# TARGET T0325 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0325.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 107.175 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.012 0.028 0.022 0.307 0.574 2 S 0.082 0.011 0.024 0.014 0.323 0.546 3 N 0.112 0.011 0.023 0.005 0.352 0.496 4 K 0.380 0.012 0.009 0.002 0.223 0.374 5 K 0.830 0.004 0.003 0.001 0.043 0.120 6 L 0.981 0.002 0.001 0.001 0.004 0.012 7 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 8 I 0.965 0.005 0.001 0.001 0.005 0.024 9 N 0.664 0.010 0.003 0.004 0.142 0.176 10 A 0.072 0.010 0.037 0.017 0.576 0.288 11 D 0.013 0.010 0.067 0.027 0.723 0.160 12 D 0.005 0.023 0.186 0.035 0.710 0.041 13 F 0.004 0.010 0.171 0.034 0.703 0.079 14 G 0.005 0.019 0.126 0.040 0.653 0.157 15 Y 0.007 0.038 0.035 0.064 0.483 0.372 16 T 0.008 0.034 0.006 0.053 0.325 0.574 17 P 0.001 0.001 0.015 0.916 0.051 0.017 18 A 0.001 0.001 0.022 0.939 0.029 0.009 19 V 0.001 0.001 0.009 0.984 0.005 0.002 20 T 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.005 21 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 22 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 27 H 0.001 0.001 0.006 0.985 0.007 0.002 28 K 0.001 0.001 0.006 0.969 0.019 0.004 29 R 0.002 0.001 0.007 0.887 0.069 0.035 30 G 0.017 0.005 0.004 0.058 0.207 0.709 31 V 0.237 0.039 0.007 0.021 0.163 0.533 32 V 0.609 0.041 0.008 0.006 0.153 0.183 33 T 0.610 0.014 0.015 0.010 0.198 0.154 34 S 0.498 0.009 0.035 0.019 0.259 0.181 35 T 0.485 0.012 0.067 0.026 0.233 0.177 36 T 0.535 0.022 0.092 0.065 0.154 0.133 37 A 0.520 0.035 0.138 0.071 0.121 0.115 38 L 0.319 0.042 0.112 0.129 0.259 0.139 39 P 0.192 0.034 0.083 0.176 0.304 0.211 40 T 0.044 0.016 0.035 0.286 0.313 0.307 41 S 0.015 0.007 0.044 0.315 0.332 0.288 42 P 0.002 0.002 0.104 0.714 0.126 0.051 43 Y 0.002 0.003 0.102 0.803 0.066 0.024 44 F 0.001 0.002 0.048 0.910 0.029 0.011 45 L 0.002 0.001 0.030 0.926 0.026 0.015 46 E 0.001 0.001 0.026 0.936 0.024 0.012 47 A 0.001 0.001 0.013 0.968 0.010 0.007 48 M 0.001 0.001 0.012 0.967 0.011 0.009 49 E 0.001 0.001 0.014 0.969 0.009 0.007 50 S 0.001 0.001 0.021 0.949 0.016 0.013 51 A 0.001 0.001 0.037 0.893 0.034 0.034 52 R 0.002 0.003 0.078 0.681 0.146 0.089 53 I 0.004 0.004 0.065 0.587 0.210 0.129 54 S 0.005 0.007 0.043 0.349 0.277 0.319 55 A 0.003 0.007 0.013 0.015 0.802 0.159 56 P 0.002 0.001 0.058 0.011 0.830 0.097 57 T 0.009 0.002 0.067 0.005 0.799 0.120 58 L 0.233 0.039 0.040 0.005 0.551 0.131 59 A 0.563 0.011 0.006 0.003 0.100 0.318 60 I 0.943 0.005 0.001 0.001 0.013 0.037 61 G 0.979 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 62 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 63 H 0.979 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 64 L 0.952 0.001 0.003 0.001 0.012 0.031 65 T 0.879 0.004 0.006 0.005 0.026 0.080 66 L 0.673 0.033 0.013 0.008 0.064 0.207 67 T 0.319 0.024 0.017 0.009 0.410 0.222 68 L 0.033 0.002 0.283 0.039 0.615 0.027 69 N 0.020 0.003 0.248 0.043 0.657 0.029 70 Q 0.022 0.012 0.206 0.051 0.677 0.033 71 A 0.051 0.026 0.023 0.011 0.443 0.445 72 K 0.100 0.077 0.030 0.011 0.255 0.528 73 P 0.216 0.042 0.047 0.007 0.304 0.384 74 I 0.304 0.083 0.055 0.009 0.169 0.380 75 L 0.176 0.080 0.029 0.012 0.214 0.488 76 P 0.084 0.017 0.093 0.023 0.437 0.346 77 R 0.004 0.001 0.740 0.045 0.182 0.028 78 E 0.007 0.004 0.665 0.054 0.238 0.032 79 M 0.015 0.016 0.566 0.058 0.301 0.043 80 V 0.024 0.036 0.075 0.032 0.589 0.244 81 P 0.021 0.013 0.142 0.049 0.605 0.171 82 S 0.059 0.026 0.158 0.025 0.597 0.135 83 L 0.224 0.078 0.122 0.017 0.435 0.124 84 V 0.254 0.257 0.023 0.018 0.173 0.275 85 D 0.067 0.020 0.009 0.007 0.886 0.012 86 E 0.008 0.002 0.025 0.010 0.946 0.009 87 A 0.003 0.002 0.028 0.015 0.942 0.010 88 G 0.034 0.051 0.020 0.010 0.866 0.020 89 Y 0.086 0.038 0.006 0.012 0.161 0.696 90 F 0.293 0.254 0.016 0.023 0.143 0.271 91 W 0.232 0.032 0.034 0.030 0.288 0.385 92 H 0.145 0.019 0.089 0.092 0.258 0.398 93 Q 0.090 0.008 0.160 0.165 0.261 0.316 94 S 0.052 0.009 0.241 0.304 0.218 0.176 95 I 0.037 0.010 0.279 0.325 0.221 0.128 96 F 0.031 0.014 0.120 0.399 0.301 0.135 97 E 0.028 0.010 0.149 0.279 0.379 0.155 98 E 0.031 0.004 0.094 0.123 0.464 0.284 99 K 0.044 0.010 0.066 0.060 0.408 0.413 100 V 0.041 0.039 0.008 0.031 0.213 0.668 101 N 0.018 0.015 0.003 0.030 0.050 0.885 102 L 0.001 0.001 0.022 0.974 0.002 0.002 103 E 0.001 0.001 0.020 0.978 0.001 0.001 104 E 0.001 0.001 0.022 0.977 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 106 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 107 N 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 108 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 109 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 110 D 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 112 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 113 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 114 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 115 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 116 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 117 M 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 118 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 119 S 0.001 0.001 0.005 0.951 0.007 0.037 120 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.981 121 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.031 0.964 122 R 0.015 0.008 0.003 0.001 0.101 0.873 123 P 0.038 0.012 0.194 0.027 0.318 0.412 124 D 0.113 0.011 0.229 0.046 0.305 0.295 125 H 0.197 0.027 0.317 0.053 0.256 0.149 126 I 0.201 0.079 0.032 0.046 0.234 0.409 127 D 0.140 0.032 0.030 0.054 0.394 0.350 128 S 0.052 0.016 0.055 0.288 0.419 0.170 129 H 0.059 0.015 0.081 0.188 0.474 0.183 130 H 0.090 0.021 0.091 0.220 0.407 0.171 131 N 0.087 0.037 0.061 0.202 0.394 0.219 132 V 0.083 0.074 0.043 0.230 0.462 0.108 133 H 0.072 0.018 0.042 0.279 0.468 0.120 134 G 0.013 0.006 0.031 0.472 0.331 0.148 135 K 0.015 0.011 0.018 0.276 0.244 0.434 136 N 0.013 0.013 0.013 0.523 0.095 0.343 137 K 0.002 0.003 0.012 0.892 0.032 0.060 138 K 0.002 0.001 0.020 0.941 0.016 0.020 139 L 0.001 0.001 0.007 0.983 0.004 0.004 140 L 0.001 0.001 0.004 0.985 0.004 0.005 141 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 142 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 143 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 144 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 145 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 146 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 147 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.001 148 R 0.001 0.001 0.010 0.986 0.002 0.002 149 K 0.001 0.001 0.010 0.983 0.002 0.004 150 Y 0.001 0.001 0.008 0.929 0.007 0.055 151 Q 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.971 152 L 0.026 0.006 0.002 0.003 0.049 0.913 153 P 0.181 0.011 0.006 0.004 0.107 0.691 154 L 0.344 0.021 0.024 0.010 0.148 0.454 155 R 0.367 0.024 0.030 0.019 0.146 0.413 156 N 0.328 0.015 0.037 0.032 0.184 0.404 157 A 0.160 0.012 0.029 0.062 0.263 0.473 158 S 0.100 0.014 0.040 0.080 0.308 0.457 159 R 0.107 0.028 0.052 0.092 0.281 0.439 160 S 0.097 0.018 0.100 0.138 0.300 0.347 161 I 0.052 0.012 0.205 0.179 0.235 0.316 162 E 0.058 0.021 0.102 0.207 0.223 0.389 163 T 0.052 0.011 0.071 0.345 0.170 0.352 164 K 0.024 0.003 0.064 0.642 0.115 0.152 165 D 0.035 0.005 0.058 0.720 0.108 0.075 166 Y 0.043 0.008 0.082 0.721 0.089 0.056 167 L 0.056 0.005 0.081 0.712 0.079 0.067 168 E 0.030 0.005 0.080 0.742 0.069 0.074 169 L 0.024 0.005 0.061 0.723 0.077 0.110 170 Y 0.034 0.013 0.038 0.477 0.154 0.285 171 Q 0.027 0.009 0.034 0.265 0.238 0.427 172 D 0.042 0.011 0.032 0.080 0.270 0.565 173 V 0.102 0.029 0.014 0.017 0.197 0.640 174 R 0.101 0.041 0.008 0.011 0.122 0.717 175 T 0.061 0.028 0.004 0.008 0.141 0.756 176 P 0.035 0.011 0.011 0.032 0.256 0.655 177 D 0.026 0.004 0.109 0.290 0.336 0.234 178 E 0.057 0.005 0.183 0.402 0.272 0.081 179 M 0.145 0.016 0.123 0.422 0.207 0.087 180 L 0.234 0.017 0.057 0.450 0.117 0.124 181 Y 0.259 0.011 0.071 0.439 0.109 0.110 182 Q 0.285 0.008 0.071 0.396 0.128 0.111 183 F 0.312 0.021 0.051 0.328 0.151 0.137 184 Y 0.174 0.033 0.036 0.316 0.212 0.228 185 D 0.073 0.014 0.046 0.137 0.545 0.185 186 K 0.029 0.004 0.060 0.090 0.655 0.162 187 A 0.026 0.009 0.045 0.037 0.606 0.276 188 I 0.054 0.090 0.008 0.024 0.375 0.449 189 S 0.014 0.011 0.001 0.017 0.062 0.896 190 T 0.001 0.001 0.007 0.981 0.004 0.006 191 E 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 192 T 0.001 0.001 0.009 0.987 0.003 0.001 193 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 194 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 195 Q 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 196 L 0.001 0.001 0.003 0.981 0.006 0.008 197 L 0.001 0.001 0.004 0.980 0.007 0.007 198 D 0.002 0.001 0.012 0.958 0.017 0.011 199 M 0.002 0.001 0.019 0.917 0.032 0.029 200 V 0.006 0.003 0.028 0.808 0.071 0.086 201 V 0.010 0.005 0.044 0.693 0.127 0.122 202 C 0.012 0.007 0.047 0.484 0.192 0.257 203 S 0.010 0.008 0.045 0.147 0.419 0.370 204 E 0.008 0.008 0.060 0.056 0.652 0.216 205 G 0.009 0.003 0.047 0.023 0.734 0.185 206 E 0.067 0.006 0.033 0.016 0.665 0.213 207 V 0.613 0.019 0.008 0.007 0.172 0.182 208 F 0.922 0.005 0.001 0.002 0.021 0.049 209 E 0.987 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 210 I 0.985 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 211 N 0.937 0.003 0.001 0.002 0.013 0.044 212 C 0.639 0.016 0.003 0.008 0.069 0.266 213 H 0.240 0.017 0.010 0.016 0.250 0.465 214 P 0.140 0.008 0.065 0.064 0.437 0.287 215 A 0.092 0.016 0.164 0.088 0.412 0.229 216 F 0.116 0.041 0.111 0.142 0.384 0.206 217 I 0.083 0.056 0.035 0.270 0.236 0.321 218 D 0.028 0.014 0.016 0.316 0.259 0.367 219 T 0.003 0.001 0.035 0.851 0.086 0.024 220 I 0.007 0.004 0.079 0.764 0.119 0.026 221 L 0.008 0.006 0.132 0.718 0.118 0.018 222 Q 0.009 0.003 0.110 0.746 0.103 0.029 223 N 0.011 0.008 0.067 0.634 0.176 0.104 224 Q 0.011 0.014 0.055 0.398 0.300 0.222 225 S 0.010 0.010 0.031 0.095 0.481 0.373 226 G 0.010 0.007 0.104 0.117 0.526 0.236 227 Y 0.027 0.020 0.108 0.150 0.444 0.251 228 C 0.029 0.026 0.070 0.410 0.229 0.236 229 M 0.016 0.010 0.030 0.574 0.135 0.235 230 P 0.008 0.003 0.019 0.845 0.046 0.079 231 R 0.008 0.003 0.011 0.923 0.023 0.032 232 I 0.013 0.003 0.007 0.949 0.014 0.015 233 R 0.015 0.001 0.010 0.950 0.016 0.009 234 E 0.011 0.001 0.007 0.964 0.012 0.005 235 V 0.005 0.001 0.009 0.974 0.010 0.003 236 E 0.007 0.001 0.028 0.945 0.014 0.005 237 I 0.007 0.001 0.061 0.876 0.035 0.020 238 L 0.019 0.008 0.062 0.614 0.102 0.195 239 T 0.010 0.008 0.008 0.294 0.067 0.613 240 S 0.004 0.003 0.002 0.276 0.056 0.660 241 Q 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.003 242 E 0.001 0.001 0.007 0.986 0.005 0.001 243 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 244 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 245 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 246 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 247 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 248 E 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 249 E 0.001 0.001 0.007 0.989 0.002 0.002 250 R 0.001 0.001 0.010 0.941 0.008 0.040 251 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.979 252 I 0.098 0.009 0.003 0.002 0.078 0.810 253 L 0.762 0.008 0.003 0.001 0.048 0.178 254 L 0.905 0.008 0.004 0.002 0.021 0.061 255 A 0.806 0.010 0.006 0.003 0.042 0.133 256 N 0.573 0.006 0.025 0.005 0.119 0.273 257 Y 0.054 0.002 0.624 0.133 0.124 0.064 258 E 0.023 0.001 0.731 0.100 0.108 0.037 259 S 0.014 0.003 0.696 0.164 0.098 0.024 260 L 0.024 0.025 0.119 0.415 0.160 0.257 261 A 0.029 0.019 0.028 0.298 0.142 0.484 262 M 0.017 0.004 0.011 0.096 0.104 0.768