# TARGET T0322 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 307 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.505 0.244 0.138 0.075 0.028 0.009 0.001 2 S 0.474 0.227 0.133 0.100 0.047 0.017 0.003 3 D 0.411 0.188 0.141 0.121 0.091 0.040 0.007 4 D 0.428 0.222 0.146 0.110 0.061 0.028 0.004 5 L 0.255 0.154 0.160 0.198 0.150 0.072 0.011 6 T 0.382 0.255 0.171 0.116 0.056 0.018 0.003 7 D 0.484 0.264 0.134 0.075 0.034 0.009 0.001 8 A 0.299 0.218 0.182 0.161 0.102 0.035 0.003 9 Q 0.557 0.257 0.108 0.054 0.017 0.005 0.001 10 T 0.562 0.240 0.110 0.058 0.023 0.007 0.001 11 A 0.515 0.232 0.126 0.079 0.036 0.011 0.002 12 A 0.489 0.253 0.136 0.079 0.033 0.010 0.001 13 I 0.300 0.198 0.173 0.174 0.107 0.043 0.005 14 P 0.174 0.161 0.158 0.204 0.179 0.107 0.017 15 E 0.174 0.235 0.212 0.190 0.114 0.061 0.014 16 G 0.112 0.132 0.161 0.207 0.209 0.148 0.030 17 F 0.058 0.055 0.074 0.144 0.240 0.318 0.110 18 S 0.095 0.102 0.131 0.203 0.218 0.192 0.059 19 Q 0.183 0.213 0.192 0.169 0.126 0.090 0.027 20 L 0.133 0.137 0.146 0.190 0.194 0.157 0.043 21 N 0.106 0.118 0.133 0.179 0.205 0.199 0.061 22 W 0.117 0.117 0.151 0.216 0.222 0.146 0.031 23 S 0.256 0.254 0.181 0.156 0.097 0.045 0.011 24 R 0.304 0.249 0.175 0.137 0.083 0.042 0.011 25 G 0.300 0.239 0.175 0.142 0.089 0.044 0.011 26 F 0.209 0.183 0.169 0.174 0.147 0.095 0.022 27 G 0.167 0.142 0.140 0.191 0.187 0.138 0.037 28 R 0.191 0.166 0.162 0.175 0.155 0.118 0.034 29 Q 0.176 0.193 0.185 0.183 0.140 0.096 0.027 30 I 0.095 0.094 0.112 0.172 0.221 0.229 0.076 31 G 0.094 0.127 0.164 0.218 0.208 0.149 0.039 32 P 0.136 0.218 0.226 0.197 0.131 0.077 0.015 33 L 0.047 0.070 0.101 0.192 0.277 0.255 0.057 34 F 0.083 0.189 0.228 0.226 0.171 0.092 0.012 35 E 0.042 0.078 0.129 0.237 0.284 0.200 0.030 36 H 0.113 0.205 0.227 0.245 0.148 0.057 0.005 37 R 0.284 0.317 0.203 0.132 0.050 0.013 0.001 38 E 0.250 0.276 0.203 0.170 0.079 0.021 0.001 39 G 0.516 0.287 0.124 0.057 0.014 0.002 0.001 40 P 0.543 0.323 0.094 0.031 0.007 0.002 0.001 41 G 0.200 0.311 0.230 0.172 0.072 0.014 0.001 42 Q 0.062 0.324 0.352 0.198 0.053 0.010 0.001 43 A 0.004 0.016 0.046 0.173 0.416 0.320 0.025 44 R 0.008 0.090 0.319 0.382 0.169 0.031 0.001 45 L 0.002 0.009 0.024 0.097 0.324 0.493 0.051 46 A 0.005 0.072 0.254 0.398 0.210 0.058 0.003 47 F 0.006 0.027 0.052 0.161 0.365 0.357 0.032 48 R 0.022 0.173 0.329 0.295 0.138 0.040 0.003 49 V 0.037 0.100 0.152 0.305 0.290 0.109 0.007 50 E 0.235 0.376 0.224 0.115 0.040 0.010 0.001 51 E 0.341 0.353 0.171 0.092 0.033 0.009 0.001 52 H 0.324 0.315 0.196 0.108 0.042 0.013 0.001 53 H 0.106 0.155 0.172 0.244 0.203 0.105 0.015 54 T 0.112 0.118 0.150 0.206 0.229 0.152 0.033 55 N 0.233 0.233 0.189 0.156 0.114 0.060 0.015 56 G 0.198 0.196 0.193 0.187 0.132 0.071 0.023 57 L 0.190 0.203 0.177 0.164 0.136 0.096 0.034 58 G 0.086 0.135 0.166 0.222 0.204 0.138 0.048 59 N 0.060 0.100 0.116 0.178 0.246 0.202 0.098 60 C 0.053 0.046 0.051 0.092 0.157 0.263 0.339 61 H 0.027 0.028 0.038 0.072 0.111 0.273 0.452 62 G 0.014 0.020 0.030 0.059 0.099 0.247 0.530 63 G 0.011 0.020 0.028 0.059 0.121 0.248 0.513 64 M 0.004 0.010 0.015 0.044 0.124 0.277 0.527 65 L 0.003 0.007 0.013 0.030 0.069 0.253 0.625 66 M 0.002 0.005 0.011 0.033 0.082 0.270 0.597 67 S 0.004 0.011 0.021 0.060 0.155 0.343 0.406 68 F 0.001 0.003 0.007 0.032 0.103 0.296 0.558 69 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.025 0.168 0.798 70 D 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.213 0.740 71 M 0.001 0.001 0.002 0.008 0.043 0.246 0.701 72 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.136 0.840 73 W 0.001 0.001 0.002 0.007 0.019 0.131 0.840 74 G 0.001 0.002 0.004 0.017 0.048 0.228 0.700 75 R 0.001 0.002 0.005 0.019 0.072 0.297 0.604 76 I 0.001 0.001 0.003 0.013 0.050 0.287 0.646 77 I 0.001 0.004 0.011 0.038 0.142 0.406 0.397 78 S 0.002 0.015 0.044 0.145 0.307 0.346 0.141 79 L 0.008 0.049 0.110 0.222 0.316 0.236 0.059 80 Q 0.036 0.125 0.222 0.284 0.219 0.100 0.016 81 K 0.137 0.273 0.260 0.203 0.093 0.031 0.004 82 S 0.267 0.365 0.208 0.108 0.041 0.011 0.001 83 Y 0.073 0.182 0.233 0.255 0.173 0.076 0.008 84 S 0.019 0.084 0.169 0.286 0.278 0.140 0.023 85 W 0.005 0.012 0.030 0.084 0.203 0.415 0.251 86 V 0.002 0.004 0.009 0.030 0.105 0.354 0.497 87 T 0.003 0.010 0.030 0.077 0.141 0.343 0.394 88 V 0.002 0.008 0.020 0.056 0.140 0.401 0.373 89 R 0.007 0.047 0.151 0.284 0.257 0.187 0.067 90 L 0.002 0.010 0.022 0.088 0.318 0.460 0.100 91 M 0.010 0.117 0.336 0.337 0.151 0.045 0.005 92 C 0.010 0.037 0.080 0.206 0.340 0.289 0.038 93 D 0.039 0.199 0.287 0.259 0.154 0.056 0.006 94 F 0.016 0.049 0.097 0.221 0.312 0.273 0.031 95 L 0.050 0.098 0.155 0.204 0.236 0.230 0.027 96 S 0.063 0.188 0.220 0.265 0.171 0.084 0.009 97 G 0.101 0.168 0.194 0.227 0.200 0.102 0.008 98 A 0.053 0.106 0.156 0.269 0.275 0.132 0.009 99 K 0.196 0.357 0.235 0.150 0.049 0.012 0.001 100 L 0.214 0.308 0.253 0.166 0.051 0.007 0.001 101 G 0.252 0.355 0.205 0.129 0.047 0.011 0.001 102 D 0.144 0.380 0.280 0.150 0.040 0.006 0.001 103 W 0.058 0.291 0.321 0.225 0.086 0.019 0.001 104 V 0.002 0.009 0.034 0.144 0.393 0.393 0.026 105 E 0.007 0.095 0.292 0.379 0.184 0.041 0.002 106 G 0.001 0.006 0.021 0.088 0.322 0.505 0.056 107 E 0.006 0.091 0.305 0.389 0.169 0.038 0.002 108 G 0.007 0.034 0.071 0.200 0.387 0.279 0.022 109 E 0.037 0.258 0.334 0.237 0.104 0.028 0.002 110 L 0.048 0.145 0.197 0.313 0.223 0.073 0.003 111 I 0.135 0.305 0.288 0.189 0.069 0.013 0.001 112 S 0.340 0.361 0.177 0.095 0.024 0.003 0.001 113 E 0.520 0.295 0.114 0.054 0.015 0.002 0.001 114 E 0.517 0.304 0.115 0.050 0.013 0.002 0.001 115 D 0.356 0.354 0.168 0.088 0.026 0.007 0.001 116 M 0.140 0.262 0.232 0.207 0.123 0.032 0.004 117 L 0.046 0.172 0.221 0.261 0.185 0.103 0.014 118 F 0.011 0.039 0.080 0.177 0.328 0.305 0.059 119 T 0.011 0.079 0.221 0.352 0.221 0.099 0.018 120 V 0.002 0.009 0.026 0.090 0.305 0.482 0.086 121 R 0.004 0.050 0.253 0.437 0.200 0.051 0.005 122 G 0.001 0.005 0.015 0.081 0.357 0.496 0.045 123 R 0.002 0.069 0.337 0.388 0.173 0.030 0.001 124 I 0.002 0.012 0.039 0.180 0.411 0.342 0.013 125 W 0.038 0.292 0.365 0.232 0.065 0.008 0.001 126 A 0.188 0.339 0.266 0.168 0.036 0.003 0.001 127 G 0.653 0.262 0.065 0.016 0.003 0.001 0.001 128 E 0.740 0.210 0.040 0.009 0.001 0.001 0.001 129 R 0.566 0.275 0.110 0.039 0.009 0.001 0.001 130 T 0.207 0.323 0.240 0.166 0.055 0.009 0.001 131 L 0.071 0.160 0.229 0.278 0.194 0.064 0.005 132 I 0.054 0.068 0.106 0.194 0.275 0.262 0.042 133 T 0.058 0.121 0.174 0.255 0.229 0.138 0.024 134 G 0.085 0.108 0.139 0.202 0.218 0.193 0.054 135 T 0.118 0.166 0.173 0.194 0.180 0.132 0.037 136 G 0.154 0.202 0.191 0.196 0.149 0.089 0.020 137 V 0.101 0.148 0.164 0.202 0.197 0.152 0.035 138 F 0.110 0.134 0.154 0.204 0.212 0.159 0.027 139 K 0.139 0.169 0.182 0.204 0.175 0.113 0.017 140 A 0.159 0.210 0.219 0.220 0.135 0.053 0.005 141 L 0.166 0.163 0.194 0.233 0.180 0.060 0.004 142 S 0.330 0.244 0.191 0.149 0.067 0.017 0.001 143 A 0.549 0.263 0.117 0.051 0.017 0.004 0.001 144 R 0.416 0.281 0.163 0.096 0.036 0.008 0.001 145 K 0.349 0.307 0.195 0.102 0.039 0.008 0.001 146 P 0.287 0.208 0.222 0.193 0.078 0.011 0.001 147 R 0.706 0.214 0.061 0.016 0.003 0.001 0.001 148 P 0.763 0.156 0.056 0.021 0.004 0.001 0.001 149 G 0.855 0.109 0.026 0.009 0.001 0.001 0.001 150 E 0.872 0.109 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 151 L 0.789 0.158 0.041 0.010 0.001 0.001 0.001 152 A 0.616 0.234 0.097 0.042 0.010 0.001 0.001 153 Y 0.546 0.256 0.126 0.058 0.013 0.001 0.001 154 K 0.744 0.190 0.052 0.012 0.002 0.001 0.001 155 E 0.796 0.159 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001 156 E 0.706 0.184 0.071 0.031 0.007 0.001 0.001 157 A 0.700 0.161 0.081 0.044 0.013 0.002 0.001