# TARGET T0324 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0324.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4841 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.004 0.052 0.062 0.062 0.163 0.039 0.603 2 T 0.055 0.013 0.061 0.033 0.051 0.164 0.128 0.495 3 Y 0.011 0.005 0.084 0.035 0.049 0.228 0.102 0.487 4 Q 0.002 0.002 0.541 0.049 0.098 0.058 0.130 0.119 5 A 0.002 0.002 0.541 0.046 0.082 0.035 0.132 0.160 6 L 0.002 0.001 0.856 0.040 0.037 0.011 0.022 0.031 7 M 0.002 0.001 0.767 0.043 0.067 0.024 0.040 0.056 8 F 0.004 0.001 0.714 0.027 0.044 0.075 0.047 0.088 9 D 0.100 0.005 0.284 0.017 0.023 0.221 0.133 0.218 10 I 0.064 0.009 0.072 0.006 0.010 0.294 0.121 0.424 11 D 0.013 0.006 0.080 0.004 0.018 0.246 0.090 0.543 12 G 0.023 0.008 0.213 0.025 0.070 0.121 0.312 0.227 13 T 0.024 0.011 0.247 0.074 0.094 0.089 0.208 0.253 14 L 0.024 0.011 0.291 0.062 0.098 0.088 0.078 0.348 15 T 0.038 0.013 0.182 0.074 0.097 0.146 0.068 0.382 16 N 0.043 0.032 0.056 0.020 0.033 0.174 0.058 0.584 17 S 0.125 0.139 0.016 0.006 0.012 0.127 0.054 0.521 18 Q 0.097 0.090 0.010 0.005 0.008 0.078 0.417 0.295 19 P 0.015 0.101 0.008 0.005 0.006 0.051 0.667 0.147 20 A 0.012 0.800 0.003 0.004 0.005 0.020 0.071 0.086 21 Y 0.006 0.952 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.024 22 T 0.005 0.943 0.002 0.002 0.002 0.003 0.031 0.013 23 T 0.004 0.937 0.003 0.001 0.001 0.003 0.043 0.008 24 V 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 25 M 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 26 R 0.006 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 27 E 0.014 0.226 0.060 0.003 0.001 0.006 0.663 0.027 28 V 0.054 0.343 0.040 0.004 0.002 0.020 0.481 0.056 29 L 0.404 0.041 0.111 0.002 0.002 0.031 0.201 0.208 30 A 0.539 0.010 0.005 0.001 0.001 0.026 0.014 0.404 31 T 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.009 0.923 32 Y 0.006 0.001 0.009 0.002 0.004 0.219 0.007 0.752 33 G 0.024 0.001 0.012 0.004 0.010 0.102 0.017 0.830 34 K 0.043 0.003 0.009 0.008 0.003 0.104 0.017 0.813 35 P 0.018 0.018 0.053 0.005 0.008 0.131 0.018 0.749 36 F 0.032 0.060 0.023 0.005 0.006 0.084 0.020 0.771 37 S 0.133 0.533 0.026 0.006 0.003 0.037 0.035 0.225 38 P 0.085 0.806 0.013 0.002 0.002 0.012 0.029 0.052 39 A 0.112 0.683 0.013 0.004 0.007 0.023 0.041 0.116 40 Q 0.107 0.135 0.061 0.021 0.027 0.051 0.400 0.198 41 A 0.137 0.135 0.018 0.020 0.036 0.101 0.183 0.369 42 Q 0.175 0.051 0.017 0.013 0.027 0.086 0.074 0.557 43 K 0.017 0.027 0.013 0.020 0.034 0.123 0.031 0.736 44 T 0.030 0.043 0.009 0.008 0.019 0.097 0.023 0.771 45 F 0.116 0.153 0.015 0.031 0.020 0.129 0.057 0.479 46 P 0.076 0.404 0.012 0.006 0.007 0.067 0.041 0.387 47 M 0.083 0.602 0.009 0.004 0.004 0.038 0.036 0.222 48 A 0.032 0.736 0.015 0.005 0.004 0.030 0.037 0.141 49 A 0.060 0.838 0.004 0.001 0.002 0.010 0.035 0.051 50 E 0.031 0.273 0.010 0.003 0.004 0.024 0.581 0.074 51 Q 0.011 0.680 0.010 0.005 0.006 0.020 0.181 0.087 52 A 0.053 0.719 0.011 0.005 0.010 0.027 0.048 0.127 53 M 0.077 0.357 0.054 0.030 0.030 0.072 0.157 0.223 54 T 0.181 0.344 0.016 0.012 0.019 0.056 0.080 0.291 55 E 0.122 0.193 0.014 0.007 0.008 0.073 0.059 0.524 56 L 0.039 0.194 0.027 0.011 0.015 0.125 0.047 0.542 57 G 0.085 0.116 0.026 0.009 0.012 0.103 0.133 0.517 58 I 0.096 0.178 0.030 0.010 0.007 0.093 0.147 0.439 59 A 0.152 0.423 0.016 0.004 0.005 0.041 0.077 0.282 60 A 0.119 0.286 0.012 0.004 0.005 0.064 0.065 0.445 61 S 0.029 0.297 0.020 0.007 0.008 0.084 0.091 0.464 62 E 0.046 0.696 0.007 0.002 0.003 0.031 0.043 0.172 63 F 0.063 0.735 0.009 0.002 0.003 0.026 0.062 0.099 64 D 0.038 0.735 0.012 0.004 0.004 0.024 0.068 0.115 65 H 0.041 0.720 0.011 0.002 0.003 0.023 0.091 0.109 66 F 0.040 0.823 0.009 0.002 0.002 0.013 0.060 0.052 67 Q 0.047 0.791 0.007 0.002 0.002 0.014 0.060 0.077 68 A 0.017 0.711 0.011 0.002 0.003 0.026 0.068 0.163 69 Q 0.014 0.836 0.007 0.002 0.002 0.018 0.051 0.071 70 Y 0.016 0.937 0.003 0.001 0.001 0.004 0.020 0.019 71 E 0.020 0.905 0.004 0.001 0.001 0.007 0.023 0.039 72 D 0.030 0.425 0.019 0.004 0.004 0.024 0.394 0.101 73 V 0.024 0.405 0.015 0.004 0.003 0.029 0.448 0.072 74 M 0.085 0.657 0.012 0.003 0.004 0.023 0.097 0.120 75 A 0.090 0.326 0.019 0.009 0.012 0.062 0.089 0.392 76 S 0.031 0.113 0.039 0.013 0.015 0.103 0.132 0.556 77 H 0.163 0.146 0.029 0.014 0.018 0.096 0.125 0.409 78 Y 0.295 0.050 0.022 0.012 0.015 0.094 0.081 0.432 79 D 0.063 0.022 0.015 0.010 0.013 0.103 0.023 0.751 80 Q 0.028 0.022 0.021 0.008 0.022 0.075 0.029 0.794 81 I 0.104 0.052 0.034 0.015 0.016 0.123 0.038 0.618 82 E 0.014 0.023 0.124 0.047 0.033 0.145 0.054 0.560 83 L 0.064 0.061 0.014 0.003 0.004 0.061 0.018 0.774 84 Y 0.435 0.066 0.012 0.002 0.001 0.017 0.412 0.055 85 P 0.024 0.120 0.023 0.006 0.006 0.095 0.191 0.535 86 G 0.028 0.508 0.008 0.002 0.005 0.035 0.045 0.369 87 I 0.016 0.946 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.023 88 T 0.044 0.869 0.015 0.002 0.004 0.010 0.021 0.036 89 S 0.077 0.656 0.050 0.005 0.004 0.021 0.084 0.103 90 L 0.278 0.481 0.055 0.002 0.002 0.020 0.100 0.062 91 F 0.557 0.070 0.045 0.002 0.002 0.017 0.196 0.113 92 E 0.019 0.018 0.017 0.004 0.003 0.045 0.132 0.763 93 Q 0.006 0.004 0.030 0.002 0.002 0.049 0.080 0.828 94 L 0.591 0.008 0.013 0.007 0.004 0.054 0.059 0.263 95 P 0.577 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 0.012 0.375 96 S 0.015 0.001 0.010 0.001 0.003 0.117 0.006 0.848 97 E 0.003 0.001 0.116 0.003 0.018 0.168 0.025 0.668 98 L 0.002 0.001 0.350 0.045 0.034 0.155 0.050 0.364 99 R 0.001 0.001 0.873 0.017 0.017 0.017 0.025 0.051 100 L 0.001 0.001 0.871 0.021 0.027 0.006 0.041 0.033 101 G 0.001 0.001 0.932 0.023 0.023 0.001 0.015 0.005 102 I 0.001 0.001 0.832 0.057 0.060 0.006 0.015 0.027 103 V 0.004 0.003 0.731 0.087 0.086 0.018 0.026 0.046 104 T 0.033 0.035 0.323 0.041 0.089 0.102 0.107 0.271 105 S 0.065 0.070 0.090 0.020 0.037 0.184 0.107 0.425 106 Q 0.046 0.166 0.028 0.008 0.009 0.147 0.054 0.541 107 R 0.059 0.808 0.003 0.002 0.002 0.016 0.033 0.077 108 R 0.045 0.857 0.003 0.001 0.001 0.012 0.022 0.060 109 N 0.017 0.396 0.006 0.006 0.006 0.024 0.430 0.116 110 E 0.009 0.550 0.005 0.003 0.003 0.016 0.370 0.044 111 L 0.011 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.011 112 E 0.044 0.844 0.008 0.004 0.005 0.009 0.041 0.046 113 S 0.048 0.258 0.043 0.011 0.012 0.038 0.425 0.165 114 G 0.216 0.218 0.031 0.008 0.009 0.049 0.304 0.165 115 M 0.401 0.037 0.029 0.006 0.006 0.062 0.095 0.362 116 R 0.030 0.021 0.007 0.004 0.005 0.089 0.021 0.822 117 S 0.011 0.014 0.006 0.001 0.003 0.058 0.013 0.895 118 Y 0.062 0.061 0.044 0.022 0.016 0.187 0.067 0.541 119 P 0.117 0.082 0.043 0.014 0.016 0.111 0.071 0.545 120 F 0.208 0.111 0.033 0.009 0.012 0.079 0.087 0.461 121 M 0.135 0.088 0.102 0.017 0.021 0.090 0.091 0.455 122 M 0.058 0.049 0.071 0.016 0.031 0.105 0.089 0.582 123 R 0.020 0.018 0.113 0.016 0.031 0.128 0.107 0.566 124 M 0.030 0.021 0.107 0.052 0.071 0.159 0.146 0.414 125 A 0.009 0.010 0.106 0.049 0.097 0.095 0.141 0.493 126 V 0.005 0.009 0.356 0.099 0.207 0.061 0.094 0.170 127 T 0.008 0.007 0.262 0.142 0.233 0.049 0.086 0.213 128 I 0.011 0.004 0.328 0.201 0.163 0.049 0.045 0.200 129 S 0.056 0.009 0.183 0.088 0.144 0.087 0.149 0.284 130 A 0.084 0.012 0.054 0.047 0.061 0.156 0.088 0.499 131 D 0.032 0.007 0.024 0.013 0.026 0.142 0.028 0.728 132 D 0.044 0.009 0.025 0.017 0.026 0.118 0.059 0.701 133 T 0.215 0.019 0.017 0.029 0.039 0.108 0.078 0.494 134 P 0.104 0.007 0.017 0.026 0.035 0.099 0.050 0.662 135 K 0.022 0.003 0.018 0.030 0.063 0.114 0.024 0.726 136 R 0.030 0.002 0.020 0.025 0.050 0.109 0.051 0.712 137 K 0.019 0.004 0.016 0.024 0.026 0.174 0.017 0.720 138 P 0.021 0.011 0.008 0.005 0.005 0.097 0.019 0.833 139 D 0.112 0.506 0.003 0.003 0.002 0.048 0.039 0.286 140 P 0.113 0.739 0.001 0.001 0.001 0.021 0.016 0.109 141 L 0.005 0.029 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.009 142 P 0.005 0.721 0.001 0.001 0.001 0.004 0.260 0.008 143 L 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.005 144 L 0.002 0.971 0.002 0.002 0.001 0.002 0.012 0.008 145 T 0.012 0.953 0.006 0.001 0.002 0.004 0.011 0.011 146 A 0.104 0.786 0.020 0.001 0.001 0.008 0.058 0.022 147 L 0.092 0.048 0.353 0.006 0.003 0.015 0.440 0.043 148 E 0.457 0.033 0.020 0.002 0.002 0.040 0.040 0.407 149 K 0.162 0.003 0.033 0.001 0.001 0.048 0.011 0.741 150 V 0.008 0.001 0.032 0.003 0.004 0.106 0.010 0.835 151 N 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.070 0.005 0.913 152 V 0.006 0.001 0.009 0.003 0.001 0.126 0.011 0.844 153 A 0.469 0.016 0.028 0.005 0.003 0.100 0.076 0.304 154 P 0.330 0.025 0.011 0.001 0.002 0.101 0.051 0.479 155 Q 0.009 0.007 0.081 0.003 0.010 0.191 0.036 0.664 156 N 0.006 0.006 0.533 0.023 0.071 0.064 0.141 0.156 157 A 0.005 0.005 0.283 0.050 0.084 0.080 0.145 0.349 158 L 0.003 0.002 0.795 0.048 0.059 0.023 0.023 0.049 159 F 0.013 0.005 0.501 0.068 0.130 0.060 0.071 0.152 160 I 0.032 0.010 0.406 0.055 0.084 0.110 0.102 0.202 161 G 0.052 0.017 0.103 0.019 0.035 0.189 0.067 0.519 162 D 0.052 0.054 0.054 0.014 0.020 0.176 0.110 0.522 163 S 0.161 0.320 0.023 0.005 0.007 0.099 0.060 0.325 164 V 0.165 0.300 0.015 0.004 0.006 0.095 0.126 0.290 165 S 0.010 0.047 0.003 0.002 0.002 0.029 0.747 0.161 166 D 0.020 0.766 0.001 0.001 0.001 0.009 0.182 0.021 167 E 0.013 0.931 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 0.024 168 Q 0.008 0.940 0.007 0.003 0.003 0.004 0.012 0.023 169 T 0.065 0.887 0.003 0.001 0.002 0.007 0.016 0.019 170 A 0.162 0.058 0.094 0.004 0.002 0.015 0.628 0.038 171 Q 0.595 0.106 0.013 0.005 0.003 0.031 0.096 0.151 172 A 0.086 0.008 0.011 0.001 0.001 0.044 0.027 0.824 173 A 0.004 0.008 0.072 0.004 0.007 0.221 0.032 0.650 174 N 0.038 0.019 0.075 0.004 0.012 0.110 0.086 0.656 175 V 0.036 0.016 0.038 0.010 0.006 0.186 0.071 0.637 176 D 0.010 0.016 0.489 0.021 0.047 0.097 0.109 0.211 177 F 0.017 0.012 0.433 0.022 0.052 0.071 0.141 0.251 178 G 0.003 0.003 0.834 0.021 0.021 0.020 0.036 0.063 179 L 0.003 0.003 0.814 0.027 0.039 0.018 0.037 0.059 180 A 0.035 0.005 0.467 0.072 0.087 0.076 0.057 0.201 181 V 0.090 0.005 0.229 0.057 0.093 0.123 0.081 0.321 182 W 0.052 0.004 0.034 0.014 0.030 0.163 0.029 0.674 183 G 0.013 0.004 0.028 0.018 0.038 0.155 0.041 0.703 184 M 0.026 0.008 0.010 0.009 0.011 0.127 0.020 0.788 185 D 0.307 0.076 0.014 0.020 0.015 0.114 0.112 0.342 186 P 0.104 0.092 0.006 0.006 0.007 0.086 0.036 0.662 187 N 0.257 0.171 0.008 0.005 0.009 0.063 0.067 0.421 188 A 0.170 0.134 0.017 0.018 0.015 0.094 0.092 0.462 189 D 0.196 0.104 0.010 0.015 0.028 0.086 0.069 0.494 190 H 0.105 0.043 0.024 0.013 0.024 0.104 0.070 0.616 191 Q 0.054 0.034 0.026 0.025 0.048 0.140 0.046 0.627 192 K 0.078 0.023 0.027 0.013 0.027 0.101 0.046 0.685 193 V 0.028 0.023 0.047 0.044 0.069 0.166 0.074 0.549 194 A 0.017 0.010 0.144 0.054 0.168 0.091 0.085 0.431 195 H 0.015 0.009 0.163 0.155 0.206 0.064 0.060 0.328 196 R 0.018 0.012 0.237 0.113 0.129 0.072 0.063 0.357 197 F 0.022 0.017 0.145 0.070 0.074 0.095 0.048 0.529 198 Q 0.022 0.022 0.059 0.030 0.024 0.109 0.052 0.682 199 K 0.176 0.421 0.013 0.006 0.006 0.049 0.066 0.263 200 P 0.161 0.664 0.004 0.001 0.002 0.022 0.035 0.111 201 L 0.053 0.633 0.014 0.005 0.004 0.030 0.050 0.210 202 D 0.030 0.822 0.006 0.003 0.003 0.016 0.025 0.094 203 I 0.126 0.731 0.010 0.002 0.003 0.018 0.047 0.062 204 L 0.216 0.427 0.031 0.009 0.009 0.032 0.135 0.140 205 E 0.112 0.163 0.021 0.011 0.014 0.047 0.116 0.517 206 L 0.087 0.052 0.037 0.007 0.012 0.097 0.143 0.565 207 F 0.086 0.039 0.043 0.022 0.023 0.133 0.126 0.529 208 K 0.059 0.013 0.011 0.005 0.010 0.065 0.029 0.808