# TARGET T0325 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0325.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 107.445 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.003 0.013 0.013 0.017 0.100 0.040 0.743 2 S 0.055 0.004 0.020 0.012 0.027 0.167 0.043 0.671 3 N 0.010 0.002 0.033 0.008 0.027 0.190 0.042 0.688 4 K 0.002 0.001 0.268 0.053 0.096 0.156 0.079 0.345 5 K 0.001 0.001 0.611 0.060 0.086 0.027 0.120 0.097 6 L 0.001 0.001 0.809 0.052 0.045 0.009 0.052 0.033 7 I 0.001 0.001 0.880 0.035 0.035 0.006 0.021 0.022 8 I 0.001 0.001 0.901 0.027 0.024 0.011 0.014 0.021 9 N 0.028 0.006 0.668 0.023 0.038 0.074 0.069 0.094 10 A 0.023 0.006 0.267 0.017 0.038 0.194 0.145 0.311 11 D 0.114 0.007 0.079 0.011 0.022 0.225 0.065 0.477 12 D 0.093 0.005 0.088 0.020 0.043 0.134 0.301 0.316 13 F 0.017 0.008 0.057 0.012 0.027 0.208 0.067 0.605 14 G 0.006 0.012 0.068 0.033 0.080 0.206 0.042 0.552 15 Y 0.017 0.017 0.021 0.007 0.008 0.124 0.028 0.777 16 T 0.234 0.102 0.003 0.002 0.002 0.011 0.631 0.016 17 P 0.071 0.531 0.011 0.002 0.003 0.063 0.130 0.189 18 A 0.027 0.541 0.013 0.003 0.008 0.074 0.074 0.261 19 V 0.013 0.899 0.005 0.002 0.002 0.009 0.037 0.033 20 T 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.009 21 Q 0.002 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.008 22 G 0.004 0.942 0.005 0.003 0.004 0.003 0.031 0.006 23 I 0.007 0.907 0.009 0.001 0.001 0.002 0.068 0.004 24 I 0.007 0.942 0.009 0.002 0.002 0.002 0.029 0.008 25 E 0.014 0.759 0.077 0.012 0.010 0.009 0.062 0.058 26 A 0.084 0.114 0.199 0.014 0.014 0.054 0.399 0.121 27 H 0.805 0.013 0.031 0.004 0.002 0.017 0.074 0.053 28 K 0.169 0.004 0.002 0.001 0.001 0.022 0.010 0.792 29 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.073 0.005 0.912 30 G 0.004 0.004 0.109 0.031 0.101 0.206 0.111 0.433 31 V 0.013 0.004 0.141 0.156 0.091 0.093 0.144 0.358 32 V 0.009 0.003 0.330 0.077 0.058 0.065 0.094 0.365 33 T 0.022 0.011 0.249 0.079 0.102 0.089 0.169 0.278 34 S 0.028 0.010 0.300 0.040 0.072 0.100 0.087 0.364 35 T 0.042 0.009 0.253 0.055 0.091 0.087 0.094 0.368 36 T 0.016 0.008 0.208 0.063 0.118 0.074 0.240 0.274 37 A 0.018 0.011 0.156 0.068 0.140 0.104 0.081 0.421 38 L 0.066 0.012 0.120 0.111 0.108 0.127 0.099 0.355 39 P 0.017 0.024 0.035 0.025 0.032 0.141 0.049 0.677 40 T 0.060 0.211 0.017 0.005 0.012 0.082 0.067 0.547 41 S 0.144 0.576 0.012 0.005 0.003 0.034 0.100 0.126 42 P 0.040 0.751 0.012 0.004 0.002 0.025 0.060 0.106 43 Y 0.023 0.934 0.002 0.001 0.001 0.004 0.011 0.024 44 F 0.019 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 45 L 0.013 0.929 0.002 0.001 0.001 0.003 0.033 0.019 46 E 0.006 0.524 0.006 0.001 0.001 0.006 0.426 0.031 47 A 0.012 0.870 0.004 0.001 0.001 0.003 0.103 0.008 48 M 0.030 0.918 0.006 0.001 0.001 0.003 0.030 0.012 49 E 0.042 0.774 0.010 0.001 0.001 0.011 0.044 0.117 50 S 0.036 0.165 0.036 0.001 0.001 0.033 0.565 0.161 51 A 0.134 0.356 0.036 0.004 0.002 0.045 0.246 0.177 52 R 0.514 0.051 0.019 0.002 0.003 0.055 0.055 0.301 53 I 0.015 0.009 0.013 0.002 0.001 0.086 0.053 0.821 54 S 0.040 0.022 0.015 0.001 0.003 0.084 0.048 0.788 55 A 0.259 0.036 0.019 0.003 0.002 0.086 0.080 0.516 56 P 0.047 0.039 0.037 0.006 0.009 0.175 0.065 0.621 57 T 0.019 0.027 0.079 0.005 0.013 0.115 0.056 0.686 58 L 0.063 0.047 0.124 0.036 0.039 0.216 0.085 0.390 59 A 0.029 0.034 0.224 0.025 0.034 0.086 0.161 0.406 60 I 0.012 0.037 0.472 0.041 0.103 0.097 0.070 0.166 61 G 0.004 0.010 0.602 0.026 0.083 0.034 0.093 0.148 62 V 0.009 0.009 0.463 0.208 0.120 0.039 0.063 0.091 63 H 0.009 0.006 0.561 0.064 0.130 0.042 0.094 0.094 64 L 0.012 0.018 0.278 0.094 0.212 0.091 0.088 0.207 65 T 0.013 0.011 0.431 0.109 0.154 0.054 0.061 0.166 66 L 0.019 0.012 0.227 0.113 0.140 0.099 0.122 0.267 67 T 0.064 0.020 0.229 0.076 0.112 0.090 0.170 0.241 68 L 0.479 0.017 0.041 0.019 0.027 0.083 0.056 0.278 69 N 0.103 0.007 0.018 0.008 0.013 0.109 0.048 0.693 70 Q 0.012 0.004 0.016 0.008 0.022 0.128 0.023 0.786 71 A 0.048 0.005 0.024 0.020 0.051 0.127 0.037 0.688 72 K 0.079 0.006 0.030 0.078 0.056 0.130 0.046 0.574 73 P 0.017 0.013 0.041 0.025 0.048 0.109 0.024 0.723 74 I 0.015 0.012 0.022 0.018 0.027 0.099 0.015 0.791 75 L 0.093 0.035 0.087 0.044 0.020 0.109 0.074 0.538 76 P 0.519 0.153 0.010 0.007 0.007 0.032 0.071 0.201 77 R 0.551 0.055 0.012 0.003 0.005 0.043 0.049 0.283 78 E 0.018 0.024 0.023 0.013 0.017 0.125 0.048 0.732 79 M 0.011 0.019 0.009 0.004 0.010 0.091 0.023 0.832 80 V 0.256 0.081 0.015 0.014 0.016 0.154 0.047 0.417 81 P 0.094 0.122 0.031 0.016 0.029 0.118 0.063 0.526 82 S 0.103 0.182 0.043 0.012 0.029 0.090 0.047 0.494 83 L 0.022 0.057 0.166 0.055 0.063 0.128 0.107 0.403 84 V 0.037 0.035 0.167 0.036 0.032 0.101 0.060 0.531 85 D 0.854 0.030 0.015 0.004 0.004 0.015 0.028 0.051 86 E 0.101 0.027 0.016 0.006 0.009 0.088 0.023 0.729 87 A 0.015 0.016 0.017 0.004 0.019 0.081 0.008 0.839 88 G 0.029 0.030 0.049 0.042 0.062 0.116 0.064 0.609 89 Y 0.042 0.044 0.046 0.098 0.059 0.144 0.037 0.531 90 F 0.109 0.033 0.066 0.036 0.047 0.084 0.121 0.505 91 W 0.103 0.086 0.020 0.029 0.031 0.102 0.101 0.528 92 H 0.153 0.155 0.019 0.009 0.016 0.060 0.064 0.523 93 Q 0.071 0.228 0.014 0.014 0.017 0.079 0.052 0.525 94 S 0.063 0.285 0.029 0.017 0.026 0.082 0.071 0.428 95 I 0.112 0.258 0.033 0.025 0.032 0.097 0.082 0.361 96 F 0.299 0.158 0.019 0.013 0.018 0.068 0.068 0.356 97 E 0.100 0.065 0.019 0.014 0.016 0.069 0.261 0.456 98 E 0.046 0.234 0.011 0.006 0.010 0.071 0.078 0.544 99 K 0.046 0.197 0.015 0.007 0.011 0.113 0.025 0.586 100 V 0.012 0.165 0.015 0.008 0.004 0.102 0.032 0.661 101 N 0.028 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.015 102 L 0.045 0.925 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.012 103 E 0.008 0.525 0.005 0.002 0.001 0.009 0.405 0.046 104 E 0.009 0.886 0.002 0.001 0.001 0.006 0.072 0.023 105 V 0.011 0.902 0.001 0.001 0.001 0.006 0.064 0.016 106 Y 0.004 0.946 0.004 0.001 0.001 0.003 0.024 0.017 107 N 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.017 108 E 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.004 109 W 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 110 D 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.004 111 A 0.001 0.562 0.004 0.001 0.001 0.002 0.424 0.005 112 Q 0.001 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.075 0.001 113 I 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 114 I 0.005 0.962 0.012 0.001 0.001 0.002 0.008 0.009 115 S 0.048 0.301 0.055 0.010 0.006 0.020 0.491 0.068 116 F 0.209 0.057 0.094 0.005 0.003 0.028 0.546 0.059 117 M 0.818 0.005 0.007 0.001 0.001 0.017 0.019 0.132 118 K 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.005 0.920 119 S 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.055 0.003 0.936 120 G 0.005 0.001 0.022 0.007 0.011 0.240 0.018 0.697 121 R 0.019 0.002 0.019 0.014 0.008 0.159 0.023 0.756 122 R 0.169 0.018 0.042 0.013 0.010 0.131 0.071 0.546 123 P 0.077 0.027 0.069 0.009 0.014 0.113 0.075 0.616 124 D 0.037 0.031 0.277 0.018 0.027 0.106 0.098 0.406 125 H 0.030 0.071 0.196 0.020 0.035 0.104 0.134 0.411 126 I 0.063 0.078 0.190 0.030 0.039 0.144 0.066 0.391 127 D 0.109 0.114 0.110 0.031 0.047 0.101 0.250 0.239 128 S 0.052 0.289 0.068 0.014 0.041 0.106 0.116 0.314 129 H 0.054 0.235 0.075 0.024 0.052 0.111 0.101 0.349 130 H 0.030 0.117 0.134 0.091 0.086 0.092 0.169 0.282 131 N 0.137 0.201 0.076 0.038 0.069 0.095 0.110 0.274 132 V 0.186 0.077 0.053 0.032 0.045 0.064 0.300 0.243 133 H 0.096 0.081 0.033 0.029 0.046 0.099 0.117 0.500 134 G 0.021 0.043 0.017 0.017 0.027 0.095 0.048 0.733 135 K 0.036 0.149 0.018 0.018 0.019 0.088 0.044 0.629 136 N 0.236 0.412 0.008 0.008 0.011 0.036 0.119 0.170 137 K 0.033 0.350 0.020 0.010 0.009 0.067 0.135 0.376 138 K 0.013 0.707 0.013 0.010 0.015 0.034 0.061 0.146 139 L 0.012 0.906 0.005 0.002 0.003 0.009 0.024 0.039 140 L 0.003 0.948 0.002 0.002 0.003 0.004 0.027 0.011 141 G 0.002 0.931 0.006 0.001 0.002 0.002 0.046 0.009 142 V 0.001 0.977 0.002 0.002 0.002 0.001 0.013 0.003 143 A 0.002 0.976 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 144 L 0.007 0.910 0.012 0.005 0.002 0.002 0.054 0.007 145 A 0.008 0.888 0.039 0.006 0.004 0.004 0.030 0.022 146 L 0.099 0.721 0.033 0.006 0.007 0.013 0.057 0.063 147 A 0.232 0.061 0.205 0.023 0.010 0.035 0.287 0.147 148 R 0.500 0.029 0.005 0.006 0.005 0.023 0.024 0.408 149 K 0.048 0.002 0.003 0.001 0.001 0.029 0.009 0.907 150 Y 0.004 0.004 0.013 0.010 0.013 0.175 0.011 0.769 151 Q 0.016 0.005 0.007 0.003 0.009 0.065 0.012 0.883 152 L 0.079 0.015 0.026 0.031 0.014 0.112 0.060 0.663 153 P 0.085 0.052 0.158 0.052 0.076 0.101 0.098 0.377 154 L 0.054 0.019 0.080 0.029 0.057 0.077 0.090 0.593 155 R 0.021 0.012 0.238 0.071 0.072 0.092 0.066 0.428 156 N 0.071 0.019 0.095 0.041 0.056 0.084 0.090 0.544 157 A 0.057 0.024 0.044 0.031 0.042 0.123 0.065 0.615 158 S 0.059 0.027 0.041 0.019 0.032 0.106 0.045 0.672 159 R 0.047 0.023 0.030 0.031 0.039 0.109 0.097 0.624 160 S 0.067 0.058 0.027 0.022 0.028 0.107 0.086 0.605 161 I 0.080 0.069 0.026 0.029 0.029 0.120 0.066 0.580 162 E 0.066 0.132 0.015 0.013 0.015 0.099 0.038 0.623 163 T 0.164 0.403 0.008 0.006 0.009 0.048 0.047 0.315 164 K 0.090 0.433 0.013 0.008 0.010 0.065 0.043 0.337 165 D 0.070 0.585 0.012 0.008 0.010 0.041 0.059 0.214 166 Y 0.114 0.501 0.025 0.012 0.012 0.044 0.077 0.215 167 L 0.147 0.344 0.033 0.017 0.022 0.062 0.101 0.274 168 E 0.093 0.085 0.075 0.019 0.021 0.085 0.142 0.480 169 L 0.247 0.050 0.026 0.012 0.016 0.094 0.068 0.486 170 Y 0.218 0.016 0.016 0.006 0.009 0.076 0.046 0.612 171 Q 0.020 0.004 0.017 0.008 0.018 0.128 0.025 0.780 172 D 0.019 0.007 0.031 0.010 0.027 0.122 0.060 0.723 173 V 0.017 0.011 0.035 0.030 0.030 0.190 0.034 0.653 174 R 0.023 0.019 0.057 0.018 0.024 0.156 0.026 0.678 175 T 0.118 0.209 0.030 0.017 0.018 0.095 0.081 0.433 176 P 0.151 0.497 0.021 0.006 0.009 0.054 0.039 0.222 177 D 0.099 0.420 0.050 0.018 0.026 0.058 0.090 0.239 178 E 0.093 0.382 0.034 0.028 0.045 0.078 0.064 0.276 179 M 0.157 0.158 0.056 0.039 0.072 0.088 0.124 0.306 180 L 0.061 0.107 0.036 0.064 0.116 0.122 0.085 0.409 181 Y 0.045 0.068 0.045 0.047 0.110 0.086 0.079 0.521 182 Q 0.048 0.074 0.042 0.080 0.100 0.143 0.043 0.471 183 F 0.046 0.055 0.078 0.075 0.125 0.113 0.083 0.425 184 Y 0.125 0.065 0.026 0.032 0.049 0.097 0.081 0.524 185 D 0.216 0.067 0.020 0.018 0.023 0.080 0.183 0.393 186 K 0.026 0.063 0.014 0.013 0.020 0.101 0.248 0.516 187 A 0.031 0.159 0.013 0.007 0.016 0.138 0.042 0.594 188 I 0.016 0.059 0.011 0.013 0.012 0.082 0.403 0.404 189 S 0.015 0.827 0.002 0.002 0.002 0.012 0.099 0.042 190 T 0.014 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.011 191 E 0.005 0.921 0.004 0.003 0.001 0.006 0.035 0.026 192 T 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.004 193 I 0.043 0.889 0.003 0.001 0.001 0.002 0.057 0.006 194 L 0.024 0.769 0.017 0.002 0.001 0.007 0.149 0.030 195 Q 0.019 0.817 0.009 0.001 0.001 0.011 0.039 0.104 196 L 0.051 0.803 0.018 0.001 0.001 0.014 0.045 0.067 197 L 0.103 0.578 0.058 0.003 0.002 0.023 0.113 0.119 198 D 0.142 0.274 0.015 0.002 0.002 0.041 0.058 0.465 199 M 0.193 0.115 0.058 0.005 0.006 0.073 0.114 0.436 200 V 0.145 0.035 0.041 0.012 0.009 0.109 0.125 0.525 201 V 0.023 0.007 0.022 0.005 0.007 0.088 0.036 0.812 202 C 0.038 0.003 0.018 0.002 0.003 0.089 0.022 0.825 203 S 0.594 0.009 0.010 0.003 0.002 0.053 0.034 0.295 204 E 0.099 0.011 0.006 0.002 0.005 0.092 0.014 0.772 205 G 0.006 0.006 0.027 0.004 0.023 0.138 0.017 0.779 206 E 0.012 0.029 0.140 0.106 0.197 0.099 0.094 0.323 207 V 0.006 0.015 0.127 0.160 0.185 0.059 0.126 0.322 208 F 0.003 0.008 0.249 0.248 0.286 0.023 0.081 0.102 209 E 0.008 0.006 0.188 0.258 0.365 0.020 0.073 0.081 210 I 0.013 0.007 0.253 0.245 0.253 0.035 0.042 0.153 211 N 0.005 0.011 0.226 0.160 0.353 0.040 0.038 0.167 212 C 0.016 0.019 0.135 0.128 0.198 0.085 0.056 0.362 213 H 0.139 0.078 0.073 0.120 0.119 0.092 0.128 0.251 214 P 0.122 0.074 0.041 0.031 0.049 0.101 0.079 0.504 215 A 0.039 0.065 0.055 0.027 0.042 0.130 0.116 0.526 216 F 0.047 0.186 0.035 0.020 0.025 0.099 0.085 0.503 217 I 0.085 0.432 0.029 0.014 0.017 0.062 0.062 0.299 218 D 0.112 0.534 0.020 0.010 0.012 0.043 0.049 0.222 219 T 0.113 0.313 0.041 0.013 0.015 0.053 0.215 0.236 220 I 0.160 0.258 0.042 0.018 0.018 0.078 0.107 0.319 221 L 0.228 0.058 0.048 0.017 0.025 0.083 0.147 0.394 222 Q 0.073 0.023 0.020 0.011 0.014 0.108 0.080 0.670 223 N 0.114 0.021 0.009 0.005 0.010 0.085 0.041 0.715 224 Q 0.059 0.012 0.007 0.005 0.007 0.100 0.022 0.788 225 S 0.083 0.029 0.014 0.010 0.021 0.124 0.038 0.682 226 G 0.070 0.037 0.019 0.012 0.020 0.133 0.040 0.669 227 Y 0.017 0.042 0.033 0.032 0.039 0.131 0.047 0.659 228 C 0.049 0.201 0.029 0.016 0.024 0.078 0.057 0.547 229 M 0.087 0.411 0.020 0.031 0.031 0.060 0.109 0.250 230 P 0.026 0.483 0.030 0.021 0.034 0.050 0.092 0.265 231 R 0.012 0.874 0.005 0.008 0.014 0.012 0.031 0.044 232 I 0.014 0.872 0.010 0.011 0.016 0.012 0.016 0.049 233 R 0.007 0.871 0.012 0.027 0.032 0.007 0.020 0.024 234 E 0.042 0.759 0.016 0.015 0.031 0.013 0.073 0.051 235 V 0.078 0.084 0.030 0.030 0.022 0.017 0.693 0.045 236 E 0.037 0.169 0.018 0.065 0.060 0.044 0.372 0.236 237 I 0.105 0.116 0.017 0.008 0.024 0.103 0.068 0.560 238 L 0.015 0.107 0.028 0.064 0.049 0.162 0.106 0.469 239 T 0.025 0.357 0.005 0.004 0.007 0.045 0.071 0.486 240 S 0.058 0.907 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.016 241 Q 0.013 0.912 0.002 0.001 0.001 0.010 0.026 0.036 242 E 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.010 243 V 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 244 K 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 245 E 0.003 0.984 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 246 A 0.061 0.804 0.040 0.002 0.001 0.006 0.059 0.026 247 I 0.152 0.015 0.481 0.003 0.001 0.010 0.310 0.028 248 E 0.896 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.007 0.085 249 E 0.059 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.926 250 R 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 0.173 0.003 0.803 251 G 0.004 0.001 0.017 0.003 0.010 0.057 0.014 0.896 252 I 0.014 0.003 0.056 0.116 0.024 0.090 0.040 0.657 253 L 0.014 0.010 0.538 0.048 0.067 0.053 0.046 0.224 254 L 0.047 0.018 0.131 0.068 0.080 0.074 0.054 0.527 255 A 0.006 0.006 0.594 0.066 0.035 0.034 0.036 0.224 256 N 0.083 0.137 0.134 0.036 0.051 0.066 0.128 0.365 257 Y 0.266 0.117 0.096 0.030 0.030 0.064 0.120 0.276 258 E 0.115 0.074 0.042 0.045 0.050 0.086 0.055 0.534 259 S 0.061 0.022 0.018 0.013 0.029 0.074 0.062 0.722 260 L 0.064 0.017 0.020 0.035 0.042 0.150 0.077 0.596 261 A 0.076 0.016 0.015 0.028 0.045 0.112 0.069 0.640 262 M 0.039 0.010 0.008 0.013 0.025 0.087 0.036 0.782