# TARGET T0322 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2112 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.003 0.002 0.021 0.052 0.918 2 S 0.018 0.010 0.007 0.042 0.124 0.798 3 D 0.014 0.006 0.073 0.170 0.300 0.437 4 D 0.017 0.009 0.156 0.187 0.389 0.242 5 L 0.026 0.014 0.188 0.254 0.342 0.176 6 T 0.031 0.013 0.126 0.249 0.308 0.274 7 D 0.021 0.015 0.100 0.238 0.370 0.256 8 A 0.020 0.008 0.181 0.170 0.400 0.222 9 Q 0.037 0.008 0.180 0.105 0.387 0.282 10 T 0.076 0.038 0.187 0.138 0.319 0.242 11 A 0.057 0.041 0.053 0.122 0.264 0.462 12 A 0.040 0.036 0.021 0.158 0.189 0.555 13 I 0.009 0.004 0.031 0.488 0.158 0.309 14 P 0.003 0.002 0.063 0.786 0.087 0.059 15 E 0.003 0.002 0.081 0.816 0.074 0.024 16 G 0.004 0.004 0.106 0.818 0.046 0.022 17 F 0.004 0.001 0.110 0.816 0.051 0.019 18 S 0.004 0.002 0.105 0.778 0.074 0.038 19 Q 0.006 0.004 0.083 0.744 0.090 0.073 20 L 0.012 0.007 0.100 0.531 0.225 0.124 21 N 0.010 0.004 0.125 0.419 0.284 0.157 22 W 0.019 0.007 0.131 0.383 0.285 0.176 23 S 0.026 0.015 0.067 0.381 0.269 0.242 24 R 0.028 0.009 0.064 0.283 0.292 0.323 25 G 0.037 0.017 0.078 0.281 0.272 0.316 26 F 0.059 0.033 0.114 0.262 0.280 0.251 27 G 0.059 0.024 0.145 0.281 0.289 0.201 28 R 0.067 0.013 0.215 0.249 0.293 0.162 29 Q 0.089 0.024 0.128 0.195 0.360 0.204 30 I 0.081 0.028 0.061 0.101 0.439 0.291 31 G 0.060 0.006 0.024 0.016 0.521 0.373 32 P 0.091 0.007 0.035 0.016 0.473 0.378 33 L 0.391 0.030 0.025 0.012 0.255 0.288 34 F 0.688 0.014 0.009 0.009 0.094 0.186 35 E 0.781 0.011 0.007 0.011 0.060 0.130 36 H 0.834 0.007 0.004 0.009 0.037 0.110 37 R 0.868 0.004 0.003 0.004 0.041 0.081 38 E 0.762 0.019 0.004 0.005 0.064 0.145 39 G 0.373 0.021 0.005 0.001 0.537 0.063 40 P 0.072 0.001 0.008 0.001 0.864 0.054 41 G 0.063 0.002 0.009 0.001 0.857 0.068 42 Q 0.885 0.016 0.001 0.001 0.079 0.019 43 A 0.962 0.002 0.001 0.001 0.005 0.031 44 R 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 45 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 46 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 47 F 0.950 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 48 R 0.757 0.005 0.001 0.002 0.047 0.188 49 V 0.455 0.016 0.006 0.005 0.105 0.412 50 E 0.206 0.024 0.025 0.008 0.319 0.418 51 E 0.036 0.004 0.491 0.035 0.335 0.100 52 H 0.031 0.005 0.472 0.049 0.354 0.090 53 H 0.048 0.020 0.377 0.053 0.424 0.078 54 T 0.049 0.050 0.056 0.056 0.507 0.282 55 N 0.028 0.018 0.021 0.032 0.592 0.310 56 G 0.018 0.018 0.023 0.031 0.676 0.235 57 L 0.031 0.017 0.025 0.036 0.615 0.276 58 G 0.056 0.027 0.034 0.047 0.518 0.319 59 N 0.081 0.093 0.030 0.110 0.351 0.335 60 C 0.072 0.122 0.030 0.179 0.275 0.322 61 H 0.060 0.037 0.016 0.267 0.227 0.393 62 G 0.014 0.004 0.009 0.758 0.095 0.120 63 G 0.003 0.002 0.006 0.943 0.027 0.020 64 M 0.001 0.001 0.005 0.983 0.007 0.003 65 L 0.001 0.001 0.010 0.983 0.005 0.001 66 M 0.001 0.001 0.008 0.989 0.003 0.001 67 S 0.001 0.001 0.006 0.991 0.003 0.001 68 F 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 70 D 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 71 M 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 73 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 74 G 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 75 R 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 76 I 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.001 77 I 0.002 0.001 0.007 0.979 0.008 0.004 78 S 0.002 0.001 0.011 0.958 0.015 0.013 79 L 0.004 0.001 0.013 0.896 0.034 0.052 80 Q 0.009 0.008 0.026 0.599 0.158 0.201 81 K 0.009 0.005 0.031 0.267 0.326 0.362 82 S 0.015 0.006 0.028 0.045 0.406 0.500 83 Y 0.048 0.005 0.010 0.007 0.357 0.574 84 S 0.227 0.009 0.007 0.005 0.189 0.564 85 W 0.683 0.009 0.004 0.003 0.070 0.232 86 V 0.875 0.005 0.002 0.002 0.031 0.086 87 T 0.945 0.002 0.001 0.002 0.011 0.039 88 V 0.958 0.001 0.001 0.004 0.010 0.026 89 R 0.957 0.001 0.001 0.003 0.008 0.030 90 L 0.940 0.002 0.001 0.005 0.010 0.042 91 M 0.818 0.002 0.002 0.007 0.036 0.134 92 C 0.690 0.003 0.002 0.006 0.045 0.256 93 D 0.791 0.004 0.002 0.006 0.043 0.154 94 F 0.770 0.008 0.005 0.007 0.061 0.149 95 L 0.636 0.020 0.007 0.010 0.124 0.203 96 S 0.449 0.011 0.010 0.012 0.189 0.329 97 G 0.265 0.007 0.012 0.004 0.209 0.503 98 A 0.354 0.083 0.009 0.002 0.116 0.437 99 K 0.132 0.022 0.010 0.001 0.806 0.029 100 L 0.039 0.007 0.016 0.002 0.917 0.018 101 G 0.009 0.001 0.014 0.002 0.957 0.018 102 D 0.529 0.032 0.006 0.001 0.419 0.013 103 W 0.930 0.005 0.001 0.001 0.011 0.053 104 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 105 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 106 G 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 107 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 108 G 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 109 E 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 110 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 111 I 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 112 S 0.916 0.002 0.001 0.001 0.065 0.016 113 E 0.378 0.003 0.014 0.003 0.565 0.037 114 E 0.119 0.002 0.021 0.002 0.814 0.043 115 D 0.213 0.002 0.018 0.001 0.727 0.039 116 M 0.662 0.009 0.003 0.001 0.135 0.190 117 L 0.944 0.003 0.001 0.001 0.009 0.044 118 F 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 119 T 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 120 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 121 R 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 122 G 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 123 R 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 124 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 125 W 0.979 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 126 A 0.639 0.004 0.001 0.001 0.354 0.001 127 G 0.017 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 128 E 0.019 0.001 0.001 0.001 0.976 0.003 129 R 0.855 0.021 0.001 0.001 0.111 0.014 130 T 0.965 0.002 0.001 0.001 0.005 0.028 131 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 132 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 133 T 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 134 G 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 135 T 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 136 G 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 137 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 138 F 0.991 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 139 K 0.978 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 140 A 0.913 0.001 0.001 0.010 0.020 0.055 141 L 0.660 0.010 0.004 0.017 0.071 0.238 142 S 0.316 0.011 0.011 0.018 0.351 0.293 143 A 0.095 0.009 0.054 0.046 0.490 0.306 144 R 0.039 0.011 0.052 0.047 0.454 0.397 145 K 0.023 0.011 0.013 0.011 0.366 0.576 146 P 0.011 0.008 0.003 0.004 0.122 0.851 147 R 0.014 0.016 0.003 0.003 0.101 0.864 148 P 0.018 0.016 0.008 0.005 0.129 0.824 149 G 0.035 0.009 0.010 0.009 0.128 0.809 150 E 0.071 0.020 0.020 0.021 0.147 0.720 151 L 0.092 0.029 0.025 0.046 0.133 0.674 152 A 0.098 0.027 0.027 0.083 0.188 0.577 153 Y 0.070 0.006 0.097 0.212 0.227 0.387 154 K 0.084 0.008 0.132 0.258 0.180 0.338 155 E 0.115 0.011 0.133 0.264 0.153 0.324 156 E 0.067 0.015 0.045 0.222 0.099 0.552 157 A 0.007 0.001 0.001 0.008 0.025 0.958