# TARGET T0322 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.002 0.004 0.006 0.004 0.005 0.977 2 S 0.049 0.046 0.031 0.081 0.020 0.083 0.689 3 D 0.030 0.016 0.049 0.103 0.320 0.139 0.343 4 D 0.020 0.011 0.060 0.133 0.228 0.152 0.396 5 L 0.013 0.015 0.107 0.142 0.129 0.164 0.431 6 T 0.011 0.007 0.139 0.102 0.177 0.215 0.349 7 D 0.014 0.013 0.152 0.099 0.167 0.253 0.302 8 A 0.006 0.022 0.049 0.083 0.341 0.084 0.415 9 Q 0.004 0.013 0.012 0.088 0.170 0.046 0.667 10 T 0.001 0.001 0.059 0.781 0.031 0.086 0.042 11 A 0.001 0.001 0.042 0.884 0.018 0.035 0.020 12 A 0.001 0.001 0.025 0.915 0.011 0.024 0.023 13 I 0.001 0.001 0.005 0.959 0.006 0.013 0.015 14 P 0.001 0.001 0.003 0.961 0.006 0.015 0.012 15 E 0.001 0.001 0.004 0.956 0.007 0.020 0.010 16 G 0.002 0.001 0.003 0.957 0.008 0.016 0.013 17 F 0.001 0.001 0.007 0.940 0.008 0.028 0.015 18 S 0.002 0.001 0.010 0.881 0.009 0.080 0.016 19 Q 0.002 0.002 0.015 0.745 0.020 0.188 0.029 20 L 0.003 0.003 0.026 0.523 0.054 0.320 0.072 21 N 0.008 0.011 0.042 0.312 0.124 0.271 0.231 22 W 0.014 0.019 0.064 0.207 0.194 0.115 0.387 23 S 0.012 0.012 0.081 0.208 0.198 0.224 0.265 24 R 0.008 0.008 0.059 0.235 0.270 0.193 0.227 25 G 0.007 0.008 0.060 0.288 0.191 0.103 0.343 26 F 0.006 0.004 0.110 0.541 0.064 0.143 0.133 27 G 0.008 0.004 0.172 0.564 0.038 0.123 0.091 28 R 0.015 0.005 0.248 0.482 0.065 0.118 0.067 29 Q 0.031 0.008 0.182 0.477 0.058 0.150 0.094 30 I 0.043 0.012 0.111 0.371 0.107 0.197 0.159 31 G 0.055 0.012 0.049 0.161 0.144 0.370 0.209 32 P 0.090 0.004 0.020 0.029 0.149 0.301 0.407 33 L 0.451 0.018 0.013 0.028 0.052 0.022 0.415 34 F 0.774 0.015 0.007 0.017 0.023 0.006 0.159 35 E 0.881 0.004 0.007 0.013 0.011 0.005 0.080 36 H 0.930 0.002 0.005 0.009 0.008 0.004 0.042 37 R 0.923 0.005 0.005 0.006 0.011 0.005 0.044 38 E 0.784 0.006 0.007 0.008 0.041 0.020 0.134 39 G 0.467 0.006 0.009 0.002 0.113 0.049 0.352 40 P 0.030 0.001 0.011 0.001 0.186 0.744 0.028 41 G 0.074 0.002 0.010 0.001 0.259 0.616 0.039 42 Q 0.690 0.008 0.002 0.001 0.020 0.005 0.274 43 A 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 44 R 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 45 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 46 A 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 47 F 0.927 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.065 48 R 0.854 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.129 49 V 0.668 0.044 0.001 0.001 0.033 0.003 0.249 50 E 0.233 0.014 0.003 0.002 0.070 0.010 0.667 51 E 0.015 0.002 0.368 0.139 0.120 0.299 0.057 52 H 0.009 0.004 0.406 0.136 0.077 0.333 0.034 53 H 0.019 0.014 0.394 0.201 0.067 0.229 0.075 54 T 0.033 0.033 0.071 0.190 0.294 0.129 0.250 55 N 0.018 0.009 0.035 0.121 0.234 0.256 0.327 56 G 0.023 0.013 0.045 0.245 0.167 0.268 0.239 57 L 0.016 0.003 0.035 0.344 0.098 0.372 0.133 58 G 0.032 0.003 0.016 0.463 0.198 0.134 0.154 59 N 0.028 0.012 0.008 0.774 0.059 0.021 0.099 60 C 0.009 0.005 0.003 0.938 0.008 0.013 0.024 61 H 0.002 0.001 0.001 0.966 0.003 0.012 0.015 62 G 0.001 0.001 0.001 0.982 0.006 0.006 0.004 63 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.003 0.002 64 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 65 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 66 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 67 S 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 68 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 70 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.006 0.001 73 W 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 74 G 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.007 0.002 75 R 0.002 0.001 0.002 0.982 0.003 0.006 0.005 76 I 0.003 0.001 0.005 0.971 0.002 0.013 0.005 77 I 0.005 0.001 0.010 0.932 0.004 0.040 0.008 78 S 0.008 0.001 0.017 0.842 0.010 0.111 0.012 79 L 0.012 0.002 0.017 0.666 0.038 0.226 0.040 80 Q 0.014 0.004 0.025 0.322 0.107 0.383 0.145 81 K 0.015 0.007 0.028 0.112 0.231 0.446 0.161 82 S 0.028 0.004 0.020 0.017 0.307 0.398 0.227 83 Y 0.108 0.006 0.008 0.007 0.380 0.054 0.436 84 S 0.311 0.012 0.007 0.005 0.220 0.044 0.402 85 W 0.840 0.011 0.004 0.002 0.032 0.010 0.102 86 V 0.937 0.005 0.002 0.001 0.007 0.002 0.047 87 T 0.955 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.035 88 V 0.950 0.002 0.002 0.001 0.006 0.003 0.036 89 R 0.943 0.002 0.002 0.001 0.010 0.005 0.038 90 L 0.906 0.005 0.002 0.002 0.014 0.006 0.065 91 M 0.885 0.005 0.002 0.001 0.027 0.007 0.072 92 C 0.873 0.009 0.002 0.002 0.017 0.005 0.092 93 D 0.906 0.007 0.002 0.002 0.022 0.006 0.054 94 F 0.888 0.007 0.006 0.003 0.017 0.014 0.066 95 L 0.826 0.009 0.013 0.003 0.029 0.014 0.105 96 S 0.675 0.003 0.015 0.005 0.092 0.019 0.191 97 G 0.679 0.006 0.015 0.004 0.076 0.029 0.192 98 A 0.434 0.017 0.005 0.003 0.042 0.009 0.490 99 K 0.309 0.018 0.009 0.002 0.037 0.020 0.605 100 L 0.099 0.006 0.044 0.003 0.144 0.598 0.105 101 G 0.028 0.003 0.036 0.001 0.163 0.735 0.034 102 D 0.138 0.005 0.021 0.001 0.210 0.084 0.542 103 W 0.775 0.007 0.001 0.001 0.022 0.009 0.185 104 V 0.955 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.035 105 E 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 106 G 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 107 E 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 108 G 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 109 E 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 110 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 111 I 0.953 0.003 0.001 0.001 0.009 0.003 0.031 112 S 0.859 0.005 0.003 0.001 0.015 0.014 0.105 113 E 0.114 0.002 0.017 0.001 0.103 0.736 0.028 114 E 0.041 0.001 0.008 0.001 0.121 0.807 0.022 115 D 0.270 0.008 0.007 0.001 0.369 0.146 0.200 116 M 0.592 0.018 0.001 0.001 0.065 0.023 0.301 117 L 0.927 0.003 0.001 0.001 0.010 0.003 0.057 118 F 0.970 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.019 119 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 120 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 121 R 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 122 G 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 123 R 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 124 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 125 W 0.938 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 0.048 126 A 0.696 0.005 0.003 0.001 0.032 0.027 0.237 127 G 0.041 0.001 0.009 0.001 0.130 0.788 0.030 128 E 0.019 0.001 0.007 0.001 0.134 0.822 0.017 129 R 0.270 0.003 0.006 0.003 0.311 0.167 0.240 130 T 0.787 0.020 0.001 0.001 0.023 0.005 0.163 131 L 0.966 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 132 I 0.976 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 133 T 0.964 0.001 0.004 0.002 0.007 0.007 0.016 134 G 0.935 0.002 0.007 0.003 0.011 0.018 0.023 135 T 0.785 0.004 0.019 0.011 0.038 0.096 0.047 136 G 0.755 0.003 0.013 0.008 0.073 0.090 0.058 137 V 0.847 0.003 0.005 0.006 0.035 0.017 0.088 138 F 0.925 0.008 0.002 0.005 0.011 0.004 0.045 139 K 0.928 0.006 0.003 0.012 0.009 0.004 0.039 140 A 0.893 0.007 0.007 0.021 0.013 0.009 0.050 141 L 0.733 0.009 0.016 0.050 0.036 0.024 0.132 142 S 0.399 0.014 0.041 0.069 0.087 0.068 0.321 143 A 0.141 0.009 0.054 0.049 0.199 0.230 0.319 144 R 0.088 0.012 0.042 0.023 0.223 0.217 0.395 145 K 0.081 0.043 0.016 0.017 0.245 0.050 0.548 146 P 0.023 0.020 0.008 0.017 0.171 0.026 0.735 147 R 0.008 0.008 0.012 0.031 0.136 0.053 0.753 148 P 0.004 0.007 0.049 0.129 0.177 0.222 0.411 149 G 0.005 0.006 0.076 0.219 0.138 0.238 0.318 150 E 0.005 0.008 0.103 0.450 0.082 0.095 0.257 151 L 0.014 0.008 0.097 0.572 0.060 0.060 0.189 152 A 0.027 0.011 0.076 0.575 0.053 0.070 0.187 153 Y 0.036 0.006 0.055 0.640 0.059 0.056 0.147 154 K 0.044 0.007 0.048 0.655 0.057 0.065 0.124 155 E 0.042 0.005 0.040 0.540 0.060 0.186 0.127 156 E 0.023 0.009 0.030 0.371 0.003 0.289 0.275 157 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.995