# TARGET T0325 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0325.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 107.175 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.002 0.011 0.012 0.016 0.089 0.038 0.752 2 S 0.041 0.003 0.020 0.012 0.028 0.171 0.038 0.687 3 N 0.007 0.002 0.039 0.011 0.035 0.194 0.043 0.670 4 K 0.002 0.001 0.271 0.066 0.107 0.141 0.080 0.333 5 K 0.001 0.001 0.613 0.066 0.088 0.025 0.113 0.095 6 L 0.001 0.001 0.803 0.056 0.049 0.008 0.051 0.032 7 I 0.001 0.001 0.873 0.039 0.038 0.006 0.022 0.022 8 I 0.001 0.001 0.900 0.028 0.025 0.011 0.014 0.021 9 N 0.028 0.007 0.664 0.024 0.039 0.075 0.070 0.094 10 A 0.022 0.006 0.269 0.017 0.039 0.194 0.147 0.306 11 D 0.115 0.007 0.081 0.011 0.023 0.226 0.066 0.471 12 D 0.094 0.005 0.088 0.021 0.043 0.135 0.301 0.314 13 F 0.017 0.008 0.057 0.012 0.027 0.209 0.067 0.604 14 G 0.006 0.012 0.068 0.033 0.081 0.207 0.042 0.550 15 Y 0.017 0.017 0.020 0.007 0.008 0.125 0.029 0.777 16 T 0.236 0.103 0.003 0.002 0.002 0.011 0.629 0.016 17 P 0.070 0.532 0.011 0.002 0.003 0.063 0.130 0.189 18 A 0.027 0.540 0.013 0.003 0.008 0.075 0.074 0.261 19 V 0.013 0.898 0.005 0.002 0.002 0.009 0.037 0.033 20 T 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.009 21 Q 0.002 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.009 22 G 0.005 0.941 0.005 0.003 0.004 0.003 0.032 0.006 23 I 0.007 0.904 0.009 0.001 0.001 0.002 0.071 0.004 24 I 0.007 0.940 0.009 0.002 0.002 0.002 0.030 0.009 25 E 0.014 0.751 0.079 0.013 0.011 0.009 0.064 0.059 26 A 0.082 0.113 0.197 0.015 0.014 0.055 0.400 0.124 27 H 0.802 0.013 0.032 0.004 0.002 0.017 0.074 0.054 28 K 0.164 0.004 0.002 0.001 0.001 0.022 0.011 0.796 29 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.074 0.006 0.910 30 G 0.004 0.004 0.118 0.033 0.106 0.204 0.115 0.415 31 V 0.012 0.004 0.146 0.154 0.091 0.092 0.146 0.355 32 V 0.009 0.003 0.348 0.078 0.057 0.064 0.092 0.349 33 T 0.022 0.012 0.253 0.077 0.101 0.090 0.168 0.277 34 S 0.028 0.010 0.297 0.039 0.071 0.103 0.088 0.364 35 T 0.044 0.009 0.251 0.053 0.090 0.089 0.095 0.370 36 T 0.017 0.008 0.204 0.062 0.115 0.075 0.239 0.280 37 A 0.018 0.012 0.155 0.067 0.137 0.104 0.082 0.424 38 L 0.068 0.013 0.116 0.107 0.106 0.130 0.097 0.364 39 P 0.017 0.022 0.034 0.024 0.030 0.140 0.046 0.686 40 T 0.062 0.201 0.016 0.005 0.011 0.081 0.071 0.553 41 S 0.157 0.558 0.011 0.005 0.003 0.035 0.105 0.127 42 P 0.042 0.724 0.013 0.004 0.003 0.029 0.064 0.122 43 Y 0.024 0.930 0.002 0.001 0.001 0.005 0.011 0.027 44 F 0.021 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.006 45 L 0.013 0.926 0.002 0.001 0.001 0.003 0.035 0.020 46 E 0.006 0.570 0.005 0.001 0.001 0.006 0.378 0.032 47 A 0.013 0.868 0.004 0.001 0.001 0.004 0.103 0.008 48 M 0.031 0.915 0.006 0.001 0.001 0.003 0.031 0.014 49 E 0.045 0.761 0.010 0.001 0.001 0.012 0.045 0.125 50 S 0.035 0.149 0.038 0.001 0.001 0.034 0.579 0.162 51 A 0.128 0.348 0.036 0.005 0.003 0.049 0.242 0.189 52 R 0.506 0.048 0.019 0.002 0.003 0.057 0.055 0.311 53 I 0.014 0.009 0.013 0.002 0.002 0.091 0.054 0.814 54 S 0.039 0.021 0.014 0.001 0.003 0.084 0.046 0.792 55 A 0.264 0.036 0.018 0.003 0.003 0.086 0.081 0.509 56 P 0.049 0.042 0.036 0.007 0.009 0.173 0.067 0.617 57 T 0.020 0.029 0.075 0.005 0.014 0.115 0.057 0.686 58 L 0.064 0.051 0.121 0.038 0.041 0.217 0.083 0.386 59 A 0.030 0.041 0.217 0.025 0.035 0.085 0.150 0.415 60 I 0.013 0.046 0.462 0.043 0.109 0.096 0.064 0.168 61 G 0.005 0.013 0.576 0.029 0.094 0.034 0.097 0.151 62 V 0.009 0.012 0.440 0.223 0.128 0.038 0.062 0.088 63 H 0.009 0.008 0.536 0.069 0.138 0.043 0.105 0.091 64 L 0.012 0.023 0.258 0.098 0.212 0.090 0.101 0.205 65 T 0.014 0.017 0.409 0.113 0.166 0.056 0.065 0.159 66 L 0.027 0.017 0.210 0.111 0.142 0.100 0.129 0.264 67 T 0.074 0.026 0.202 0.082 0.119 0.085 0.185 0.228 68 L 0.445 0.019 0.041 0.018 0.029 0.084 0.055 0.309 69 N 0.093 0.007 0.019 0.010 0.015 0.112 0.051 0.694 70 Q 0.012 0.003 0.016 0.010 0.025 0.128 0.023 0.783 71 A 0.047 0.005 0.023 0.020 0.054 0.127 0.035 0.690 72 K 0.069 0.005 0.030 0.076 0.056 0.131 0.049 0.583 73 P 0.017 0.012 0.043 0.027 0.051 0.117 0.028 0.705 74 I 0.012 0.010 0.023 0.019 0.026 0.098 0.016 0.796 75 L 0.131 0.045 0.068 0.040 0.019 0.108 0.076 0.513 76 P 0.552 0.145 0.010 0.006 0.007 0.032 0.069 0.179 77 R 0.397 0.066 0.015 0.004 0.007 0.061 0.055 0.395 78 E 0.019 0.028 0.027 0.014 0.021 0.124 0.059 0.708 79 M 0.015 0.024 0.013 0.008 0.016 0.115 0.034 0.776 80 V 0.273 0.074 0.017 0.018 0.020 0.143 0.045 0.410 81 P 0.088 0.099 0.028 0.016 0.033 0.111 0.052 0.573 82 S 0.094 0.165 0.041 0.013 0.031 0.098 0.041 0.516 83 L 0.020 0.053 0.151 0.061 0.071 0.131 0.100 0.413 84 V 0.032 0.028 0.138 0.033 0.028 0.100 0.053 0.588 85 D 0.902 0.024 0.009 0.003 0.003 0.009 0.022 0.028 86 E 0.121 0.031 0.014 0.006 0.008 0.083 0.024 0.713 87 A 0.013 0.014 0.014 0.003 0.014 0.072 0.007 0.864 88 G 0.029 0.032 0.045 0.038 0.055 0.120 0.065 0.616 89 Y 0.049 0.058 0.038 0.083 0.049 0.144 0.040 0.540 90 F 0.134 0.051 0.050 0.028 0.038 0.078 0.122 0.499 91 W 0.077 0.104 0.020 0.026 0.028 0.101 0.108 0.536 92 H 0.121 0.248 0.018 0.010 0.016 0.056 0.082 0.449 93 Q 0.083 0.362 0.015 0.012 0.014 0.064 0.054 0.396 94 S 0.064 0.379 0.028 0.017 0.024 0.073 0.075 0.339 95 I 0.104 0.335 0.033 0.017 0.023 0.078 0.091 0.318 96 F 0.319 0.224 0.016 0.012 0.015 0.058 0.073 0.283 97 E 0.110 0.077 0.022 0.012 0.013 0.069 0.248 0.449 98 E 0.045 0.262 0.010 0.005 0.008 0.066 0.075 0.529 99 K 0.046 0.199 0.016 0.006 0.009 0.109 0.022 0.593 100 V 0.013 0.155 0.016 0.008 0.004 0.105 0.032 0.667 101 N 0.029 0.935 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.018 102 L 0.050 0.919 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.013 103 E 0.008 0.538 0.005 0.002 0.001 0.009 0.386 0.050 104 E 0.010 0.880 0.003 0.001 0.001 0.007 0.073 0.026 105 V 0.011 0.898 0.001 0.001 0.001 0.006 0.066 0.017 106 Y 0.004 0.943 0.004 0.001 0.001 0.003 0.025 0.019 107 N 0.004 0.955 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.018 108 E 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.005 109 W 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 110 D 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 111 A 0.001 0.560 0.004 0.001 0.001 0.002 0.426 0.005 112 Q 0.001 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.075 0.001 113 I 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 114 I 0.005 0.962 0.012 0.001 0.001 0.002 0.008 0.010 115 S 0.047 0.298 0.054 0.010 0.006 0.020 0.496 0.069 116 F 0.209 0.056 0.093 0.005 0.003 0.028 0.547 0.059 117 M 0.817 0.005 0.007 0.001 0.001 0.017 0.019 0.132 118 K 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.005 0.921 119 S 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.055 0.003 0.936 120 G 0.005 0.001 0.022 0.007 0.012 0.240 0.018 0.695 121 R 0.019 0.002 0.020 0.014 0.008 0.159 0.023 0.756 122 R 0.167 0.018 0.043 0.013 0.010 0.131 0.071 0.546 123 P 0.076 0.027 0.070 0.009 0.014 0.113 0.076 0.615 124 D 0.037 0.031 0.280 0.018 0.027 0.105 0.098 0.404 125 H 0.030 0.072 0.197 0.020 0.035 0.103 0.134 0.410 126 I 0.062 0.079 0.190 0.030 0.039 0.144 0.066 0.390 127 D 0.108 0.116 0.110 0.031 0.047 0.100 0.252 0.236 128 S 0.051 0.298 0.067 0.014 0.041 0.104 0.116 0.308 129 H 0.054 0.243 0.074 0.023 0.050 0.110 0.102 0.344 130 H 0.030 0.122 0.133 0.090 0.084 0.091 0.170 0.279 131 N 0.138 0.209 0.075 0.037 0.068 0.093 0.111 0.268 132 V 0.188 0.079 0.053 0.032 0.044 0.064 0.301 0.240 133 H 0.099 0.081 0.032 0.029 0.045 0.098 0.118 0.498 134 G 0.022 0.043 0.016 0.016 0.026 0.093 0.047 0.738 135 K 0.035 0.144 0.018 0.017 0.019 0.089 0.043 0.634 136 N 0.219 0.416 0.008 0.009 0.012 0.037 0.120 0.180 137 K 0.033 0.352 0.020 0.010 0.010 0.067 0.135 0.374 138 K 0.013 0.710 0.014 0.011 0.016 0.033 0.064 0.140 139 L 0.012 0.905 0.005 0.002 0.003 0.009 0.025 0.039 140 L 0.003 0.946 0.002 0.002 0.003 0.004 0.028 0.011 141 G 0.002 0.930 0.006 0.002 0.003 0.002 0.045 0.010 142 V 0.001 0.976 0.003 0.002 0.002 0.001 0.013 0.003 143 A 0.003 0.972 0.007 0.001 0.002 0.001 0.012 0.002 144 L 0.009 0.890 0.016 0.006 0.003 0.003 0.064 0.009 145 A 0.010 0.871 0.041 0.008 0.005 0.004 0.032 0.028 146 L 0.115 0.650 0.040 0.009 0.011 0.018 0.071 0.085 147 A 0.200 0.044 0.211 0.031 0.014 0.040 0.290 0.171 148 R 0.534 0.017 0.005 0.007 0.006 0.021 0.021 0.390 149 K 0.049 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 0.009 0.907 150 Y 0.004 0.002 0.012 0.008 0.013 0.187 0.008 0.765 151 Q 0.010 0.002 0.007 0.003 0.010 0.063 0.011 0.894 152 L 0.043 0.010 0.030 0.042 0.018 0.109 0.049 0.701 153 P 0.058 0.038 0.258 0.067 0.095 0.088 0.093 0.303 154 L 0.048 0.018 0.103 0.042 0.070 0.068 0.094 0.557 155 R 0.021 0.013 0.310 0.091 0.078 0.071 0.061 0.354 156 N 0.064 0.021 0.097 0.041 0.057 0.082 0.084 0.554 157 A 0.063 0.037 0.047 0.034 0.045 0.119 0.070 0.584 158 S 0.081 0.045 0.035 0.016 0.026 0.099 0.045 0.653 159 R 0.048 0.034 0.029 0.027 0.032 0.106 0.127 0.597 160 S 0.083 0.089 0.022 0.017 0.022 0.102 0.094 0.572 161 I 0.128 0.100 0.022 0.023 0.024 0.113 0.079 0.511 162 E 0.065 0.177 0.013 0.011 0.014 0.092 0.034 0.594 163 T 0.155 0.386 0.007 0.005 0.009 0.048 0.041 0.348 164 K 0.074 0.334 0.022 0.013 0.012 0.084 0.063 0.399 165 D 0.099 0.538 0.012 0.008 0.011 0.043 0.059 0.230 166 Y 0.218 0.319 0.032 0.012 0.012 0.052 0.097 0.257 167 L 0.111 0.207 0.037 0.020 0.026 0.087 0.096 0.416 168 E 0.063 0.045 0.061 0.013 0.017 0.087 0.101 0.613 169 L 0.200 0.035 0.025 0.014 0.015 0.120 0.060 0.530 170 Y 0.219 0.015 0.016 0.006 0.009 0.081 0.047 0.607 171 Q 0.022 0.005 0.017 0.007 0.017 0.138 0.025 0.769 172 D 0.020 0.007 0.045 0.012 0.031 0.128 0.073 0.684 173 V 0.017 0.011 0.041 0.029 0.029 0.180 0.037 0.655 174 R 0.021 0.021 0.071 0.018 0.023 0.151 0.026 0.670 175 T 0.119 0.241 0.033 0.015 0.017 0.092 0.090 0.393 176 P 0.134 0.544 0.021 0.005 0.008 0.050 0.040 0.197 177 D 0.095 0.478 0.042 0.015 0.022 0.052 0.085 0.213 178 E 0.067 0.411 0.039 0.026 0.040 0.075 0.078 0.264 179 M 0.153 0.255 0.049 0.034 0.061 0.081 0.106 0.260 180 L 0.078 0.176 0.031 0.046 0.081 0.105 0.109 0.374 181 Y 0.039 0.127 0.040 0.038 0.081 0.082 0.090 0.503 182 Q 0.058 0.144 0.043 0.066 0.091 0.123 0.053 0.422 183 F 0.059 0.080 0.079 0.076 0.112 0.110 0.104 0.379 184 Y 0.154 0.074 0.033 0.035 0.055 0.090 0.090 0.469 185 D 0.201 0.053 0.018 0.018 0.025 0.079 0.158 0.447 186 K 0.019 0.045 0.014 0.013 0.020 0.103 0.213 0.574 187 A 0.027 0.125 0.014 0.008 0.018 0.148 0.040 0.619 188 I 0.015 0.047 0.011 0.014 0.012 0.089 0.363 0.448 189 S 0.017 0.852 0.002 0.002 0.002 0.011 0.073 0.043 190 T 0.016 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.012 191 E 0.005 0.922 0.004 0.003 0.001 0.005 0.036 0.024 192 T 0.010 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.004 193 I 0.037 0.901 0.002 0.001 0.001 0.002 0.052 0.006 194 L 0.024 0.808 0.017 0.001 0.001 0.006 0.117 0.025 195 Q 0.016 0.842 0.008 0.001 0.001 0.010 0.030 0.094 196 L 0.037 0.840 0.016 0.001 0.001 0.012 0.035 0.058 197 L 0.073 0.692 0.043 0.002 0.002 0.016 0.098 0.074 198 D 0.145 0.427 0.013 0.002 0.002 0.030 0.060 0.321 199 M 0.164 0.148 0.073 0.006 0.005 0.064 0.159 0.382 200 V 0.141 0.051 0.052 0.014 0.009 0.102 0.170 0.460 201 V 0.051 0.010 0.027 0.004 0.006 0.082 0.047 0.773 202 C 0.043 0.004 0.017 0.003 0.003 0.087 0.023 0.820 203 S 0.359 0.009 0.009 0.002 0.002 0.060 0.029 0.531 204 E 0.111 0.011 0.006 0.002 0.004 0.102 0.017 0.747 205 G 0.008 0.007 0.032 0.005 0.020 0.157 0.025 0.746 206 E 0.012 0.028 0.127 0.063 0.133 0.104 0.101 0.431 207 V 0.005 0.016 0.156 0.130 0.153 0.066 0.141 0.334 208 F 0.003 0.008 0.297 0.205 0.258 0.026 0.096 0.108 209 E 0.009 0.007 0.223 0.242 0.328 0.022 0.079 0.090 210 I 0.012 0.007 0.295 0.221 0.226 0.037 0.042 0.160 211 N 0.005 0.010 0.258 0.146 0.324 0.044 0.041 0.172 212 C 0.017 0.016 0.142 0.121 0.189 0.091 0.059 0.365 213 H 0.140 0.063 0.076 0.115 0.118 0.099 0.126 0.264 214 P 0.113 0.058 0.041 0.032 0.052 0.104 0.075 0.525 215 A 0.038 0.053 0.053 0.027 0.044 0.135 0.102 0.548 216 F 0.042 0.165 0.035 0.022 0.028 0.106 0.076 0.526 217 I 0.075 0.413 0.028 0.013 0.017 0.067 0.054 0.333 218 D 0.116 0.532 0.021 0.010 0.012 0.043 0.058 0.208 219 T 0.115 0.314 0.039 0.013 0.015 0.051 0.245 0.208 220 I 0.176 0.248 0.042 0.018 0.020 0.075 0.125 0.295 221 L 0.230 0.057 0.044 0.019 0.029 0.086 0.139 0.396 222 Q 0.058 0.020 0.020 0.013 0.017 0.112 0.077 0.683 223 N 0.091 0.017 0.009 0.006 0.012 0.094 0.040 0.732 224 Q 0.080 0.013 0.007 0.007 0.009 0.107 0.025 0.754 225 S 0.077 0.024 0.013 0.010 0.021 0.126 0.035 0.695 226 G 0.062 0.033 0.020 0.012 0.024 0.141 0.039 0.670 227 Y 0.018 0.040 0.032 0.033 0.041 0.129 0.050 0.657 228 C 0.046 0.184 0.030 0.018 0.025 0.080 0.056 0.561 229 M 0.093 0.418 0.020 0.030 0.031 0.057 0.109 0.243 230 P 0.027 0.478 0.029 0.022 0.032 0.051 0.091 0.271 231 R 0.013 0.874 0.005 0.008 0.013 0.012 0.030 0.045 232 I 0.014 0.883 0.008 0.009 0.013 0.011 0.015 0.046 233 R 0.006 0.880 0.012 0.023 0.028 0.007 0.019 0.025 234 E 0.040 0.779 0.014 0.012 0.026 0.012 0.069 0.047 235 V 0.071 0.082 0.026 0.024 0.017 0.016 0.725 0.040 236 E 0.035 0.187 0.017 0.054 0.050 0.041 0.392 0.224 237 I 0.106 0.131 0.017 0.007 0.022 0.099 0.071 0.547 238 L 0.016 0.118 0.029 0.057 0.042 0.158 0.113 0.466 239 T 0.027 0.382 0.005 0.004 0.007 0.044 0.075 0.456 240 S 0.057 0.905 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.018 241 Q 0.012 0.908 0.003 0.001 0.001 0.010 0.027 0.038 242 E 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.010 243 V 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 244 K 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 245 E 0.003 0.983 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 246 A 0.065 0.787 0.043 0.002 0.002 0.007 0.067 0.028 247 I 0.153 0.016 0.465 0.003 0.001 0.011 0.319 0.032 248 E 0.886 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.008 0.093 249 E 0.055 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.930 250 R 0.001 0.001 0.016 0.001 0.004 0.182 0.003 0.793 251 G 0.004 0.001 0.018 0.003 0.011 0.059 0.015 0.889 252 I 0.014 0.004 0.059 0.118 0.025 0.090 0.040 0.651 253 L 0.013 0.011 0.549 0.048 0.067 0.052 0.046 0.214 254 L 0.049 0.019 0.136 0.070 0.080 0.073 0.056 0.518 255 A 0.006 0.006 0.609 0.065 0.033 0.032 0.036 0.212 256 N 0.090 0.136 0.132 0.034 0.048 0.066 0.126 0.368 257 Y 0.293 0.105 0.097 0.028 0.028 0.062 0.115 0.272 258 E 0.113 0.066 0.038 0.041 0.044 0.086 0.051 0.561 259 S 0.058 0.020 0.015 0.010 0.023 0.069 0.058 0.746 260 L 0.071 0.016 0.018 0.031 0.035 0.148 0.074 0.608 261 A 0.084 0.015 0.012 0.023 0.035 0.108 0.065 0.658 262 M 0.039 0.010 0.007 0.010 0.020 0.084 0.033 0.797