# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.025 0.470 0.006 0.023 0.027 0.002 0.002 0.019 0.197 0.158 0.016 0.050 2 S 0.004 0.050 0.598 0.002 0.011 0.011 0.002 0.001 0.018 0.170 0.074 0.023 0.036 3 D 0.001 0.045 0.593 0.002 0.011 0.008 0.001 0.001 0.010 0.220 0.068 0.016 0.023 4 D 0.001 0.036 0.480 0.003 0.051 0.021 0.001 0.001 0.007 0.220 0.162 0.005 0.013 5 L 0.001 0.023 0.275 0.002 0.245 0.100 0.001 0.002 0.007 0.084 0.246 0.002 0.012 6 T 0.002 0.053 0.251 0.002 0.147 0.119 0.003 0.002 0.008 0.159 0.234 0.012 0.007 7 D 0.001 0.027 0.404 0.001 0.087 0.070 0.001 0.001 0.017 0.242 0.129 0.004 0.016 8 A 0.001 0.036 0.340 0.001 0.029 0.078 0.001 0.001 0.007 0.352 0.149 0.004 0.003 9 Q 0.001 0.049 0.426 0.001 0.062 0.109 0.001 0.001 0.003 0.181 0.162 0.001 0.005 10 T 0.001 0.007 0.087 0.001 0.255 0.490 0.001 0.001 0.001 0.039 0.122 0.001 0.001 11 A 0.001 0.002 0.042 0.001 0.327 0.478 0.001 0.001 0.001 0.022 0.128 0.001 0.001 12 A 0.001 0.009 0.054 0.001 0.320 0.457 0.001 0.001 0.002 0.032 0.122 0.001 0.002 13 I 0.001 0.018 0.086 0.001 0.122 0.644 0.001 0.001 0.004 0.036 0.085 0.001 0.003 14 P 0.001 0.007 0.157 0.001 0.065 0.679 0.001 0.001 0.001 0.028 0.060 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.117 0.777 0.001 0.001 0.001 0.008 0.083 0.001 0.001 16 G 0.001 0.002 0.020 0.001 0.127 0.728 0.001 0.001 0.001 0.019 0.101 0.001 0.001 17 F 0.001 0.003 0.038 0.001 0.179 0.717 0.001 0.001 0.003 0.014 0.045 0.001 0.001 18 S 0.001 0.003 0.033 0.001 0.156 0.731 0.001 0.001 0.001 0.012 0.064 0.001 0.001 19 Q 0.001 0.003 0.041 0.001 0.169 0.645 0.001 0.001 0.001 0.029 0.110 0.001 0.001 20 L 0.001 0.007 0.075 0.001 0.109 0.584 0.001 0.001 0.007 0.039 0.173 0.001 0.004 21 N 0.001 0.020 0.234 0.001 0.076 0.349 0.001 0.001 0.010 0.080 0.223 0.003 0.002 22 W 0.001 0.014 0.252 0.001 0.141 0.316 0.001 0.001 0.003 0.088 0.182 0.001 0.002 23 S 0.001 0.011 0.225 0.001 0.122 0.259 0.001 0.001 0.004 0.130 0.243 0.001 0.004 24 R 0.001 0.014 0.281 0.001 0.097 0.173 0.001 0.001 0.005 0.204 0.220 0.002 0.003 25 G 0.001 0.007 0.283 0.001 0.098 0.195 0.001 0.001 0.005 0.172 0.235 0.001 0.003 26 F 0.001 0.013 0.188 0.001 0.168 0.297 0.001 0.001 0.004 0.093 0.231 0.002 0.002 27 G 0.002 0.021 0.109 0.002 0.306 0.285 0.001 0.008 0.016 0.061 0.171 0.005 0.014 28 R 0.003 0.010 0.149 0.013 0.347 0.220 0.002 0.011 0.015 0.045 0.151 0.011 0.024 29 Q 0.012 0.045 0.178 0.009 0.197 0.194 0.008 0.026 0.023 0.101 0.135 0.027 0.044 30 I 0.019 0.025 0.220 0.005 0.079 0.188 0.004 0.012 0.082 0.144 0.100 0.025 0.099 31 G 0.007 0.007 0.294 0.160 0.049 0.070 0.001 0.002 0.015 0.273 0.065 0.046 0.012 32 P 0.015 0.004 0.483 0.060 0.050 0.060 0.002 0.001 0.016 0.106 0.101 0.022 0.080 33 L 0.118 0.015 0.303 0.011 0.039 0.039 0.025 0.023 0.063 0.031 0.063 0.063 0.210 34 F 0.127 0.018 0.060 0.010 0.007 0.011 0.027 0.016 0.053 0.028 0.009 0.589 0.046 35 E 0.098 0.010 0.073 0.008 0.008 0.005 0.014 0.015 0.043 0.011 0.006 0.057 0.653 36 H 0.068 0.005 0.143 0.305 0.010 0.006 0.008 0.003 0.023 0.025 0.012 0.265 0.127 37 R 0.066 0.007 0.106 0.014 0.011 0.007 0.007 0.003 0.026 0.050 0.022 0.174 0.508 38 E 0.038 0.014 0.164 0.025 0.011 0.006 0.003 0.002 0.010 0.070 0.046 0.058 0.552 39 G 0.009 0.012 0.325 0.035 0.012 0.009 0.001 0.001 0.005 0.238 0.112 0.210 0.031 40 P 0.001 0.002 0.146 0.012 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.108 0.657 0.008 0.050 41 G 0.025 0.004 0.117 0.019 0.009 0.002 0.004 0.001 0.003 0.194 0.469 0.110 0.042 42 Q 0.243 0.007 0.131 0.011 0.002 0.001 0.027 0.001 0.006 0.045 0.007 0.204 0.314 43 A 0.439 0.002 0.029 0.004 0.001 0.001 0.040 0.001 0.009 0.002 0.001 0.094 0.378 44 R 0.664 0.001 0.006 0.059 0.001 0.001 0.044 0.001 0.005 0.002 0.001 0.131 0.086 45 L 0.654 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.077 0.003 0.008 0.001 0.001 0.134 0.112 46 A 0.621 0.001 0.009 0.034 0.001 0.001 0.108 0.005 0.017 0.002 0.001 0.041 0.159 47 F 0.361 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.057 0.004 0.019 0.002 0.001 0.394 0.136 48 R 0.252 0.003 0.041 0.027 0.001 0.001 0.035 0.003 0.029 0.013 0.003 0.092 0.499 49 V 0.096 0.016 0.192 0.021 0.005 0.007 0.018 0.003 0.039 0.042 0.008 0.261 0.293 50 E 0.014 0.005 0.513 0.030 0.007 0.007 0.002 0.001 0.022 0.070 0.034 0.101 0.195 51 E 0.007 0.008 0.207 0.047 0.079 0.033 0.002 0.001 0.006 0.198 0.322 0.014 0.077 52 H 0.005 0.009 0.149 0.019 0.088 0.042 0.002 0.001 0.005 0.219 0.414 0.033 0.015 53 H 0.006 0.013 0.398 0.002 0.075 0.044 0.002 0.001 0.009 0.226 0.147 0.022 0.056 54 T 0.009 0.086 0.384 0.004 0.048 0.050 0.004 0.002 0.011 0.174 0.134 0.038 0.058 55 N 0.003 0.041 0.458 0.006 0.032 0.028 0.001 0.001 0.006 0.213 0.157 0.021 0.036 56 G 0.002 0.014 0.259 0.005 0.027 0.039 0.001 0.001 0.003 0.223 0.387 0.017 0.022 57 L 0.006 0.015 0.237 0.013 0.038 0.050 0.002 0.001 0.002 0.266 0.306 0.013 0.051 58 G 0.005 0.021 0.191 0.007 0.026 0.083 0.002 0.001 0.004 0.460 0.146 0.037 0.016 59 N 0.005 0.030 0.204 0.001 0.044 0.404 0.003 0.004 0.011 0.125 0.131 0.009 0.027 60 C 0.005 0.067 0.100 0.001 0.012 0.702 0.005 0.003 0.007 0.027 0.042 0.006 0.024 61 H 0.001 0.014 0.086 0.001 0.004 0.828 0.001 0.001 0.002 0.026 0.022 0.009 0.007 62 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 63 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 64 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 78 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.001 0.001 79 L 0.001 0.003 0.033 0.001 0.011 0.749 0.001 0.001 0.001 0.024 0.178 0.001 0.001 80 Q 0.001 0.007 0.336 0.001 0.064 0.240 0.001 0.001 0.001 0.155 0.194 0.002 0.001 81 K 0.001 0.002 0.048 0.002 0.092 0.067 0.001 0.001 0.001 0.120 0.669 0.001 0.001 82 S 0.001 0.001 0.055 0.002 0.046 0.017 0.001 0.001 0.001 0.127 0.749 0.002 0.001 83 Y 0.003 0.006 0.632 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.014 0.193 0.087 0.004 0.040 84 S 0.027 0.014 0.399 0.020 0.003 0.002 0.009 0.004 0.111 0.213 0.017 0.137 0.043 85 W 0.163 0.005 0.141 0.046 0.002 0.001 0.044 0.038 0.097 0.028 0.007 0.040 0.387 86 V 0.362 0.002 0.021 0.056 0.001 0.001 0.092 0.061 0.057 0.009 0.002 0.273 0.064 87 T 0.492 0.001 0.009 0.010 0.001 0.001 0.119 0.031 0.021 0.001 0.001 0.034 0.280 88 V 0.447 0.001 0.024 0.007 0.001 0.001 0.100 0.025 0.022 0.001 0.001 0.321 0.052 89 R 0.445 0.002 0.020 0.020 0.002 0.001 0.095 0.014 0.035 0.021 0.010 0.048 0.288 90 L 0.343 0.002 0.086 0.082 0.005 0.002 0.076 0.013 0.054 0.025 0.048 0.182 0.082 91 M 0.308 0.004 0.078 0.055 0.006 0.003 0.073 0.018 0.095 0.086 0.048 0.137 0.090 92 C 0.294 0.003 0.072 0.012 0.003 0.001 0.118 0.107 0.064 0.020 0.008 0.065 0.235 93 D 0.484 0.002 0.012 0.057 0.001 0.001 0.099 0.047 0.039 0.009 0.003 0.194 0.051 94 F 0.440 0.003 0.022 0.007 0.002 0.001 0.048 0.029 0.032 0.004 0.003 0.065 0.345 95 L 0.298 0.005 0.059 0.123 0.005 0.002 0.046 0.035 0.043 0.029 0.009 0.180 0.166 96 S 0.045 0.003 0.142 0.043 0.005 0.002 0.006 0.004 0.046 0.125 0.008 0.505 0.067 97 G 0.018 0.006 0.339 0.091 0.015 0.003 0.003 0.002 0.027 0.115 0.040 0.005 0.336 98 A 0.031 0.040 0.461 0.009 0.013 0.005 0.007 0.005 0.032 0.100 0.021 0.239 0.038 99 K 0.009 0.039 0.388 0.003 0.023 0.005 0.005 0.003 0.014 0.055 0.069 0.039 0.349 100 L 0.001 0.009 0.063 0.008 0.042 0.016 0.001 0.001 0.004 0.129 0.700 0.020 0.007 101 G 0.001 0.001 0.063 0.009 0.022 0.005 0.001 0.001 0.002 0.174 0.713 0.003 0.008 102 D 0.058 0.006 0.243 0.017 0.014 0.007 0.013 0.001 0.005 0.295 0.069 0.210 0.062 103 W 0.194 0.005 0.035 0.003 0.001 0.001 0.022 0.002 0.006 0.003 0.002 0.018 0.710 104 V 0.590 0.002 0.009 0.026 0.001 0.001 0.045 0.002 0.003 0.002 0.001 0.284 0.034 105 E 0.695 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.057 0.003 0.004 0.001 0.001 0.027 0.202 106 G 0.720 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 0.053 0.002 0.005 0.001 0.001 0.161 0.039 107 E 0.621 0.001 0.011 0.050 0.001 0.001 0.038 0.001 0.010 0.004 0.001 0.053 0.209 108 G 0.659 0.001 0.010 0.012 0.001 0.001 0.032 0.001 0.004 0.002 0.001 0.110 0.168 109 E 0.449 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 0.015 0.002 0.004 0.003 0.001 0.422 0.084 110 L 0.239 0.001 0.013 0.006 0.001 0.001 0.011 0.002 0.005 0.003 0.002 0.035 0.681 111 I 0.196 0.004 0.050 0.167 0.004 0.003 0.012 0.002 0.009 0.019 0.015 0.399 0.119 112 S 0.071 0.005 0.114 0.020 0.010 0.006 0.003 0.001 0.007 0.066 0.057 0.146 0.494 113 E 0.019 0.005 0.165 0.041 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.142 0.244 0.131 0.224 114 E 0.015 0.003 0.068 0.035 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.193 0.521 0.095 0.046 115 D 0.048 0.004 0.170 0.031 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.153 0.229 0.114 0.237 116 M 0.263 0.003 0.068 0.021 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.032 0.006 0.361 0.227 117 L 0.482 0.001 0.015 0.016 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.003 0.001 0.049 0.416 118 F 0.719 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.066 119 T 0.797 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.148 120 V 0.751 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.029 121 R 0.775 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.191 122 G 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.036 123 R 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.042 124 I 0.774 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.182 125 W 0.637 0.001 0.013 0.017 0.001 0.001 0.021 0.002 0.006 0.004 0.017 0.143 0.137 126 A 0.141 0.005 0.104 0.008 0.009 0.010 0.010 0.001 0.005 0.074 0.240 0.134 0.262 127 G 0.001 0.002 0.031 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.075 0.843 0.032 0.006 128 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.072 0.886 0.004 0.002 129 R 0.012 0.007 0.218 0.003 0.004 0.136 0.002 0.001 0.001 0.154 0.361 0.055 0.046 130 T 0.362 0.011 0.069 0.006 0.002 0.097 0.034 0.005 0.004 0.023 0.015 0.148 0.224 131 L 0.483 0.004 0.012 0.018 0.001 0.052 0.061 0.004 0.004 0.003 0.003 0.048 0.307 132 I 0.294 0.002 0.009 0.401 0.004 0.107 0.030 0.002 0.001 0.005 0.003 0.096 0.047 133 T 0.281 0.003 0.020 0.009 0.014 0.296 0.035 0.004 0.002 0.008 0.036 0.073 0.217 134 G 0.117 0.004 0.061 0.003 0.014 0.409 0.012 0.005 0.006 0.014 0.159 0.058 0.138 135 T 0.056 0.006 0.072 0.014 0.018 0.357 0.007 0.002 0.005 0.077 0.335 0.036 0.016 136 G 0.048 0.010 0.294 0.012 0.018 0.131 0.004 0.001 0.014 0.158 0.224 0.036 0.049 137 V 0.046 0.014 0.331 0.014 0.028 0.160 0.004 0.002 0.013 0.069 0.057 0.116 0.146 138 F 0.084 0.018 0.111 0.016 0.043 0.239 0.010 0.008 0.015 0.037 0.059 0.090 0.269 139 K 0.131 0.009 0.064 0.026 0.054 0.258 0.017 0.015 0.027 0.028 0.050 0.167 0.154 140 A 0.112 0.012 0.092 0.026 0.063 0.305 0.017 0.013 0.028 0.033 0.080 0.070 0.146 141 L 0.066 0.027 0.193 0.045 0.064 0.236 0.008 0.009 0.022 0.067 0.121 0.038 0.101 142 S 0.026 0.018 0.237 0.016 0.039 0.102 0.002 0.004 0.017 0.108 0.211 0.136 0.084 143 A 0.005 0.007 0.188 0.006 0.031 0.050 0.001 0.001 0.003 0.167 0.498 0.017 0.029 144 R 0.001 0.007 0.248 0.004 0.010 0.010 0.001 0.001 0.002 0.333 0.365 0.011 0.010 145 K 0.001 0.024 0.675 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.203 0.060 0.012 0.015 146 P 0.001 0.014 0.899 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.056 0.009 0.004 0.012 147 R 0.001 0.003 0.934 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.045 0.005 0.002 0.002 148 P 0.001 0.002 0.111 0.002 0.077 0.179 0.001 0.001 0.001 0.035 0.592 0.001 0.001 149 G 0.001 0.003 0.129 0.001 0.081 0.155 0.001 0.001 0.002 0.094 0.532 0.002 0.001 150 E 0.001 0.016 0.613 0.001 0.036 0.253 0.001 0.001 0.010 0.033 0.015 0.007 0.016 151 L 0.001 0.023 0.117 0.001 0.014 0.788 0.001 0.001 0.006 0.016 0.013 0.004 0.017 152 A 0.001 0.001 0.024 0.007 0.013 0.915 0.001 0.001 0.002 0.018 0.016 0.002 0.002 153 Y 0.001 0.001 0.016 0.001 0.012 0.925 0.001 0.001 0.002 0.007 0.033 0.001 0.001 154 K 0.001 0.002 0.028 0.002 0.015 0.905 0.001 0.001 0.002 0.005 0.029 0.002 0.009 155 E 0.001 0.005 0.041 0.002 0.017 0.879 0.001 0.001 0.001 0.011 0.019 0.021 0.002 156 E 0.001 0.002 0.048 0.001 0.019 0.851 0.001 0.001 0.001 0.014 0.052 0.001 0.011 157 A 0.001 0.004 0.201 0.001 0.021 0.539 0.001 0.001 0.002 0.085 0.132 0.011 0.002