# TARGET T0324 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0324.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2280 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.003 0.058 0.066 0.068 0.168 0.041 0.584 2 T 0.051 0.010 0.068 0.035 0.052 0.156 0.126 0.502 3 Y 0.010 0.005 0.086 0.039 0.049 0.217 0.103 0.491 4 Q 0.002 0.002 0.553 0.048 0.099 0.056 0.120 0.121 5 A 0.002 0.001 0.553 0.046 0.084 0.033 0.129 0.151 6 L 0.001 0.001 0.853 0.041 0.036 0.011 0.023 0.033 7 M 0.002 0.001 0.782 0.040 0.060 0.023 0.039 0.052 8 F 0.004 0.001 0.722 0.026 0.040 0.074 0.049 0.084 9 D 0.088 0.004 0.308 0.015 0.020 0.220 0.138 0.206 10 I 0.063 0.009 0.077 0.006 0.009 0.300 0.128 0.408 11 D 0.012 0.006 0.094 0.004 0.017 0.256 0.092 0.517 12 G 0.022 0.009 0.242 0.021 0.062 0.124 0.288 0.234 13 T 0.021 0.014 0.304 0.065 0.084 0.080 0.223 0.209 14 L 0.024 0.017 0.340 0.051 0.084 0.086 0.082 0.316 15 T 0.038 0.023 0.246 0.072 0.084 0.148 0.073 0.317 16 N 0.041 0.078 0.071 0.017 0.028 0.174 0.062 0.529 17 S 0.127 0.344 0.016 0.004 0.008 0.097 0.055 0.349 18 Q 0.060 0.100 0.007 0.003 0.004 0.044 0.643 0.140 19 P 0.005 0.062 0.003 0.001 0.002 0.017 0.876 0.035 20 A 0.005 0.912 0.001 0.001 0.001 0.006 0.049 0.025 21 Y 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 22 T 0.003 0.945 0.002 0.001 0.002 0.002 0.036 0.008 23 T 0.003 0.937 0.002 0.001 0.001 0.003 0.048 0.005 24 V 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 25 M 0.004 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 26 R 0.008 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 0.010 27 E 0.016 0.164 0.079 0.003 0.001 0.007 0.698 0.032 28 V 0.043 0.219 0.045 0.004 0.002 0.024 0.603 0.060 29 L 0.355 0.032 0.126 0.002 0.002 0.038 0.166 0.278 30 A 0.607 0.006 0.005 0.001 0.001 0.024 0.009 0.347 31 T 0.037 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.010 0.928 32 Y 0.008 0.001 0.012 0.002 0.005 0.252 0.005 0.715 33 G 0.012 0.001 0.016 0.006 0.015 0.096 0.019 0.836 34 K 0.016 0.002 0.014 0.011 0.005 0.115 0.013 0.825 35 P 0.012 0.014 0.086 0.008 0.012 0.145 0.015 0.707 36 F 0.015 0.042 0.023 0.006 0.004 0.066 0.015 0.829 37 S 0.138 0.809 0.005 0.001 0.001 0.005 0.011 0.031 38 P 0.113 0.840 0.007 0.001 0.001 0.005 0.017 0.018 39 A 0.072 0.786 0.008 0.002 0.002 0.015 0.024 0.093 40 Q 0.214 0.157 0.036 0.003 0.005 0.029 0.439 0.117 41 A 0.168 0.210 0.010 0.007 0.011 0.086 0.254 0.255 42 Q 0.124 0.059 0.011 0.005 0.012 0.058 0.077 0.653 43 K 0.022 0.031 0.007 0.009 0.012 0.106 0.025 0.788 44 T 0.032 0.042 0.014 0.009 0.016 0.113 0.032 0.743 45 F 0.139 0.163 0.012 0.012 0.011 0.121 0.044 0.499 46 P 0.065 0.395 0.014 0.004 0.004 0.076 0.035 0.407 47 M 0.036 0.553 0.010 0.003 0.002 0.049 0.027 0.320 48 A 0.020 0.915 0.005 0.001 0.001 0.007 0.021 0.031 49 A 0.041 0.918 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.013 50 E 0.010 0.105 0.006 0.001 0.001 0.008 0.846 0.024 51 Q 0.007 0.773 0.006 0.002 0.002 0.011 0.153 0.046 52 A 0.088 0.755 0.010 0.002 0.005 0.021 0.038 0.081 53 M 0.106 0.301 0.063 0.023 0.018 0.066 0.194 0.229 54 T 0.160 0.226 0.015 0.007 0.013 0.060 0.059 0.459 55 E 0.134 0.087 0.016 0.004 0.005 0.092 0.049 0.613 56 L 0.051 0.112 0.039 0.012 0.013 0.182 0.049 0.542 57 G 0.072 0.058 0.018 0.003 0.006 0.096 0.054 0.693 58 I 0.068 0.127 0.034 0.006 0.004 0.098 0.103 0.561 59 A 0.171 0.470 0.019 0.002 0.003 0.038 0.087 0.210 60 A 0.200 0.326 0.012 0.002 0.002 0.053 0.067 0.338 61 S 0.026 0.358 0.017 0.004 0.004 0.071 0.072 0.448 62 E 0.031 0.832 0.003 0.001 0.001 0.014 0.021 0.097 63 F 0.038 0.851 0.004 0.001 0.001 0.012 0.052 0.042 64 D 0.021 0.866 0.006 0.001 0.001 0.009 0.051 0.045 65 H 0.032 0.810 0.008 0.001 0.001 0.011 0.088 0.050 66 F 0.026 0.904 0.004 0.001 0.001 0.005 0.040 0.020 67 Q 0.034 0.855 0.004 0.001 0.001 0.006 0.063 0.037 68 A 0.008 0.863 0.004 0.001 0.001 0.009 0.042 0.073 69 Q 0.007 0.918 0.003 0.001 0.001 0.007 0.036 0.029 70 Y 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 71 E 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.010 72 D 0.015 0.479 0.016 0.001 0.001 0.010 0.440 0.038 73 V 0.015 0.445 0.015 0.001 0.001 0.012 0.486 0.026 74 M 0.092 0.724 0.013 0.001 0.001 0.011 0.100 0.059 75 A 0.111 0.355 0.023 0.003 0.004 0.049 0.104 0.351 76 S 0.026 0.096 0.036 0.004 0.004 0.083 0.124 0.627 77 H 0.182 0.135 0.023 0.005 0.006 0.087 0.112 0.450 78 Y 0.417 0.039 0.017 0.004 0.005 0.083 0.064 0.370 79 D 0.053 0.015 0.013 0.004 0.006 0.101 0.016 0.792 80 Q 0.020 0.016 0.026 0.004 0.012 0.072 0.022 0.830 81 I 0.105 0.046 0.053 0.011 0.010 0.129 0.038 0.610 82 E 0.014 0.021 0.187 0.035 0.022 0.144 0.053 0.524 83 L 0.064 0.063 0.021 0.002 0.003 0.059 0.017 0.772 84 Y 0.399 0.064 0.017 0.002 0.001 0.019 0.438 0.060 85 P 0.023 0.118 0.030 0.006 0.006 0.093 0.200 0.523 86 G 0.032 0.512 0.010 0.002 0.005 0.035 0.044 0.360 87 I 0.017 0.944 0.003 0.001 0.001 0.004 0.006 0.022 88 T 0.052 0.854 0.021 0.003 0.004 0.010 0.018 0.039 89 S 0.110 0.596 0.067 0.005 0.004 0.026 0.060 0.133 90 L 0.352 0.348 0.081 0.002 0.002 0.024 0.115 0.076 91 F 0.637 0.042 0.035 0.001 0.001 0.016 0.160 0.108 92 E 0.012 0.007 0.015 0.002 0.002 0.044 0.168 0.749 93 Q 0.003 0.004 0.021 0.001 0.001 0.050 0.057 0.863 94 L 0.603 0.015 0.012 0.005 0.003 0.053 0.066 0.242 95 P 0.528 0.002 0.003 0.001 0.002 0.041 0.017 0.406 96 S 0.016 0.002 0.011 0.001 0.004 0.114 0.010 0.843 97 E 0.004 0.001 0.092 0.003 0.013 0.187 0.029 0.671 98 L 0.007 0.001 0.310 0.032 0.020 0.181 0.059 0.389 99 R 0.001 0.001 0.777 0.010 0.013 0.044 0.033 0.122 100 L 0.001 0.001 0.858 0.010 0.021 0.012 0.050 0.048 101 G 0.001 0.001 0.923 0.017 0.022 0.003 0.026 0.008 102 I 0.002 0.002 0.820 0.047 0.053 0.010 0.021 0.046 103 V 0.004 0.004 0.761 0.071 0.066 0.019 0.026 0.048 104 T 0.025 0.042 0.371 0.032 0.072 0.096 0.110 0.252 105 S 0.073 0.097 0.103 0.019 0.033 0.173 0.117 0.386 106 Q 0.047 0.217 0.031 0.008 0.008 0.140 0.061 0.488 107 R 0.052 0.842 0.002 0.001 0.001 0.013 0.028 0.060 108 R 0.043 0.879 0.002 0.001 0.001 0.009 0.023 0.044 109 N 0.014 0.404 0.004 0.004 0.005 0.020 0.451 0.097 110 E 0.008 0.539 0.004 0.002 0.003 0.014 0.392 0.038 111 L 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.010 112 E 0.040 0.853 0.008 0.004 0.005 0.008 0.039 0.043 113 S 0.051 0.272 0.044 0.012 0.013 0.039 0.410 0.159 114 G 0.189 0.226 0.034 0.009 0.009 0.050 0.324 0.160 115 M 0.371 0.052 0.031 0.006 0.007 0.065 0.099 0.368 116 R 0.024 0.034 0.009 0.005 0.006 0.097 0.023 0.801 117 S 0.012 0.027 0.007 0.001 0.003 0.059 0.018 0.873 118 Y 0.102 0.123 0.046 0.025 0.015 0.147 0.113 0.429 119 P 0.149 0.101 0.049 0.018 0.017 0.102 0.106 0.457 120 F 0.248 0.074 0.035 0.007 0.012 0.075 0.116 0.432 121 M 0.207 0.038 0.086 0.014 0.017 0.090 0.110 0.438 122 M 0.048 0.020 0.052 0.010 0.022 0.111 0.068 0.670 123 R 0.008 0.006 0.100 0.008 0.024 0.157 0.053 0.644 124 M 0.010 0.006 0.176 0.060 0.090 0.183 0.111 0.363 125 A 0.004 0.004 0.243 0.075 0.117 0.078 0.150 0.328 126 V 0.002 0.003 0.626 0.072 0.125 0.027 0.064 0.080 127 T 0.003 0.003 0.540 0.121 0.157 0.020 0.065 0.092 128 I 0.006 0.002 0.597 0.147 0.101 0.023 0.034 0.089 129 S 0.066 0.009 0.339 0.071 0.115 0.063 0.167 0.169 130 A 0.102 0.015 0.073 0.041 0.059 0.159 0.104 0.447 131 D 0.022 0.007 0.027 0.009 0.021 0.149 0.027 0.736 132 D 0.037 0.011 0.028 0.017 0.026 0.130 0.061 0.689 133 T 0.239 0.023 0.017 0.029 0.038 0.107 0.091 0.454 134 P 0.137 0.008 0.016 0.024 0.031 0.102 0.049 0.632 135 K 0.031 0.003 0.014 0.025 0.053 0.104 0.025 0.745 136 R 0.031 0.002 0.014 0.017 0.034 0.104 0.043 0.754 137 K 0.015 0.004 0.015 0.020 0.025 0.192 0.016 0.714 138 P 0.015 0.010 0.007 0.004 0.004 0.094 0.019 0.848 139 D 0.106 0.559 0.003 0.003 0.002 0.043 0.037 0.246 140 P 0.110 0.778 0.001 0.001 0.001 0.016 0.015 0.079 141 L 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.006 142 P 0.005 0.670 0.001 0.001 0.001 0.004 0.312 0.007 143 L 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.005 144 L 0.002 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.008 145 T 0.012 0.953 0.006 0.001 0.002 0.005 0.011 0.011 146 A 0.107 0.775 0.022 0.001 0.001 0.009 0.062 0.022 147 L 0.086 0.047 0.355 0.005 0.003 0.014 0.450 0.040 148 E 0.445 0.035 0.023 0.002 0.002 0.043 0.047 0.404 149 K 0.165 0.003 0.037 0.001 0.001 0.050 0.011 0.731 150 V 0.010 0.001 0.038 0.003 0.004 0.102 0.011 0.831 151 N 0.004 0.001 0.003 0.001 0.004 0.072 0.006 0.908 152 V 0.005 0.001 0.010 0.003 0.002 0.134 0.012 0.833 153 A 0.371 0.013 0.034 0.007 0.003 0.123 0.078 0.371 154 P 0.350 0.020 0.011 0.001 0.002 0.094 0.053 0.469 155 Q 0.011 0.007 0.076 0.003 0.009 0.196 0.035 0.664 156 N 0.006 0.005 0.557 0.021 0.070 0.064 0.116 0.162 157 A 0.004 0.005 0.278 0.048 0.083 0.077 0.134 0.371 158 L 0.002 0.001 0.795 0.052 0.060 0.020 0.023 0.047 159 F 0.014 0.005 0.497 0.071 0.131 0.055 0.075 0.152 160 I 0.043 0.011 0.380 0.066 0.084 0.101 0.114 0.200 161 G 0.045 0.016 0.093 0.017 0.033 0.187 0.057 0.552 162 D 0.039 0.044 0.044 0.012 0.016 0.167 0.097 0.581 163 S 0.148 0.371 0.019 0.005 0.006 0.087 0.063 0.300 164 V 0.180 0.400 0.011 0.003 0.005 0.071 0.109 0.222 165 S 0.012 0.063 0.003 0.002 0.003 0.029 0.733 0.155 166 D 0.017 0.784 0.001 0.001 0.001 0.010 0.162 0.024 167 E 0.011 0.925 0.001 0.001 0.001 0.009 0.023 0.029 168 Q 0.006 0.934 0.009 0.006 0.005 0.005 0.012 0.023 169 T 0.049 0.904 0.004 0.001 0.003 0.006 0.015 0.018 170 A 0.138 0.055 0.120 0.004 0.002 0.013 0.638 0.030 171 Q 0.609 0.114 0.014 0.008 0.005 0.026 0.102 0.123 172 A 0.063 0.008 0.011 0.001 0.001 0.041 0.030 0.846 173 A 0.004 0.009 0.093 0.006 0.010 0.250 0.040 0.588 174 N 0.036 0.019 0.082 0.005 0.016 0.117 0.109 0.617 175 V 0.023 0.013 0.037 0.014 0.008 0.194 0.083 0.627 176 D 0.006 0.011 0.561 0.024 0.064 0.074 0.121 0.139 177 F 0.014 0.009 0.465 0.029 0.065 0.054 0.168 0.198 178 G 0.002 0.002 0.871 0.022 0.017 0.013 0.027 0.046 179 L 0.002 0.002 0.841 0.025 0.034 0.016 0.029 0.051 180 A 0.029 0.004 0.488 0.065 0.081 0.085 0.052 0.197 181 V 0.110 0.005 0.203 0.045 0.075 0.140 0.082 0.340 182 W 0.059 0.004 0.029 0.012 0.024 0.173 0.028 0.672 183 G 0.014 0.004 0.026 0.016 0.036 0.152 0.041 0.711 184 M 0.026 0.007 0.011 0.010 0.013 0.125 0.022 0.785 185 D 0.268 0.051 0.017 0.028 0.020 0.131 0.108 0.378 186 P 0.086 0.052 0.007 0.007 0.009 0.091 0.032 0.716 187 N 0.290 0.109 0.007 0.005 0.009 0.068 0.057 0.455 188 A 0.196 0.087 0.015 0.017 0.015 0.099 0.087 0.483 189 D 0.160 0.073 0.008 0.014 0.027 0.096 0.054 0.569 190 H 0.091 0.036 0.023 0.013 0.025 0.108 0.059 0.645 191 Q 0.055 0.032 0.026 0.028 0.054 0.153 0.044 0.607 192 K 0.079 0.025 0.028 0.015 0.031 0.099 0.050 0.673 193 V 0.028 0.025 0.046 0.050 0.076 0.159 0.073 0.541 194 A 0.016 0.011 0.146 0.060 0.192 0.088 0.090 0.397 195 H 0.013 0.009 0.159 0.171 0.236 0.059 0.059 0.293 196 R 0.016 0.015 0.236 0.124 0.154 0.067 0.059 0.330 197 F 0.021 0.020 0.153 0.084 0.088 0.089 0.049 0.494 198 Q 0.025 0.030 0.072 0.040 0.032 0.109 0.059 0.633 199 K 0.159 0.464 0.013 0.006 0.006 0.045 0.060 0.246 200 P 0.175 0.658 0.005 0.001 0.002 0.021 0.033 0.105 201 L 0.058 0.634 0.015 0.005 0.004 0.029 0.051 0.204 202 D 0.034 0.802 0.006 0.002 0.003 0.016 0.026 0.110 203 I 0.150 0.713 0.010 0.002 0.002 0.017 0.045 0.061 204 L 0.250 0.382 0.029 0.007 0.007 0.033 0.136 0.155 205 E 0.119 0.138 0.017 0.007 0.009 0.045 0.105 0.558 206 L 0.092 0.046 0.030 0.006 0.009 0.095 0.126 0.595 207 F 0.083 0.033 0.035 0.016 0.017 0.135 0.109 0.573 208 K 0.057 0.012 0.010 0.004 0.009 0.065 0.027 0.815