366 216 F 0.008 0.030 0.069 0.174 0.290 0.300 0.130 217 I 0.026 0.060 0.107 0.171 0.254 0.269 0.114 218 D 0.078 0.155 0.174 0.232 0.183 0.128 0.049 219 T 0.256 0.274 0.203 0.136 0.078 0.040 0.013 220 I 0.237 0.241 0.199 0.155 0.097 0.056 0.015 221 L 0.135 0.136 0.160 0.205 0.203 0.135 0.026 222 Q 0.275 0.235 0.187 0.146 0.100 0.049 0.010 223 N 0.502 0.252 0.120 0.072 0.034 0.016 0.004 224 Q 0.301 0.211 0.179 0.151 0.097 0.049 0.013 225 S 0.478 0.221 0.120 0.089 0.057 0.029 0.006 226 G 0.372 0.203 0.140 0.125 0.090 0.052 0.017 227 Y 0.350 0.167 0.128 0.146 0.114 0.073 0.021 228 C 0.311 0.193 0.134 0.137 0.116 0.085 0.024 229 M 0.346 0.211 0.152 0.133 0.091 0.051 0.017 230 P 0.255 0.249 0.185 0.148 0.094 0.054 0.015 231 R 0.065 0.089 0.124 0.201 0.263 0.218 0.041 232 I 0.139 0.195 0.205 0.192 0.143 0.102 0.023 233 R 0.168 0.269 0.246 0.178 0.091 0.038 0.010 234 E 0.037 0.057 0.082 0.169 0.325 0.280 0.050 235 V 0.029 0.047 0.091 0.221 0.312 0.250 0.050 236 E 0.121 0.263 0.247 0.204 0.103 0.055 0.007 237 I 0.063 0.099 0.136 0.236 0.291 0.166 0.009 238 L 0.009 0.020 0.043 0.112 0.316 0.457 0.044 239 T 0.048 0.180 0.238 0.315 0.175 0.042 0.002 240 S 0.077 0.300 0.413 0.170 0.034 0.006 0.001 241 Q 0.719 0.246 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 242 E 0.152 0.455 0.279 0.094 0.017 0.002 0.001 243 V 0.008 0.018 0.062 0.259 0.497 0.153 0.003 244 K 0.018 0.217 0.388 0.307 0.067 0.003 0.001 245 E 0.184 0.656 0.134 0.022 0.003 0.001 0.001 246 A 0.004 0.046 0.275 0.503 0.159 0.014 0.001 247 I 0.011 0.027 0.064 0.289 0.481 0.126 0.002 248 E 0.216 0.506 0.215 0.056 0.007 0.001 0.001 249 E 0.517 0.390 0.075 0.015 0.003 0.001 0.001 250 R 0.042 0.205 0.384 0.281 0.077 0.010 0.001 251 G 0.201 0.434 0.225 0.099 0.035 0.007 0.001 252 I 0.027 0.033 0.083 0.258 0.383 0.201 0.016 253 L 0.064 0.184 0.253 0.281 0.166 0.050 0.002 254 L 0.021 0.041 0.105 0.220 0.337 0.255 0.021 255 A 0.021 0.048 0.088 0.203 0.320 0.277 0.044 256 N 0.071 0.173 0.258 0.274 0.156 0.061 0.007 257 Y 0.041 0.047 0.100 0.217 0.344 0.218 0.034 258 E 0.334 0.352 0.181 0.095 0.029 0.008 0.001 259 S 0.373 0.281 0.176 0.108 0.047 0.014 0.001 260 L 0.222 0.151 0.176 0.208 0.166 0.073 0.005 261 A 0.539 0.238 0.114 0.073 0.029 0.007 0.001 262 M 0.565 0.203 0.111 0.069 0.039 0.013 0.001