# TARGET T0324 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0324.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1750 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.011 0.061 0.086 0.105 0.189 0.054 0.483 2 T 0.043 0.017 0.064 0.039 0.082 0.151 0.138 0.467 3 Y 0.013 0.008 0.068 0.051 0.056 0.208 0.117 0.479 4 Q 0.002 0.002 0.503 0.061 0.119 0.062 0.128 0.122 5 A 0.003 0.002 0.511 0.053 0.097 0.039 0.133 0.161 6 L 0.002 0.001 0.847 0.045 0.037 0.012 0.023 0.033 7 M 0.002 0.001 0.786 0.040 0.059 0.022 0.038 0.051 8 F 0.004 0.001 0.687 0.030 0.047 0.082 0.054 0.094 9 D 0.080 0.004 0.301 0.017 0.022 0.225 0.139 0.212 10 I 0.052 0.008 0.078 0.006 0.010 0.301 0.124 0.422 11 D 0.011 0.006 0.108 0.004 0.018 0.252 0.102 0.498 12 G 0.020 0.009 0.264 0.021 0.060 0.116 0.303 0.207 13 T 0.020 0.013 0.329 0.062 0.081 0.076 0.216 0.202 14 L 0.023 0.016 0.368 0.050 0.082 0.085 0.083 0.293 15 T 0.033 0.025 0.259 0.066 0.079 0.154 0.073 0.311 16 N 0.037 0.091 0.077 0.017 0.028 0.173 0.061 0.518 17 S 0.128 0.435 0.014 0.003 0.007 0.084 0.047 0.283 18 Q 0.055 0.102 0.006 0.002 0.003 0.038 0.680 0.114 19 P 0.004 0.058 0.002 0.001 0.001 0.014 0.893 0.026 20 A 0.004 0.916 0.001 0.001 0.001 0.005 0.050 0.022 21 Y 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 22 T 0.003 0.949 0.001 0.001 0.002 0.002 0.034 0.007 23 T 0.003 0.939 0.002 0.001 0.001 0.002 0.047 0.004 24 V 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 25 M 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 26 R 0.005 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.008 27 E 0.012 0.181 0.058 0.002 0.001 0.006 0.714 0.025 28 V 0.035 0.242 0.039 0.004 0.003 0.020 0.610 0.047 29 L 0.364 0.047 0.111 0.003 0.003 0.040 0.188 0.246 30 A 0.569 0.009 0.006 0.001 0.001 0.029 0.013 0.371 31 T 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.011 0.923 32 Y 0.007 0.001 0.012 0.002 0.006 0.244 0.008 0.720 33 G 0.017 0.001 0.016 0.006 0.014 0.117 0.019 0.809 34 K 0.029 0.003 0.013 0.013 0.005 0.110 0.017 0.810 35 P 0.021 0.019 0.063 0.007 0.010 0.134 0.021 0.725 36 F 0.026 0.048 0.022 0.006 0.005 0.089 0.018 0.787 37 S 0.157 0.539 0.020 0.004 0.002 0.033 0.032 0.214 38 P 0.110 0.816 0.006 0.001 0.001 0.008 0.023 0.035 39 A 0.122 0.723 0.007 0.002 0.003 0.018 0.029 0.096 40 Q 0.142 0.169 0.034 0.009 0.012 0.045 0.389 0.199 41 A 0.111 0.171 0.012 0.012 0.022 0.101 0.228 0.341 42 Q 0.137 0.077 0.012 0.008 0.020 0.088 0.070 0.587 43 K 0.019 0.038 0.014 0.021 0.035 0.134 0.037 0.701 44 T 0.039 0.052 0.014 0.010 0.022 0.107 0.033 0.724 45 F 0.142 0.135 0.021 0.030 0.023 0.128 0.071 0.450 46 P 0.071 0.266 0.021 0.008 0.009 0.091 0.041 0.493 47 M 0.082 0.476 0.013 0.005 0.005 0.056 0.037 0.326 48 A 0.039 0.696 0.015 0.004 0.003 0.034 0.032 0.175 49 A 0.066 0.835 0.003 0.001 0.001 0.010 0.031 0.053 50 E 0.023 0.163 0.007 0.002 0.002 0.019 0.725 0.059 51 Q 0.008 0.653 0.007 0.003 0.004 0.020 0.238 0.068 52 A 0.025 0.851 0.005 0.002 0.005 0.015 0.025 0.071 53 M 0.040 0.617 0.027 0.015 0.019 0.041 0.117 0.123 54 T 0.100 0.552 0.015 0.010 0.018 0.037 0.122 0.145 55 E 0.138 0.385 0.019 0.010 0.011 0.058 0.090 0.288 56 L 0.070 0.283 0.034 0.014 0.018 0.111 0.065 0.405 57 G 0.076 0.098 0.044 0.011 0.016 0.111 0.165 0.478 58 I 0.087 0.158 0.026 0.008 0.008 0.100 0.120 0.494 59 A 0.166 0.311 0.018 0.003 0.004 0.055 0.079 0.363 60 A 0.079 0.233 0.010 0.003 0.004 0.086 0.057 0.529 61 S 0.039 0.418 0.010 0.003 0.003 0.057 0.089 0.381 62 E 0.035 0.838 0.003 0.001 0.001 0.015 0.026 0.081 63 F 0.027 0.861 0.005 0.001 0.001 0.013 0.041 0.051 64 D 0.018 0.884 0.005 0.001 0.001 0.010 0.036 0.045 65 H 0.027 0.858 0.006 0.001 0.001 0.009 0.062 0.035 66 F 0.027 0.876 0.006 0.001 0.001 0.007 0.057 0.025 67 Q 0.027 0.860 0.004 0.001 0.001 0.008 0.050 0.049 68 A 0.012 0.800 0.006 0.001 0.001 0.016 0.065 0.098 69 Q 0.009 0.892 0.003 0.001 0.001 0.010 0.048 0.036 70 Y 0.008 0.957 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 0.013 71 E 0.011 0.943 0.002 0.001 0.001 0.004 0.015 0.022 72 D 0.029 0.404 0.022 0.003 0.003 0.018 0.461 0.060 73 V 0.028 0.422 0.016 0.003 0.002 0.022 0.450 0.056 74 M 0.128 0.595 0.015 0.002 0.003 0.023 0.094 0.140 75 A 0.083 0.249 0.019 0.006 0.007 0.072 0.093 0.470 76 S 0.028 0.099 0.024 0.006 0.008 0.100 0.116 0.618 77 H 0.179 0.196 0.015 0.007 0.009 0.077 0.111 0.405 78 Y 0.292 0.098 0.014 0.007 0.009 0.091 0.073 0.416 79 D 0.059 0.043 0.019 0.009 0.012 0.107 0.034 0.717 80 Q 0.035 0.048 0.031 0.010 0.025 0.082 0.045 0.724 81 I 0.151 0.081 0.050 0.015 0.014 0.108 0.049 0.533 82 E 0.015 0.035 0.134 0.044 0.029 0.138 0.059 0.543 83 L 0.058 0.086 0.015 0.002 0.004 0.060 0.018 0.756 84 Y 0.326 0.084 0.013 0.003 0.002 0.020 0.486 0.065 85 P 0.022 0.158 0.028 0.008 0.007 0.086 0.228 0.463 86 G 0.036 0.621 0.009 0.002 0.005 0.029 0.043 0.256 87 I 0.018 0.942 0.004 0.001 0.001 0.005 0.007 0.023 88 T 0.049 0.846 0.022 0.003 0.004 0.010 0.018 0.046 89 S 0.105 0.586 0.069 0.005 0.004 0.028 0.062 0.141 90 L 0.331 0.362 0.083 0.002 0.002 0.025 0.114 0.081 91 F 0.627 0.044 0.036 0.001 0.001 0.017 0.160 0.115 92 E 0.013 0.008 0.015 0.002 0.002 0.045 0.176 0.739 93 Q 0.004 0.004 0.021 0.001 0.001 0.051 0.061 0.857 94 L 0.591 0.016 0.011 0.005 0.003 0.054 0.063 0.255 95 P 0.489 0.003 0.003 0.001 0.002 0.043 0.017 0.442 96 S 0.018 0.002 0.010 0.001 0.004 0.111 0.010 0.843 97 E 0.005 0.001 0.083 0.003 0.013 0.185 0.030 0.679 98 L 0.009 0.002 0.301 0.033 0.021 0.183 0.059 0.392 99 R 0.002 0.001 0.725 0.012 0.016 0.053 0.038 0.154 100 L 0.001 0.001 0.833 0.011 0.025 0.015 0.052 0.062 101 G 0.001 0.001 0.914 0.019 0.028 0.003 0.025 0.009 102 I 0.002 0.002 0.784 0.059 0.065 0.011 0.022 0.055 103 V 0.004 0.004 0.750 0.081 0.070 0.018 0.024 0.049 104 T 0.025 0.041 0.363 0.036 0.079 0.094 0.103 0.259 105 S 0.078 0.090 0.103 0.021 0.034 0.166 0.118 0.391 106 Q 0.054 0.201 0.031 0.008 0.008 0.136 0.061 0.501 107 R 0.058 0.817 0.003 0.001 0.001 0.014 0.032 0.072 108 R 0.045 0.861 0.002 0.001 0.001 0.011 0.025 0.055 109 N 0.016 0.407 0.005 0.005 0.006 0.024 0.422 0.116 110 E 0.009 0.558 0.004 0.003 0.003 0.017 0.361 0.046 111 L 0.010 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.011 112 E 0.046 0.839 0.009 0.004 0.005 0.009 0.044 0.044 113 S 0.052 0.260 0.043 0.010 0.012 0.038 0.423 0.162 114 G 0.184 0.216 0.033 0.008 0.008 0.049 0.344 0.160 115 M 0.361 0.056 0.029 0.006 0.006 0.067 0.104 0.370 116 R 0.023 0.035 0.008 0.004 0.006 0.094 0.024 0.805 117 S 0.012 0.034 0.007 0.001 0.003 0.064 0.018 0.861 118 Y 0.111 0.149 0.044 0.022 0.013 0.143 0.111 0.407 119 P 0.159 0.129 0.045 0.015 0.015 0.097 0.099 0.440 120 F 0.247 0.099 0.037 0.007 0.011 0.074 0.117 0.408 121 M 0.195 0.051 0.092 0.014 0.018 0.092 0.109 0.429 122 M 0.054 0.027 0.052 0.010 0.023 0.103 0.069 0.661 123 R 0.009 0.008 0.095 0.009 0.025 0.153 0.059 0.643 124 M 0.012 0.008 0.167 0.060 0.096 0.178 0.116 0.363 125 A 0.005 0.005 0.204 0.079 0.124 0.080 0.148 0.355 126 V 0.002 0.004 0.546 0.086 0.150 0.036 0.069 0.106 127 T 0.004 0.004 0.463 0.134 0.188 0.026 0.071 0.112 128 I 0.008 0.003 0.493 0.174 0.126 0.032 0.040 0.125 129 S 0.069 0.009 0.291 0.074 0.118 0.071 0.155 0.212 130 A 0.103 0.014 0.062 0.043 0.059 0.158 0.096 0.465 131 D 0.021 0.006 0.025 0.009 0.021 0.143 0.026 0.747 132 D 0.038 0.010 0.027 0.018 0.028 0.128 0.057 0.693 133 T 0.248 0.023 0.017 0.029 0.037 0.105 0.088 0.452 134 P 0.127 0.008 0.017 0.025 0.033 0.102 0.050 0.639 135 K 0.032 0.003 0.014 0.024 0.052 0.104 0.024 0.747 136 R 0.032 0.002 0.015 0.019 0.036 0.104 0.048 0.744 137 K 0.016 0.004 0.014 0.019 0.023 0.185 0.017 0.721 138 P 0.018 0.011 0.007 0.004 0.005 0.098 0.020 0.838 139 D 0.098 0.493 0.004 0.003 0.002 0.051 0.041 0.308 140 P 0.117 0.759 0.001 0.001 0.001 0.017 0.019 0.087 141 L 0.005 0.028 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.006 142 P 0.006 0.722 0.001 0.001 0.001 0.005 0.258 0.008 143 L 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.006 144 L 0.003 0.965 0.003 0.001 0.001 0.002 0.016 0.009 145 T 0.013 0.949 0.006 0.001 0.002 0.005 0.012 0.012 146 A 0.109 0.768 0.024 0.001 0.001 0.010 0.064 0.024 147 L 0.091 0.051 0.370 0.005 0.003 0.015 0.427 0.039 148 E 0.421 0.038 0.026 0.002 0.002 0.042 0.047 0.423 149 K 0.146 0.004 0.040 0.001 0.001 0.052 0.011 0.745 150 V 0.011 0.002 0.043 0.004 0.004 0.106 0.012 0.819 151 N 0.005 0.001 0.004 0.001 0.004 0.078 0.007 0.900 152 V 0.005 0.001 0.011 0.002 0.002 0.131 0.013 0.835 153 A 0.365 0.015 0.036 0.007 0.003 0.126 0.082 0.365 154 P 0.372 0.024 0.011 0.001 0.002 0.090 0.055 0.445 155 Q 0.012 0.008 0.070 0.003 0.009 0.200 0.035 0.663 156 N 0.007 0.006 0.518 0.021 0.072 0.070 0.128 0.178 157 A 0.005 0.005 0.262 0.049 0.086 0.080 0.143 0.371 158 L 0.002 0.002 0.777 0.056 0.067 0.022 0.024 0.050 159 F 0.014 0.005 0.484 0.073 0.141 0.056 0.069 0.158 160 I 0.036 0.011 0.398 0.073 0.095 0.097 0.100 0.192 161 G 0.042 0.017 0.102 0.019 0.036 0.184 0.059 0.541 162 D 0.044 0.056 0.049 0.014 0.018 0.169 0.099 0.551 163 S 0.154 0.400 0.018 0.005 0.006 0.083 0.052 0.284 164 V 0.169 0.406 0.010 0.003 0.004 0.069 0.119 0.220 165 S 0.008 0.048 0.002 0.001 0.002 0.020 0.811 0.108 166 D 0.013 0.750 0.001 0.001 0.001 0.008 0.210 0.018 167 E 0.008 0.940 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.021 168 Q 0.005 0.946 0.007 0.005 0.005 0.004 0.011 0.017 169 T 0.048 0.908 0.003 0.001 0.003 0.006 0.015 0.016 170 A 0.143 0.047 0.111 0.004 0.002 0.012 0.653 0.027 171 Q 0.623 0.095 0.013 0.007 0.005 0.026 0.105 0.126 172 A 0.063 0.006 0.011 0.001 0.001 0.041 0.031 0.848 173 A 0.004 0.007 0.091 0.005 0.008 0.255 0.035 0.595 174 N 0.032 0.013 0.079 0.004 0.012 0.112 0.086 0.663 175 V 0.022 0.010 0.036 0.012 0.007 0.202 0.072 0.638 176 D 0.004 0.008 0.607 0.019 0.050 0.072 0.114 0.126 177 F 0.010 0.007 0.525 0.025 0.055 0.049 0.148 0.181 178 G 0.001 0.001 0.910 0.016 0.012 0.008 0.021 0.030 179 L 0.001 0.001 0.880 0.019 0.025 0.012 0.025 0.037 180 A 0.027 0.004 0.581 0.058 0.072 0.067 0.047 0.144 181 V 0.105 0.005 0.235 0.048 0.080 0.132 0.084 0.312 182 W 0.047 0.003 0.038 0.012 0.029 0.178 0.029 0.664 183 G 0.012 0.003 0.034 0.019 0.047 0.157 0.041 0.686 184 M 0.022 0.007 0.013 0.012 0.015 0.129 0.021 0.782 185 D 0.268 0.057 0.019 0.031 0.022 0.129 0.115 0.359 186 P 0.092 0.068 0.007 0.007 0.009 0.090 0.033 0.694 187 N 0.293 0.146 0.007 0.004 0.008 0.062 0.060 0.420 188 A 0.187 0.108 0.019 0.018 0.013 0.094 0.103 0.458 189 D 0.208 0.099 0.008 0.014 0.024 0.086 0.059 0.503 190 H 0.127 0.040 0.022 0.011 0.020 0.098 0.065 0.618 191 Q 0.055 0.031 0.024 0.024 0.047 0.160 0.044 0.614 192 K 0.079 0.021 0.022 0.011 0.023 0.093 0.044 0.707 193 V 0.026 0.021 0.040 0.041 0.060 0.174 0.071 0.567 194 A 0.013 0.009 0.169 0.055 0.186 0.093 0.097 0.377 195 H 0.013 0.008 0.180 0.158 0.236 0.056 0.063 0.286 196 R 0.012 0.011 0.285 0.131 0.148 0.059 0.056 0.298 197 F 0.019 0.017 0.189 0.082 0.086 0.085 0.049 0.473 198 Q 0.022 0.023 0.088 0.040 0.031 0.111 0.059 0.626 199 K 0.185 0.358 0.017 0.007 0.006 0.053 0.081 0.293 200 P 0.247 0.553 0.006 0.001 0.002 0.024 0.045 0.123 201 L 0.067 0.538 0.014 0.005 0.004 0.039 0.051 0.282 202 D 0.027 0.792 0.005 0.002 0.003 0.017 0.020 0.133 203 I 0.092 0.797 0.006 0.001 0.002 0.015 0.028 0.058 204 L 0.166 0.498 0.031 0.007 0.007 0.030 0.142 0.119 205 E 0.138 0.268 0.022 0.009 0.011 0.041 0.124 0.386 206 L 0.143 0.081 0.049 0.006 0.011 0.086 0.170 0.454 207 F 0.076 0.047 0.049 0.019 0.021 0.124 0.138 0.526 208 K 0.052 0.016 0.013 0.005 0.010 0.059 0.032 0.813