# TARGET T0324 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0324.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4841 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.579 0.245 0.110 0.050 0.014 0.002 0.001 2 T 0.467 0.381 0.113 0.032 0.007 0.001 0.001 3 Y 0.009 0.046 0.152 0.377 0.327 0.086 0.003 4 Q 0.017 0.091 0.214 0.345 0.248 0.076 0.009 5 A 0.001 0.001 0.004 0.024 0.135 0.595 0.240 6 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.303 0.670 7 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.159 0.819 8 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.148 0.832 9 D 0.001 0.001 0.002 0.013 0.065 0.280 0.639 10 I 0.001 0.001 0.004 0.017 0.079 0.381 0.519 11 D 0.002 0.011 0.035 0.090 0.196 0.376 0.290 12 G 0.005 0.019 0.047 0.103 0.194 0.376 0.256 13 T 0.007 0.015 0.030 0.064 0.151 0.390 0.344 14 L 0.011 0.015 0.026 0.065 0.159 0.388 0.334 15 T 0.030 0.046 0.066 0.125 0.230 0.342 0.160 16 N 0.087 0.134 0.167 0.227 0.212 0.132 0.040 17 S 0.121 0.178 0.181 0.215 0.171 0.106 0.027 18 Q 0.200 0.270 0.219 0.170 0.089 0.042 0.010 19 P 0.246 0.255 0.186 0.153 0.094 0.051 0.015 20 A 0.100 0.160 0.183 0.214 0.191 0.129 0.024 21 Y 0.016 0.035 0.067 0.143 0.261 0.373 0.106 22 T 0.015 0.064 0.140 0.244 0.270 0.216 0.051 23 T 0.026 0.157 0.280 0.260 0.175 0.082 0.020 24 V 0.003 0.007 0.019 0.083 0.277 0.470 0.142 25 M 0.002 0.005 0.007 0.021 0.110 0.522 0.334 26 R 0.010 0.049 0.192 0.374 0.253 0.110 0.011 27 E 0.011 0.120 0.332 0.336 0.152 0.046 0.003 28 V 0.002 0.005 0.015 0.093 0.357 0.468 0.059 29 L 0.003 0.011 0.042 0.189 0.438 0.300 0.017 30 A 0.112 0.419 0.307 0.132 0.026 0.003 0.001 31 T 0.132 0.354 0.306 0.166 0.037 0.005 0.001 32 Y 0.030 0.107 0.233 0.356 0.213 0.059 0.002 33 G 0.366 0.336 0.179 0.084 0.028 0.007 0.001 34 K 0.339 0.256 0.187 0.140 0.061 0.016 0.002 35 P 0.361 0.343 0.169 0.081 0.033 0.012 0.002 36 F 0.160 0.178 0.210 0.226 0.152 0.066 0.008 37 S 0.245 0.237 0.206 0.161 0.097 0.046 0.009 38 P 0.239 0.242 0.197 0.164 0.102 0.046 0.010 39 A 0.264 0.219 0.178 0.164 0.109 0.056 0.011 40 Q 0.204 0.230 0.196 0.175 0.118 0.064 0.014 41 A 0.151 0.153 0.159 0.198 0.175 0.133 0.030 42 Q 0.140 0.173 0.183 0.209 0.168 0.106 0.021 43 K 0.225 0.226 0.191 0.164 0.108 0.065 0.021 44 T 0.185 0.180 0.165 0.173 0.148 0.117 0.033 45 F 0.095 0.119 0.158 0.209 0.206 0.169 0.043 46 P 0.200 0.200 0.169 0.158 0.126 0.105 0.042 47 M 0.185 0.177 0.166 0.178 0.147 0.111 0.035 48 A 0.201 0.203 0.183 0.165 0.124 0.092 0.032 49 A 0.214 0.193 0.171 0.166 0.134 0.095 0.027 50 E 0.213 0.205 0.193 0.176 0.121 0.073 0.019 51 Q 0.271 0.268 0.186 0.136 0.082 0.044 0.013 52 A 0.192 0.212 0.192 0.185 0.131 0.074 0.014 53 M 0.121 0.139 0.171 0.235 0.209 0.110 0.014 54 T 0.277 0.229 0.187 0.161 0.096 0.042 0.007 55 E 0.407 0.282 0.154 0.090 0.043 0.020 0.004 56 L 0.162 0.191 0.225 0.220 0.137 0.058 0.007 57 G 0.239 0.252 0.196 0.160 0.099 0.047 0.006 58 I 0.100 0.108 0.170 0.256 0.229 0.122 0.015 59 A 0.422 0.281 0.152 0.087 0.038 0.016 0.003 60 A 0.419 0.287 0.157 0.089 0.036 0.012 0.001 61 S 0.435 0.244 0.155 0.102 0.047 0.016 0.002 62 E 0.324 0.305 0.187 0.117 0.051 0.014 0.001 63 F 0.109 0.147 0.222 0.276 0.181 0.062 0.004 64 D 0.427 0.327 0.146 0.069 0.024 0.006 0.001 65 H 0.200 0.283 0.246 0.170 0.074 0.025 0.003 66 F 0.047 0.069 0.125 0.266 0.306 0.176 0.011 67 Q 0.109 0.234 0.261 0.225 0.120 0.045 0.007 68 A 0.309 0.310 0.184 0.113 0.053 0.025 0.005 69 Q 0.086 0.175 0.220 0.247 0.176 0.088 0.008 70 Y 0.036 0.059 0.119 0.247 0.305 0.209 0.026 71 E 0.137 0.282 0.267 0.182 0.088 0.037 0.006 72 D 0.290 0.356 0.196 0.101 0.040 0.014 0.003 73 V 0.050 0.098 0.177 0.279 0.254 0.129 0.013 74 M 0.053 0.091 0.140 0.230 0.275 0.189 0.021 75 A 0.206 0.285 0.237 0.172 0.073 0.023 0.003 76 S 0.347 0.371 0.176 0.078 0.022 0.005 0.001 77 H 0.069 0.196 0.268 0.266 0.147 0.051 0.003 78 Y 0.041 0.082 0.169 0.318 0.292 0.094 0.003 79 D 0.454 0.352 0.136 0.046 0.010 0.001 0.001 80 Q 0.373 0.396 0.162 0.056 0.011 0.002 0.001 81 I 0.023 0.075 0.169 0.332 0.303 0.095 0.002 82 E 0.112 0.364 0.308 0.162 0.046 0.008 0.001 83 L 0.010 0.038 0.113 0.314 0.373 0.148 0.004 84 Y 0.012 0.097 0.242 0.344 0.231 0.072 0.003 85 P 0.192 0.397 0.243 0.109 0.044 0.013 0.002 86 G 0.039 0.193 0.323 0.292 0.121 0.029 0.002 87 I 0.003 0.007 0.021 0.117 0.406 0.412 0.034 88 T 0.018 0.145 0.352 0.342 0.119 0.023 0.001 89 S 0.069 0.479 0.318 0.105 0.023 0.005 0.001 90 L 0.001 0.010 0.048 0.225 0.437 0.266 0.012 91 F 0.002 0.008 0.035 0.171 0.469 0.307 0.009 92 E 0.075 0.443 0.337 0.121 0.022 0.002 0.001 93 Q 0.075 0.389 0.364 0.150 0.020 0.002 0.001 94 L 0.003 0.026 0.092 0.346 0.421 0.111 0.001 95 P 0.114 0.383 0.319 0.147 0.032 0.004 0.001 96 S 0.480 0.347 0.114 0.046 0.011 0.001 0.001 97 E 0.180 0.547 0.217 0.048 0.007 0.001 0.001 98 L 0.001 0.022 0.154 0.444 0.321 0.058 0.001 99 R 0.001 0.028 0.137 0.348 0.381 0.096 0.009 100 L 0.001 0.001 0.002 0.013 0.113 0.658 0.214 101 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.459 0.496 102 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.206 0.778 103 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.173 0.815 104 T 0.001 0.001 0.003 0.017 0.106 0.461 0.413 105 S 0.001 0.011 0.050 0.178 0.370 0.332 0.058 106 Q 0.018 0.139 0.261 0.290 0.198 0.078 0.015 107 R 0.130 0.267 0.246 0.202 0.108 0.042 0.006 108 R 0.117 0.247 0.263 0.215 0.111 0.043 0.005 109 N 0.436 0.283 0.143 0.081 0.041 0.014 0.002 110 E 0.112 0.282 0.294 0.195 0.088 0.027 0.002 111 L 0.018 0.033 0.090 0.257 0.373 0.214 0.017 112 E 0.111 0.308 0.306 0.189 0.068 0.017 0.002 113 S 0.255 0.442 0.202 0.076 0.020 0.005 0.001 114 G 0.044 0.122 0.211 0.326 0.225 0.069 0.002 115 M 0.018 0.038 0.098 0.282 0.388 0.171 0.007 116 R 0.390 0.378 0.164 0.055 0.010 0.002 0.001 117 S 0.299 0.398 0.198 0.079 0.020 0.005 0.001 118 Y 0.050 0.114 0.205 0.303 0.239 0.087 0.003 119 P 0.133 0.294 0.271 0.188 0.087 0.025 0.002 120 F 0.028 0.040 0.085 0.238 0.351 0.236 0.022 121 M 0.067 0.173 0.206 0.214 0.184 0.134 0.021 122 M 0.073 0.147 0.195 0.229 0.196 0.130 0.029 123 R 0.043 0.086 0.140 0.215 0.248 0.221 0.047 124 M 0.019 0.035 0.065 0.145 0.267 0.353 0.116 125 A 0.050 0.124 0.179 0.202 0.184 0.188 0.074 126 V 0.029 0.057 0.098 0.175 0.252 0.287 0.102 127 T 0.022 0.034 0.061 0.132 0.236 0.362 0.152 128 I 0.024 0.033 0.048 0.101 0.222 0.397 0.175 129 S 0.067 0.102 0.142 0.207 0.219 0.196 0.068 130 A 0.085 0.117 0.146 0.227 0.231 0.153 0.041 131 D 0.243 0.274 0.208 0.148 0.076 0.040 0.012 132 D 0.335 0.252 0.176 0.135 0.070 0.028 0.005 133 T 0.262 0.236 0.193 0.161 0.096 0.044 0.008 134 P 0.498 0.246 0.120 0.073 0.039 0.020 0.005 135 K 0.309 0.233 0.192 0.152 0.081 0.030 0.004 136 R 0.251 0.262 0.194 0.155 0.092 0.040 0.006 137 K 0.088 0.131 0.166 0.212 0.202 0.157 0.043 138 P 0.082 0.131 0.171 0.217 0.200 0.148 0.050 139 D 0.109 0.205 0.229 0.212 0.133 0.087 0.026 140 P 0.103 0.124 0.131 0.187 0.214 0.186 0.053 141 L 0.124 0.292 0.250 0.169 0.101 0.052 0.011 142 P 0.014 0.046 0.103 0.229 0.303 0.254 0.051 143 L 0.004 0.012 0.023 0.069 0.239 0.479 0.174 144 L 0.017 0.104 0.269 0.335 0.197 0.072 0.006 145 T 0.013 0.135 0.355 0.337 0.129 0.029 0.002 146 A 0.002 0.004 0.011 0.067 0.332 0.537 0.047 147 L 0.003 0.017 0.080 0.298 0.436 0.162 0.004 148 E 0.167 0.506 0.242 0.072 0.011 0.001 0.001 149 K 0.116 0.340 0.340 0.169 0.032 0.003 0.001 150 V 0.008 0.041 0.150 0.356 0.331 0.111 0.003 151 N 0.288 0.462 0.176 0.056 0.015 0.003 0.001 152 V 0.029 0.069 0.171 0.367 0.293 0.070 0.002 153 A 0.241 0.470 0.194 0.070 0.020 0.004 0.001 154 P 0.039 0.158 0.275 0.330 0.163 0.032 0.002 155 Q 0.085 0.296 0.263 0.206 0.109 0.036 0.005 156 N 0.003 0.032 0.137 0.366 0.343 0.110 0.009 157 A 0.001 0.002 0.011 0.045 0.183 0.582 0.175 158 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.039 0.386 0.565 159 F 0.001 0.001 0.003 0.010 0.044 0.237 0.706 160 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.227 0.743 161 G 0.001 0.003 0.008 0.035 0.119 0.347 0.487 162 D 0.001 0.005 0.019 0.068 0.190 0.467 0.251 163 S 0.004 0.025 0.066 0.154 0.276 0.340 0.135 164 V 0.013 0.057 0.130 0.227 0.262 0.233 0.078 165 S 0.022 0.086 0.140 0.185 0.222 0.241 0.104 166 D 0.018 0.051 0.083 0.131 0.212 0.333 0.173 167 E 0.059 0.113 0.180 0.233 0.224 0.159 0.032 168 Q 0.086 0.278 0.270 0.188 0.111 0.055 0.011 169 T 0.038 0.050 0.086 0.199 0.303 0.269 0.055 170 A 0.023 0.034 0.047 0.117 0.283 0.407 0.090 171 Q 0.088 0.241 0.275 0.226 0.117 0.044 0.009 172 A 0.069 0.194 0.267 0.241 0.151 0.068 0.010 173 A 0.022 0.061 0.116 0.234 0.307 0.210 0.049 174 N 0.057 0.227 0.275 0.220 0.131 0.071 0.018 175 V 0.005 0.029 0.067 0.185 0.333 0.316 0.064 176 D 0.005 0.029 0.107 0.251 0.287 0.232 0.090 177 F 0.001 0.003 0.009 0.025 0.091 0.442 0.430 178 G 0.001 0.002 0.005 0.015 0.054 0.301 0.623 179 L 0.001 0.001 0.004 0.011 0.043 0.235 0.706 180 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.044 0.262 0.682 181 V 0.001 0.004 0.011 0.043 0.143 0.414 0.384 182 W 0.004 0.018 0.049 0.130 0.270 0.381 0.148 183 G 0.023 0.070 0.130 0.224 0.270 0.230 0.053 184 M 0.080 0.153 0.209 0.245 0.192 0.104 0.018 185 D 0.244 0.254 0.195 0.151 0.099 0.049 0.009 186 P 0.329 0.263 0.180 0.126 0.068 0.029 0.005 187 N 0.478 0.270 0.134 0.072 0.032 0.011 0.002 188 A 0.416 0.251 0.157 0.102 0.051 0.020 0.003 189 D 0.369 0.276 0.179 0.113 0.048 0.015 0.002 190 H 0.221 0.243 0.227 0.189 0.091 0.027 0.003 191 Q 0.363 0.281 0.174 0.112 0.051 0.017 0.002 192 K 0.188 0.291 0.246 0.171 0.076 0.025 0.002 193 V 0.027 0.050 0.114 0.277 0.334 0.184 0.014 194 A 0.075 0.242 0.273 0.241 0.120 0.044 0.004 195 H 0.021 0.055 0.118 0.254 0.316 0.212 0.023 196 R 0.040 0.141 0.229 0.289 0.209 0.088 0.005 197 F 0.025 0.060 0.126 0.271 0.331 0.179 0.009 198 Q 0.176 0.339 0.262 0.150 0.057 0.015 0.001 199 K 0.104 0.321 0.306 0.188 0.065 0.016 0.001 200 P 0.019 0.039 0.096 0.243 0.372 0.219 0.012 201 L 0.223 0.359 0.255 0.124 0.033 0.006 0.001 202 D 0.149 0.359 0.312 0.136 0.036 0.007 0.001 203 I 0.065 0.039 0.056 0.188 0.366 0.272 0.012 204 L 0.134 0.183 0.273 0.263 0.115 0.031 0.001 205 E 0.439 0.396 0.124 0.033 0.006 0.002 0.001 206 L 0.295 0.200 0.206 0.197 0.084 0.018 0.001 207 F 0.249 0.141 0.168 0.222 0.160 0.057 0.002 208 K 0.691 0.209 0.069 0.021 0.006 0.002 0.001