# TARGET T0323 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0323.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1244 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 2 R 0.144 0.061 0.010 0.024 0.006 0.014 0.742 3 Y 0.164 0.047 0.046 0.045 0.114 0.055 0.529 4 F 0.095 0.018 0.062 0.040 0.119 0.130 0.537 5 S 0.047 0.017 0.051 0.037 0.173 0.125 0.549 6 T 0.016 0.010 0.035 0.036 0.233 0.139 0.531 7 D 0.009 0.010 0.022 0.056 0.312 0.092 0.499 8 S 0.005 0.007 0.030 0.244 0.306 0.055 0.353 9 P 0.007 0.004 0.070 0.506 0.091 0.127 0.195 10 E 0.009 0.006 0.086 0.707 0.028 0.096 0.068 11 V 0.015 0.004 0.044 0.820 0.020 0.041 0.056 12 K 0.013 0.003 0.023 0.868 0.015 0.033 0.045 13 T 0.011 0.003 0.021 0.876 0.014 0.035 0.040 14 I 0.014 0.002 0.027 0.860 0.014 0.037 0.046 15 V 0.014 0.003 0.032 0.843 0.015 0.065 0.028 16 A 0.007 0.004 0.046 0.764 0.017 0.112 0.050 17 Q 0.003 0.002 0.030 0.746 0.029 0.132 0.059 18 D 0.003 0.002 0.023 0.692 0.061 0.089 0.130 19 S 0.001 0.001 0.034 0.817 0.020 0.106 0.022 20 R 0.001 0.001 0.029 0.887 0.009 0.059 0.014 21 L 0.001 0.001 0.006 0.966 0.005 0.011 0.011 22 F 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.005 0.005 23 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 24 F 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.006 0.002 25 I 0.001 0.001 0.007 0.981 0.001 0.007 0.001 26 E 0.001 0.001 0.013 0.928 0.001 0.053 0.002 27 I 0.001 0.001 0.010 0.748 0.004 0.233 0.005 28 A 0.002 0.003 0.018 0.299 0.056 0.502 0.120 29 G 0.003 0.003 0.032 0.049 0.124 0.553 0.236 30 E 0.027 0.017 0.080 0.025 0.200 0.271 0.380 31 V 0.051 0.021 0.012 0.005 0.140 0.018 0.752 32 Q 0.089 0.079 0.009 0.004 0.060 0.021 0.739 33 L 0.057 0.056 0.009 0.003 0.105 0.015 0.753 34 P 0.040 0.033 0.009 0.002 0.162 0.082 0.671 35 T 0.021 0.020 0.009 0.002 0.245 0.093 0.610 36 K 0.015 0.011 0.003 0.001 0.254 0.046 0.670 37 P 0.007 0.012 0.002 0.006 0.302 0.057 0.615 38 N 0.010 0.021 0.001 0.016 0.303 0.008 0.641 39 P 0.001 0.001 0.007 0.956 0.003 0.024 0.008 40 F 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.011 0.003 41 Q 0.001 0.001 0.003 0.989 0.002 0.002 0.004 42 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 43 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 45 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 46 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 48 V 0.001 0.001 0.001 0.967 0.001 0.029 0.001 49 E 0.001 0.001 0.003 0.916 0.003 0.070 0.007 50 Q 0.003 0.001 0.010 0.820 0.023 0.097 0.047 51 Q 0.004 0.001 0.008 0.849 0.030 0.062 0.045 52 L 0.012 0.003 0.006 0.807 0.042 0.050 0.079 53 S 0.023 0.003 0.004 0.786 0.032 0.026 0.126 54 I 0.011 0.001 0.002 0.952 0.010 0.008 0.017 55 K 0.008 0.001 0.002 0.972 0.006 0.008 0.004 56 A 0.006 0.001 0.002 0.973 0.003 0.008 0.006 57 A 0.003 0.001 0.002 0.981 0.002 0.006 0.007 58 S 0.002 0.001 0.002 0.988 0.002 0.004 0.002 59 A 0.002 0.001 0.005 0.984 0.001 0.007 0.002 60 I 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.009 0.002 61 Y 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.006 0.002 62 G 0.001 0.001 0.002 0.979 0.002 0.016 0.001 63 R 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.017 0.003 64 V 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.009 0.003 65 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.005 0.001 66 Q 0.001 0.001 0.005 0.978 0.001 0.013 0.002 67 L 0.001 0.001 0.008 0.947 0.003 0.038 0.004 68 V 0.001 0.003 0.011 0.687 0.018 0.263 0.017 69 G 0.001 0.002 0.025 0.154 0.070 0.652 0.097 70 G 0.007 0.005 0.049 0.047 0.274 0.155 0.463 71 A 0.022 0.014 0.115 0.043 0.168 0.260 0.379 72 L 0.025 0.038 0.026 0.011 0.237 0.070 0.593 73 E 0.017 0.048 0.005 0.006 0.384 0.036 0.505 74 K 0.006 0.031 0.001 0.004 0.363 0.004 0.591 75 P 0.001 0.001 0.014 0.968 0.002 0.011 0.004 76 E 0.001 0.001 0.065 0.919 0.002 0.012 0.002 77 Q 0.001 0.001 0.107 0.877 0.002 0.010 0.004 78 L 0.003 0.006 0.185 0.721 0.006 0.072 0.006 79 Y 0.007 0.006 0.057 0.473 0.022 0.418 0.016 80 R 0.007 0.005 0.037 0.184 0.046 0.612 0.109 81 V 0.009 0.011 0.001 0.008 0.277 0.003 0.691 82 S 0.008 0.008 0.001 0.002 0.020 0.001 0.961 83 D 0.001 0.001 0.228 0.713 0.005 0.045 0.009 84 E 0.001 0.001 0.179 0.778 0.005 0.034 0.003 85 A 0.001 0.001 0.210 0.761 0.002 0.021 0.006 86 L 0.001 0.003 0.044 0.921 0.003 0.022 0.007 87 R 0.003 0.001 0.060 0.856 0.007 0.054 0.018 88 Q 0.003 0.001 0.073 0.767 0.018 0.125 0.013 89 A 0.003 0.002 0.036 0.552 0.026 0.354 0.028 90 G 0.006 0.005 0.022 0.155 0.121 0.577 0.115 91 V 0.011 0.015 0.031 0.183 0.117 0.113 0.530 92 S 0.007 0.009 0.029 0.391 0.097 0.100 0.367 93 K 0.001 0.001 0.017 0.834 0.050 0.056 0.041 94 R 0.001 0.002 0.018 0.874 0.020 0.041 0.043 95 K 0.001 0.001 0.007 0.974 0.002 0.007 0.009 96 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.002 97 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 98 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 99 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 101 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 103 C 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 104 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 105 H 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.017 0.002 106 V 0.001 0.002 0.004 0.948 0.007 0.028 0.010 107 E 0.002 0.002 0.006 0.836 0.008 0.130 0.016 108 S 0.003 0.001 0.014 0.321 0.050 0.566 0.046 109 G 0.004 0.001 0.013 0.053 0.150 0.680 0.099 110 R 0.025 0.011 0.017 0.014 0.262 0.159 0.512 111 L 0.102 0.097 0.007 0.007 0.226 0.015 0.546 112 D 0.076 0.040 0.006 0.006 0.046 0.011 0.816 113 F 0.020 0.012 0.366 0.346 0.030 0.152 0.074 114 T 0.006 0.002 0.514 0.242 0.027 0.164 0.044 115 E 0.007 0.004 0.566 0.218 0.023 0.135 0.049 116 L 0.011 0.013 0.416 0.202 0.064 0.177 0.116 117 E 0.007 0.005 0.197 0.085 0.067 0.573 0.065 118 G 0.005 0.002 0.138 0.042 0.126 0.625 0.061 119 A 0.018 0.017 0.004 0.010 0.628 0.012 0.310 120 E 0.022 0.034 0.004 0.008 0.037 0.008 0.887 121 A 0.003 0.003 0.056 0.852 0.010 0.040 0.037 122 T 0.001 0.001 0.025 0.947 0.006 0.014 0.006 123 T 0.001 0.001 0.015 0.972 0.002 0.006 0.004 124 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.003 0.002 125 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.003 0.001 127 K 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.008 0.001 128 L 0.001 0.001 0.018 0.943 0.001 0.035 0.002 129 T 0.001 0.001 0.034 0.821 0.004 0.136 0.003 130 A 0.001 0.001 0.036 0.594 0.008 0.355 0.006 131 I 0.005 0.005 0.034 0.111 0.302 0.095 0.448 132 K 0.002 0.003 0.157 0.087 0.087 0.571 0.093 133 G 0.006 0.007 0.115 0.058 0.123 0.604 0.087 134 I 0.029 0.046 0.047 0.077 0.406 0.103 0.292 135 G 0.025 0.010 0.013 0.155 0.240 0.040 0.517 136 Q 0.002 0.001 0.021 0.876 0.018 0.070 0.012 137 W 0.002 0.001 0.012 0.935 0.008 0.031 0.011 138 T 0.002 0.001 0.006 0.975 0.001 0.007 0.009 139 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.003 0.003 140 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.001 141 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 142 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 143 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 144 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 145 F 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.011 0.001 146 S 0.001 0.001 0.004 0.914 0.003 0.074 0.003 147 L 0.001 0.002 0.009 0.286 0.011 0.683 0.008 148 G 0.001 0.001 0.007 0.025 0.061 0.838 0.068 149 R 0.014 0.010 0.011 0.009 0.226 0.037 0.693 150 L 0.074 0.038 0.040 0.008 0.136 0.052 0.652 151 D 0.162 0.019 0.022 0.005 0.252 0.079 0.460 152 V 0.425 0.059 0.021 0.005 0.121 0.066 0.303 153 L 0.499 0.046 0.008 0.015 0.138 0.024 0.270 154 S 0.352 0.022 0.011 0.028 0.105 0.027 0.455 155 V 0.151 0.013 0.054 0.275 0.082 0.191 0.234 156 G 0.088 0.013 0.053 0.278 0.134 0.233 0.201 157 D 0.039 0.006 0.029 0.616 0.077 0.086 0.145 158 V 0.025 0.005 0.008 0.805 0.043 0.075 0.040 159 G 0.029 0.002 0.004 0.899 0.012 0.027 0.026 160 L 0.032 0.002 0.001 0.937 0.005 0.004 0.019 161 Q 0.027 0.001 0.001 0.959 0.004 0.003 0.006 162 R 0.018 0.001 0.001 0.972 0.002 0.004 0.004 163 G 0.012 0.001 0.001 0.975 0.001 0.004 0.005 164 A 0.026 0.001 0.005 0.950 0.004 0.006 0.008 165 K 0.044 0.001 0.013 0.914 0.005 0.015 0.009 166 W 0.030 0.001 0.022 0.891 0.005 0.041 0.010 167 L 0.028 0.006 0.027 0.773 0.011 0.134 0.021 168 Y 0.021 0.004 0.031 0.487 0.034 0.363 0.058 169 G 0.036 0.010 0.045 0.260 0.109 0.255 0.286 170 N 0.027 0.019 0.057 0.152 0.182 0.188 0.376 171 G 0.013 0.011 0.045 0.061 0.240 0.262 0.368 172 E 0.011 0.006 0.054 0.045 0.278 0.293 0.313 173 G 0.013 0.010 0.033 0.047 0.316 0.157 0.424 174 D 0.012 0.011 0.022 0.101 0.251 0.272 0.330 175 G 0.019 0.011 0.013 0.159 0.279 0.166 0.353 176 K 0.007 0.002 0.007 0.865 0.023 0.020 0.077 177 K 0.005 0.001 0.003 0.960 0.007 0.006 0.019 178 L 0.010 0.002 0.005 0.959 0.003 0.004 0.017 179 L 0.011 0.001 0.005 0.964 0.002 0.007 0.010 180 I 0.020 0.001 0.008 0.942 0.006 0.014 0.009 181 Y 0.020 0.002 0.014 0.889 0.011 0.052 0.013 182 H 0.004 0.001 0.015 0.856 0.010 0.095 0.019 183 G 0.004 0.004 0.049 0.774 0.019 0.116 0.035 184 K 0.003 0.002 0.230 0.528 0.036 0.160 0.040 185 A 0.003 0.001 0.222 0.429 0.027 0.284 0.034 186 W 0.005 0.003 0.161 0.345 0.150 0.256 0.079 187 A 0.008 0.008 0.005 0.048 0.598 0.019 0.314 188 P 0.015 0.017 0.007 0.026 0.081 0.029 0.824 189 Y 0.015 0.006 0.062 0.636 0.036 0.083 0.162 190 E 0.015 0.002 0.057 0.753 0.049 0.043 0.082 191 T 0.018 0.003 0.026 0.881 0.025 0.015 0.033 192 V 0.017 0.002 0.007 0.948 0.005 0.012 0.009 193 A 0.036 0.002 0.008 0.916 0.005 0.017 0.016 194 C 0.080 0.001 0.023 0.837 0.009 0.019 0.030 195 L 0.097 0.001 0.044 0.792 0.012 0.034 0.020 196 Y 0.144 0.005 0.037 0.718 0.010 0.070 0.017 197 L 0.181 0.011 0.023 0.633 0.023 0.087 0.043 198 W 0.185 0.013 0.020 0.485 0.040 0.104 0.153 199 K 0.090 0.013 0.031 0.277 0.147 0.143 0.299 200 A 0.030 0.012 0.046 0.169 0.175 0.299 0.270 201 A 0.019 0.008 0.046 0.111 0.157 0.462 0.196 202 G 0.016 0.013 0.032 0.061 0.348 0.189 0.341 203 T 0.017 0.021 0.054 0.076 0.171 0.125 0.536 204 F 0.036 0.039 0.101 0.125 0.147 0.256 0.295 205 A 0.017 0.015 0.305 0.167 0.084 0.198 0.215 206 E 0.005 0.004 0.321 0.186 0.069 0.332 0.082 207 E 0.004 0.004 0.274 0.220 0.089 0.314 0.095 208 Y 0.012 0.014 0.077 0.113 0.318 0.053 0.414 209 R 0.008 0.012 0.153 0.237 0.044 0.275 0.271 210 S 0.018 0.018 0.160 0.339 0.058 0.258 0.150 211 L 0.019 0.010 0.142 0.475 0.059 0.074 0.221 212 E 0.005 0.002 0.105 0.691 0.023 0.128 0.047 213 E 0.007 0.004 0.102 0.669 0.024 0.144 0.050 214 L 0.016 0.008 0.148 0.579 0.039 0.088 0.123 215 L 0.011 0.009 0.108 0.598 0.027 0.184 0.061 216 H 0.009 0.005 0.107 0.510 0.036 0.264 0.069 217 H 0.008 0.007 0.053 0.375 0.104 0.333 0.122 218 G 0.006 0.006 0.034 0.119 0.181 0.436 0.217 219 N 0.013 0.006 0.028 0.042 0.232 0.329 0.351 220 Q 0.025 0.014 0.022 0.016 0.078 0.102 0.743 221 C 0.011 0.005 0.003 0.004 0.018 0.004 0.955