# TARGET T0325 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0325.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 107.175 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.624 0.197 0.084 0.059 0.029 0.007 0.001 2 S 0.254 0.281 0.245 0.163 0.052 0.005 0.001 3 N 0.330 0.423 0.179 0.058 0.009 0.001 0.001 4 K 0.022 0.126 0.254 0.347 0.217 0.033 0.001 5 K 0.008 0.034 0.166 0.362 0.339 0.084 0.006 6 L 0.001 0.002 0.005 0.022 0.123 0.628 0.220 7 I 0.001 0.001 0.001 0.007 0.058 0.411 0.522 8 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.166 0.809 9 N 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.177 0.793 10 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.203 0.774 11 D 0.001 0.003 0.009 0.034 0.097 0.273 0.583 12 D 0.003 0.009 0.021 0.050 0.123 0.367 0.427 13 F 0.010 0.018 0.029 0.070 0.155 0.372 0.345 14 G 0.014 0.031 0.047 0.094 0.181 0.392 0.240 15 Y 0.021 0.037 0.057 0.124 0.215 0.348 0.198 16 T 0.030 0.065 0.114 0.209 0.268 0.235 0.078 17 P 0.110 0.261 0.255 0.175 0.112 0.064 0.023 18 A 0.066 0.174 0.220 0.236 0.173 0.100 0.032 19 V 0.010 0.026 0.058 0.136 0.276 0.363 0.131 20 T 0.010 0.036 0.072 0.183 0.309 0.331 0.060 21 Q 0.010 0.075 0.250 0.368 0.221 0.069 0.008 22 G 0.001 0.003 0.014 0.076 0.290 0.544 0.072 23 I 0.001 0.002 0.002 0.005 0.045 0.436 0.510 24 I 0.003 0.018 0.059 0.192 0.314 0.351 0.062 25 E 0.007 0.087 0.290 0.382 0.187 0.041 0.007 26 A 0.002 0.007 0.020 0.094 0.303 0.488 0.086 27 H 0.004 0.017 0.044 0.157 0.385 0.348 0.045 28 K 0.061 0.275 0.300 0.214 0.110 0.035 0.005 29 R 0.085 0.292 0.315 0.206 0.081 0.018 0.003 30 G 0.007 0.055 0.148 0.283 0.305 0.175 0.026 31 V 0.002 0.017 0.056 0.164 0.310 0.358 0.092 32 V 0.001 0.002 0.006 0.028 0.148 0.493 0.323 33 T 0.001 0.005 0.022 0.098 0.241 0.361 0.272 34 S 0.001 0.001 0.004 0.015 0.057 0.287 0.636 35 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.109 0.879 36 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.128 0.856 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.095 0.895 38 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.118 0.868 39 P 0.001 0.001 0.002 0.006 0.025 0.168 0.800 40 T 0.001 0.001 0.004 0.019 0.073 0.268 0.635 41 S 0.001 0.004 0.012 0.039 0.113 0.342 0.489 42 P 0.002 0.011 0.032 0.087 0.199 0.383 0.287 43 Y 0.001 0.007 0.023 0.065 0.167 0.415 0.321 44 F 0.002 0.006 0.012 0.042 0.135 0.397 0.407 45 L 0.009 0.053 0.132 0.258 0.274 0.216 0.057 46 E 0.013 0.076 0.196 0.297 0.250 0.131 0.037 47 A 0.003 0.008 0.013 0.035 0.127 0.491 0.323 48 M 0.005 0.014 0.038 0.141 0.319 0.379 0.104 49 E 0.039 0.208 0.298 0.266 0.125 0.052 0.012 50 S 0.020 0.090 0.184 0.299 0.256 0.130 0.020 51 A 0.007 0.016 0.042 0.159 0.359 0.357 0.060 52 R 0.072 0.258 0.307 0.232 0.102 0.026 0.003 53 I 0.256 0.333 0.209 0.128 0.057 0.015 0.002 54 S 0.198 0.328 0.258 0.142 0.054 0.018 0.003 55 A 0.123 0.190 0.250 0.250 0.142 0.041 0.004 56 P 0.259 0.298 0.199 0.146 0.074 0.021 0.003 57 T 0.160 0.302 0.228 0.171 0.092 0.038 0.009 58 L 0.005 0.022 0.068 0.199 0.347 0.299 0.060 59 A 0.008 0.025 0.073 0.203 0.314 0.280 0.095 60 I 0.001 0.002 0.005 0.014 0.065 0.414 0.500 61 G 0.001 0.003 0.006 0.019 0.078 0.299 0.595 62 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.032 0.189 0.767 63 H 0.001 0.001 0.002 0.008 0.037 0.205 0.748 64 L 0.001 0.001 0.003 0.009 0.047 0.325 0.615 65 T 0.001 0.007 0.026 0.088 0.222 0.380 0.276 66 L 0.001 0.005 0.019 0.072 0.227 0.464 0.213 67 T 0.009 0.053 0.106 0.197 0.277 0.281 0.076 68 L 0.030 0.096 0.184 0.301 0.277 0.104 0.009 69 N 0.220 0.337 0.269 0.127 0.037 0.008 0.001 70 Q 0.407 0.294 0.165 0.086 0.033 0.012 0.002 71 A 0.312 0.246 0.184 0.134 0.083 0.036 0.005 72 K 0.253 0.218 0.210 0.178 0.100 0.037 0.005 73 P 0.211 0.168 0.139 0.155 0.159 0.139 0.030 74 I 0.113 0.145 0.154 0.201 0.197 0.156 0.035 75 L 0.119 0.166 0.193 0.239 0.184 0.082 0.017 76 P 0.377 0.323 0.166 0.087 0.034 0.011 0.002 77 R 0.337 0.297 0.209 0.111 0.039 0.007 0.001 78 E 0.467 0.319 0.144 0.051 0.015 0.003 0.001 79 M 0.119 0.262 0.292 0.216 0.086 0.022 0.002 80 V 0.029 0.058 0.135 0.288 0.334 0.147 0.010 81 P 0.116 0.268 0.283 0.203 0.094 0.031 0.004 82 S 0.090 0.226 0.236 0.212 0.139 0.082 0.014 83 L 0.010 0.027 0.066 0.208 0.347 0.311 0.029 84 V 0.039 0.133 0.249 0.306 0.203 0.066 0.004 85 D 0.258 0.351 0.225 0.113 0.041 0.011 0.001 86 E 0.522 0.289 0.124 0.049 0.014 0.003 0.001 87 A 0.502 0.272 0.138 0.062 0.020 0.006 0.001 88 G 0.222 0.204 0.216 0.199 0.114 0.041 0.003 89 Y 0.119 0.209 0.258 0.228 0.134 0.049 0.004 90 F 0.048 0.049 0.081 0.180 0.325 0.280 0.038 91 W 0.052 0.113 0.184 0.262 0.236 0.136 0.016 92 H 0.142 0.217 0.221 0.205 0.141 0.066 0.008 93 Q 0.189 0.255 0.244 0.188 0.092 0.029 0.003 94 S 0.301 0.301 0.196 0.123 0.056 0.019 0.002 95 I 0.157 0.187 0.213 0.237 0.145 0.057 0.005 96 F 0.173 0.170 0.187 0.235 0.173 0.058 0.004 97 E 0.342 0.319 0.206 0.095 0.030 0.007 0.001 98 E 0.398 0.345 0.159 0.070 0.022 0.006 0.001 99 K 0.291 0.303 0.220 0.122 0.050 0.013 0.001 100 V 0.062 0.112 0.200 0.305 0.249 0.068 0.003 101 N 0.204 0.417 0.232 0.105 0.034 0.007 0.001 102 L 0.046 0.180 0.295 0.320 0.136 0.022 0.001 103 E 0.381 0.422 0.137 0.043 0.013 0.004 0.001 104 E 0.013 0.129 0.367 0.347 0.122 0.021 0.001 105 V 0.001 0.003 0.009 0.085 0.402 0.467 0.033 106 Y 0.004 0.081 0.323 0.413 0.155 0.024 0.001 107 N 0.043 0.270 0.310 0.227 0.107 0.040 0.003 108 E 0.002 0.014 0.053 0.135 0.335 0.409 0.052 109 W 0.001 0.001 0.005 0.047 0.245 0.565 0.136 110 D 0.003 0.072 0.282 0.416 0.184 0.040 0.003 111 A 0.003 0.016 0.080 0.286 0.408 0.196 0.012 112 Q 0.001 0.002 0.003 0.006 0.046 0.473 0.470 113 I 0.001 0.002 0.008 0.077 0.319 0.477 0.118 114 I 0.005 0.105 0.315 0.357 0.170 0.038 0.010 115 S 0.003 0.029 0.105 0.335 0.355 0.155 0.019 116 F 0.002 0.006 0.015 0.088 0.309 0.514 0.066 117 M 0.010 0.101 0.273 0.344 0.224 0.045 0.003 118 K 0.284 0.426 0.167 0.079 0.032 0.011 0.002 119 S 0.049 0.144 0.265 0.329 0.161 0.048 0.004 120 G 0.130 0.198 0.252 0.242 0.132 0.040 0.005 121 R 0.181 0.261 0.221 0.187 0.111 0.035 0.004 122 R 0.153 0.320 0.268 0.163 0.073 0.019 0.003 123 P 0.012 0.029 0.070 0.191 0.329 0.296 0.074 124 D 0.024 0.082 0.142 0.218 0.253 0.211 0.070 125 H 0.004 0.007 0.023 0.075 0.203 0.424 0.262 126 I 0.005 0.008 0.008 0.022 0.077 0.368 0.512 127 D 0.005 0.013 0.023 0.057 0.122 0.312 0.467 128 S 0.005 0.012 0.025 0.060 0.126 0.298 0.475 129 H 0.005 0.012 0.023 0.064 0.162 0.384 0.350 130 H 0.010 0.037 0.074 0.143 0.226 0.332 0.178 131 N 0.022 0.059 0.094 0.153 0.245 0.285 0.142 132 V 0.024 0.068 0.125 0.214 0.270 0.236 0.063 133 H 0.046 0.101 0.164 0.246 0.254 0.156 0.033 134 G 0.155 0.269 0.251 0.176 0.097 0.041 0.011 135 K 0.136 0.336 0.263 0.165 0.068 0.026 0.005 136 N 0.030 0.076 0.145 0.285 0.299 0.147 0.018 137 K 0.074 0.208 0.264 0.239 0.154 0.056 0.005 138 K 0.040 0.240 0.345 0.245 0.100 0.027 0.004 139 L 0.001 0.005 0.019 0.093 0.298 0.484 0.099 140 L 0.001 0.016 0.073 0.246 0.400 0.240 0.025 141 G 0.012 0.126 0.306 0.329 0.169 0.052 0.006 142 V 0.001 0.005 0.025 0.085 0.289 0.510 0.085 143 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.050 0.472 0.473 144 L 0.001 0.020 0.110 0.337 0.331 0.176 0.025 145 A 0.006 0.142 0.326 0.340 0.144 0.037 0.004 146 L 0.001 0.003 0.016 0.122 0.372 0.449 0.038 147 A 0.001 0.007 0.033 0.174 0.455 0.308 0.022 148 R 0.132 0.449 0.272 0.112 0.030 0.005 0.001 149 K 0.199 0.441 0.252 0.088 0.017 0.003 0.001 150 Y 0.029 0.108 0.274 0.339 0.192 0.054 0.005 151 Q 0.164 0.423 0.257 0.103 0.037 0.014 0.003 152 L 0.024 0.034 0.075 0.191 0.357 0.272 0.048 153 P 0.048 0.127 0.201 0.247 0.208 0.139 0.031 154 L 0.022 0.042 0.072 0.162 0.259 0.356 0.088 155 R 0.029 0.059 0.103 0.201 0.269 0.257 0.082 156 N 0.030 0.062 0.120 0.209 0.278 0.243 0.058 157 A 0.065 0.100 0.145 0.215 0.235 0.191 0.049 158 S 0.198 0.229 0.202 0.176 0.119 0.062 0.015 159 R 0.224 0.260 0.223 0.168 0.086 0.034 0.005 160 S 0.378 0.268 0.164 0.111 0.056 0.021 0.002 161 I 0.315 0.227 0.182 0.152 0.088 0.032 0.004 162 E 0.527 0.242 0.120 0.068 0.031 0.011 0.001 163 T 0.418 0.229 0.164 0.117 0.054 0.017 0.002 164 K 0.454 0.251 0.148 0.093 0.040 0.013 0.001 165 D 0.416 0.297 0.153 0.083 0.036 0.012 0.002 166 Y 0.117 0.161 0.222 0.251 0.178 0.065 0.006 167 L 0.129 0.163 0.195 0.232 0.180 0.089 0.012 168 E 0.233 0.246 0.192 0.158 0.101 0.057 0.012 169 L 0.110 0.155 0.211 0.241 0.184 0.085 0.013 170 Y 0.102 0.146 0.169 0.214 0.200 0.142 0.028 171 Q 0.083 0.151 0.196 0.221 0.191 0.125 0.032 172 D 0.135 0.250 0.226 0.172 0.109 0.075 0.033 173 V 0.026 0.038 0.071 0.179 0.296 0.310 0.080 174 R 0.047 0.114 0.163 0.205 0.209 0.194 0.068 175 T 0.031 0.043 0.066 0.118 0.201 0.346 0.195 176 P 0.034 0.043 0.062 0.136 0.245 0.315 0.165 177 D 0.041 0.092 0.149 0.196 0.188 0.209 0.125 178 E 0.040 0.062 0.095 0.158 0.219 0.264 0.162 179 M 0.021 0.023 0.033 0.067 0.154 0.363 0.339 180 L 0.023 0.038 0.058 0.115 0.183 0.332 0.251 181 Y 0.037 0.067 0.089 0.123 0.183 0.296 0.205 182 Q 0.042 0.087 0.133 0.202 0.242 0.212 0.082 183 F 0.022 0.040 0.084 0.177 0.282 0.311 0.084 184 Y 0.033 0.061 0.102 0.196 0.293 0.263 0.053 185 D 0.117 0.209 0.252 0.224 0.139 0.053 0.007 186 K 0.218 0.295 0.238 0.154 0.068 0.023 0.004 187 A 0.361 0.271 0.155 0.108 0.065 0.034 0.006 188 I 0.062 0.102 0.173 0.271 0.253 0.125 0.014 189 S 0.262 0.324 0.220 0.128 0.050 0.013 0.002 190 T 0.135 0.300 0.279 0.193 0.073 0.018 0.002 191 E 0.336 0.400 0.174 0.061 0.022 0.006 0.001 192 T 0.016 0.113 0.287 0.328 0.193 0.059 0.004 193 I 0.003 0.004 0.010 0.066 0.291 0.541 0.085 194 L 0.009 0.096 0.291 0.382 0.172 0.047 0.003 195 Q 0.036 0.213 0.357 0.267 0.098 0.025 0.002 196 L 0.003 0.006 0.016 0.062 0.244 0.538 0.130 197 L 0.002 0.008 0.033 0.135 0.338 0.405 0.079 198 D 0.037 0.207 0.294 0.250 0.142 0.061 0.008 199 M 0.030 0.098 0.199 0.321 0.252 0.089 0.009 200 V 0.012 0.027 0.061 0.148 0.290 0.375 0.088 201 V 0.041 0.127 0.180 0.258 0.241 0.138 0.016 202 C 0.171 0.271 0.233 0.183 0.102 0.033 0.006 203 S 0.296 0.301 0.181 0.129 0.067 0.023 0.003 204 E 0.405 0.286 0.160 0.101 0.038 0.008 0.001 205 G 0.358 0.311 0.177 0.102 0.042 0.009 0.001 206 E 0.112 0.290 0.269 0.198 0.096 0.030 0.005 207 V 0.003 0.011 0.048 0.188 0.390 0.315 0.045 208 F 0.001 0.002 0.007 0.032 0.157 0.507 0.295 209 E 0.001 0.001 0.002 0.008 0.048 0.313 0.629 210 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.119 0.867 211 N 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.124 0.851 212 C 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.159 0.816 213 H 0.001 0.001 0.002 0.013 0.062 0.272 0.649 214 P 0.001 0.004 0.009 0.027 0.082 0.332 0.544 215 A 0.003 0.008 0.014 0.038 0.123 0.365 0.450 216 F 0.004 0.017 0.054 0.147 0.250 0.372 0.156 217 I 0.007 0.017 0.033 0.091 0.237 0.413 0.202 218 D 0.036 0.103 0.181 0.267 0.229 0.144 0.040 219 T 0.171 0.278 0.211 0.151 0.098 0.064 0.027 220 I 0.082 0.127 0.166 0.217 0.195 0.158 0.055 221 L 0.069 0.086 0.125 0.207 0.266 0.207 0.040 222 Q 0.268 0.260 0.207 0.144 0.076 0.035 0.011 223 N 0.381 0.273 0.155 0.101 0.052 0.029 0.010 224 Q 0.213 0.162 0.167 0.183 0.152 0.098 0.025 225 S 0.345 0.229 0.160 0.122 0.074 0.051 0.019 226 G 0.259 0.180 0.146 0.151 0.128 0.099 0.038 227 Y 0.160 0.149 0.152 0.176 0.171 0.142 0.049 228 C 0.161 0.153 0.129 0.164 0.170 0.161 0.063 229 M 0.143 0.200 0.225 0.203 0.130 0.075 0.023 230 P 0.097 0.137 0.177 0.221 0.190 0.134 0.044 231 R 0.051 0.047 0.059 0.103 0.208 0.341 0.192 232 I 0.064 0.107 0.179 0.267 0.234 0.128 0.022 233 R 0.104 0.203 0.261 0.233 0.127 0.055 0.017 234 E 0.023 0.038 0.064 0.130 0.243 0.393 0.109 235 V 0.018 0.025 0.042 0.106 0.248 0.415 0.147 236 E 0.046 0.190 0.261 0.263 0.155 0.073 0.011 237 I 0.026 0.060 0.134 0.271 0.300 0.182 0.027 238 L 0.008 0.022 0.039 0.099 0.271 0.449 0.113 239 T 0.054 0.175 0.229 0.261 0.194 0.080 0.008 240 S 0.082 0.341 0.330 0.180 0.056 0.009 0.001 241 Q 0.442 0.354 0.135 0.050 0.016 0.004 0.001 242 E 0.088 0.399 0.330 0.144 0.033 0.005 0.001 243 V 0.002 0.004 0.019 0.176 0.530 0.258 0.010 244 K 0.029 0.204 0.407 0.279 0.073 0.008 0.001 245 E 0.282 0.601 0.100 0.015 0.002 0.001 0.001 246 A 0.014 0.079 0.256 0.444 0.180 0.025 0.001 247 I 0.005 0.010 0.049 0.235 0.509 0.187 0.004 248 E 0.293 0.466 0.196 0.040 0.004 0.001 0.001 249 E 0.547 0.368 0.071 0.012 0.001 0.001 0.001 250 R 0.051 0.160 0.337 0.300 0.128 0.022 0.001 251 G 0.194 0.396 0.273 0.107 0.026 0.005 0.001 252 I 0.024 0.036 0.090 0.251 0.410 0.179 0.010 253 L 0.039 0.140 0.240 0.279 0.205 0.090 0.007 254 L 0.026 0.048 0.077 0.168 0.299 0.341 0.042 255 A 0.050 0.087 0.137 0.253 0.278 0.167 0.028 256 N 0.072 0.201 0.248 0.243 0.153 0.074 0.009 257 Y 0.045 0.068 0.137 0.289 0.314 0.137 0.010 258 E 0.378 0.350 0.171 0.073 0.022 0.005 0.001 259 S 0.342 0.336 0.196 0.092 0.027 0.006 0.001 260 L 0.151 0.136 0.176 0.259 0.206 0.068 0.004 261 A 0.463 0.274 0.148 0.077 0.029 0.008 0.001 262 M 0.589 0.230 0.103 0.053 0.018 0.005 0.001