# TARGET T0324 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0324.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4841 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.973 2 T 0.223 0.082 0.004 0.002 0.006 0.021 0.662 3 Y 0.270 0.008 0.003 0.001 0.030 0.008 0.681 4 Q 0.290 0.001 0.003 0.001 0.492 0.048 0.168 5 A 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 6 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 7 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 9 D 0.563 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.422 10 I 0.199 0.008 0.006 0.001 0.258 0.164 0.363 11 D 0.050 0.015 0.020 0.002 0.261 0.538 0.114 12 G 0.071 0.005 0.038 0.004 0.371 0.385 0.126 13 T 0.148 0.058 0.036 0.012 0.266 0.100 0.380 14 L 0.327 0.111 0.048 0.015 0.127 0.155 0.218 15 T 0.226 0.055 0.062 0.016 0.148 0.215 0.278 16 N 0.104 0.029 0.032 0.013 0.216 0.199 0.407 17 S 0.026 0.016 0.023 0.021 0.382 0.160 0.372 18 Q 0.011 0.009 0.016 0.123 0.317 0.035 0.488 19 P 0.003 0.002 0.035 0.737 0.059 0.085 0.080 20 A 0.004 0.005 0.024 0.876 0.017 0.042 0.032 21 Y 0.002 0.002 0.008 0.964 0.003 0.010 0.012 22 T 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.005 0.005 23 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 24 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.005 0.003 25 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 28 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 31 T 0.001 0.001 0.003 0.921 0.002 0.071 0.002 32 Y 0.001 0.001 0.003 0.410 0.006 0.573 0.007 33 G 0.001 0.001 0.004 0.030 0.063 0.807 0.095 34 K 0.002 0.002 0.002 0.002 0.272 0.009 0.711 35 P 0.021 0.022 0.008 0.004 0.100 0.033 0.811 36 F 0.025 0.030 0.006 0.010 0.136 0.019 0.773 37 S 0.029 0.013 0.005 0.032 0.061 0.008 0.852 38 P 0.010 0.003 0.048 0.772 0.026 0.047 0.096 39 A 0.012 0.003 0.044 0.831 0.019 0.040 0.050 40 Q 0.019 0.003 0.091 0.766 0.018 0.038 0.063 41 A 0.030 0.007 0.044 0.805 0.017 0.044 0.052 42 Q 0.034 0.005 0.062 0.726 0.028 0.080 0.065 43 K 0.020 0.004 0.044 0.664 0.037 0.176 0.056 44 T 0.013 0.004 0.030 0.553 0.073 0.231 0.096 45 F 0.018 0.007 0.009 0.133 0.277 0.039 0.518 46 P 0.018 0.009 0.027 0.212 0.068 0.106 0.560 47 M 0.018 0.010 0.036 0.441 0.121 0.115 0.259 48 A 0.014 0.007 0.035 0.607 0.058 0.059 0.220 49 A 0.014 0.004 0.029 0.776 0.019 0.040 0.117 50 E 0.009 0.001 0.020 0.883 0.011 0.024 0.052 51 Q 0.010 0.001 0.018 0.911 0.013 0.020 0.027 52 A 0.011 0.001 0.021 0.916 0.008 0.020 0.023 53 M 0.015 0.003 0.019 0.910 0.007 0.028 0.018 54 T 0.014 0.003 0.021 0.870 0.013 0.055 0.023 55 E 0.009 0.002 0.023 0.786 0.019 0.136 0.026 56 L 0.008 0.002 0.014 0.570 0.046 0.259 0.101 57 G 0.013 0.010 0.015 0.180 0.117 0.217 0.448 58 I 0.021 0.016 0.027 0.149 0.106 0.063 0.618 59 A 0.034 0.017 0.044 0.164 0.064 0.074 0.603 60 A 0.012 0.006 0.154 0.452 0.060 0.110 0.207 61 S 0.009 0.004 0.144 0.469 0.059 0.148 0.167 62 E 0.011 0.005 0.144 0.490 0.062 0.141 0.147 63 F 0.011 0.003 0.042 0.714 0.038 0.043 0.150 64 D 0.007 0.001 0.029 0.841 0.021 0.043 0.057 65 H 0.007 0.003 0.025 0.897 0.013 0.030 0.026 66 F 0.005 0.002 0.012 0.936 0.005 0.019 0.022 67 Q 0.003 0.001 0.007 0.957 0.004 0.014 0.013 68 A 0.002 0.001 0.005 0.965 0.005 0.016 0.006 69 Q 0.001 0.001 0.005 0.964 0.003 0.018 0.008 70 Y 0.001 0.001 0.003 0.979 0.001 0.011 0.005 71 E 0.001 0.001 0.003 0.981 0.002 0.011 0.003 72 D 0.001 0.001 0.002 0.981 0.002 0.011 0.003 73 V 0.001 0.001 0.004 0.971 0.002 0.016 0.005 74 M 0.002 0.001 0.007 0.956 0.004 0.022 0.008 75 A 0.005 0.001 0.033 0.864 0.010 0.070 0.017 76 S 0.006 0.001 0.050 0.739 0.019 0.159 0.025 77 H 0.011 0.005 0.068 0.551 0.040 0.267 0.058 78 Y 0.026 0.012 0.102 0.382 0.131 0.175 0.172 79 D 0.025 0.002 0.143 0.207 0.109 0.359 0.155 80 Q 0.042 0.004 0.179 0.201 0.093 0.351 0.130 81 I 0.175 0.014 0.045 0.086 0.141 0.059 0.481 82 E 0.273 0.042 0.028 0.041 0.056 0.056 0.504 83 L 0.244 0.069 0.012 0.028 0.075 0.024 0.550 84 Y 0.062 0.013 0.004 0.012 0.053 0.009 0.847 85 P 0.009 0.003 0.050 0.243 0.132 0.532 0.031 86 G 0.007 0.006 0.029 0.262 0.065 0.558 0.072 87 I 0.002 0.002 0.016 0.885 0.008 0.015 0.071 88 T 0.001 0.001 0.003 0.974 0.003 0.003 0.016 89 S 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.004 0.002 90 L 0.001 0.001 0.021 0.970 0.001 0.005 0.002 91 F 0.001 0.001 0.081 0.903 0.002 0.013 0.001 92 E 0.001 0.001 0.085 0.654 0.003 0.254 0.003 93 Q 0.001 0.001 0.067 0.394 0.010 0.515 0.013 94 L 0.003 0.009 0.007 0.037 0.573 0.036 0.334 95 P 0.004 0.006 0.038 0.025 0.046 0.064 0.817 96 S 0.004 0.001 0.107 0.035 0.096 0.730 0.028 97 E 0.023 0.004 0.054 0.003 0.096 0.762 0.059 98 L 0.196 0.003 0.002 0.001 0.105 0.005 0.690 99 R 0.501 0.002 0.001 0.001 0.171 0.007 0.320 100 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 101 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 102 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 103 V 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 104 T 0.439 0.002 0.001 0.001 0.052 0.008 0.497 105 S 0.059 0.006 0.002 0.001 0.639 0.016 0.277 106 Q 0.026 0.023 0.010 0.010 0.525 0.050 0.356 107 R 0.025 0.011 0.041 0.079 0.212 0.156 0.476 108 R 0.008 0.005 0.095 0.543 0.069 0.130 0.150 109 N 0.007 0.001 0.055 0.771 0.056 0.066 0.044 110 E 0.012 0.004 0.037 0.863 0.011 0.039 0.033 111 L 0.014 0.003 0.015 0.915 0.007 0.018 0.028 112 E 0.015 0.001 0.019 0.909 0.008 0.019 0.029 113 S 0.010 0.001 0.027 0.903 0.010 0.035 0.014 114 G 0.008 0.001 0.034 0.884 0.009 0.049 0.015 115 M 0.013 0.008 0.070 0.810 0.021 0.059 0.020 116 R 0.006 0.001 0.097 0.589 0.017 0.260 0.029 117 S 0.005 0.001 0.070 0.478 0.048 0.376 0.021 118 Y 0.011 0.005 0.018 0.193 0.406 0.164 0.202 119 P 0.018 0.010 0.021 0.051 0.177 0.300 0.424 120 F 0.108 0.028 0.056 0.123 0.143 0.097 0.446 121 M 0.255 0.031 0.073 0.143 0.102 0.062 0.333 122 M 0.321 0.009 0.113 0.186 0.102 0.081 0.187 123 R 0.436 0.016 0.067 0.099 0.086 0.096 0.201 124 M 0.579 0.014 0.033 0.037 0.067 0.033 0.237 125 A 0.649 0.003 0.017 0.040 0.108 0.033 0.149 126 V 0.873 0.003 0.011 0.027 0.019 0.018 0.048 127 T 0.933 0.007 0.002 0.023 0.005 0.007 0.023 128 I 0.918 0.014 0.002 0.023 0.007 0.006 0.029 129 S 0.752 0.009 0.003 0.019 0.016 0.023 0.178 130 A 0.207 0.009 0.032 0.027 0.123 0.161 0.441 131 D 0.082 0.011 0.043 0.014 0.285 0.286 0.279 132 D 0.052 0.014 0.063 0.013 0.315 0.206 0.337 133 T 0.042 0.013 0.026 0.008 0.322 0.052 0.537 134 P 0.045 0.025 0.046 0.014 0.126 0.119 0.626 135 K 0.080 0.037 0.038 0.010 0.227 0.137 0.471 136 R 0.098 0.041 0.021 0.010 0.195 0.099 0.536 137 K 0.047 0.024 0.004 0.003 0.206 0.021 0.695 138 P 0.025 0.033 0.003 0.004 0.142 0.050 0.742 139 D 0.008 0.019 0.002 0.005 0.168 0.026 0.773 140 P 0.001 0.002 0.012 0.825 0.028 0.037 0.095 141 L 0.001 0.001 0.008 0.971 0.006 0.007 0.008 142 P 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.002 0.004 143 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 144 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 145 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 148 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 149 K 0.001 0.001 0.003 0.914 0.004 0.076 0.003 150 V 0.001 0.001 0.004 0.363 0.013 0.609 0.010 151 N 0.001 0.001 0.002 0.015 0.054 0.783 0.144 152 V 0.005 0.013 0.001 0.001 0.153 0.005 0.821 153 A 0.016 0.005 0.003 0.001 0.027 0.001 0.947 154 P 0.014 0.006 0.571 0.037 0.066 0.237 0.069 155 Q 0.022 0.002 0.449 0.014 0.087 0.364 0.063 156 N 0.121 0.003 0.244 0.013 0.219 0.184 0.217 157 A 0.854 0.012 0.009 0.007 0.012 0.012 0.094 158 L 0.969 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.022 159 F 0.982 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.008 160 I 0.929 0.002 0.002 0.005 0.005 0.006 0.051 161 G 0.539 0.007 0.007 0.004 0.130 0.054 0.260 162 D 0.176 0.019 0.015 0.006 0.285 0.086 0.412 163 S 0.075 0.020 0.052 0.015 0.315 0.195 0.329 164 V 0.025 0.010 0.182 0.121 0.176 0.319 0.167 165 S 0.021 0.018 0.110 0.222 0.121 0.283 0.224 166 D 0.021 0.010 0.057 0.339 0.064 0.058 0.451 167 E 0.001 0.001 0.017 0.961 0.002 0.015 0.005 168 Q 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 169 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 170 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 171 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 172 A 0.001 0.001 0.002 0.962 0.001 0.035 0.001 173 A 0.001 0.001 0.001 0.466 0.003 0.527 0.002 174 N 0.001 0.001 0.001 0.010 0.024 0.926 0.039 175 V 0.015 0.005 0.001 0.001 0.054 0.005 0.919 176 D 0.178 0.007 0.005 0.001 0.179 0.010 0.619 177 F 0.792 0.005 0.007 0.001 0.045 0.010 0.138 178 G 0.950 0.002 0.002 0.002 0.007 0.002 0.036 179 L 0.978 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.014 180 A 0.946 0.002 0.001 0.003 0.004 0.002 0.042 181 V 0.773 0.008 0.003 0.003 0.024 0.010 0.178 182 W 0.455 0.015 0.011 0.008 0.128 0.086 0.297 183 G 0.139 0.020 0.012 0.004 0.257 0.144 0.424 184 M 0.064 0.026 0.013 0.006 0.345 0.081 0.465 185 D 0.021 0.020 0.007 0.005 0.287 0.029 0.631 186 P 0.013 0.010 0.054 0.030 0.198 0.218 0.478 187 N 0.013 0.013 0.144 0.072 0.149 0.273 0.336 188 A 0.010 0.006 0.239 0.119 0.168 0.168 0.290 189 D 0.019 0.009 0.197 0.166 0.096 0.215 0.297 190 H 0.046 0.015 0.157 0.189 0.131 0.174 0.288 191 Q 0.106 0.008 0.087 0.175 0.156 0.129 0.338 192 K 0.294 0.019 0.045 0.097 0.123 0.065 0.356 193 V 0.451 0.012 0.017 0.041 0.057 0.017 0.405 194 A 0.515 0.011 0.022 0.079 0.119 0.027 0.227 195 H 0.825 0.007 0.016 0.052 0.020 0.034 0.047 196 R 0.851 0.008 0.008 0.053 0.011 0.015 0.054 197 F 0.691 0.027 0.007 0.028 0.033 0.017 0.197 198 Q 0.276 0.014 0.005 0.015 0.285 0.045 0.360 199 K 0.076 0.014 0.001 0.002 0.357 0.005 0.545 200 P 0.002 0.001 0.183 0.748 0.004 0.043 0.020 201 L 0.001 0.001 0.176 0.777 0.004 0.038 0.004 202 D 0.001 0.001 0.203 0.764 0.002 0.022 0.007 203 I 0.001 0.001 0.064 0.916 0.001 0.014 0.003 204 L 0.002 0.001 0.050 0.930 0.001 0.014 0.002 205 E 0.002 0.001 0.063 0.891 0.003 0.038 0.002 206 L 0.003 0.001 0.042 0.814 0.007 0.120 0.014 207 F 0.016 0.027 0.025 0.495 0.018 0.115 0.303 208 K 0.002 0.001 0.004 0.020 0.003 0.009 0.962