# TARGET T0325 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0325.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 107.175 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.981 2 S 0.084 0.010 0.018 0.013 0.008 0.026 0.840 3 N 0.188 0.013 0.043 0.004 0.186 0.098 0.468 4 K 0.425 0.003 0.017 0.001 0.113 0.035 0.407 5 K 0.835 0.002 0.003 0.001 0.019 0.008 0.132 6 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 7 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 8 I 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 9 N 0.778 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.211 10 A 0.168 0.004 0.023 0.003 0.164 0.186 0.451 11 D 0.061 0.013 0.054 0.009 0.244 0.352 0.268 12 D 0.043 0.029 0.163 0.024 0.160 0.315 0.266 13 F 0.049 0.024 0.087 0.031 0.186 0.397 0.226 14 G 0.041 0.018 0.050 0.037 0.219 0.340 0.295 15 Y 0.046 0.084 0.018 0.032 0.243 0.113 0.463 16 T 0.015 0.019 0.005 0.016 0.087 0.015 0.843 17 P 0.002 0.001 0.052 0.328 0.060 0.535 0.023 18 A 0.002 0.001 0.042 0.592 0.021 0.322 0.020 19 V 0.007 0.004 0.014 0.815 0.030 0.019 0.111 20 T 0.008 0.003 0.001 0.909 0.014 0.008 0.058 21 Q 0.007 0.001 0.001 0.982 0.002 0.006 0.002 22 G 0.004 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 23 I 0.003 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.002 24 I 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.002 25 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 27 H 0.001 0.001 0.002 0.981 0.002 0.012 0.002 28 K 0.003 0.001 0.004 0.928 0.007 0.051 0.005 29 R 0.002 0.001 0.006 0.451 0.019 0.514 0.008 30 G 0.002 0.001 0.002 0.071 0.049 0.841 0.036 31 V 0.056 0.016 0.004 0.061 0.093 0.039 0.730 32 V 0.416 0.059 0.005 0.044 0.081 0.008 0.388 33 T 0.513 0.011 0.010 0.066 0.099 0.014 0.287 34 S 0.540 0.006 0.044 0.203 0.070 0.027 0.111 35 T 0.460 0.006 0.083 0.251 0.039 0.030 0.132 36 T 0.353 0.010 0.122 0.278 0.066 0.061 0.108 37 A 0.397 0.016 0.094 0.261 0.057 0.090 0.085 38 L 0.260 0.022 0.099 0.187 0.117 0.092 0.224 39 P 0.060 0.019 0.143 0.108 0.124 0.359 0.187 40 T 0.021 0.017 0.082 0.087 0.233 0.340 0.220 41 S 0.006 0.007 0.058 0.127 0.383 0.067 0.351 42 P 0.001 0.002 0.137 0.427 0.057 0.330 0.047 43 Y 0.002 0.004 0.081 0.656 0.033 0.197 0.027 44 F 0.001 0.001 0.016 0.952 0.006 0.011 0.014 45 L 0.001 0.001 0.006 0.980 0.002 0.007 0.005 46 E 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.009 0.002 47 A 0.001 0.001 0.006 0.979 0.001 0.010 0.003 48 M 0.001 0.001 0.008 0.978 0.002 0.009 0.002 49 E 0.001 0.001 0.008 0.944 0.003 0.039 0.005 50 S 0.001 0.001 0.014 0.858 0.005 0.111 0.011 51 A 0.002 0.004 0.016 0.625 0.022 0.283 0.049 52 R 0.003 0.005 0.041 0.339 0.085 0.320 0.207 53 I 0.008 0.006 0.088 0.195 0.185 0.244 0.274 54 S 0.015 0.023 0.077 0.135 0.219 0.266 0.265 55 A 0.007 0.012 0.027 0.009 0.215 0.020 0.710 56 P 0.004 0.002 0.097 0.011 0.112 0.661 0.113 57 T 0.004 0.006 0.057 0.003 0.118 0.752 0.060 58 L 0.061 0.013 0.010 0.001 0.326 0.024 0.565 59 A 0.097 0.006 0.003 0.001 0.214 0.030 0.651 60 I 0.882 0.008 0.001 0.001 0.019 0.006 0.083 61 G 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 62 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 63 H 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 64 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 65 T 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 66 L 0.885 0.006 0.001 0.001 0.009 0.003 0.096 67 T 0.628 0.007 0.002 0.004 0.056 0.018 0.286 68 L 0.233 0.014 0.038 0.028 0.218 0.161 0.306 69 N 0.088 0.008 0.083 0.020 0.163 0.375 0.263 70 Q 0.042 0.008 0.052 0.012 0.242 0.378 0.266 71 A 0.058 0.015 0.031 0.009 0.267 0.222 0.398 72 K 0.116 0.041 0.009 0.004 0.210 0.020 0.601 73 P 0.183 0.076 0.009 0.004 0.076 0.043 0.609 74 I 0.138 0.115 0.010 0.003 0.132 0.057 0.546 75 L 0.057 0.035 0.008 0.003 0.224 0.029 0.645 76 P 0.029 0.016 0.031 0.011 0.111 0.060 0.742 77 R 0.007 0.005 0.566 0.091 0.046 0.169 0.115 78 E 0.007 0.003 0.604 0.081 0.053 0.187 0.064 79 M 0.017 0.013 0.528 0.092 0.059 0.189 0.101 80 V 0.049 0.040 0.150 0.093 0.203 0.062 0.404 81 P 0.041 0.013 0.253 0.108 0.062 0.119 0.404 82 S 0.112 0.017 0.270 0.144 0.128 0.162 0.168 83 L 0.191 0.030 0.146 0.134 0.103 0.123 0.272 84 V 0.211 0.154 0.035 0.085 0.200 0.080 0.234 85 D 0.058 0.011 0.005 0.007 0.162 0.015 0.742 86 E 0.004 0.002 0.024 0.015 0.058 0.880 0.017 87 A 0.003 0.002 0.023 0.006 0.041 0.907 0.017 88 G 0.043 0.019 0.051 0.014 0.324 0.143 0.406 89 Y 0.112 0.109 0.026 0.026 0.072 0.070 0.584 90 F 0.207 0.217 0.032 0.030 0.130 0.082 0.302 91 W 0.172 0.057 0.052 0.058 0.133 0.130 0.398 92 H 0.104 0.029 0.052 0.136 0.143 0.135 0.402 93 Q 0.044 0.008 0.091 0.462 0.061 0.064 0.270 94 S 0.024 0.004 0.156 0.560 0.050 0.079 0.127 95 I 0.027 0.009 0.163 0.587 0.040 0.094 0.081 96 F 0.032 0.015 0.138 0.563 0.044 0.113 0.096 97 E 0.027 0.010 0.189 0.416 0.076 0.181 0.102 98 E 0.024 0.003 0.107 0.302 0.137 0.350 0.077 99 K 0.025 0.009 0.061 0.170 0.162 0.249 0.324 100 V 0.025 0.043 0.004 0.043 0.195 0.019 0.671 101 N 0.005 0.011 0.001 0.015 0.020 0.004 0.944 102 L 0.001 0.001 0.009 0.977 0.001 0.011 0.002 103 E 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.004 0.001 104 E 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.002 0.001 105 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 106 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 107 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 108 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 109 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 110 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 112 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 113 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 114 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 115 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 116 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 117 M 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.008 0.001 118 K 0.001 0.001 0.005 0.867 0.002 0.125 0.001 119 S 0.001 0.001 0.003 0.215 0.003 0.776 0.003 120 G 0.001 0.001 0.003 0.017 0.067 0.811 0.101 121 R 0.004 0.008 0.002 0.002 0.245 0.016 0.722 122 R 0.031 0.026 0.003 0.001 0.084 0.005 0.849 123 P 0.053 0.012 0.203 0.058 0.097 0.144 0.433 124 D 0.084 0.004 0.213 0.071 0.256 0.221 0.151 125 H 0.284 0.025 0.163 0.106 0.100 0.096 0.225 126 I 0.420 0.066 0.016 0.105 0.046 0.019 0.328 127 D 0.363 0.030 0.015 0.085 0.059 0.031 0.416 128 S 0.204 0.018 0.060 0.159 0.091 0.154 0.314 129 H 0.137 0.013 0.102 0.177 0.126 0.147 0.299 130 H 0.102 0.015 0.169 0.220 0.108 0.236 0.150 131 N 0.075 0.028 0.111 0.242 0.079 0.220 0.245 132 V 0.054 0.026 0.124 0.247 0.076 0.249 0.222 133 H 0.021 0.010 0.068 0.221 0.119 0.418 0.142 134 G 0.013 0.004 0.046 0.194 0.142 0.453 0.148 135 K 0.017 0.009 0.036 0.287 0.192 0.157 0.303 136 N 0.020 0.008 0.030 0.422 0.108 0.068 0.344 137 K 0.010 0.002 0.034 0.806 0.036 0.051 0.060 138 K 0.011 0.003 0.029 0.884 0.010 0.034 0.029 139 L 0.006 0.002 0.011 0.943 0.004 0.013 0.021 140 L 0.003 0.001 0.002 0.975 0.003 0.008 0.008 141 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.001 142 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 143 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 144 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 145 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 146 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.002 147 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.001 148 R 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.009 0.002 149 K 0.001 0.001 0.004 0.954 0.006 0.033 0.002 150 Y 0.001 0.001 0.004 0.512 0.014 0.460 0.007 151 Q 0.002 0.001 0.002 0.017 0.050 0.830 0.098 152 L 0.022 0.004 0.001 0.003 0.070 0.004 0.897 153 P 0.263 0.026 0.009 0.006 0.019 0.006 0.671 154 L 0.600 0.022 0.021 0.016 0.031 0.012 0.297 155 R 0.693 0.017 0.027 0.022 0.044 0.018 0.180 156 N 0.650 0.022 0.025 0.029 0.059 0.021 0.195 157 A 0.279 0.011 0.025 0.049 0.113 0.053 0.469 158 S 0.127 0.014 0.051 0.074 0.164 0.114 0.457 159 R 0.089 0.019 0.078 0.104 0.176 0.143 0.390 160 S 0.093 0.022 0.074 0.137 0.133 0.120 0.420 161 I 0.058 0.020 0.090 0.202 0.117 0.110 0.402 162 E 0.052 0.016 0.086 0.220 0.080 0.142 0.405 163 T 0.028 0.007 0.080 0.449 0.067 0.097 0.272 164 K 0.017 0.003 0.072 0.640 0.057 0.099 0.112 165 D 0.023 0.004 0.076 0.629 0.050 0.120 0.099 166 Y 0.018 0.004 0.081 0.774 0.015 0.063 0.045 167 L 0.030 0.006 0.081 0.741 0.020 0.067 0.056 168 E 0.054 0.008 0.099 0.662 0.023 0.094 0.060 169 L 0.056 0.008 0.079 0.567 0.051 0.119 0.120 170 Y 0.060 0.017 0.076 0.406 0.072 0.175 0.194 171 Q 0.038 0.007 0.054 0.183 0.104 0.481 0.133 172 D 0.045 0.006 0.041 0.048 0.104 0.534 0.222 173 V 0.085 0.022 0.009 0.015 0.121 0.041 0.706 174 R 0.091 0.055 0.007 0.022 0.086 0.037 0.702 175 T 0.061 0.033 0.004 0.017 0.177 0.013 0.695 176 P 0.021 0.007 0.070 0.377 0.061 0.150 0.313 177 D 0.011 0.002 0.114 0.566 0.065 0.203 0.039 178 E 0.022 0.004 0.096 0.723 0.029 0.079 0.047 179 M 0.065 0.015 0.050 0.743 0.020 0.043 0.064 180 L 0.101 0.010 0.037 0.674 0.025 0.069 0.084 181 Y 0.120 0.004 0.057 0.631 0.045 0.083 0.059 182 Q 0.125 0.006 0.061 0.608 0.051 0.075 0.073 183 F 0.176 0.012 0.057 0.497 0.055 0.103 0.101 184 Y 0.175 0.031 0.040 0.362 0.104 0.151 0.136 185 D 0.106 0.012 0.064 0.192 0.150 0.239 0.237 186 K 0.038 0.004 0.046 0.108 0.157 0.565 0.082 187 A 0.046 0.014 0.024 0.050 0.147 0.422 0.297 188 I 0.071 0.066 0.002 0.013 0.148 0.013 0.686 189 S 0.021 0.019 0.001 0.010 0.033 0.003 0.912 190 T 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.007 0.003 191 E 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.004 0.001 192 T 0.001 0.001 0.012 0.982 0.001 0.003 0.002 193 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 194 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 195 Q 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.011 0.001 196 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.012 0.004 197 L 0.001 0.001 0.004 0.978 0.004 0.008 0.005 198 D 0.001 0.001 0.012 0.935 0.004 0.043 0.005 199 M 0.001 0.001 0.016 0.885 0.005 0.088 0.006 200 V 0.007 0.004 0.028 0.783 0.022 0.125 0.032 201 V 0.024 0.018 0.036 0.601 0.027 0.235 0.059 202 C 0.025 0.007 0.051 0.322 0.086 0.271 0.238 203 S 0.024 0.005 0.032 0.083 0.292 0.146 0.418 204 E 0.016 0.006 0.068 0.035 0.206 0.442 0.227 205 G 0.013 0.002 0.037 0.004 0.278 0.562 0.103 206 E 0.068 0.004 0.019 0.002 0.425 0.212 0.270 207 V 0.607 0.020 0.003 0.001 0.046 0.011 0.313 208 F 0.884 0.005 0.001 0.001 0.016 0.002 0.091 209 E 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 210 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 211 N 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 212 C 0.834 0.006 0.001 0.001 0.013 0.004 0.141 213 H 0.385 0.008 0.002 0.002 0.079 0.024 0.500 214 P 0.135 0.008 0.029 0.012 0.189 0.264 0.363 215 A 0.120 0.021 0.054 0.034 0.285 0.281 0.205 216 F 0.182 0.036 0.050 0.087 0.185 0.165 0.296 217 I 0.081 0.037 0.023 0.121 0.138 0.078 0.522 218 D 0.037 0.021 0.016 0.235 0.132 0.047 0.512 219 T 0.004 0.001 0.059 0.803 0.040 0.069 0.024 220 I 0.007 0.002 0.093 0.790 0.012 0.078 0.018 221 L 0.014 0.005 0.238 0.617 0.012 0.085 0.030 222 Q 0.016 0.014 0.170 0.522 0.028 0.218 0.032 223 N 0.008 0.004 0.095 0.318 0.032 0.506 0.037 224 Q 0.010 0.007 0.061 0.135 0.252 0.313 0.221 225 S 0.011 0.006 0.090 0.073 0.209 0.273 0.338 226 G 0.011 0.005 0.152 0.062 0.128 0.507 0.135 227 Y 0.029 0.021 0.112 0.094 0.182 0.252 0.310 228 C 0.048 0.024 0.040 0.224 0.180 0.096 0.388 229 M 0.033 0.007 0.014 0.541 0.188 0.031 0.186 230 P 0.030 0.008 0.008 0.772 0.029 0.023 0.130 231 R 0.027 0.003 0.005 0.894 0.008 0.011 0.052 232 I 0.030 0.002 0.006 0.927 0.007 0.006 0.022 233 R 0.022 0.002 0.005 0.940 0.006 0.009 0.016 234 E 0.007 0.001 0.003 0.969 0.003 0.008 0.008 235 V 0.004 0.001 0.007 0.978 0.002 0.006 0.003 236 E 0.004 0.001 0.013 0.963 0.002 0.015 0.002 237 I 0.004 0.001 0.036 0.890 0.003 0.063 0.004 238 L 0.005 0.005 0.032 0.738 0.019 0.181 0.020 239 T 0.003 0.009 0.010 0.392 0.130 0.332 0.124 240 S 0.001 0.002 0.001 0.074 0.319 0.010 0.594 241 Q 0.001 0.001 0.007 0.945 0.011 0.031 0.005 242 E 0.001 0.001 0.008 0.961 0.002 0.025 0.003 243 V 0.001 0.001 0.006 0.985 0.001 0.004 0.003 244 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 245 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 246 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 247 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 248 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 249 E 0.001 0.001 0.001 0.953 0.003 0.042 0.001 250 R 0.001 0.001 0.001 0.182 0.004 0.813 0.001 251 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.968 0.020 252 I 0.042 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.942 253 L 0.767 0.028 0.002 0.001 0.006 0.001 0.195 254 L 0.871 0.022 0.003 0.001 0.011 0.001 0.093 255 A 0.646 0.007 0.003 0.001 0.061 0.010 0.273 256 N 0.326 0.011 0.005 0.001 0.154 0.028 0.475 257 Y 0.078 0.010 0.269 0.113 0.090 0.120 0.320 258 E 0.053 0.005 0.297 0.164 0.116 0.182 0.183 259 S 0.048 0.022 0.450 0.086 0.085 0.115 0.194 260 L 0.090 0.046 0.133 0.104 0.122 0.116 0.389 261 A 0.038 0.019 0.036 0.039 0.026 0.098 0.743 262 M 0.003 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.982