# TARGET T0323 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0323.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 372 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 R 0.045 0.084 0.008 0.031 0.010 0.025 0.796 3 Y 0.022 0.023 0.010 0.034 0.158 0.040 0.712 4 F 0.010 0.006 0.083 0.170 0.140 0.209 0.381 5 S 0.008 0.004 0.119 0.184 0.207 0.248 0.231 6 T 0.006 0.007 0.148 0.275 0.175 0.141 0.249 7 D 0.003 0.006 0.056 0.357 0.118 0.066 0.393 8 S 0.002 0.002 0.040 0.742 0.050 0.085 0.079 9 P 0.002 0.003 0.029 0.798 0.028 0.090 0.050 10 E 0.001 0.002 0.019 0.867 0.021 0.044 0.047 11 V 0.001 0.002 0.009 0.926 0.014 0.022 0.026 12 K 0.002 0.001 0.010 0.922 0.010 0.040 0.015 13 T 0.001 0.001 0.017 0.917 0.006 0.048 0.011 14 I 0.001 0.001 0.026 0.899 0.011 0.048 0.015 15 V 0.001 0.001 0.031 0.888 0.012 0.058 0.008 16 A 0.001 0.001 0.045 0.770 0.016 0.149 0.018 17 Q 0.001 0.002 0.024 0.707 0.086 0.111 0.069 18 D 0.002 0.003 0.009 0.315 0.101 0.043 0.528 19 S 0.001 0.001 0.046 0.863 0.008 0.075 0.008 20 R 0.001 0.001 0.053 0.861 0.007 0.070 0.007 21 L 0.001 0.001 0.051 0.909 0.006 0.025 0.008 22 F 0.001 0.001 0.021 0.952 0.006 0.013 0.007 23 Q 0.002 0.001 0.035 0.925 0.004 0.024 0.009 24 F 0.001 0.001 0.031 0.933 0.006 0.020 0.009 25 I 0.001 0.001 0.036 0.918 0.006 0.029 0.009 26 E 0.001 0.001 0.041 0.816 0.009 0.126 0.006 27 I 0.001 0.001 0.033 0.742 0.021 0.187 0.014 28 A 0.004 0.008 0.029 0.327 0.253 0.147 0.232 29 G 0.005 0.005 0.033 0.078 0.155 0.455 0.269 30 E 0.012 0.012 0.081 0.033 0.160 0.349 0.352 31 V 0.041 0.020 0.103 0.034 0.183 0.110 0.509 32 Q 0.086 0.038 0.082 0.034 0.131 0.104 0.525 33 L 0.069 0.064 0.072 0.037 0.138 0.052 0.569 34 P 0.039 0.039 0.062 0.018 0.142 0.088 0.611 35 T 0.020 0.016 0.048 0.016 0.213 0.211 0.477 36 K 0.011 0.024 0.028 0.012 0.198 0.137 0.590 37 P 0.003 0.015 0.009 0.011 0.509 0.051 0.402 38 N 0.002 0.013 0.003 0.035 0.296 0.017 0.633 39 P 0.001 0.001 0.036 0.866 0.017 0.049 0.031 40 F 0.001 0.001 0.013 0.950 0.004 0.024 0.008 41 Q 0.001 0.001 0.003 0.983 0.003 0.007 0.003 42 S 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 0.003 43 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 45 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 46 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 48 V 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.013 0.001 49 E 0.001 0.001 0.003 0.845 0.002 0.148 0.001 50 Q 0.002 0.001 0.006 0.606 0.013 0.357 0.017 51 Q 0.015 0.020 0.015 0.420 0.080 0.291 0.159 52 L 0.044 0.043 0.011 0.102 0.281 0.039 0.480 53 S 0.032 0.013 0.003 0.076 0.138 0.015 0.723 54 I 0.001 0.001 0.010 0.972 0.004 0.010 0.003 55 K 0.001 0.001 0.007 0.978 0.004 0.009 0.001 56 A 0.001 0.001 0.006 0.980 0.001 0.011 0.001 57 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.002 58 S 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.001 59 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 60 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 61 Y 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 62 G 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.001 63 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 64 V 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.007 0.003 65 E 0.001 0.001 0.010 0.971 0.002 0.014 0.002 66 Q 0.001 0.001 0.009 0.925 0.004 0.058 0.002 67 L 0.001 0.001 0.009 0.829 0.016 0.134 0.010 68 V 0.003 0.006 0.011 0.418 0.166 0.258 0.139 69 G 0.004 0.004 0.024 0.070 0.190 0.258 0.451 70 G 0.012 0.008 0.058 0.077 0.291 0.198 0.357 71 A 0.022 0.008 0.061 0.082 0.301 0.143 0.382 72 L 0.030 0.014 0.040 0.091 0.227 0.064 0.533 73 E 0.033 0.030 0.044 0.098 0.133 0.048 0.614 74 K 0.015 0.019 0.047 0.103 0.083 0.043 0.689 75 P 0.005 0.003 0.172 0.434 0.060 0.122 0.204 76 E 0.007 0.004 0.215 0.450 0.075 0.129 0.121 77 Q 0.008 0.010 0.235 0.408 0.092 0.085 0.163 78 L 0.006 0.006 0.248 0.441 0.046 0.091 0.163 79 Y 0.008 0.002 0.165 0.530 0.041 0.119 0.134 80 R 0.011 0.005 0.107 0.540 0.033 0.191 0.113 81 V 0.010 0.012 0.040 0.549 0.083 0.086 0.220 82 S 0.006 0.012 0.015 0.684 0.044 0.047 0.194 83 D 0.001 0.001 0.010 0.932 0.012 0.026 0.017 84 E 0.002 0.001 0.011 0.955 0.004 0.019 0.009 85 A 0.001 0.001 0.006 0.963 0.007 0.015 0.007 86 L 0.002 0.001 0.006 0.964 0.007 0.013 0.006 87 R 0.001 0.001 0.023 0.926 0.005 0.037 0.007 88 Q 0.001 0.001 0.028 0.784 0.011 0.169 0.006 89 A 0.001 0.001 0.017 0.351 0.057 0.546 0.027 90 G 0.001 0.006 0.007 0.039 0.125 0.731 0.092 91 V 0.002 0.010 0.007 0.014 0.204 0.043 0.720 92 S 0.004 0.010 0.075 0.117 0.143 0.109 0.542 93 K 0.001 0.001 0.182 0.608 0.055 0.119 0.034 94 R 0.001 0.003 0.113 0.770 0.026 0.051 0.036 95 K 0.001 0.002 0.012 0.933 0.012 0.018 0.023 96 I 0.001 0.001 0.002 0.974 0.003 0.011 0.009 97 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.009 0.002 98 Y 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 99 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 100 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 101 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 103 C 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 104 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 105 H 0.001 0.001 0.001 0.973 0.003 0.019 0.004 106 V 0.001 0.001 0.003 0.961 0.006 0.020 0.009 107 E 0.001 0.001 0.005 0.921 0.005 0.056 0.011 108 S 0.001 0.001 0.009 0.481 0.026 0.457 0.024 109 G 0.001 0.001 0.007 0.127 0.089 0.698 0.077 110 R 0.006 0.010 0.008 0.043 0.272 0.170 0.490 111 L 0.032 0.055 0.010 0.030 0.210 0.026 0.637 112 D 0.035 0.047 0.005 0.027 0.074 0.015 0.797 113 F 0.003 0.002 0.136 0.729 0.035 0.052 0.042 114 T 0.005 0.001 0.184 0.683 0.031 0.073 0.022 115 E 0.003 0.002 0.275 0.595 0.029 0.063 0.033 116 L 0.004 0.007 0.232 0.541 0.047 0.095 0.074 117 E 0.003 0.002 0.119 0.242 0.047 0.526 0.060 118 G 0.003 0.002 0.059 0.092 0.053 0.719 0.073 119 A 0.003 0.008 0.021 0.044 0.319 0.080 0.525 120 E 0.004 0.034 0.012 0.056 0.115 0.025 0.755 121 A 0.002 0.003 0.023 0.496 0.064 0.029 0.383 122 T 0.001 0.001 0.016 0.934 0.006 0.030 0.013 123 T 0.001 0.001 0.011 0.959 0.004 0.019 0.006 124 V 0.001 0.001 0.006 0.974 0.004 0.011 0.005 125 I 0.001 0.001 0.003 0.983 0.003 0.006 0.004 126 E 0.001 0.001 0.005 0.976 0.002 0.011 0.004 127 K 0.001 0.001 0.006 0.968 0.003 0.019 0.004 128 L 0.001 0.001 0.020 0.937 0.005 0.027 0.008 129 T 0.003 0.001 0.028 0.861 0.008 0.094 0.007 130 A 0.001 0.001 0.019 0.740 0.009 0.221 0.009 131 I 0.004 0.005 0.015 0.252 0.377 0.118 0.228 132 K 0.004 0.004 0.017 0.063 0.332 0.379 0.200 133 G 0.014 0.023 0.027 0.039 0.261 0.312 0.324 134 I 0.022 0.045 0.009 0.047 0.233 0.037 0.608 135 G 0.010 0.006 0.010 0.114 0.191 0.030 0.638 136 Q 0.001 0.001 0.050 0.768 0.026 0.140 0.015 137 W 0.001 0.001 0.039 0.829 0.012 0.107 0.011 138 T 0.001 0.001 0.009 0.956 0.007 0.017 0.009 139 A 0.001 0.001 0.001 0.971 0.004 0.004 0.019 140 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.003 0.002 141 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 142 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 143 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 144 M 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 145 F 0.001 0.001 0.003 0.957 0.002 0.034 0.002 146 S 0.001 0.002 0.010 0.829 0.007 0.146 0.007 147 L 0.001 0.002 0.013 0.271 0.036 0.648 0.030 148 G 0.001 0.002 0.016 0.058 0.134 0.629 0.160 149 R 0.005 0.021 0.027 0.013 0.225 0.058 0.651 150 L 0.014 0.022 0.092 0.013 0.211 0.177 0.470 151 D 0.016 0.007 0.097 0.012 0.297 0.281 0.289 152 V 0.056 0.061 0.066 0.031 0.222 0.114 0.450 153 L 0.095 0.033 0.015 0.045 0.173 0.057 0.583 154 S 0.062 0.023 0.012 0.099 0.137 0.041 0.627 155 V 0.033 0.027 0.057 0.376 0.085 0.090 0.331 156 G 0.020 0.010 0.047 0.462 0.141 0.086 0.235 157 D 0.008 0.003 0.021 0.842 0.033 0.025 0.069 158 V 0.002 0.002 0.006 0.956 0.007 0.010 0.017 159 G 0.002 0.001 0.003 0.968 0.005 0.011 0.009 160 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.005 0.004 161 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.002 0.003 162 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 163 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 164 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 165 K 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.014 0.001 166 W 0.001 0.001 0.002 0.940 0.002 0.053 0.002 167 L 0.001 0.001 0.007 0.779 0.013 0.185 0.014 168 Y 0.002 0.005 0.015 0.322 0.071 0.500 0.085 169 G 0.004 0.009 0.030 0.112 0.186 0.223 0.436 170 N 0.007 0.014 0.053 0.069 0.234 0.109 0.514 171 G 0.010 0.009 0.063 0.041 0.241 0.233 0.402 172 E 0.013 0.011 0.060 0.055 0.326 0.175 0.361 173 G 0.020 0.022 0.033 0.056 0.287 0.090 0.493 174 D 0.012 0.018 0.016 0.067 0.170 0.050 0.667 175 G 0.005 0.005 0.005 0.090 0.071 0.018 0.805 176 K 0.001 0.001 0.018 0.925 0.012 0.024 0.020 177 K 0.001 0.001 0.013 0.950 0.006 0.018 0.012 178 L 0.001 0.001 0.012 0.959 0.005 0.014 0.010 179 L 0.001 0.001 0.004 0.974 0.005 0.009 0.007 180 I 0.002 0.001 0.005 0.963 0.005 0.016 0.008 181 Y 0.001 0.001 0.008 0.953 0.004 0.026 0.007 182 H 0.001 0.001 0.014 0.928 0.007 0.038 0.011 183 G 0.001 0.001 0.038 0.878 0.010 0.060 0.012 184 K 0.001 0.001 0.048 0.766 0.014 0.161 0.011 185 A 0.001 0.001 0.034 0.656 0.047 0.228 0.034 186 W 0.002 0.006 0.016 0.373 0.280 0.104 0.219 187 A 0.002 0.004 0.016 0.141 0.200 0.070 0.567 188 P 0.002 0.003 0.047 0.341 0.110 0.302 0.196 189 Y 0.003 0.003 0.068 0.492 0.057 0.254 0.122 190 E 0.004 0.002 0.032 0.776 0.058 0.039 0.089 191 T 0.007 0.002 0.007 0.896 0.023 0.013 0.052 192 V 0.004 0.001 0.003 0.961 0.009 0.008 0.015 193 A 0.002 0.001 0.001 0.977 0.003 0.008 0.008 194 C 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.006 0.003 195 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.002 196 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 197 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 198 W 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 199 K 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.014 0.001 200 A 0.001 0.001 0.002 0.934 0.002 0.059 0.003 201 A 0.001 0.001 0.003 0.849 0.014 0.114 0.017 202 G 0.003 0.002 0.015 0.719 0.033 0.178 0.050 203 T 0.010 0.005 0.036 0.645 0.083 0.092 0.130 204 F 0.015 0.009 0.049 0.695 0.052 0.085 0.095 205 A 0.030 0.008 0.054 0.617 0.058 0.133 0.100 206 E 0.044 0.012 0.065 0.528 0.074 0.153 0.125 207 E 0.054 0.013 0.052 0.463 0.111 0.158 0.149 208 Y 0.042 0.009 0.031 0.290 0.150 0.195 0.281 209 R 0.027 0.015 0.019 0.106 0.200 0.170 0.463 210 S 0.027 0.017 0.016 0.051 0.207 0.066 0.617 211 L 0.026 0.015 0.033 0.069 0.170 0.135 0.552 212 E 0.020 0.026 0.055 0.078 0.194 0.115 0.512 213 E 0.016 0.023 0.071 0.079 0.139 0.096 0.575 214 L 0.014 0.020 0.109 0.084 0.120 0.222 0.429 215 L 0.011 0.014 0.121 0.066 0.139 0.161 0.487 216 H 0.011 0.026 0.088 0.073 0.233 0.179 0.390 217 H 0.016 0.015 0.064 0.065 0.220 0.190 0.430 218 G 0.014 0.009 0.054 0.044 0.257 0.200 0.422 219 N 0.023 0.038 0.041 0.051 0.216 0.170 0.463 220 Q 0.015 0.032 0.017 0.026 0.010 0.086 0.815 221 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999