# TARGET T0324 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0324.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1750 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.994 2 T 0.102 0.026 0.002 0.004 0.007 0.015 0.843 3 Y 0.299 0.009 0.002 0.002 0.048 0.007 0.634 4 Q 0.711 0.002 0.002 0.001 0.185 0.002 0.097 5 A 0.977 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 6 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 7 M 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 8 F 0.943 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.046 9 D 0.391 0.005 0.002 0.001 0.039 0.007 0.556 10 I 0.103 0.010 0.030 0.006 0.263 0.304 0.284 11 D 0.041 0.013 0.035 0.007 0.283 0.485 0.136 12 G 0.139 0.009 0.042 0.017 0.292 0.208 0.292 13 T 0.299 0.031 0.028 0.031 0.219 0.068 0.324 14 L 0.467 0.062 0.025 0.031 0.103 0.049 0.263 15 T 0.410 0.056 0.023 0.035 0.096 0.042 0.339 16 N 0.139 0.034 0.010 0.029 0.218 0.048 0.522 17 S 0.032 0.010 0.009 0.093 0.201 0.057 0.598 18 Q 0.001 0.001 0.025 0.863 0.039 0.041 0.031 19 P 0.001 0.001 0.015 0.955 0.008 0.017 0.004 20 A 0.001 0.001 0.009 0.975 0.003 0.009 0.004 21 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 22 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 23 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 24 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 25 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 28 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.003 29 L 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.009 0.004 30 A 0.001 0.001 0.005 0.950 0.004 0.037 0.004 31 T 0.001 0.001 0.007 0.829 0.008 0.148 0.007 32 Y 0.001 0.001 0.007 0.347 0.042 0.568 0.035 33 G 0.001 0.003 0.008 0.031 0.104 0.644 0.209 34 K 0.008 0.014 0.013 0.014 0.164 0.034 0.753 35 P 0.029 0.031 0.022 0.024 0.150 0.034 0.711 36 F 0.023 0.016 0.054 0.107 0.168 0.061 0.570 37 S 0.019 0.011 0.033 0.165 0.107 0.057 0.608 38 P 0.008 0.004 0.052 0.656 0.054 0.071 0.155 39 A 0.004 0.001 0.027 0.872 0.020 0.032 0.043 40 Q 0.005 0.001 0.022 0.898 0.015 0.025 0.033 41 A 0.011 0.002 0.014 0.906 0.014 0.022 0.031 42 Q 0.017 0.003 0.012 0.901 0.015 0.026 0.027 43 K 0.018 0.002 0.014 0.887 0.014 0.045 0.021 44 T 0.017 0.003 0.019 0.832 0.018 0.081 0.029 45 F 0.019 0.006 0.029 0.728 0.036 0.129 0.054 46 P 0.019 0.005 0.030 0.558 0.063 0.237 0.088 47 M 0.016 0.005 0.030 0.391 0.133 0.221 0.204 48 A 0.017 0.007 0.033 0.382 0.172 0.134 0.256 49 A 0.018 0.008 0.032 0.496 0.107 0.106 0.233 50 E 0.009 0.003 0.032 0.763 0.040 0.053 0.099 51 Q 0.012 0.003 0.029 0.840 0.023 0.045 0.048 52 A 0.018 0.003 0.028 0.853 0.022 0.034 0.043 53 M 0.023 0.004 0.028 0.856 0.022 0.027 0.040 54 T 0.027 0.003 0.032 0.841 0.021 0.040 0.036 55 E 0.029 0.004 0.043 0.781 0.026 0.071 0.046 56 L 0.018 0.004 0.045 0.698 0.047 0.114 0.074 57 G 0.012 0.005 0.044 0.546 0.051 0.195 0.147 58 I 0.004 0.003 0.043 0.320 0.056 0.131 0.442 59 A 0.003 0.003 0.060 0.362 0.057 0.120 0.394 60 A 0.004 0.004 0.075 0.386 0.082 0.182 0.267 61 S 0.003 0.004 0.074 0.436 0.100 0.129 0.253 62 E 0.003 0.003 0.045 0.600 0.079 0.081 0.190 63 F 0.002 0.002 0.024 0.764 0.057 0.059 0.092 64 D 0.002 0.002 0.011 0.849 0.032 0.041 0.063 65 H 0.001 0.001 0.005 0.901 0.019 0.029 0.045 66 F 0.001 0.001 0.002 0.938 0.013 0.019 0.026 67 Q 0.001 0.001 0.001 0.959 0.008 0.016 0.015 68 A 0.001 0.001 0.001 0.969 0.005 0.014 0.011 69 Q 0.001 0.001 0.001 0.970 0.005 0.012 0.011 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.977 0.004 0.011 0.006 71 E 0.001 0.001 0.001 0.975 0.004 0.015 0.005 72 D 0.001 0.001 0.001 0.972 0.005 0.013 0.008 73 V 0.001 0.001 0.002 0.965 0.006 0.016 0.010 74 M 0.002 0.001 0.004 0.945 0.008 0.031 0.010 75 A 0.002 0.001 0.009 0.895 0.013 0.062 0.018 76 S 0.002 0.001 0.015 0.798 0.024 0.127 0.032 77 H 0.004 0.003 0.037 0.592 0.057 0.221 0.085 78 Y 0.009 0.006 0.097 0.366 0.108 0.237 0.178 79 D 0.008 0.003 0.132 0.252 0.101 0.378 0.126 80 Q 0.014 0.007 0.118 0.168 0.159 0.353 0.181 81 I 0.031 0.012 0.056 0.095 0.218 0.084 0.504 82 E 0.065 0.031 0.054 0.064 0.153 0.084 0.550 83 L 0.081 0.050 0.036 0.091 0.119 0.047 0.577 84 Y 0.031 0.006 0.017 0.033 0.059 0.028 0.825 85 P 0.009 0.004 0.098 0.196 0.113 0.487 0.093 86 G 0.017 0.021 0.073 0.246 0.132 0.325 0.185 87 I 0.003 0.003 0.041 0.882 0.025 0.013 0.033 88 T 0.002 0.001 0.009 0.973 0.003 0.005 0.008 89 S 0.001 0.001 0.010 0.971 0.002 0.012 0.003 90 L 0.001 0.001 0.011 0.973 0.001 0.013 0.002 91 F 0.001 0.001 0.012 0.968 0.002 0.015 0.002 92 E 0.001 0.001 0.018 0.942 0.003 0.032 0.003 93 Q 0.001 0.001 0.032 0.874 0.004 0.083 0.005 94 L 0.003 0.005 0.063 0.758 0.029 0.105 0.037 95 P 0.006 0.008 0.191 0.546 0.026 0.142 0.082 96 S 0.002 0.002 0.068 0.164 0.107 0.630 0.027 97 E 0.003 0.001 0.013 0.008 0.028 0.898 0.048 98 L 0.031 0.001 0.001 0.001 0.062 0.004 0.901 99 R 0.296 0.001 0.001 0.001 0.416 0.003 0.283 100 L 0.988 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 101 G 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 102 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 103 V 0.946 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.048 104 T 0.256 0.002 0.001 0.001 0.198 0.018 0.525 105 S 0.019 0.001 0.007 0.008 0.676 0.079 0.210 106 Q 0.007 0.015 0.027 0.032 0.526 0.101 0.291 107 R 0.010 0.016 0.075 0.271 0.186 0.101 0.341 108 R 0.002 0.001 0.091 0.776 0.034 0.053 0.042 109 N 0.002 0.001 0.047 0.872 0.014 0.049 0.015 110 E 0.002 0.001 0.024 0.927 0.006 0.030 0.010 111 L 0.001 0.001 0.005 0.978 0.003 0.007 0.006 112 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.003 0.003 113 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 114 G 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 115 M 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.008 0.001 116 R 0.001 0.001 0.010 0.948 0.002 0.037 0.002 117 S 0.001 0.001 0.021 0.812 0.007 0.154 0.004 118 Y 0.001 0.001 0.031 0.323 0.050 0.567 0.027 119 P 0.002 0.007 0.015 0.039 0.076 0.651 0.210 120 F 0.005 0.018 0.108 0.051 0.087 0.070 0.661 121 M 0.014 0.010 0.474 0.054 0.069 0.076 0.302 122 M 0.029 0.005 0.515 0.067 0.075 0.175 0.135 123 R 0.086 0.030 0.293 0.108 0.098 0.180 0.206 124 M 0.194 0.008 0.013 0.026 0.148 0.027 0.585 125 A 0.370 0.001 0.006 0.015 0.390 0.027 0.191 126 V 0.926 0.008 0.004 0.018 0.014 0.007 0.024 127 T 0.961 0.005 0.002 0.011 0.001 0.003 0.018 128 I 0.942 0.004 0.001 0.010 0.006 0.004 0.033 129 S 0.622 0.006 0.003 0.016 0.041 0.016 0.298 130 A 0.100 0.005 0.066 0.077 0.205 0.146 0.401 131 D 0.032 0.007 0.146 0.113 0.267 0.274 0.161 132 D 0.026 0.021 0.267 0.143 0.169 0.213 0.160 133 T 0.039 0.030 0.159 0.160 0.202 0.166 0.245 134 P 0.029 0.011 0.082 0.109 0.140 0.356 0.273 135 K 0.033 0.017 0.051 0.058 0.255 0.311 0.275 136 R 0.026 0.017 0.019 0.019 0.363 0.137 0.419 137 K 0.027 0.024 0.007 0.011 0.426 0.030 0.476 138 P 0.021 0.053 0.005 0.015 0.151 0.018 0.737 139 D 0.012 0.012 0.004 0.028 0.050 0.013 0.882 140 P 0.004 0.002 0.023 0.568 0.043 0.053 0.307 141 L 0.001 0.001 0.014 0.930 0.010 0.028 0.016 142 P 0.001 0.001 0.007 0.964 0.007 0.011 0.009 143 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 0.002 144 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.002 145 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 148 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 149 K 0.001 0.001 0.002 0.925 0.002 0.070 0.001 150 V 0.001 0.001 0.004 0.366 0.026 0.593 0.011 151 N 0.001 0.002 0.003 0.009 0.065 0.799 0.121 152 V 0.007 0.017 0.001 0.001 0.167 0.008 0.799 153 A 0.015 0.011 0.001 0.001 0.032 0.002 0.939 154 P 0.011 0.003 0.602 0.032 0.130 0.139 0.083 155 Q 0.006 0.003 0.640 0.023 0.050 0.259 0.019 156 N 0.041 0.003 0.615 0.021 0.060 0.181 0.079 157 A 0.675 0.021 0.025 0.014 0.016 0.019 0.230 158 L 0.866 0.015 0.006 0.005 0.015 0.014 0.079 159 F 0.925 0.018 0.004 0.003 0.010 0.013 0.028 160 I 0.891 0.006 0.003 0.003 0.018 0.011 0.069 161 G 0.480 0.016 0.004 0.003 0.126 0.051 0.320 162 D 0.049 0.006 0.003 0.004 0.259 0.033 0.644 163 S 0.014 0.006 0.003 0.013 0.242 0.030 0.692 164 V 0.001 0.001 0.043 0.766 0.060 0.114 0.015 165 S 0.001 0.001 0.040 0.858 0.012 0.075 0.013 166 D 0.001 0.001 0.014 0.924 0.011 0.027 0.023 167 E 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.005 0.005 168 Q 0.004 0.001 0.002 0.980 0.002 0.006 0.006 169 T 0.002 0.001 0.002 0.986 0.001 0.006 0.003 170 A 0.003 0.001 0.003 0.981 0.003 0.005 0.004 171 Q 0.002 0.001 0.010 0.970 0.002 0.013 0.002 172 A 0.002 0.001 0.013 0.894 0.006 0.080 0.006 173 A 0.001 0.001 0.012 0.355 0.039 0.576 0.015 174 N 0.002 0.001 0.003 0.005 0.014 0.906 0.069 175 V 0.022 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.949 176 D 0.448 0.002 0.001 0.001 0.319 0.002 0.227 177 F 0.976 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 178 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 179 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 180 A 0.945 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.050 181 V 0.572 0.006 0.001 0.002 0.075 0.008 0.336 182 W 0.098 0.005 0.014 0.009 0.258 0.127 0.489 183 G 0.016 0.018 0.045 0.015 0.349 0.269 0.289 184 M 0.015 0.018 0.072 0.041 0.374 0.218 0.262 185 D 0.013 0.022 0.063 0.066 0.331 0.144 0.362 186 P 0.013 0.017 0.065 0.115 0.206 0.152 0.431 187 N 0.007 0.008 0.155 0.261 0.124 0.155 0.291 188 A 0.009 0.005 0.220 0.370 0.077 0.154 0.166 189 D 0.011 0.008 0.314 0.343 0.046 0.151 0.128 190 H 0.022 0.009 0.266 0.278 0.062 0.146 0.217 191 Q 0.043 0.023 0.161 0.302 0.110 0.192 0.169 192 K 0.106 0.031 0.078 0.162 0.146 0.200 0.277 193 V 0.088 0.007 0.008 0.018 0.085 0.026 0.769 194 A 0.301 0.006 0.005 0.009 0.413 0.025 0.241 195 H 0.902 0.031 0.002 0.004 0.016 0.005 0.041 196 R 0.926 0.012 0.002 0.004 0.003 0.004 0.048 197 F 0.775 0.013 0.001 0.004 0.016 0.007 0.182 198 Q 0.171 0.020 0.002 0.002 0.322 0.031 0.451 199 K 0.020 0.011 0.001 0.002 0.652 0.008 0.306 200 P 0.001 0.002 0.193 0.633 0.050 0.071 0.049 201 L 0.001 0.002 0.355 0.537 0.020 0.073 0.012 202 D 0.001 0.004 0.456 0.465 0.011 0.055 0.008 203 I 0.002 0.005 0.125 0.790 0.021 0.038 0.020 204 L 0.002 0.002 0.152 0.731 0.012 0.077 0.024 205 E 0.006 0.001 0.179 0.593 0.019 0.167 0.035 206 L 0.008 0.005 0.211 0.506 0.022 0.189 0.059 207 F 0.022 0.073 0.100 0.328 0.032 0.225 0.219 208 K 0.002 0.003 0.013 0.060 0.015 0.038 0.870