# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.153 0.035 0.020 0.029 0.019 0.028 0.063 0.009 0.001 0.006 0.638 2 S 0.052 0.009 0.014 0.023 0.017 0.025 0.134 0.004 0.001 0.006 0.716 3 D 0.035 0.003 0.010 0.018 0.007 0.012 0.111 0.001 0.001 0.006 0.795 4 D 0.043 0.004 0.002 0.012 0.006 0.008 0.350 0.001 0.001 0.006 0.567 5 L 0.071 0.007 0.004 0.015 0.006 0.008 0.109 0.001 0.001 0.013 0.766 6 T 0.041 0.018 0.001 0.015 0.009 0.018 0.623 0.001 0.001 0.013 0.261 7 D 0.317 0.048 0.002 0.013 0.006 0.009 0.186 0.005 0.001 0.020 0.393 8 A 0.324 0.221 0.007 0.019 0.009 0.010 0.071 0.007 0.001 0.013 0.318 9 Q 0.143 0.096 0.005 0.008 0.011 0.009 0.420 0.008 0.001 0.015 0.286 10 T 0.097 0.101 0.013 0.010 0.004 0.005 0.077 0.005 0.001 0.005 0.683 11 A 0.065 0.180 0.008 0.015 0.005 0.010 0.192 0.006 0.001 0.008 0.511 12 A 0.279 0.100 0.007 0.009 0.008 0.017 0.318 0.018 0.001 0.034 0.210 13 I 0.331 0.376 0.021 0.021 0.006 0.018 0.038 0.006 0.001 0.003 0.179 14 P 0.006 0.106 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.874 15 E 0.051 0.242 0.001 0.009 0.011 0.018 0.061 0.005 0.001 0.004 0.598 16 G 0.142 0.434 0.003 0.006 0.006 0.012 0.074 0.012 0.001 0.003 0.309 17 F 0.043 0.860 0.002 0.010 0.007 0.013 0.016 0.007 0.001 0.001 0.043 18 S 0.030 0.867 0.002 0.007 0.008 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.059 19 Q 0.066 0.768 0.002 0.006 0.010 0.014 0.007 0.023 0.001 0.001 0.105 20 L 0.202 0.623 0.013 0.007 0.010 0.012 0.008 0.049 0.001 0.001 0.075 21 N 0.184 0.381 0.043 0.025 0.025 0.024 0.036 0.105 0.001 0.004 0.175 22 W 0.145 0.137 0.131 0.042 0.030 0.040 0.076 0.032 0.001 0.005 0.362 23 S 0.031 0.014 0.018 0.027 0.011 0.017 0.065 0.006 0.001 0.002 0.809 24 R 0.038 0.005 0.009 0.023 0.004 0.008 0.101 0.002 0.001 0.005 0.806 25 G 0.127 0.005 0.005 0.014 0.004 0.006 0.263 0.001 0.001 0.010 0.564 26 F 0.034 0.007 0.003 0.007 0.002 0.002 0.088 0.001 0.001 0.002 0.856 27 G 0.027 0.024 0.001 0.016 0.007 0.011 0.256 0.001 0.001 0.004 0.654 28 R 0.214 0.097 0.001 0.014 0.013 0.022 0.163 0.001 0.001 0.011 0.463 29 Q 0.199 0.358 0.001 0.007 0.011 0.017 0.051 0.003 0.001 0.004 0.348 30 I 0.306 0.364 0.012 0.005 0.012 0.028 0.019 0.004 0.001 0.004 0.245 31 G 0.115 0.212 0.009 0.020 0.052 0.077 0.022 0.013 0.001 0.002 0.478 32 P 0.019 0.013 0.004 0.006 0.008 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.929 33 L 0.085 0.029 0.020 0.061 0.057 0.130 0.038 0.005 0.001 0.003 0.573 34 F 0.078 0.032 0.005 0.146 0.101 0.130 0.038 0.005 0.001 0.002 0.463 35 E 0.039 0.033 0.003 0.126 0.077 0.104 0.041 0.002 0.001 0.001 0.575 36 H 0.038 0.024 0.003 0.173 0.141 0.248 0.068 0.001 0.001 0.002 0.303 37 R 0.031 0.016 0.002 0.106 0.067 0.153 0.056 0.002 0.001 0.002 0.564 38 E 0.035 0.017 0.003 0.089 0.077 0.148 0.087 0.003 0.001 0.005 0.536 39 G 0.077 0.011 0.003 0.032 0.065 0.087 0.121 0.002 0.001 0.006 0.596 40 P 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.973 41 G 0.029 0.002 0.001 0.019 0.032 0.054 0.176 0.001 0.001 0.009 0.678 42 Q 0.486 0.006 0.006 0.019 0.023 0.036 0.070 0.001 0.001 0.021 0.333 43 A 0.055 0.029 0.004 0.103 0.162 0.179 0.087 0.001 0.001 0.003 0.378 44 R 0.015 0.010 0.002 0.153 0.169 0.388 0.059 0.001 0.001 0.003 0.200 45 L 0.010 0.014 0.001 0.207 0.264 0.346 0.023 0.001 0.001 0.001 0.134 46 A 0.008 0.020 0.001 0.163 0.226 0.393 0.033 0.001 0.001 0.002 0.154 47 F 0.010 0.017 0.002 0.117 0.213 0.376 0.041 0.001 0.001 0.003 0.221 48 R 0.015 0.018 0.003 0.205 0.172 0.303 0.054 0.001 0.001 0.004 0.226 49 V 0.011 0.013 0.004 0.072 0.082 0.221 0.072 0.001 0.001 0.003 0.519 50 E 0.011 0.020 0.002 0.093 0.086 0.257 0.085 0.001 0.001 0.004 0.440 51 E 0.016 0.027 0.001 0.017 0.032 0.064 0.055 0.001 0.001 0.002 0.784 52 H 0.094 0.087 0.001 0.019 0.068 0.081 0.120 0.005 0.001 0.005 0.519 53 H 0.273 0.130 0.002 0.012 0.045 0.034 0.073 0.012 0.001 0.008 0.411 54 T 0.261 0.259 0.026 0.007 0.015 0.027 0.073 0.004 0.001 0.009 0.318 55 N 0.053 0.137 0.008 0.014 0.045 0.061 0.161 0.013 0.001 0.005 0.503 56 G 0.195 0.040 0.009 0.010 0.015 0.017 0.062 0.010 0.001 0.012 0.629 57 L 0.136 0.023 0.048 0.015 0.011 0.015 0.144 0.004 0.001 0.012 0.593 58 G 0.051 0.008 0.017 0.043 0.025 0.027 0.211 0.003 0.001 0.011 0.604 59 N 0.095 0.017 0.013 0.062 0.025 0.040 0.227 0.001 0.001 0.010 0.509 60 C 0.030 0.067 0.005 0.135 0.069 0.125 0.140 0.001 0.001 0.006 0.421 61 H 0.029 0.129 0.002 0.147 0.068 0.152 0.155 0.001 0.001 0.006 0.311 62 G 0.050 0.102 0.003 0.050 0.018 0.038 0.074 0.003 0.001 0.008 0.656 63 G 0.074 0.308 0.006 0.028 0.010 0.022 0.197 0.002 0.001 0.013 0.338 64 M 0.016 0.446 0.005 0.019 0.011 0.017 0.171 0.002 0.001 0.004 0.309 65 L 0.003 0.877 0.001 0.008 0.003 0.007 0.027 0.001 0.001 0.001 0.073 66 M 0.010 0.891 0.001 0.002 0.002 0.003 0.017 0.007 0.001 0.001 0.065 67 S 0.015 0.954 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.018 68 F 0.004 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.038 69 A 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 70 D 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.019 71 M 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 72 A 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 73 W 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 74 G 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 75 R 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 76 I 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 77 I 0.008 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.006 78 S 0.027 0.926 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 0.011 79 L 0.114 0.739 0.016 0.002 0.004 0.003 0.002 0.052 0.001 0.001 0.068 80 Q 0.160 0.512 0.053 0.012 0.014 0.015 0.015 0.080 0.001 0.003 0.136 81 K 0.066 0.141 0.078 0.013 0.017 0.020 0.075 0.038 0.001 0.007 0.546 82 S 0.135 0.050 0.034 0.021 0.016 0.019 0.117 0.026 0.001 0.012 0.570 83 Y 0.310 0.026 0.044 0.031 0.014 0.018 0.075 0.007 0.001 0.021 0.453 84 S 0.097 0.012 0.030 0.080 0.058 0.045 0.162 0.002 0.001 0.009 0.505 85 W 0.029 0.006 0.019 0.127 0.113 0.178 0.085 0.001 0.001 0.005 0.437 86 V 0.004 0.003 0.001 0.262 0.272 0.377 0.031 0.001 0.001 0.001 0.048 87 T 0.003 0.005 0.001 0.183 0.219 0.385 0.038 0.001 0.001 0.001 0.164 88 V 0.002 0.004 0.001 0.231 0.304 0.402 0.013 0.001 0.001 0.001 0.043 89 R 0.005 0.009 0.001 0.208 0.163 0.380 0.042 0.001 0.001 0.003 0.188 90 L 0.008 0.008 0.001 0.187 0.271 0.392 0.035 0.001 0.001 0.004 0.092 91 M 0.013 0.011 0.002 0.123 0.196 0.315 0.091 0.002 0.001 0.008 0.239 92 C 0.024 0.012 0.006 0.110 0.175 0.247 0.069 0.002 0.001 0.008 0.347 93 D 0.018 0.012 0.004 0.111 0.165 0.215 0.125 0.002 0.001 0.006 0.342 94 F 0.042 0.017 0.005 0.054 0.083 0.144 0.126 0.002 0.001 0.010 0.517 95 L 0.075 0.031 0.008 0.111 0.142 0.245 0.109 0.003 0.001 0.014 0.263 96 S 0.064 0.020 0.005 0.059 0.112 0.142 0.191 0.002 0.001 0.009 0.396 97 G 0.022 0.005 0.003 0.017 0.022 0.031 0.031 0.001 0.001 0.003 0.866 98 A 0.064 0.009 0.005 0.067 0.124 0.222 0.146 0.002 0.001 0.011 0.349 99 K 0.082 0.010 0.003 0.031 0.081 0.095 0.190 0.002 0.001 0.011 0.496 100 L 0.030 0.008 0.003 0.026 0.038 0.056 0.058 0.001 0.001 0.005 0.775 101 G 0.055 0.005 0.002 0.038 0.067 0.106 0.246 0.001 0.001 0.019 0.461 102 D 0.199 0.003 0.009 0.046 0.043 0.041 0.117 0.001 0.001 0.026 0.513 103 W 0.054 0.004 0.017 0.109 0.096 0.131 0.136 0.001 0.001 0.011 0.440 104 V 0.012 0.002 0.003 0.300 0.285 0.262 0.057 0.001 0.001 0.003 0.078 105 E 0.004 0.002 0.001 0.325 0.175 0.317 0.048 0.001 0.001 0.002 0.126 106 G 0.001 0.002 0.001 0.294 0.259 0.393 0.014 0.001 0.001 0.001 0.034 107 E 0.002 0.003 0.001 0.242 0.203 0.379 0.040 0.001 0.001 0.002 0.128 108 G 0.004 0.003 0.001 0.187 0.214 0.367 0.031 0.001 0.001 0.004 0.187 109 E 0.006 0.003 0.001 0.173 0.229 0.349 0.075 0.001 0.001 0.005 0.159 110 L 0.021 0.005 0.002 0.093 0.211 0.303 0.054 0.001 0.001 0.008 0.301 111 I 0.012 0.007 0.002 0.099 0.293 0.414 0.045 0.001 0.001 0.004 0.125 112 S 0.015 0.007 0.001 0.055 0.277 0.348 0.070 0.001 0.001 0.004 0.221 113 E 0.012 0.008 0.002 0.025 0.109 0.127 0.071 0.001 0.001 0.004 0.642 114 E 0.034 0.009 0.001 0.032 0.091 0.167 0.244 0.002 0.001 0.023 0.397 115 D 0.201 0.010 0.006 0.017 0.057 0.060 0.255 0.003 0.001 0.073 0.318 116 M 0.208 0.016 0.015 0.075 0.114 0.086 0.197 0.003 0.001 0.028 0.259 117 L 0.050 0.006 0.020 0.105 0.197 0.230 0.127 0.001 0.001 0.013 0.251 118 F 0.003 0.001 0.002 0.226 0.399 0.315 0.027 0.001 0.001 0.001 0.027 119 T 0.001 0.001 0.001 0.130 0.192 0.456 0.034 0.001 0.001 0.001 0.184 120 V 0.001 0.001 0.001 0.191 0.365 0.431 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 121 R 0.001 0.001 0.001 0.187 0.170 0.319 0.045 0.001 0.001 0.001 0.277 122 G 0.001 0.001 0.001 0.262 0.285 0.352 0.014 0.001 0.001 0.002 0.084 123 R 0.001 0.001 0.001 0.250 0.225 0.336 0.047 0.001 0.001 0.002 0.139 124 I 0.003 0.001 0.001 0.133 0.225 0.326 0.035 0.001 0.001 0.003 0.273 125 W 0.004 0.001 0.001 0.160 0.261 0.365 0.061 0.001 0.001 0.003 0.145 126 A 0.006 0.002 0.001 0.036 0.062 0.114 0.086 0.001 0.001 0.004 0.690 127 G 0.015 0.003 0.001 0.023 0.036 0.062 0.170 0.001 0.001 0.011 0.680 128 E 0.154 0.005 0.003 0.013 0.013 0.026 0.191 0.001 0.001 0.052 0.543 129 R 0.248 0.021 0.018 0.029 0.038 0.044 0.187 0.001 0.001 0.033 0.382 130 T 0.043 0.035 0.007 0.060 0.108 0.118 0.206 0.001 0.001 0.007 0.416 131 L 0.015 0.077 0.003 0.061 0.137 0.230 0.081 0.001 0.001 0.002 0.395 132 I 0.006 0.121 0.001 0.098 0.232 0.416 0.039 0.001 0.001 0.001 0.086 133 T 0.006 0.230 0.001 0.047 0.149 0.330 0.042 0.001 0.001 0.002 0.193 134 G 0.024 0.385 0.002 0.038 0.131 0.289 0.027 0.003 0.001 0.002 0.099 135 T 0.055 0.452 0.004 0.027 0.051 0.118 0.038 0.013 0.001 0.003 0.238 136 G 0.122 0.273 0.015 0.037 0.075 0.078 0.040 0.038 0.001 0.013 0.309 137 V 0.114 0.203 0.215 0.026 0.046 0.074 0.071 0.008 0.001 0.012 0.231 138 F 0.020 0.212 0.030 0.080 0.119 0.174 0.056 0.007 0.001 0.002 0.299 139 K 0.032 0.171 0.005 0.140 0.166 0.212 0.032 0.005 0.001 0.002 0.234 140 A 0.043 0.213 0.005 0.070 0.097 0.158 0.044 0.005 0.001 0.003 0.361 141 L 0.048 0.191 0.006 0.159 0.161 0.244 0.031 0.006 0.001 0.003 0.149 142 S 0.052 0.102 0.006 0.096 0.119 0.215 0.064 0.011 0.001 0.004 0.329 143 A 0.047 0.037 0.005 0.063 0.062 0.104 0.048 0.010 0.001 0.004 0.620 144 R 0.194 0.019 0.015 0.069 0.046 0.077 0.106 0.026 0.001 0.013 0.434 145 K 0.183 0.006 0.043 0.033 0.020 0.028 0.104 0.006 0.001 0.007 0.571 146 P 0.002 0.001 0.005 0.008 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.971 147 R 0.012 0.001 0.001 0.029 0.012 0.029 0.210 0.001 0.001 0.002 0.705 148 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.989 149 G 0.013 0.001 0.001 0.016 0.005 0.012 0.262 0.001 0.001 0.003 0.688 150 E 0.393 0.007 0.001 0.006 0.001 0.003 0.120 0.001 0.001 0.008 0.462 151 L 0.090 0.161 0.001 0.020 0.005 0.005 0.068 0.001 0.001 0.001 0.649 152 A 0.155 0.261 0.002 0.014 0.009 0.023 0.134 0.001 0.001 0.007 0.392 153 Y 0.180 0.361 0.002 0.006 0.008 0.013 0.048 0.004 0.001 0.002 0.376 154 K 0.089 0.616 0.006 0.006 0.005 0.016 0.011 0.003 0.001 0.001 0.246 155 E 0.035 0.397 0.002 0.005 0.012 0.017 0.022 0.010 0.001 0.001 0.499 156 E 0.245 0.476 0.003 0.008 0.014 0.017 0.018 0.028 0.001 0.002 0.189 157 A 0.150 0.586 0.018 0.010 0.008 0.015 0.015 0.017 0.001 0.001 0.180