# TARGET T0323 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0323.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.173 0.036 0.017 0.025 0.257 0.491 2 R 0.216 0.132 0.010 0.019 0.180 0.443 3 Y 0.170 0.060 0.011 0.014 0.437 0.309 4 F 0.043 0.009 0.041 0.032 0.609 0.265 5 S 0.029 0.017 0.045 0.027 0.711 0.172 6 T 0.022 0.017 0.053 0.051 0.694 0.162 7 D 0.017 0.013 0.018 0.068 0.324 0.560 8 S 0.008 0.007 0.053 0.452 0.307 0.173 9 P 0.004 0.003 0.050 0.712 0.146 0.085 10 E 0.003 0.004 0.044 0.845 0.073 0.030 11 V 0.004 0.003 0.027 0.875 0.062 0.030 12 K 0.003 0.001 0.018 0.919 0.039 0.021 13 T 0.002 0.002 0.018 0.920 0.036 0.022 14 I 0.002 0.001 0.019 0.915 0.036 0.027 15 V 0.002 0.001 0.038 0.879 0.052 0.028 16 A 0.002 0.002 0.029 0.838 0.075 0.054 17 Q 0.001 0.001 0.017 0.748 0.070 0.163 18 D 0.001 0.001 0.008 0.350 0.101 0.538 19 S 0.001 0.001 0.024 0.840 0.060 0.076 20 R 0.001 0.001 0.026 0.916 0.034 0.021 21 L 0.001 0.001 0.018 0.959 0.015 0.007 22 F 0.001 0.001 0.011 0.971 0.011 0.006 23 Q 0.001 0.001 0.009 0.978 0.009 0.003 24 F 0.001 0.001 0.007 0.980 0.009 0.003 25 I 0.001 0.001 0.010 0.967 0.014 0.007 26 E 0.001 0.001 0.015 0.954 0.018 0.011 27 I 0.002 0.001 0.014 0.884 0.043 0.055 28 A 0.005 0.007 0.019 0.449 0.208 0.312 29 G 0.006 0.004 0.022 0.068 0.314 0.585 30 E 0.010 0.005 0.053 0.044 0.451 0.437 31 V 0.044 0.020 0.062 0.038 0.444 0.393 32 Q 0.083 0.039 0.045 0.029 0.328 0.476 33 L 0.087 0.023 0.032 0.023 0.294 0.540 34 P 0.048 0.019 0.059 0.036 0.399 0.439 35 T 0.029 0.021 0.060 0.028 0.407 0.455 36 K 0.008 0.008 0.024 0.023 0.331 0.605 37 P 0.005 0.006 0.016 0.033 0.204 0.736 38 N 0.003 0.006 0.005 0.046 0.087 0.854 39 P 0.001 0.001 0.015 0.964 0.010 0.010 40 F 0.001 0.001 0.006 0.987 0.005 0.002 41 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 42 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 43 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 45 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 46 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 48 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 49 E 0.001 0.001 0.004 0.976 0.013 0.006 50 Q 0.001 0.001 0.007 0.959 0.019 0.014 51 Q 0.002 0.002 0.008 0.860 0.053 0.075 52 L 0.003 0.007 0.005 0.629 0.084 0.272 53 S 0.002 0.003 0.002 0.467 0.050 0.476 54 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 55 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 56 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 57 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 58 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 59 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 60 I 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 61 Y 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 62 G 0.001 0.001 0.002 0.985 0.006 0.007 63 R 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.004 64 V 0.001 0.001 0.003 0.984 0.008 0.003 65 E 0.001 0.001 0.011 0.960 0.021 0.006 66 Q 0.001 0.001 0.017 0.934 0.034 0.015 67 L 0.001 0.001 0.018 0.870 0.052 0.059 68 V 0.003 0.007 0.011 0.563 0.098 0.318 69 G 0.004 0.005 0.018 0.068 0.226 0.679 70 G 0.012 0.006 0.043 0.061 0.377 0.501 71 A 0.032 0.007 0.080 0.078 0.378 0.425 72 L 0.050 0.022 0.034 0.099 0.271 0.524 73 E 0.038 0.011 0.025 0.144 0.187 0.596 74 K 0.024 0.011 0.022 0.233 0.142 0.568 75 P 0.005 0.003 0.115 0.547 0.145 0.186 76 E 0.003 0.002 0.137 0.604 0.120 0.133 77 Q 0.001 0.001 0.174 0.669 0.102 0.053 78 L 0.002 0.003 0.122 0.689 0.130 0.054 79 Y 0.001 0.002 0.107 0.729 0.124 0.038 80 R 0.001 0.001 0.059 0.736 0.133 0.070 81 V 0.001 0.001 0.031 0.743 0.112 0.113 82 S 0.001 0.003 0.011 0.746 0.084 0.155 83 D 0.001 0.001 0.018 0.916 0.050 0.015 84 E 0.001 0.001 0.013 0.945 0.032 0.009 85 A 0.001 0.001 0.015 0.961 0.020 0.004 86 L 0.001 0.001 0.017 0.959 0.018 0.005 87 R 0.001 0.001 0.047 0.905 0.037 0.011 88 Q 0.001 0.001 0.044 0.905 0.033 0.017 89 A 0.001 0.001 0.028 0.796 0.072 0.102 90 G 0.001 0.001 0.006 0.032 0.166 0.794 91 V 0.007 0.006 0.008 0.020 0.261 0.696 92 S 0.017 0.007 0.020 0.064 0.430 0.462 93 K 0.006 0.001 0.118 0.612 0.205 0.058 94 R 0.012 0.002 0.083 0.730 0.119 0.053 95 K 0.006 0.002 0.043 0.894 0.036 0.020 96 I 0.003 0.001 0.007 0.965 0.010 0.013 97 E 0.004 0.001 0.005 0.966 0.012 0.012 98 Y 0.003 0.001 0.005 0.966 0.010 0.015 99 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 100 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 101 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 102 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 103 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 104 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 105 H 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 106 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.003 107 E 0.001 0.001 0.007 0.976 0.012 0.005 108 S 0.001 0.001 0.014 0.879 0.060 0.045 109 G 0.003 0.001 0.025 0.230 0.265 0.476 110 R 0.013 0.002 0.011 0.027 0.273 0.674 111 L 0.073 0.073 0.006 0.010 0.284 0.553 112 D 0.033 0.010 0.011 0.031 0.349 0.566 113 F 0.003 0.001 0.579 0.222 0.172 0.023 114 T 0.003 0.001 0.666 0.180 0.137 0.013 115 E 0.001 0.001 0.601 0.258 0.129 0.010 116 L 0.005 0.005 0.331 0.400 0.195 0.064 117 E 0.006 0.004 0.178 0.369 0.287 0.156 118 G 0.005 0.001 0.051 0.140 0.368 0.435 119 A 0.008 0.002 0.011 0.033 0.276 0.670 120 E 0.005 0.006 0.006 0.029 0.182 0.772 121 A 0.004 0.001 0.031 0.775 0.103 0.085 122 T 0.004 0.001 0.016 0.896 0.061 0.023 123 T 0.002 0.001 0.009 0.933 0.039 0.017 124 V 0.002 0.001 0.004 0.956 0.015 0.023 125 I 0.002 0.001 0.004 0.977 0.008 0.008 126 E 0.001 0.001 0.009 0.980 0.008 0.003 127 K 0.001 0.001 0.018 0.974 0.005 0.003 128 L 0.001 0.001 0.044 0.938 0.012 0.005 129 T 0.001 0.001 0.041 0.922 0.023 0.013 130 A 0.001 0.001 0.019 0.658 0.126 0.195 131 I 0.002 0.007 0.020 0.192 0.601 0.178 132 K 0.006 0.004 0.010 0.068 0.674 0.239 133 G 0.004 0.008 0.019 0.032 0.714 0.223 134 I 0.011 0.021 0.024 0.050 0.651 0.243 135 G 0.010 0.019 0.017 0.061 0.165 0.728 136 Q 0.007 0.007 0.078 0.738 0.074 0.095 137 W 0.001 0.001 0.039 0.906 0.031 0.021 138 T 0.001 0.001 0.010 0.979 0.004 0.006 139 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 140 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 141 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 142 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 143 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 144 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 145 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 146 S 0.001 0.001 0.005 0.980 0.009 0.004 147 L 0.002 0.002 0.009 0.865 0.059 0.062 148 G 0.003 0.004 0.005 0.051 0.246 0.691 149 R 0.008 0.006 0.045 0.028 0.696 0.217 150 L 0.013 0.009 0.081 0.020 0.758 0.119 151 D 0.007 0.006 0.153 0.028 0.687 0.120 152 V 0.031 0.037 0.076 0.031 0.607 0.218 153 L 0.048 0.015 0.030 0.028 0.303 0.575 154 S 0.045 0.028 0.076 0.055 0.334 0.462 155 V 0.007 0.003 0.474 0.228 0.184 0.104 156 G 0.006 0.004 0.407 0.240 0.207 0.137 157 D 0.005 0.004 0.195 0.303 0.148 0.346 158 V 0.001 0.001 0.024 0.933 0.019 0.023 159 G 0.001 0.001 0.010 0.972 0.010 0.008 160 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 161 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.003 0.001 162 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 163 G 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 164 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.011 0.002 165 K 0.001 0.001 0.004 0.976 0.015 0.005 166 W 0.001 0.001 0.007 0.945 0.028 0.019 167 L 0.001 0.001 0.009 0.869 0.054 0.066 168 Y 0.004 0.006 0.025 0.280 0.249 0.437 169 G 0.011 0.009 0.029 0.110 0.357 0.484 170 N 0.018 0.009 0.048 0.073 0.473 0.378 171 G 0.011 0.005 0.065 0.044 0.541 0.335 172 E 0.013 0.005 0.070 0.041 0.546 0.325 173 G 0.016 0.012 0.034 0.033 0.416 0.489 174 D 0.015 0.018 0.013 0.046 0.316 0.592 175 G 0.008 0.005 0.006 0.066 0.146 0.769 176 K 0.002 0.001 0.014 0.883 0.048 0.051 177 K 0.002 0.001 0.011 0.932 0.034 0.020 178 L 0.002 0.001 0.010 0.959 0.019 0.009 179 L 0.002 0.001 0.005 0.972 0.012 0.009 180 I 0.001 0.001 0.006 0.964 0.019 0.010 181 Y 0.001 0.001 0.007 0.961 0.021 0.011 182 H 0.001 0.001 0.006 0.953 0.021 0.020 183 G 0.001 0.001 0.030 0.894 0.048 0.027 184 K 0.001 0.001 0.047 0.816 0.089 0.046 185 A 0.001 0.001 0.044 0.726 0.125 0.104 186 W 0.002 0.002 0.029 0.508 0.192 0.268 187 A 0.001 0.002 0.037 0.392 0.212 0.356 188 P 0.001 0.002 0.053 0.578 0.138 0.228 189 Y 0.001 0.002 0.029 0.771 0.057 0.139 190 E 0.001 0.001 0.010 0.922 0.021 0.044 191 T 0.001 0.001 0.005 0.959 0.009 0.025 192 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 193 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 194 C 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 195 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 196 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 197 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 198 W 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 199 K 0.001 0.001 0.005 0.983 0.007 0.004 200 A 0.002 0.001 0.006 0.963 0.013 0.016 201 A 0.003 0.001 0.006 0.888 0.027 0.076 202 G 0.008 0.003 0.014 0.739 0.065 0.171 203 T 0.015 0.003 0.044 0.747 0.093 0.098 204 F 0.017 0.003 0.073 0.748 0.096 0.064 205 A 0.040 0.006 0.116 0.644 0.114 0.080 206 E 0.057 0.006 0.094 0.554 0.163 0.127 207 E 0.057 0.008 0.062 0.459 0.212 0.202 208 Y 0.098 0.032 0.035 0.189 0.290 0.356 209 R 0.078 0.036 0.024 0.083 0.312 0.466 210 S 0.071 0.018 0.020 0.039 0.355 0.497 211 L 0.052 0.024 0.028 0.032 0.345 0.519 212 E 0.037 0.019 0.030 0.024 0.319 0.572 213 E 0.040 0.023 0.076 0.030 0.411 0.420 214 L 0.040 0.031 0.088 0.039 0.383 0.418 215 L 0.039 0.026 0.085 0.037 0.434 0.378 216 H 0.042 0.031 0.069 0.037 0.487 0.335 217 H 0.043 0.021 0.057 0.033 0.438 0.409 218 G 0.068 0.050 0.059 0.039 0.361 0.423 219 N 0.073 0.059 0.034 0.039 0.217 0.577 220 Q 0.058 0.034 0.020 0.052 0.158 0.679 221 C 0.005 0.007 0.002 0.012 0.060 0.913