# TARGET T0324 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0324.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1750 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.014 0.042 0.054 0.063 0.111 0.022 0.560 2 T 0.116 0.007 0.052 0.075 0.085 0.162 0.019 0.483 3 Y 0.040 0.003 0.128 0.092 0.156 0.113 0.006 0.462 4 Q 0.014 0.004 0.189 0.235 0.262 0.110 0.004 0.183 5 A 0.012 0.003 0.398 0.158 0.241 0.052 0.003 0.132 6 L 0.003 0.001 0.705 0.142 0.124 0.008 0.001 0.015 7 M 0.001 0.001 0.767 0.106 0.097 0.004 0.001 0.023 8 F 0.001 0.001 0.649 0.122 0.167 0.009 0.001 0.052 9 D 0.001 0.001 0.387 0.152 0.307 0.028 0.002 0.122 10 I 0.004 0.002 0.297 0.057 0.169 0.128 0.004 0.340 11 D 0.007 0.001 0.027 0.010 0.026 0.665 0.008 0.257 12 G 0.256 0.009 0.046 0.036 0.019 0.128 0.067 0.439 13 T 0.295 0.005 0.038 0.009 0.020 0.508 0.008 0.118 14 L 0.070 0.023 0.150 0.132 0.150 0.187 0.010 0.279 15 T 0.048 0.059 0.057 0.151 0.299 0.132 0.005 0.248 16 N 0.031 0.034 0.048 0.092 0.215 0.118 0.010 0.452 17 S 0.073 0.055 0.031 0.031 0.068 0.177 0.013 0.551 18 Q 0.045 0.021 0.005 0.007 0.022 0.572 0.007 0.322 19 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.983 20 A 0.010 0.250 0.003 0.006 0.011 0.346 0.003 0.371 21 Y 0.033 0.760 0.006 0.003 0.005 0.033 0.004 0.156 22 T 0.008 0.935 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.045 23 T 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 24 V 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 25 M 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 26 R 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 27 E 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 28 V 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 29 L 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 30 A 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 31 T 0.098 0.840 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.019 32 Y 0.178 0.666 0.019 0.002 0.001 0.001 0.106 0.027 33 G 0.396 0.163 0.088 0.007 0.004 0.009 0.177 0.157 34 K 0.087 0.049 0.544 0.020 0.016 0.049 0.016 0.219 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 36 F 0.030 0.012 0.119 0.009 0.019 0.093 0.007 0.711 37 S 0.096 0.016 0.042 0.011 0.007 0.160 0.005 0.663 38 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 39 A 0.006 0.008 0.005 0.005 0.022 0.271 0.001 0.684 40 Q 0.139 0.040 0.002 0.002 0.003 0.471 0.006 0.338 41 A 0.098 0.813 0.001 0.002 0.002 0.011 0.002 0.071 42 Q 0.071 0.846 0.006 0.004 0.006 0.010 0.006 0.052 43 K 0.115 0.742 0.017 0.008 0.008 0.010 0.021 0.079 44 T 0.180 0.584 0.021 0.010 0.015 0.009 0.053 0.129 45 F 0.215 0.314 0.076 0.051 0.055 0.021 0.029 0.239 46 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 47 M 0.031 0.069 0.072 0.036 0.071 0.131 0.010 0.580 48 A 0.142 0.102 0.033 0.015 0.017 0.126 0.011 0.553 49 A 0.096 0.128 0.020 0.011 0.022 0.082 0.008 0.634 50 E 0.094 0.177 0.021 0.007 0.017 0.115 0.006 0.562 51 Q 0.070 0.363 0.011 0.006 0.009 0.137 0.010 0.395 52 A 0.074 0.685 0.005 0.004 0.007 0.062 0.009 0.153 53 M 0.044 0.874 0.005 0.003 0.006 0.010 0.005 0.052 54 T 0.021 0.912 0.005 0.003 0.005 0.008 0.005 0.040 55 E 0.027 0.910 0.008 0.004 0.005 0.006 0.007 0.034 56 L 0.053 0.876 0.010 0.005 0.006 0.005 0.014 0.031 57 G 0.121 0.709 0.025 0.011 0.012 0.011 0.032 0.080 58 I 0.129 0.479 0.095 0.017 0.021 0.034 0.029 0.196 59 A 0.084 0.244 0.038 0.011 0.016 0.058 0.021 0.528 60 A 0.051 0.116 0.026 0.005 0.010 0.036 0.012 0.744 61 S 0.055 0.099 0.017 0.005 0.008 0.120 0.012 0.685 62 E 0.090 0.086 0.016 0.003 0.007 0.207 0.012 0.580 63 F 0.089 0.209 0.011 0.003 0.007 0.116 0.007 0.557 64 D 0.034 0.308 0.006 0.002 0.004 0.158 0.004 0.483 65 H 0.037 0.662 0.003 0.002 0.003 0.057 0.003 0.233 66 F 0.027 0.875 0.002 0.001 0.003 0.015 0.003 0.073 67 Q 0.015 0.924 0.002 0.001 0.002 0.008 0.003 0.045 68 A 0.013 0.938 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.039 69 Q 0.028 0.927 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.034 70 Y 0.017 0.940 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.031 71 E 0.009 0.924 0.004 0.001 0.001 0.007 0.004 0.050 72 D 0.009 0.938 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.042 73 V 0.009 0.959 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.023 74 M 0.005 0.968 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.017 75 A 0.011 0.956 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.020 76 S 0.047 0.894 0.005 0.003 0.002 0.004 0.016 0.029 77 H 0.161 0.668 0.013 0.007 0.007 0.006 0.041 0.097 78 Y 0.124 0.450 0.065 0.014 0.023 0.038 0.036 0.251 79 D 0.104 0.273 0.041 0.023 0.023 0.086 0.040 0.409 80 Q 0.244 0.145 0.053 0.015 0.019 0.073 0.036 0.417 81 I 0.236 0.163 0.087 0.020 0.026 0.079 0.023 0.366 82 E 0.072 0.086 0.199 0.052 0.040 0.075 0.025 0.450 83 L 0.024 0.051 0.059 0.014 0.021 0.043 0.010 0.778 84 Y 0.090 0.090 0.131 0.044 0.110 0.121 0.009 0.406 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 G 0.015 0.029 0.007 0.006 0.016 0.249 0.003 0.675 87 I 0.405 0.116 0.018 0.003 0.006 0.042 0.013 0.398 88 T 0.043 0.539 0.027 0.005 0.011 0.038 0.005 0.332 89 S 0.041 0.600 0.008 0.003 0.008 0.061 0.004 0.275 90 L 0.028 0.867 0.003 0.001 0.002 0.014 0.003 0.083 91 F 0.015 0.940 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.034 92 E 0.030 0.922 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.032 93 Q 0.299 0.569 0.005 0.002 0.001 0.002 0.081 0.041 94 L 0.349 0.452 0.029 0.006 0.009 0.005 0.050 0.101 95 P 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.980 96 S 0.013 0.060 0.017 0.020 0.029 0.061 0.014 0.786 97 E 0.615 0.012 0.011 0.003 0.002 0.030 0.085 0.241 98 L 0.522 0.011 0.204 0.015 0.007 0.040 0.029 0.173 99 R 0.006 0.002 0.766 0.057 0.026 0.033 0.004 0.106 100 L 0.004 0.001 0.439 0.050 0.096 0.036 0.002 0.374 101 G 0.001 0.001 0.905 0.042 0.041 0.003 0.001 0.007 102 I 0.001 0.001 0.881 0.034 0.032 0.006 0.001 0.046 103 V 0.001 0.001 0.959 0.014 0.018 0.002 0.001 0.008 104 T 0.001 0.001 0.701 0.053 0.076 0.041 0.001 0.127 105 S 0.005 0.001 0.261 0.036 0.113 0.079 0.003 0.503 106 Q 0.008 0.001 0.028 0.003 0.015 0.617 0.002 0.328 107 R 0.037 0.001 0.005 0.002 0.004 0.574 0.004 0.373 108 R 0.071 0.035 0.011 0.004 0.009 0.279 0.006 0.587 109 N 0.023 0.101 0.007 0.004 0.007 0.196 0.005 0.657 110 E 0.075 0.225 0.004 0.003 0.007 0.247 0.009 0.430 111 L 0.088 0.745 0.005 0.004 0.010 0.028 0.006 0.114 112 E 0.014 0.894 0.006 0.003 0.008 0.013 0.003 0.058 113 S 0.016 0.881 0.003 0.003 0.005 0.010 0.005 0.077 114 G 0.060 0.858 0.002 0.002 0.004 0.006 0.008 0.060 115 M 0.035 0.907 0.005 0.002 0.005 0.005 0.007 0.034 116 R 0.069 0.807 0.008 0.004 0.005 0.010 0.029 0.068 117 S 0.274 0.451 0.030 0.005 0.004 0.009 0.099 0.129 118 Y 0.355 0.262 0.075 0.017 0.012 0.014 0.050 0.215 119 P 0.001 0.006 0.008 0.001 0.002 0.007 0.001 0.975 120 F 0.026 0.058 0.066 0.025 0.061 0.123 0.008 0.633 121 M 0.169 0.108 0.062 0.023 0.036 0.227 0.017 0.358 122 M 0.211 0.156 0.036 0.032 0.028 0.123 0.025 0.389 123 R 0.236 0.133 0.096 0.030 0.035 0.110 0.026 0.334 124 M 0.197 0.121 0.112 0.088 0.099 0.115 0.031 0.237 125 A 0.049 0.065 0.173 0.195 0.170 0.061 0.018 0.268 126 V 0.020 0.021 0.178 0.136 0.213 0.043 0.009 0.380 127 T 0.020 0.015 0.358 0.212 0.273 0.024 0.005 0.094 128 I 0.008 0.012 0.373 0.242 0.206 0.023 0.004 0.132 129 S 0.005 0.014 0.296 0.214 0.251 0.031 0.003 0.185 130 A 0.015 0.009 0.189 0.107 0.244 0.055 0.005 0.376 131 D 0.018 0.007 0.047 0.044 0.099 0.202 0.010 0.573 132 D 0.133 0.006 0.026 0.020 0.038 0.150 0.033 0.593 133 T 0.220 0.012 0.026 0.033 0.038 0.203 0.010 0.458 134 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 135 K 0.016 0.007 0.022 0.049 0.120 0.189 0.006 0.590 136 R 0.301 0.018 0.014 0.010 0.018 0.122 0.034 0.483 137 K 0.610 0.024 0.048 0.032 0.042 0.049 0.007 0.188 138 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 139 D 0.016 0.007 0.028 0.022 0.061 0.173 0.002 0.692 140 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 141 L 0.017 0.005 0.002 0.004 0.010 0.301 0.001 0.660 142 P 0.036 0.007 0.001 0.001 0.001 0.064 0.001 0.891 143 L 0.021 0.534 0.005 0.003 0.008 0.175 0.001 0.252 144 L 0.003 0.961 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.027 145 T 0.005 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.048 146 A 0.015 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 147 L 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 148 E 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 149 K 0.051 0.916 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.011 150 V 0.143 0.764 0.009 0.002 0.001 0.001 0.066 0.015 151 N 0.563 0.072 0.033 0.005 0.003 0.005 0.182 0.136 152 V 0.038 0.034 0.801 0.013 0.009 0.010 0.020 0.077 153 A 0.014 0.014 0.074 0.024 0.031 0.118 0.004 0.721 154 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 155 Q 0.006 0.002 0.077 0.022 0.044 0.405 0.003 0.441 156 N 0.584 0.003 0.063 0.009 0.006 0.146 0.019 0.170 157 A 0.506 0.025 0.172 0.032 0.041 0.042 0.008 0.174 158 L 0.020 0.012 0.734 0.079 0.067 0.019 0.003 0.067 159 F 0.010 0.011 0.473 0.087 0.119 0.041 0.004 0.255 160 I 0.005 0.009 0.651 0.065 0.155 0.020 0.003 0.091 161 G 0.006 0.019 0.305 0.064 0.121 0.081 0.005 0.400 162 D 0.038 0.010 0.187 0.026 0.056 0.148 0.013 0.522 163 S 0.079 0.013 0.068 0.012 0.023 0.271 0.009 0.526 164 V 0.083 0.014 0.035 0.007 0.015 0.301 0.009 0.535 165 S 0.040 0.018 0.011 0.003 0.006 0.587 0.006 0.329 166 D 0.112 0.108 0.011 0.004 0.009 0.285 0.009 0.463 167 E 0.036 0.344 0.013 0.003 0.012 0.168 0.005 0.418 168 Q 0.022 0.221 0.003 0.001 0.005 0.450 0.004 0.294 169 T 0.019 0.881 0.001 0.001 0.002 0.044 0.001 0.051 170 A 0.007 0.973 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 171 Q 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 172 A 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 173 A 0.067 0.891 0.002 0.002 0.001 0.001 0.033 0.004 174 N 0.829 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.135 0.012 175 V 0.031 0.013 0.903 0.011 0.007 0.007 0.008 0.020 176 D 0.006 0.017 0.403 0.083 0.079 0.051 0.008 0.353 177 F 0.005 0.003 0.455 0.022 0.040 0.041 0.004 0.430 178 G 0.002 0.001 0.953 0.021 0.012 0.004 0.001 0.007 179 L 0.001 0.001 0.957 0.015 0.009 0.003 0.001 0.014 180 A 0.001 0.001 0.883 0.028 0.048 0.004 0.001 0.033 181 V 0.001 0.001 0.728 0.046 0.075 0.028 0.001 0.120 182 W 0.003 0.002 0.302 0.046 0.093 0.089 0.003 0.461 183 G 0.027 0.002 0.126 0.023 0.060 0.119 0.010 0.634 184 M 0.176 0.003 0.095 0.017 0.035 0.132 0.021 0.522 185 D 0.068 0.005 0.036 0.036 0.036 0.185 0.007 0.628 186 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 187 N 0.010 0.002 0.007 0.007 0.032 0.516 0.002 0.424 188 A 0.353 0.005 0.005 0.003 0.006 0.196 0.009 0.424 189 D 0.100 0.076 0.007 0.005 0.009 0.164 0.004 0.635 190 H 0.172 0.104 0.015 0.007 0.020 0.160 0.009 0.512 191 Q 0.163 0.180 0.018 0.017 0.022 0.187 0.017 0.396 192 K 0.238 0.107 0.012 0.018 0.035 0.105 0.031 0.453 193 V 0.210 0.112 0.058 0.029 0.060 0.087 0.015 0.430 194 A 0.064 0.154 0.115 0.085 0.114 0.119 0.014 0.335 195 H 0.092 0.171 0.148 0.134 0.157 0.060 0.020 0.217 196 R 0.108 0.096 0.261 0.061 0.113 0.054 0.022 0.285 197 F 0.077 0.062 0.369 0.097 0.108 0.050 0.012 0.226 198 Q 0.033 0.042 0.178 0.060 0.081 0.181 0.017 0.408 199 K 0.063 0.020 0.056 0.015 0.041 0.126 0.009 0.670 200 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 201 L 0.007 0.004 0.006 0.002 0.007 0.262 0.002 0.710 202 D 0.055 0.014 0.001 0.001 0.002 0.530 0.003 0.395 203 I 0.109 0.486 0.003 0.002 0.006 0.051 0.002 0.343 204 L 0.009 0.843 0.002 0.001 0.004 0.009 0.001 0.131 205 E 0.018 0.854 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.108 206 L 0.073 0.884 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.028 207 F 0.070 0.885 0.003 0.002 0.003 0.002 0.010 0.025 208 K 0.053 0.806 0.016 0.005 0.007 0.009 0.020 0.085