# TARGET T0324 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0324.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2280 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.002 0.002 0.001 0.057 0.929 2 T 0.063 0.008 0.002 0.001 0.064 0.862 3 Y 0.196 0.010 0.001 0.001 0.080 0.713 4 Q 0.599 0.004 0.001 0.001 0.061 0.335 5 A 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 6 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 7 M 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 8 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 9 D 0.841 0.002 0.001 0.001 0.059 0.096 10 I 0.296 0.006 0.007 0.004 0.439 0.249 11 D 0.072 0.007 0.025 0.005 0.729 0.162 12 G 0.118 0.011 0.041 0.013 0.716 0.101 13 T 0.304 0.020 0.047 0.029 0.400 0.200 14 L 0.552 0.025 0.041 0.032 0.218 0.132 15 T 0.457 0.057 0.030 0.073 0.176 0.207 16 N 0.199 0.031 0.010 0.078 0.233 0.449 17 S 0.032 0.009 0.002 0.126 0.132 0.699 18 Q 0.013 0.005 0.004 0.619 0.087 0.273 19 P 0.001 0.001 0.002 0.982 0.009 0.006 20 A 0.001 0.001 0.003 0.979 0.008 0.009 21 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 23 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 24 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 25 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 28 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 30 A 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.001 31 T 0.001 0.001 0.005 0.986 0.003 0.006 32 Y 0.001 0.001 0.004 0.941 0.007 0.048 33 G 0.001 0.001 0.002 0.011 0.040 0.946 34 K 0.003 0.002 0.002 0.002 0.072 0.920 35 P 0.025 0.016 0.006 0.003 0.120 0.831 36 F 0.020 0.032 0.002 0.003 0.102 0.842 37 S 0.008 0.007 0.001 0.003 0.037 0.944 38 P 0.001 0.001 0.031 0.934 0.012 0.021 39 A 0.001 0.001 0.014 0.980 0.004 0.002 40 Q 0.001 0.001 0.022 0.968 0.007 0.001 41 A 0.004 0.001 0.009 0.971 0.009 0.006 42 Q 0.005 0.001 0.012 0.960 0.013 0.009 43 K 0.004 0.001 0.008 0.930 0.026 0.031 44 T 0.006 0.004 0.008 0.824 0.058 0.101 45 F 0.006 0.011 0.007 0.431 0.161 0.384 46 P 0.004 0.004 0.009 0.135 0.236 0.612 47 M 0.008 0.006 0.012 0.217 0.272 0.484 48 A 0.010 0.007 0.008 0.427 0.118 0.431 49 A 0.001 0.001 0.005 0.970 0.009 0.014 50 E 0.002 0.001 0.004 0.985 0.005 0.004 51 Q 0.002 0.001 0.005 0.982 0.008 0.003 52 A 0.003 0.001 0.004 0.981 0.007 0.004 53 M 0.002 0.001 0.006 0.981 0.007 0.004 54 T 0.001 0.001 0.008 0.978 0.007 0.007 55 E 0.001 0.001 0.009 0.960 0.009 0.021 56 L 0.002 0.002 0.012 0.872 0.024 0.087 57 G 0.003 0.002 0.005 0.052 0.076 0.860 58 I 0.006 0.006 0.012 0.067 0.123 0.787 59 A 0.012 0.011 0.022 0.067 0.209 0.678 60 A 0.002 0.001 0.402 0.373 0.150 0.072 61 S 0.003 0.002 0.362 0.458 0.125 0.050 62 E 0.005 0.003 0.286 0.565 0.103 0.039 63 F 0.007 0.004 0.049 0.771 0.065 0.104 64 D 0.003 0.001 0.036 0.876 0.042 0.041 65 H 0.002 0.001 0.038 0.916 0.027 0.016 66 F 0.003 0.001 0.017 0.936 0.022 0.021 67 Q 0.002 0.001 0.008 0.960 0.013 0.017 68 A 0.001 0.001 0.005 0.977 0.008 0.009 69 Q 0.002 0.001 0.005 0.963 0.011 0.019 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 71 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.004 72 D 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 73 V 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.004 74 M 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.004 75 A 0.001 0.001 0.013 0.969 0.011 0.005 76 S 0.001 0.001 0.014 0.943 0.024 0.017 77 H 0.002 0.002 0.029 0.840 0.054 0.072 78 Y 0.009 0.007 0.108 0.432 0.329 0.114 79 D 0.017 0.004 0.146 0.306 0.368 0.158 80 Q 0.027 0.007 0.174 0.114 0.438 0.240 81 I 0.114 0.048 0.063 0.035 0.384 0.357 82 E 0.246 0.046 0.041 0.020 0.234 0.413 83 L 0.191 0.110 0.018 0.017 0.198 0.466 84 Y 0.037 0.027 0.008 0.016 0.837 0.075 85 P 0.006 0.005 0.026 0.056 0.848 0.060 86 G 0.002 0.002 0.039 0.234 0.666 0.057 87 I 0.022 0.025 0.031 0.653 0.246 0.023 88 T 0.024 0.016 0.012 0.828 0.039 0.082 89 S 0.023 0.019 0.018 0.848 0.048 0.044 90 L 0.007 0.002 0.068 0.872 0.035 0.017 91 F 0.010 0.002 0.138 0.766 0.062 0.021 92 E 0.004 0.001 0.156 0.724 0.086 0.028 93 Q 0.003 0.002 0.097 0.684 0.096 0.118 94 L 0.006 0.012 0.044 0.175 0.303 0.460 95 P 0.003 0.004 0.062 0.028 0.795 0.108 96 S 0.001 0.001 0.142 0.017 0.794 0.045 97 E 0.006 0.001 0.067 0.005 0.840 0.079 98 L 0.285 0.022 0.011 0.002 0.492 0.188 99 R 0.701 0.003 0.001 0.001 0.038 0.257 100 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 101 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 V 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 104 T 0.293 0.002 0.001 0.004 0.080 0.620 105 S 0.017 0.001 0.006 0.025 0.248 0.704 106 Q 0.006 0.006 0.041 0.325 0.360 0.262 107 R 0.004 0.006 0.052 0.691 0.168 0.079 108 R 0.003 0.002 0.045 0.831 0.078 0.041 109 N 0.003 0.001 0.047 0.881 0.047 0.022 110 E 0.002 0.001 0.042 0.910 0.028 0.018 111 L 0.006 0.001 0.029 0.912 0.029 0.023 112 E 0.007 0.001 0.018 0.932 0.022 0.020 113 S 0.006 0.001 0.019 0.936 0.021 0.017 114 G 0.009 0.002 0.020 0.910 0.032 0.028 115 M 0.009 0.002 0.027 0.876 0.056 0.030 116 R 0.010 0.002 0.022 0.867 0.056 0.044 117 S 0.012 0.003 0.029 0.781 0.080 0.095 118 Y 0.025 0.007 0.044 0.326 0.260 0.338 119 P 0.033 0.007 0.082 0.106 0.300 0.472 120 F 0.080 0.029 0.185 0.076 0.306 0.325 121 M 0.111 0.017 0.182 0.032 0.371 0.286 122 M 0.133 0.005 0.265 0.039 0.328 0.229 123 R 0.221 0.014 0.187 0.035 0.310 0.234 124 M 0.366 0.017 0.032 0.010 0.295 0.281 125 A 0.340 0.003 0.009 0.003 0.246 0.399 126 V 0.900 0.005 0.002 0.001 0.030 0.062 127 T 0.977 0.005 0.001 0.001 0.005 0.012 128 I 0.971 0.010 0.001 0.001 0.003 0.015 129 S 0.824 0.008 0.003 0.003 0.058 0.105 130 A 0.077 0.002 0.415 0.031 0.381 0.095 131 D 0.024 0.002 0.444 0.016 0.443 0.071 132 D 0.012 0.010 0.529 0.025 0.382 0.042 133 T 0.015 0.031 0.068 0.031 0.537 0.319 134 P 0.022 0.042 0.080 0.047 0.436 0.373 135 K 0.023 0.037 0.083 0.033 0.437 0.387 136 R 0.036 0.049 0.030 0.020 0.359 0.506 137 K 0.015 0.029 0.007 0.007 0.281 0.661 138 P 0.013 0.043 0.002 0.013 0.164 0.765 139 D 0.005 0.010 0.001 0.018 0.078 0.888 140 P 0.001 0.001 0.002 0.936 0.020 0.040 141 L 0.001 0.001 0.002 0.980 0.008 0.008 142 P 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 143 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.002 144 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 145 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 147 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 148 E 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.002 149 K 0.001 0.001 0.006 0.983 0.006 0.005 150 V 0.001 0.001 0.008 0.896 0.019 0.076 151 N 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.967 152 V 0.008 0.016 0.002 0.001 0.077 0.897 153 A 0.031 0.010 0.006 0.001 0.175 0.777 154 P 0.011 0.002 0.749 0.013 0.176 0.049 155 Q 0.023 0.001 0.709 0.008 0.215 0.044 156 N 0.140 0.002 0.566 0.013 0.237 0.042 157 A 0.796 0.008 0.012 0.016 0.057 0.111 158 L 0.943 0.007 0.001 0.007 0.011 0.031 159 F 0.969 0.003 0.001 0.004 0.009 0.016 160 I 0.918 0.006 0.001 0.004 0.020 0.052 161 G 0.438 0.011 0.002 0.005 0.182 0.361 162 D 0.099 0.009 0.001 0.004 0.275 0.612 163 S 0.017 0.007 0.002 0.013 0.221 0.741 164 V 0.013 0.008 0.020 0.669 0.180 0.109 165 S 0.008 0.005 0.011 0.818 0.100 0.057 166 D 0.008 0.003 0.006 0.895 0.034 0.056 167 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 168 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 169 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 170 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 171 Q 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 172 A 0.002 0.001 0.012 0.954 0.014 0.017 173 A 0.004 0.001 0.013 0.800 0.041 0.141 174 N 0.004 0.001 0.001 0.004 0.031 0.958 175 V 0.048 0.002 0.001 0.001 0.066 0.883 176 D 0.364 0.001 0.001 0.001 0.066 0.568 177 F 0.963 0.002 0.001 0.001 0.006 0.030 178 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 179 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 180 A 0.962 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 181 V 0.669 0.003 0.002 0.001 0.115 0.210 182 W 0.213 0.013 0.005 0.002 0.346 0.420 183 G 0.054 0.016 0.012 0.002 0.497 0.419 184 M 0.065 0.050 0.010 0.004 0.359 0.513 185 D 0.039 0.018 0.012 0.005 0.415 0.511 186 P 0.011 0.011 0.119 0.053 0.541 0.265 187 N 0.008 0.007 0.209 0.079 0.502 0.194 188 A 0.009 0.009 0.318 0.119 0.447 0.099 189 D 0.015 0.007 0.304 0.130 0.371 0.173 190 H 0.031 0.017 0.186 0.119 0.389 0.258 191 Q 0.068 0.017 0.079 0.097 0.323 0.415 192 K 0.102 0.011 0.025 0.039 0.293 0.529 193 V 0.139 0.008 0.026 0.044 0.281 0.501 194 A 0.339 0.012 0.023 0.062 0.166 0.399 195 H 0.741 0.015 0.018 0.046 0.058 0.122 196 R 0.818 0.015 0.007 0.027 0.045 0.087 197 F 0.634 0.016 0.006 0.013 0.101 0.229 198 Q 0.219 0.021 0.004 0.011 0.244 0.499 199 K 0.032 0.006 0.006 0.016 0.233 0.707 200 P 0.002 0.001 0.231 0.655 0.077 0.035 201 L 0.003 0.002 0.256 0.666 0.056 0.016 202 D 0.002 0.001 0.161 0.797 0.032 0.006 203 I 0.001 0.001 0.031 0.954 0.009 0.005 204 L 0.001 0.001 0.057 0.915 0.018 0.007 205 E 0.002 0.001 0.077 0.853 0.050 0.017 206 L 0.003 0.002 0.036 0.820 0.065 0.075 207 F 0.004 0.007 0.017 0.714 0.075 0.184 208 K 0.003 0.003 0.006 0.212 0.107 0.668