# TARGET T0325 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0325.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 107.445 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.013 0.034 0.040 0.058 0.080 0.010 0.702 2 S 0.040 0.009 0.029 0.047 0.069 0.118 0.011 0.676 3 N 0.060 0.005 0.037 0.039 0.059 0.117 0.015 0.667 4 K 0.073 0.005 0.110 0.065 0.065 0.193 0.012 0.477 5 K 0.061 0.003 0.324 0.135 0.136 0.138 0.009 0.194 6 L 0.007 0.001 0.678 0.096 0.115 0.024 0.002 0.077 7 I 0.001 0.001 0.853 0.067 0.064 0.003 0.001 0.013 8 I 0.001 0.001 0.844 0.068 0.065 0.003 0.001 0.020 9 N 0.001 0.001 0.843 0.033 0.091 0.007 0.001 0.025 10 A 0.001 0.001 0.825 0.030 0.054 0.021 0.001 0.069 11 D 0.002 0.001 0.338 0.026 0.065 0.322 0.003 0.243 12 D 0.031 0.001 0.116 0.011 0.033 0.256 0.006 0.545 13 F 0.054 0.009 0.081 0.012 0.018 0.593 0.008 0.225 14 G 0.163 0.010 0.056 0.015 0.021 0.397 0.036 0.302 15 Y 0.145 0.048 0.105 0.020 0.030 0.199 0.017 0.437 16 T 0.044 0.063 0.042 0.034 0.066 0.222 0.008 0.523 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 18 A 0.009 0.021 0.003 0.004 0.011 0.722 0.003 0.227 19 V 0.336 0.151 0.009 0.003 0.005 0.180 0.012 0.303 20 T 0.024 0.820 0.005 0.003 0.003 0.025 0.002 0.118 21 Q 0.010 0.852 0.007 0.002 0.004 0.017 0.002 0.105 22 G 0.022 0.806 0.004 0.002 0.003 0.042 0.005 0.116 23 I 0.015 0.929 0.002 0.001 0.004 0.020 0.003 0.026 24 I 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 25 E 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 27 H 0.011 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 28 K 0.018 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 29 R 0.044 0.875 0.006 0.002 0.001 0.001 0.056 0.014 30 G 0.776 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 0.164 0.024 31 V 0.019 0.017 0.856 0.009 0.005 0.009 0.006 0.078 32 V 0.005 0.023 0.521 0.077 0.099 0.043 0.006 0.226 33 T 0.012 0.015 0.455 0.051 0.080 0.065 0.004 0.317 34 S 0.012 0.023 0.546 0.068 0.087 0.064 0.004 0.195 35 T 0.017 0.020 0.554 0.043 0.056 0.113 0.005 0.191 36 T 0.058 0.024 0.188 0.058 0.095 0.237 0.019 0.321 37 A 0.081 0.094 0.232 0.079 0.107 0.093 0.015 0.300 38 L 0.061 0.052 0.130 0.054 0.111 0.169 0.017 0.406 39 P 0.010 0.006 0.016 0.007 0.013 0.034 0.003 0.911 40 T 0.072 0.076 0.075 0.033 0.073 0.164 0.019 0.488 41 S 0.268 0.055 0.050 0.021 0.039 0.106 0.024 0.437 42 P 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.014 0.001 0.974 43 Y 0.036 0.019 0.006 0.006 0.014 0.395 0.004 0.520 44 F 0.158 0.123 0.017 0.005 0.014 0.217 0.010 0.455 45 L 0.037 0.274 0.008 0.002 0.009 0.042 0.004 0.624 46 E 0.018 0.239 0.003 0.001 0.003 0.081 0.002 0.654 47 A 0.016 0.751 0.001 0.001 0.002 0.018 0.002 0.209 48 M 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 49 E 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 50 S 0.020 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 51 A 0.075 0.887 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 0.010 52 R 0.186 0.656 0.030 0.007 0.005 0.004 0.054 0.058 53 I 0.068 0.514 0.197 0.012 0.013 0.015 0.028 0.152 54 S 0.083 0.297 0.077 0.010 0.016 0.062 0.075 0.381 55 A 0.207 0.108 0.118 0.011 0.010 0.048 0.029 0.468 56 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 57 T 0.032 0.007 0.049 0.019 0.026 0.172 0.014 0.681 58 L 0.364 0.016 0.165 0.031 0.028 0.066 0.020 0.311 59 A 0.063 0.017 0.235 0.077 0.080 0.147 0.011 0.370 60 I 0.038 0.009 0.377 0.078 0.093 0.086 0.006 0.313 61 G 0.018 0.007 0.588 0.101 0.108 0.050 0.006 0.121 62 V 0.008 0.004 0.519 0.068 0.094 0.050 0.004 0.253 63 H 0.004 0.003 0.583 0.135 0.146 0.029 0.003 0.097 64 L 0.007 0.004 0.439 0.132 0.243 0.040 0.002 0.133 65 T 0.006 0.006 0.364 0.179 0.291 0.039 0.003 0.111 66 L 0.012 0.008 0.390 0.195 0.245 0.034 0.003 0.113 67 T 0.017 0.012 0.086 0.133 0.267 0.138 0.006 0.340 68 L 0.069 0.015 0.086 0.083 0.289 0.086 0.009 0.362 69 N 0.033 0.023 0.021 0.030 0.057 0.387 0.013 0.436 70 Q 0.263 0.027 0.013 0.014 0.024 0.321 0.056 0.283 71 A 0.354 0.194 0.032 0.018 0.019 0.052 0.059 0.270 72 K 0.245 0.047 0.113 0.060 0.063 0.100 0.044 0.329 73 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 74 I 0.069 0.012 0.086 0.064 0.223 0.083 0.013 0.450 75 L 0.103 0.015 0.099 0.064 0.080 0.108 0.007 0.523 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.989 77 R 0.015 0.004 0.013 0.010 0.033 0.093 0.002 0.830 78 E 0.198 0.012 0.011 0.009 0.011 0.250 0.017 0.491 79 M 0.449 0.027 0.009 0.007 0.012 0.124 0.029 0.342 80 V 0.408 0.054 0.050 0.036 0.065 0.073 0.011 0.303 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 82 S 0.015 0.008 0.014 0.031 0.068 0.094 0.006 0.764 83 L 0.326 0.039 0.082 0.069 0.065 0.045 0.015 0.359 84 V 0.106 0.043 0.130 0.102 0.150 0.106 0.010 0.353 85 D 0.045 0.045 0.111 0.108 0.201 0.076 0.007 0.408 86 E 0.041 0.052 0.070 0.033 0.072 0.121 0.009 0.602 87 A 0.057 0.019 0.016 0.011 0.017 0.575 0.034 0.272 88 G 0.678 0.018 0.013 0.012 0.005 0.031 0.087 0.156 89 Y 0.179 0.026 0.295 0.030 0.044 0.210 0.013 0.203 90 F 0.019 0.014 0.040 0.071 0.135 0.109 0.005 0.607 91 W 0.074 0.023 0.043 0.079 0.366 0.106 0.004 0.305 92 H 0.035 0.038 0.029 0.071 0.165 0.146 0.006 0.510 93 Q 0.074 0.072 0.039 0.032 0.084 0.140 0.012 0.548 94 S 0.135 0.129 0.014 0.033 0.044 0.106 0.020 0.520 95 I 0.152 0.134 0.021 0.024 0.045 0.121 0.019 0.483 96 F 0.090 0.256 0.040 0.022 0.054 0.121 0.014 0.404 97 E 0.117 0.334 0.027 0.016 0.042 0.098 0.013 0.353 98 E 0.149 0.365 0.023 0.011 0.018 0.079 0.025 0.330 99 K 0.290 0.173 0.017 0.006 0.009 0.061 0.034 0.410 100 V 0.191 0.270 0.074 0.018 0.014 0.093 0.017 0.322 101 N 0.085 0.120 0.021 0.011 0.022 0.435 0.019 0.288 102 L 0.066 0.140 0.025 0.005 0.030 0.026 0.005 0.703 103 E 0.011 0.084 0.005 0.001 0.005 0.244 0.002 0.647 104 E 0.028 0.090 0.001 0.001 0.001 0.657 0.004 0.219 105 V 0.030 0.893 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.072 106 Y 0.001 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.044 107 N 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 108 E 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 109 W 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 110 D 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 111 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 112 Q 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 113 I 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 114 I 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 S 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 F 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 117 M 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 K 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 119 S 0.064 0.866 0.004 0.002 0.001 0.001 0.054 0.010 120 G 0.747 0.067 0.006 0.002 0.001 0.001 0.144 0.032 121 R 0.066 0.078 0.584 0.013 0.011 0.030 0.036 0.181 122 R 0.009 0.013 0.055 0.018 0.022 0.048 0.004 0.830 123 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 124 D 0.022 0.005 0.241 0.037 0.052 0.290 0.007 0.346 125 H 0.170 0.014 0.326 0.017 0.014 0.070 0.008 0.382 126 I 0.056 0.054 0.440 0.052 0.079 0.073 0.006 0.240 127 D 0.043 0.033 0.174 0.037 0.074 0.286 0.006 0.346 128 S 0.069 0.076 0.097 0.020 0.051 0.163 0.009 0.516 129 H 0.061 0.050 0.040 0.010 0.035 0.494 0.014 0.297 130 H 0.196 0.120 0.025 0.013 0.016 0.244 0.031 0.355 131 N 0.187 0.259 0.030 0.017 0.021 0.111 0.029 0.347 132 V 0.128 0.328 0.071 0.031 0.055 0.071 0.023 0.293 133 H 0.078 0.310 0.043 0.028 0.060 0.097 0.017 0.367 134 G 0.107 0.213 0.035 0.023 0.041 0.079 0.027 0.475 135 K 0.177 0.199 0.035 0.012 0.017 0.105 0.025 0.431 136 N 0.083 0.234 0.049 0.018 0.025 0.092 0.018 0.482 137 K 0.012 0.068 0.013 0.005 0.008 0.042 0.004 0.847 138 K 0.037 0.140 0.012 0.007 0.011 0.283 0.009 0.501 139 L 0.124 0.420 0.015 0.004 0.008 0.146 0.010 0.273 140 L 0.014 0.828 0.008 0.003 0.004 0.023 0.002 0.117 141 G 0.009 0.741 0.005 0.002 0.003 0.021 0.003 0.217 142 V 0.018 0.865 0.004 0.002 0.002 0.021 0.003 0.084 143 A 0.005 0.964 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.018 144 L 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 145 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 L 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 147 A 0.011 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 148 R 0.027 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.013 149 K 0.061 0.876 0.004 0.001 0.001 0.002 0.031 0.024 150 Y 0.138 0.712 0.016 0.007 0.003 0.002 0.086 0.035 151 Q 0.186 0.102 0.054 0.011 0.009 0.014 0.231 0.393 152 L 0.075 0.016 0.540 0.047 0.031 0.027 0.015 0.249 153 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 154 L 0.002 0.001 0.039 0.011 0.038 0.025 0.001 0.884 155 R 0.064 0.009 0.440 0.077 0.075 0.062 0.006 0.267 156 N 0.068 0.013 0.134 0.076 0.066 0.068 0.006 0.568 157 A 0.071 0.011 0.166 0.049 0.097 0.053 0.004 0.548 158 S 0.026 0.012 0.052 0.027 0.054 0.166 0.004 0.659 159 R 0.094 0.017 0.038 0.024 0.050 0.176 0.013 0.588 160 S 0.081 0.032 0.020 0.012 0.028 0.308 0.010 0.509 161 I 0.102 0.064 0.023 0.016 0.027 0.108 0.012 0.649 162 E 0.080 0.120 0.024 0.015 0.024 0.213 0.012 0.510 163 T 0.154 0.128 0.024 0.013 0.031 0.130 0.019 0.502 164 K 0.123 0.173 0.028 0.012 0.024 0.083 0.012 0.546 165 D 0.072 0.126 0.014 0.008 0.015 0.199 0.015 0.552 166 Y 0.212 0.210 0.020 0.009 0.020 0.123 0.016 0.390 167 L 0.098 0.434 0.024 0.012 0.028 0.104 0.011 0.288 168 E 0.079 0.369 0.019 0.016 0.029 0.154 0.018 0.316 169 L 0.107 0.587 0.017 0.009 0.018 0.045 0.015 0.202 170 Y 0.162 0.551 0.022 0.012 0.025 0.038 0.025 0.166 171 Q 0.159 0.393 0.048 0.027 0.025 0.053 0.042 0.253 172 D 0.217 0.111 0.028 0.012 0.015 0.037 0.055 0.524 173 V 0.414 0.063 0.118 0.027 0.029 0.035 0.034 0.278 174 R 0.044 0.038 0.119 0.028 0.037 0.165 0.018 0.551 175 T 0.043 0.025 0.071 0.034 0.057 0.119 0.008 0.643 176 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.990 177 D 0.010 0.011 0.022 0.015 0.032 0.268 0.004 0.637 178 E 0.161 0.050 0.031 0.013 0.020 0.223 0.014 0.487 179 M 0.176 0.336 0.037 0.033 0.054 0.127 0.010 0.226 180 L 0.166 0.322 0.061 0.064 0.113 0.094 0.014 0.165 181 Y 0.082 0.400 0.045 0.073 0.083 0.038 0.014 0.265 182 Q 0.150 0.229 0.072 0.073 0.131 0.063 0.030 0.252 183 F 0.106 0.311 0.066 0.119 0.123 0.044 0.022 0.209 184 Y 0.077 0.195 0.098 0.076 0.132 0.071 0.030 0.322 185 D 0.049 0.164 0.068 0.060 0.090 0.075 0.016 0.479 186 K 0.092 0.097 0.043 0.018 0.035 0.098 0.024 0.593 187 A 0.213 0.060 0.023 0.010 0.014 0.373 0.027 0.280 188 I 0.338 0.095 0.048 0.014 0.015 0.203 0.024 0.263 189 S 0.075 0.213 0.039 0.017 0.021 0.175 0.010 0.451 190 T 0.023 0.069 0.022 0.005 0.020 0.041 0.005 0.816 191 E 0.022 0.074 0.008 0.004 0.010 0.340 0.004 0.539 192 T 0.046 0.094 0.002 0.001 0.003 0.628 0.005 0.221 193 I 0.023 0.890 0.002 0.001 0.003 0.014 0.001 0.066 194 L 0.002 0.951 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.038 195 Q 0.011 0.920 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.054 196 L 0.026 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 197 L 0.011 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 198 D 0.019 0.943 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.024 199 M 0.089 0.828 0.009 0.002 0.002 0.003 0.024 0.043 200 V 0.091 0.817 0.010 0.005 0.006 0.006 0.020 0.044 201 V 0.104 0.588 0.055 0.021 0.015 0.024 0.043 0.150 202 C 0.186 0.325 0.076 0.026 0.022 0.034 0.050 0.281 203 S 0.163 0.195 0.107 0.031 0.036 0.086 0.043 0.339 204 E 0.022 0.036 0.034 0.011 0.014 0.056 0.014 0.813 205 G 0.034 0.033 0.036 0.021 0.019 0.160 0.037 0.661 206 E 0.401 0.013 0.034 0.020 0.013 0.163 0.046 0.310 207 V 0.128 0.013 0.118 0.039 0.059 0.183 0.008 0.451 208 F 0.022 0.011 0.114 0.273 0.357 0.093 0.004 0.126 209 E 0.021 0.009 0.115 0.240 0.369 0.054 0.003 0.189 210 I 0.009 0.013 0.101 0.347 0.414 0.021 0.002 0.092 211 N 0.011 0.010 0.116 0.286 0.452 0.022 0.004 0.100 212 C 0.011 0.016 0.091 0.229 0.429 0.025 0.009 0.189 213 H 0.018 0.007 0.133 0.216 0.328 0.050 0.005 0.243 214 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 215 A 0.017 0.007 0.054 0.069 0.195 0.175 0.006 0.477 216 F 0.256 0.013 0.038 0.028 0.032 0.107 0.013 0.512 217 I 0.136 0.065 0.097 0.064 0.087 0.094 0.009 0.448 218 D 0.055 0.079 0.073 0.048 0.098 0.132 0.008 0.506 219 T 0.082 0.064 0.034 0.022 0.052 0.124 0.011 0.611 220 I 0.092 0.116 0.016 0.015 0.032 0.308 0.012 0.408 221 L 0.205 0.257 0.020 0.019 0.048 0.185 0.020 0.245 222 Q 0.119 0.531 0.018 0.019 0.027 0.057 0.018 0.211 223 N 0.159 0.392 0.024 0.020 0.031 0.041 0.049 0.286 224 Q 0.325 0.176 0.045 0.018 0.027 0.042 0.055 0.312 225 S 0.175 0.118 0.030 0.022 0.029 0.109 0.045 0.473 226 G 0.102 0.046 0.047 0.021 0.030 0.063 0.029 0.661 227 Y 0.174 0.032 0.026 0.014 0.031 0.237 0.013 0.472 228 C 0.122 0.061 0.031 0.023 0.041 0.233 0.024 0.464 229 M 0.122 0.068 0.018 0.034 0.043 0.076 0.005 0.634 230 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 231 R 0.019 0.053 0.007 0.054 0.094 0.195 0.004 0.572 232 I 0.130 0.313 0.016 0.031 0.069 0.048 0.005 0.388 233 R 0.024 0.561 0.007 0.064 0.076 0.053 0.003 0.210 234 E 0.041 0.767 0.010 0.020 0.030 0.026 0.004 0.102 235 V 0.012 0.918 0.006 0.014 0.019 0.004 0.002 0.025 236 E 0.008 0.935 0.005 0.011 0.014 0.004 0.003 0.020 237 I 0.034 0.872 0.006 0.009 0.019 0.007 0.011 0.042 238 L 0.081 0.829 0.012 0.019 0.013 0.005 0.018 0.023 239 T 0.173 0.538 0.040 0.021 0.017 0.030 0.057 0.125 240 S 0.255 0.180 0.082 0.014 0.037 0.043 0.052 0.336 241 Q 0.018 0.041 0.014 0.002 0.007 0.046 0.005 0.867 242 E 0.015 0.019 0.002 0.001 0.001 0.450 0.003 0.509 243 V 0.042 0.074 0.003 0.001 0.002 0.595 0.005 0.280 244 K 0.009 0.783 0.003 0.001 0.002 0.012 0.001 0.190 245 E 0.002 0.779 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.185 246 A 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 247 I 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 248 E 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 249 E 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 250 R 0.094 0.798 0.004 0.001 0.001 0.001 0.097 0.006 251 G 0.768 0.016 0.017 0.002 0.001 0.001 0.179 0.017 252 I 0.020 0.006 0.937 0.005 0.004 0.005 0.003 0.020 253 L 0.005 0.008 0.690 0.066 0.064 0.024 0.004 0.139 254 L 0.003 0.004 0.291 0.015 0.031 0.017 0.001 0.639 255 A 0.002 0.002 0.893 0.027 0.024 0.014 0.001 0.037 256 N 0.010 0.008 0.305 0.045 0.044 0.119 0.003 0.465 257 Y 0.031 0.010 0.194 0.031 0.176 0.050 0.005 0.503 258 E 0.021 0.007 0.033 0.015 0.037 0.485 0.004 0.398 259 S 0.125 0.017 0.011 0.010 0.018 0.295 0.019 0.507 260 L 0.379 0.113 0.030 0.017 0.030 0.071 0.014 0.347 261 A 0.068 0.193 0.048 0.038 0.062 0.161 0.019 0.410 262 M 0.081 0.121 0.028 0.027 0.053 0.062 0.021 0.608