# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.047 0.031 0.092 0.093 0.111 0.178 0.136 0.114 0.093 0.067 2 S 0.075 0.064 0.052 0.100 0.104 0.109 0.130 0.113 0.116 0.082 0.057 3 D 0.037 0.036 0.044 0.091 0.091 0.107 0.161 0.114 0.126 0.105 0.087 4 D 0.044 0.079 0.054 0.173 0.154 0.126 0.149 0.089 0.061 0.043 0.027 5 L 0.011 0.009 0.009 0.020 0.025 0.038 0.099 0.128 0.209 0.235 0.219 6 T 0.140 0.116 0.069 0.154 0.131 0.109 0.107 0.065 0.054 0.032 0.022 7 D 0.107 0.122 0.074 0.179 0.135 0.104 0.112 0.064 0.051 0.033 0.018 8 A 0.086 0.060 0.026 0.064 0.074 0.088 0.152 0.132 0.126 0.105 0.087 9 Q 0.261 0.227 0.059 0.151 0.104 0.071 0.055 0.033 0.023 0.010 0.005 10 T 0.186 0.143 0.088 0.153 0.125 0.100 0.083 0.047 0.039 0.023 0.012 11 A 0.197 0.099 0.068 0.134 0.128 0.116 0.116 0.057 0.045 0.025 0.015 12 A 0.128 0.122 0.102 0.196 0.126 0.100 0.104 0.053 0.038 0.021 0.010 13 I 0.014 0.030 0.042 0.070 0.076 0.106 0.195 0.153 0.129 0.109 0.075 14 P 0.032 0.041 0.074 0.094 0.100 0.128 0.172 0.124 0.109 0.077 0.049 15 E 0.072 0.077 0.159 0.204 0.156 0.125 0.100 0.047 0.033 0.019 0.008 16 G 0.038 0.051 0.072 0.119 0.118 0.130 0.176 0.119 0.089 0.059 0.030 17 F 0.008 0.010 0.013 0.025 0.031 0.051 0.138 0.153 0.202 0.195 0.173 18 S 0.045 0.058 0.094 0.135 0.133 0.133 0.155 0.091 0.077 0.050 0.028 19 Q 0.050 0.065 0.165 0.193 0.148 0.120 0.112 0.057 0.044 0.030 0.016 20 L 0.026 0.024 0.033 0.062 0.075 0.109 0.217 0.144 0.137 0.104 0.070 21 N 0.066 0.061 0.057 0.107 0.083 0.087 0.148 0.121 0.115 0.091 0.062 22 W 0.042 0.055 0.054 0.095 0.099 0.117 0.172 0.120 0.103 0.082 0.062 23 S 0.150 0.152 0.113 0.146 0.117 0.096 0.085 0.052 0.043 0.027 0.017 24 R 0.150 0.110 0.046 0.147 0.128 0.118 0.125 0.067 0.053 0.035 0.021 25 G 0.281 0.146 0.059 0.112 0.096 0.082 0.078 0.054 0.048 0.029 0.016 26 F 0.069 0.077 0.031 0.117 0.108 0.112 0.155 0.110 0.096 0.069 0.056 27 G 0.073 0.063 0.049 0.090 0.095 0.105 0.143 0.109 0.119 0.089 0.066 28 R 0.077 0.066 0.086 0.178 0.126 0.105 0.127 0.066 0.067 0.056 0.046 29 Q 0.047 0.079 0.066 0.147 0.131 0.127 0.165 0.089 0.069 0.050 0.030 30 I 0.018 0.025 0.018 0.053 0.056 0.074 0.151 0.159 0.168 0.159 0.120 31 G 0.076 0.060 0.038 0.084 0.100 0.122 0.151 0.129 0.111 0.077 0.052 32 P 0.156 0.163 0.100 0.208 0.153 0.093 0.055 0.033 0.023 0.011 0.005 33 L 0.017 0.016 0.013 0.031 0.042 0.062 0.138 0.135 0.188 0.187 0.171 34 F 0.053 0.052 0.031 0.099 0.105 0.107 0.171 0.121 0.116 0.084 0.062 35 E 0.058 0.062 0.104 0.187 0.135 0.109 0.135 0.070 0.064 0.047 0.028 36 H 0.058 0.049 0.098 0.125 0.109 0.111 0.165 0.087 0.080 0.068 0.050 37 R 0.082 0.091 0.056 0.142 0.108 0.106 0.171 0.097 0.072 0.047 0.027 38 E 0.115 0.114 0.067 0.119 0.103 0.098 0.133 0.095 0.068 0.052 0.035 39 G 0.299 0.238 0.065 0.130 0.098 0.067 0.047 0.028 0.016 0.007 0.004 40 P 0.505 0.191 0.059 0.102 0.070 0.036 0.017 0.009 0.007 0.003 0.001 41 G 0.219 0.118 0.032 0.081 0.102 0.110 0.118 0.086 0.073 0.040 0.022 42 Q 0.104 0.139 0.053 0.215 0.179 0.121 0.087 0.050 0.031 0.014 0.008 43 A 0.006 0.006 0.012 0.017 0.023 0.044 0.121 0.162 0.210 0.224 0.176 44 R 0.026 0.065 0.095 0.264 0.215 0.139 0.097 0.052 0.024 0.013 0.008 45 L 0.001 0.003 0.011 0.011 0.012 0.024 0.078 0.116 0.235 0.294 0.214 46 A 0.019 0.040 0.040 0.149 0.211 0.192 0.168 0.091 0.049 0.028 0.012 47 F 0.031 0.023 0.049 0.052 0.046 0.076 0.146 0.147 0.186 0.157 0.086 48 R 0.066 0.137 0.077 0.252 0.194 0.130 0.084 0.037 0.014 0.006 0.003 49 V 0.004 0.006 0.005 0.007 0.009 0.021 0.083 0.136 0.227 0.267 0.235 50 E 0.111 0.150 0.079 0.220 0.187 0.113 0.075 0.031 0.017 0.010 0.006 51 E 0.209 0.142 0.183 0.196 0.109 0.071 0.046 0.017 0.015 0.008 0.003 52 H 0.106 0.070 0.073 0.149 0.130 0.127 0.155 0.074 0.057 0.039 0.022 53 H 0.025 0.029 0.020 0.052 0.054 0.088 0.214 0.163 0.151 0.119 0.083 54 T 0.034 0.051 0.082 0.102 0.091 0.099 0.135 0.128 0.110 0.097 0.070 55 N 0.058 0.080 0.106 0.131 0.120 0.127 0.130 0.091 0.068 0.050 0.039 56 G 0.107 0.112 0.059 0.126 0.121 0.113 0.111 0.083 0.081 0.053 0.034 57 L 0.057 0.043 0.016 0.072 0.080 0.100 0.152 0.117 0.142 0.118 0.104 58 G 0.092 0.071 0.039 0.112 0.102 0.104 0.131 0.089 0.111 0.084 0.066 59 N 0.025 0.041 0.032 0.124 0.113 0.117 0.166 0.113 0.105 0.092 0.072 60 C 0.005 0.008 0.009 0.023 0.028 0.045 0.111 0.127 0.183 0.225 0.235 61 H 0.007 0.018 0.015 0.064 0.081 0.103 0.175 0.148 0.144 0.131 0.114 62 G 0.004 0.012 0.013 0.053 0.074 0.102 0.167 0.133 0.167 0.150 0.126 63 G 0.003 0.004 0.005 0.031 0.048 0.076 0.169 0.144 0.196 0.170 0.153 64 M 0.001 0.002 0.003 0.019 0.038 0.053 0.170 0.186 0.198 0.181 0.150 65 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.029 0.076 0.196 0.295 0.391 66 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.034 0.096 0.243 0.287 0.326 67 S 0.001 0.001 0.010 0.017 0.042 0.064 0.167 0.217 0.208 0.151 0.123 68 F 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.028 0.104 0.165 0.242 0.222 0.218 69 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.016 0.067 0.122 0.241 0.259 0.282 70 D 0.001 0.003 0.010 0.022 0.038 0.069 0.188 0.173 0.191 0.166 0.138 71 M 0.003 0.009 0.019 0.069 0.097 0.143 0.254 0.154 0.114 0.077 0.062 72 A 0.001 0.001 0.003 0.006 0.009 0.017 0.071 0.106 0.210 0.275 0.303 73 W 0.002 0.005 0.006 0.028 0.047 0.075 0.179 0.176 0.183 0.159 0.139 74 G 0.003 0.005 0.014 0.029 0.041 0.064 0.145 0.131 0.205 0.185 0.179 75 R 0.003 0.006 0.010 0.047 0.087 0.122 0.258 0.175 0.130 0.093 0.069 76 I 0.001 0.001 0.004 0.007 0.009 0.012 0.053 0.098 0.219 0.292 0.304 77 I 0.002 0.002 0.006 0.009 0.017 0.029 0.099 0.142 0.226 0.235 0.234 78 S 0.014 0.025 0.079 0.091 0.106 0.107 0.165 0.126 0.127 0.092 0.069 79 L 0.012 0.023 0.034 0.067 0.085 0.124 0.228 0.141 0.127 0.090 0.068 80 Q 0.087 0.081 0.054 0.106 0.093 0.100 0.160 0.108 0.096 0.068 0.047 81 K 0.152 0.135 0.054 0.164 0.119 0.105 0.123 0.061 0.042 0.027 0.017 82 S 0.236 0.171 0.073 0.146 0.114 0.090 0.074 0.041 0.030 0.017 0.009 83 Y 0.067 0.068 0.033 0.106 0.120 0.133 0.168 0.100 0.091 0.066 0.049 84 S 0.056 0.074 0.048 0.144 0.148 0.148 0.154 0.086 0.075 0.043 0.024 85 W 0.006 0.009 0.017 0.059 0.070 0.089 0.175 0.147 0.152 0.146 0.129 86 V 0.002 0.004 0.006 0.021 0.037 0.058 0.167 0.221 0.184 0.169 0.131 87 T 0.001 0.002 0.009 0.021 0.023 0.024 0.062 0.114 0.195 0.248 0.302 88 V 0.001 0.002 0.006 0.007 0.015 0.024 0.073 0.131 0.241 0.285 0.215 89 R 0.016 0.038 0.041 0.178 0.249 0.178 0.122 0.090 0.052 0.025 0.011 90 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.021 0.078 0.139 0.245 0.269 0.234 91 M 0.031 0.094 0.028 0.189 0.191 0.140 0.120 0.107 0.055 0.029 0.015 92 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.016 0.058 0.110 0.224 0.285 0.294 93 D 0.085 0.134 0.074 0.278 0.207 0.110 0.064 0.025 0.013 0.006 0.005 94 F 0.006 0.012 0.010 0.040 0.038 0.051 0.150 0.127 0.194 0.211 0.160 95 L 0.017 0.014 0.012 0.029 0.040 0.053 0.118 0.131 0.175 0.202 0.210 96 S 0.062 0.090 0.055 0.193 0.145 0.132 0.153 0.074 0.052 0.028 0.016 97 G 0.086 0.089 0.102 0.148 0.133 0.106 0.101 0.083 0.071 0.053 0.028 98 A 0.028 0.017 0.009 0.022 0.033 0.058 0.139 0.155 0.201 0.171 0.167 99 K 0.187 0.211 0.086 0.193 0.120 0.075 0.057 0.030 0.023 0.012 0.008 100 L 0.024 0.046 0.027 0.081 0.086 0.104 0.182 0.130 0.117 0.112 0.091 101 G 0.152 0.124 0.056 0.158 0.140 0.118 0.101 0.058 0.046 0.026 0.019 102 D 0.070 0.069 0.038 0.140 0.117 0.118 0.162 0.100 0.092 0.063 0.033 103 W 0.023 0.040 0.032 0.151 0.165 0.144 0.160 0.107 0.079 0.059 0.041 104 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.012 0.052 0.101 0.246 0.306 0.272 105 E 0.010 0.030 0.042 0.192 0.241 0.181 0.142 0.090 0.040 0.022 0.012 106 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.009 0.035 0.086 0.213 0.325 0.321 107 E 0.010 0.027 0.020 0.106 0.163 0.166 0.194 0.157 0.087 0.044 0.027 108 G 0.003 0.003 0.007 0.008 0.010 0.020 0.066 0.103 0.248 0.282 0.250 109 E 0.054 0.071 0.066 0.223 0.219 0.158 0.128 0.042 0.022 0.011 0.006 110 L 0.031 0.035 0.048 0.075 0.056 0.069 0.168 0.124 0.166 0.140 0.088 111 I 0.049 0.053 0.046 0.094 0.096 0.115 0.212 0.122 0.091 0.070 0.053 112 S 0.179 0.203 0.137 0.178 0.105 0.075 0.066 0.028 0.017 0.008 0.004 113 E 0.228 0.163 0.142 0.159 0.111 0.078 0.061 0.028 0.017 0.009 0.004 114 E 0.361 0.176 0.074 0.127 0.093 0.069 0.054 0.023 0.014 0.006 0.002 115 D 0.257 0.132 0.112 0.150 0.106 0.083 0.072 0.035 0.030 0.016 0.008 116 M 0.062 0.080 0.091 0.147 0.139 0.141 0.163 0.080 0.050 0.030 0.016 117 L 0.025 0.039 0.084 0.120 0.112 0.124 0.164 0.119 0.094 0.071 0.047 118 F 0.009 0.015 0.029 0.047 0.061 0.099 0.191 0.185 0.150 0.128 0.085 119 T 0.027 0.056 0.082 0.192 0.159 0.128 0.121 0.093 0.067 0.046 0.030 120 V 0.002 0.003 0.004 0.007 0.013 0.025 0.079 0.120 0.224 0.286 0.237 121 R 0.027 0.059 0.031 0.183 0.217 0.167 0.129 0.090 0.054 0.028 0.015 122 G 0.003 0.002 0.004 0.008 0.012 0.026 0.079 0.119 0.244 0.275 0.229 123 R 0.037 0.052 0.038 0.201 0.206 0.150 0.147 0.082 0.045 0.025 0.016 124 I 0.002 0.002 0.005 0.006 0.006 0.011 0.048 0.074 0.214 0.303 0.328 125 W 0.039 0.064 0.051 0.133 0.148 0.135 0.182 0.103 0.065 0.045 0.036 126 A 0.093 0.128 0.083 0.144 0.099 0.094 0.131 0.085 0.069 0.045 0.029 127 G 0.283 0.217 0.065 0.149 0.111 0.073 0.052 0.026 0.014 0.007 0.004 128 E 0.449 0.221 0.041 0.098 0.070 0.047 0.033 0.019 0.014 0.006 0.002 129 R 0.270 0.118 0.050 0.134 0.128 0.108 0.085 0.041 0.037 0.018 0.010 130 T 0.101 0.081 0.090 0.164 0.146 0.132 0.144 0.062 0.043 0.023 0.012 131 L 0.011 0.021 0.060 0.113 0.107 0.110 0.192 0.142 0.106 0.084 0.054 132 I 0.002 0.003 0.016 0.011 0.015 0.031 0.098 0.150 0.208 0.241 0.225 133 T 0.015 0.042 0.104 0.149 0.140 0.136 0.151 0.107 0.075 0.049 0.033 134 G 0.014 0.027 0.052 0.066 0.078 0.109 0.179 0.140 0.146 0.116 0.073 135 T 0.113 0.078 0.052 0.138 0.129 0.122 0.140 0.087 0.072 0.044 0.026 136 G 0.203 0.125 0.065 0.136 0.108 0.101 0.104 0.065 0.053 0.028 0.013 137 V 0.054 0.082 0.045 0.109 0.101 0.110 0.157 0.119 0.103 0.071 0.050 138 F 0.040 0.043 0.036 0.074 0.090 0.118 0.197 0.131 0.122 0.085 0.063 139 K 0.137 0.107 0.187 0.216 0.131 0.081 0.068 0.029 0.023 0.014 0.007 140 A 0.078 0.092 0.113 0.204 0.149 0.123 0.127 0.056 0.032 0.018 0.008 141 L 0.013 0.016 0.020 0.032 0.039 0.062 0.168 0.162 0.182 0.172 0.133 142 S 0.077 0.114 0.101 0.199 0.146 0.114 0.122 0.057 0.036 0.023 0.012 143 A 0.145 0.113 0.217 0.203 0.140 0.082 0.052 0.023 0.015 0.008 0.003 144 R 0.168 0.067 0.095 0.118 0.107 0.112 0.149 0.072 0.056 0.036 0.019 145 K 0.201 0.146 0.073 0.171 0.116 0.092 0.099 0.051 0.030 0.014 0.006 146 P 0.065 0.053 0.045 0.051 0.060 0.084 0.157 0.160 0.135 0.108 0.082 147 R 0.256 0.292 0.089 0.157 0.088 0.052 0.034 0.018 0.008 0.004 0.002 148 P 0.476 0.230 0.062 0.094 0.061 0.035 0.020 0.011 0.007 0.003 0.001 149 G 0.628 0.166 0.033 0.064 0.048 0.028 0.016 0.009 0.006 0.002 0.001 150 E 0.535 0.175 0.047 0.109 0.067 0.037 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 151 L 0.186 0.109 0.134 0.150 0.093 0.087 0.106 0.057 0.041 0.024 0.013 152 A 0.039 0.119 0.180 0.191 0.130 0.123 0.127 0.051 0.024 0.011 0.006 153 Y 0.027 0.084 0.246 0.140 0.099 0.122 0.130 0.077 0.043 0.023 0.008 154 K 0.075 0.068 0.232 0.218 0.176 0.130 0.069 0.020 0.008 0.003 0.001 155 E 0.237 0.078 0.371 0.137 0.066 0.051 0.035 0.014 0.008 0.003 0.001 156 E 0.014 0.030 0.085 0.128 0.110 0.147 0.257 0.113 0.066 0.036 0.014 157 A 0.005 0.010 0.071 0.020 0.029 0.070 0.197 0.180 0.173 0.159 0.085