# TARGET T0323 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0323.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.024 0.095 0.042 0.089 0.082 0.008 0.605 2 R 0.080 0.046 0.157 0.101 0.130 0.169 0.016 0.300 3 Y 0.129 0.044 0.146 0.072 0.117 0.101 0.015 0.376 4 F 0.137 0.047 0.154 0.060 0.118 0.091 0.009 0.385 5 S 0.090 0.054 0.093 0.065 0.101 0.209 0.016 0.372 6 T 0.125 0.028 0.049 0.021 0.038 0.112 0.019 0.608 7 D 0.076 0.020 0.019 0.005 0.012 0.584 0.015 0.269 8 S 0.226 0.023 0.011 0.004 0.009 0.304 0.012 0.411 9 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.983 10 E 0.007 0.047 0.002 0.002 0.005 0.488 0.002 0.445 11 V 0.095 0.537 0.006 0.003 0.008 0.092 0.005 0.255 12 K 0.009 0.936 0.002 0.002 0.004 0.007 0.001 0.039 13 T 0.014 0.933 0.003 0.002 0.003 0.004 0.002 0.038 14 I 0.022 0.932 0.004 0.002 0.004 0.003 0.004 0.029 15 V 0.016 0.950 0.002 0.002 0.005 0.003 0.003 0.020 16 A 0.047 0.869 0.008 0.004 0.005 0.009 0.014 0.046 17 Q 0.224 0.582 0.014 0.002 0.002 0.030 0.044 0.101 18 D 0.208 0.607 0.025 0.003 0.003 0.011 0.032 0.112 19 S 0.038 0.311 0.040 0.004 0.006 0.032 0.016 0.554 20 R 0.035 0.064 0.010 0.001 0.003 0.647 0.009 0.232 21 L 0.181 0.122 0.006 0.001 0.003 0.540 0.010 0.138 22 F 0.031 0.856 0.004 0.001 0.001 0.020 0.002 0.085 23 Q 0.008 0.801 0.004 0.001 0.001 0.030 0.003 0.151 24 F 0.044 0.815 0.004 0.001 0.003 0.014 0.008 0.111 25 I 0.019 0.945 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.024 26 E 0.020 0.917 0.004 0.004 0.007 0.004 0.008 0.035 27 I 0.062 0.835 0.012 0.004 0.004 0.005 0.026 0.053 28 A 0.077 0.780 0.021 0.007 0.007 0.006 0.032 0.070 29 G 0.165 0.327 0.058 0.024 0.017 0.027 0.090 0.292 30 E 0.147 0.074 0.090 0.016 0.015 0.053 0.046 0.559 31 V 0.237 0.056 0.136 0.043 0.048 0.071 0.030 0.380 32 Q 0.064 0.026 0.064 0.035 0.043 0.085 0.017 0.666 33 L 0.050 0.015 0.123 0.076 0.076 0.067 0.007 0.586 34 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 35 T 0.008 0.003 0.016 0.017 0.044 0.067 0.004 0.841 36 K 0.153 0.008 0.041 0.024 0.027 0.097 0.007 0.643 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 38 N 0.027 0.007 0.017 0.018 0.034 0.247 0.002 0.647 39 P 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.985 40 F 0.029 0.047 0.010 0.007 0.023 0.539 0.003 0.343 41 Q 0.197 0.237 0.008 0.004 0.008 0.310 0.005 0.230 42 S 0.014 0.885 0.002 0.002 0.002 0.011 0.001 0.083 43 L 0.011 0.886 0.003 0.003 0.005 0.015 0.003 0.074 44 V 0.013 0.925 0.003 0.002 0.006 0.007 0.003 0.042 45 S 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 46 S 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 47 I 0.016 0.955 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.017 48 V 0.019 0.936 0.005 0.002 0.004 0.003 0.005 0.026 49 E 0.017 0.926 0.002 0.002 0.002 0.004 0.006 0.042 50 Q 0.116 0.773 0.008 0.002 0.002 0.007 0.039 0.055 51 Q 0.110 0.763 0.014 0.004 0.003 0.010 0.027 0.069 52 L 0.029 0.724 0.063 0.012 0.010 0.024 0.009 0.129 53 S 0.015 0.657 0.024 0.014 0.017 0.049 0.007 0.217 54 I 0.017 0.677 0.023 0.006 0.019 0.013 0.005 0.240 55 K 0.008 0.633 0.009 0.004 0.007 0.076 0.003 0.260 56 A 0.021 0.669 0.002 0.001 0.002 0.167 0.005 0.132 57 A 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 58 S 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 59 A 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 60 I 0.038 0.926 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.026 61 Y 0.010 0.957 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.023 62 G 0.007 0.949 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.036 63 R 0.010 0.940 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.037 64 V 0.012 0.928 0.003 0.001 0.002 0.003 0.004 0.047 65 E 0.005 0.948 0.005 0.002 0.003 0.004 0.002 0.032 66 Q 0.007 0.965 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.018 67 L 0.038 0.906 0.010 0.002 0.002 0.002 0.016 0.025 68 V 0.088 0.801 0.013 0.006 0.005 0.004 0.030 0.053 69 G 0.120 0.433 0.090 0.016 0.014 0.019 0.058 0.250 70 G 0.168 0.171 0.081 0.019 0.020 0.057 0.040 0.445 71 A 0.083 0.053 0.030 0.006 0.008 0.055 0.018 0.748 72 L 0.118 0.051 0.051 0.011 0.016 0.105 0.018 0.631 73 E 0.054 0.040 0.049 0.010 0.010 0.121 0.018 0.699 74 K 0.095 0.027 0.025 0.010 0.015 0.129 0.007 0.692 75 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 76 E 0.008 0.015 0.009 0.007 0.023 0.211 0.002 0.725 77 Q 0.138 0.085 0.008 0.003 0.008 0.261 0.007 0.490 78 L 0.149 0.591 0.005 0.004 0.012 0.034 0.003 0.202 79 Y 0.104 0.708 0.007 0.003 0.009 0.032 0.006 0.130 80 R 0.237 0.566 0.009 0.004 0.003 0.029 0.028 0.124 81 V 0.375 0.448 0.022 0.003 0.004 0.019 0.029 0.100 82 S 0.148 0.455 0.029 0.008 0.018 0.039 0.026 0.277 83 D 0.013 0.170 0.025 0.003 0.018 0.019 0.006 0.745 84 E 0.013 0.121 0.009 0.002 0.004 0.215 0.004 0.633 85 A 0.031 0.238 0.002 0.001 0.002 0.592 0.004 0.130 86 L 0.020 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 87 R 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 88 Q 0.023 0.929 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.032 89 A 0.165 0.760 0.004 0.002 0.002 0.001 0.048 0.018 90 G 0.767 0.067 0.012 0.004 0.002 0.003 0.094 0.050 91 V 0.044 0.073 0.715 0.010 0.008 0.028 0.009 0.114 92 S 0.012 0.080 0.042 0.011 0.021 0.148 0.005 0.681 93 K 0.036 0.079 0.039 0.004 0.010 0.064 0.005 0.763 94 R 0.026 0.097 0.017 0.003 0.003 0.529 0.004 0.320 95 K 0.122 0.278 0.012 0.002 0.003 0.307 0.010 0.266 96 I 0.012 0.935 0.004 0.001 0.003 0.008 0.001 0.037 97 E 0.002 0.959 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.026 98 Y 0.009 0.943 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.036 99 I 0.013 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 100 R 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 101 H 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 102 V 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 103 C 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 104 E 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 105 H 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 106 V 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 107 E 0.017 0.953 0.003 0.002 0.002 0.002 0.008 0.014 108 S 0.034 0.878 0.013 0.003 0.002 0.003 0.028 0.039 109 G 0.581 0.139 0.012 0.003 0.001 0.004 0.184 0.074 110 R 0.461 0.057 0.171 0.005 0.003 0.030 0.047 0.226 111 L 0.026 0.022 0.235 0.017 0.018 0.102 0.007 0.573 112 D 0.025 0.019 0.050 0.025 0.043 0.305 0.005 0.528 113 F 0.035 0.024 0.064 0.013 0.053 0.046 0.003 0.764 114 T 0.015 0.023 0.024 0.007 0.020 0.541 0.003 0.368 115 E 0.077 0.030 0.004 0.002 0.007 0.753 0.006 0.122 116 L 0.160 0.753 0.004 0.004 0.008 0.013 0.003 0.055 117 E 0.077 0.650 0.015 0.008 0.018 0.059 0.021 0.152 118 G 0.584 0.145 0.009 0.005 0.006 0.018 0.057 0.175 119 A 0.663 0.118 0.034 0.006 0.011 0.021 0.032 0.115 120 E 0.101 0.072 0.030 0.009 0.015 0.175 0.025 0.573 121 A 0.067 0.064 0.048 0.005 0.018 0.107 0.012 0.678 122 T 0.014 0.069 0.016 0.002 0.005 0.136 0.003 0.754 123 T 0.020 0.079 0.005 0.001 0.002 0.312 0.003 0.578 124 V 0.036 0.545 0.003 0.001 0.002 0.079 0.002 0.331 125 I 0.005 0.928 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.059 126 E 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 127 K 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 128 L 0.022 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 129 T 0.021 0.937 0.006 0.004 0.003 0.002 0.008 0.018 130 A 0.067 0.724 0.025 0.006 0.006 0.007 0.040 0.125 131 I 0.117 0.567 0.103 0.016 0.014 0.015 0.032 0.136 132 K 0.009 0.202 0.043 0.013 0.007 0.015 0.011 0.699 133 G 0.039 0.064 0.087 0.013 0.018 0.061 0.026 0.692 134 I 0.130 0.086 0.183 0.023 0.013 0.062 0.017 0.485 135 G 0.035 0.088 0.152 0.029 0.027 0.121 0.012 0.537 136 Q 0.007 0.028 0.039 0.008 0.012 0.034 0.001 0.870 137 W 0.010 0.119 0.053 0.023 0.024 0.128 0.003 0.641 138 T 0.046 0.197 0.022 0.014 0.026 0.249 0.007 0.441 139 A 0.011 0.841 0.013 0.010 0.014 0.015 0.002 0.094 140 E 0.007 0.800 0.007 0.005 0.009 0.053 0.004 0.115 141 M 0.044 0.830 0.003 0.004 0.006 0.055 0.006 0.052 142 F 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 143 M 0.002 0.987 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 144 M 0.005 0.983 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.003 145 F 0.052 0.905 0.003 0.005 0.005 0.001 0.021 0.008 146 S 0.139 0.741 0.021 0.012 0.009 0.003 0.048 0.025 147 L 0.147 0.501 0.100 0.034 0.029 0.011 0.079 0.099 148 G 0.321 0.099 0.062 0.030 0.032 0.046 0.121 0.288 149 R 0.145 0.054 0.361 0.030 0.044 0.067 0.026 0.273 150 L 0.004 0.015 0.055 0.012 0.012 0.036 0.003 0.863 151 D 0.059 0.016 0.154 0.039 0.055 0.161 0.026 0.491 152 V 0.150 0.020 0.304 0.032 0.030 0.068 0.018 0.378 153 L 0.025 0.017 0.621 0.054 0.047 0.071 0.007 0.159 154 S 0.014 0.009 0.124 0.023 0.046 0.186 0.006 0.593 155 V 0.028 0.030 0.181 0.029 0.064 0.095 0.004 0.568 156 G 0.010 0.040 0.110 0.024 0.032 0.239 0.006 0.539 157 D 0.097 0.054 0.039 0.014 0.026 0.315 0.016 0.439 158 V 0.101 0.424 0.107 0.040 0.046 0.079 0.006 0.198 159 G 0.042 0.386 0.021 0.038 0.055 0.181 0.010 0.267 160 L 0.058 0.599 0.044 0.029 0.053 0.061 0.009 0.146 161 Q 0.006 0.930 0.005 0.008 0.012 0.007 0.001 0.030 162 R 0.011 0.888 0.005 0.005 0.010 0.012 0.004 0.064 163 G 0.013 0.936 0.002 0.002 0.004 0.005 0.003 0.034 164 A 0.009 0.959 0.002 0.002 0.004 0.002 0.003 0.020 165 K 0.007 0.967 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.017 166 W 0.023 0.939 0.003 0.002 0.002 0.001 0.011 0.021 167 L 0.064 0.874 0.005 0.004 0.004 0.002 0.022 0.024 168 Y 0.098 0.693 0.041 0.016 0.015 0.009 0.043 0.085 169 G 0.149 0.366 0.073 0.024 0.024 0.034 0.055 0.274 170 N 0.218 0.187 0.087 0.022 0.025 0.050 0.044 0.366 171 G 0.104 0.058 0.041 0.011 0.011 0.045 0.024 0.707 172 E 0.104 0.030 0.095 0.013 0.018 0.160 0.019 0.561 173 G 0.056 0.017 0.028 0.009 0.010 0.119 0.010 0.752 174 D 0.041 0.014 0.014 0.005 0.007 0.120 0.004 0.794 175 G 0.047 0.020 0.016 0.005 0.010 0.159 0.006 0.737 176 K 0.040 0.022 0.012 0.002 0.010 0.264 0.004 0.646 177 K 0.023 0.068 0.004 0.002 0.006 0.305 0.002 0.590 178 L 0.038 0.538 0.002 0.003 0.005 0.176 0.002 0.235 179 L 0.018 0.885 0.002 0.002 0.005 0.010 0.002 0.077 180 I 0.005 0.961 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.025 181 Y 0.005 0.975 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.013 182 H 0.027 0.935 0.002 0.002 0.004 0.002 0.010 0.017 183 G 0.052 0.879 0.006 0.005 0.007 0.003 0.013 0.034 184 K 0.082 0.719 0.020 0.012 0.012 0.019 0.028 0.109 185 A 0.139 0.456 0.016 0.008 0.008 0.025 0.047 0.300 186 W 0.123 0.468 0.043 0.011 0.013 0.020 0.054 0.268 187 A 0.105 0.169 0.041 0.038 0.026 0.081 0.018 0.523 188 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 189 Y 0.019 0.048 0.016 0.021 0.048 0.152 0.004 0.694 190 E 0.193 0.174 0.019 0.010 0.009 0.131 0.009 0.455 191 T 0.048 0.515 0.007 0.008 0.010 0.049 0.003 0.360 192 V 0.033 0.797 0.008 0.006 0.009 0.029 0.001 0.117 193 A 0.005 0.947 0.002 0.002 0.002 0.011 0.001 0.030 194 C 0.003 0.979 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.010 195 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 196 Y 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 197 L 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 198 W 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 199 K 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 200 A 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 201 A 0.018 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 202 G 0.121 0.750 0.014 0.005 0.003 0.004 0.048 0.055 203 T 0.078 0.616 0.064 0.011 0.008 0.024 0.025 0.175 204 F 0.038 0.597 0.032 0.015 0.019 0.036 0.014 0.249 205 A 0.047 0.486 0.052 0.021 0.036 0.055 0.011 0.293 206 E 0.039 0.566 0.052 0.045 0.039 0.078 0.013 0.168 207 E 0.074 0.611 0.030 0.026 0.027 0.045 0.016 0.170 208 Y 0.082 0.584 0.037 0.032 0.044 0.030 0.014 0.178 209 R 0.090 0.450 0.037 0.064 0.058 0.052 0.023 0.226 210 S 0.075 0.209 0.037 0.041 0.064 0.069 0.025 0.480 211 L 0.036 0.054 0.012 0.010 0.026 0.036 0.009 0.818 212 E 0.063 0.082 0.013 0.014 0.022 0.349 0.017 0.441 213 E 0.135 0.117 0.014 0.014 0.017 0.227 0.020 0.456 214 L 0.111 0.352 0.029 0.036 0.034 0.053 0.014 0.370 215 L 0.105 0.166 0.065 0.049 0.073 0.094 0.024 0.423 216 H 0.119 0.126 0.073 0.055 0.075 0.103 0.023 0.426 217 H 0.048 0.074 0.033 0.029 0.046 0.075 0.015 0.680 218 G 0.088 0.063 0.052 0.039 0.049 0.078 0.028 0.604 219 N 0.219 0.036 0.063 0.036 0.041 0.164 0.032 0.411 220 Q 0.126 0.029 0.088 0.055 0.079 0.181 0.014 0.428 221 C 0.051 0.039 0.047 0.075 0.138 0.173 0.006 0.471