# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2112 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.054 0.017 0.023 0.030 0.115 0.062 0.626 2 S 0.196 0.110 0.015 0.015 0.016 0.079 0.229 0.340 3 D 0.080 0.184 0.015 0.014 0.017 0.099 0.113 0.479 4 D 0.092 0.209 0.017 0.009 0.017 0.106 0.039 0.512 5 L 0.096 0.111 0.022 0.015 0.018 0.129 0.084 0.525 6 T 0.074 0.098 0.019 0.009 0.012 0.097 0.236 0.454 7 D 0.160 0.241 0.010 0.007 0.010 0.066 0.186 0.320 8 A 0.110 0.109 0.025 0.011 0.014 0.112 0.061 0.558 9 Q 0.116 0.131 0.021 0.017 0.035 0.093 0.068 0.520 10 T 0.075 0.090 0.019 0.006 0.014 0.106 0.057 0.633 11 A 0.015 0.083 0.047 0.032 0.035 0.187 0.050 0.553 12 A 0.026 0.241 0.024 0.008 0.012 0.084 0.052 0.553 13 I 0.171 0.648 0.008 0.003 0.003 0.021 0.078 0.069 14 P 0.083 0.342 0.032 0.005 0.005 0.043 0.309 0.181 15 E 0.041 0.499 0.023 0.005 0.006 0.037 0.199 0.191 16 G 0.147 0.560 0.020 0.003 0.005 0.036 0.067 0.162 17 F 0.189 0.238 0.037 0.011 0.012 0.069 0.160 0.283 18 S 0.057 0.173 0.016 0.005 0.009 0.083 0.074 0.583 19 Q 0.068 0.075 0.030 0.005 0.007 0.101 0.153 0.561 20 L 0.150 0.101 0.030 0.015 0.013 0.123 0.133 0.434 21 N 0.132 0.064 0.021 0.005 0.010 0.093 0.075 0.600 22 W 0.038 0.098 0.023 0.006 0.011 0.118 0.033 0.673 23 S 0.054 0.112 0.048 0.010 0.015 0.112 0.070 0.580 24 R 0.101 0.146 0.060 0.020 0.016 0.118 0.087 0.452 25 G 0.121 0.140 0.079 0.014 0.021 0.104 0.098 0.424 26 F 0.160 0.069 0.108 0.019 0.029 0.097 0.186 0.332 27 G 0.158 0.039 0.061 0.020 0.039 0.094 0.086 0.503 28 R 0.068 0.012 0.038 0.022 0.029 0.106 0.055 0.670 29 Q 0.013 0.013 0.033 0.015 0.030 0.139 0.035 0.721 30 I 0.036 0.023 0.041 0.019 0.040 0.149 0.031 0.661 31 G 0.109 0.052 0.038 0.041 0.044 0.131 0.044 0.541 32 P 0.085 0.117 0.043 0.028 0.049 0.097 0.081 0.500 33 L 0.070 0.075 0.048 0.049 0.088 0.094 0.105 0.472 34 F 0.080 0.043 0.069 0.111 0.120 0.089 0.102 0.386 35 E 0.057 0.016 0.041 0.079 0.102 0.087 0.051 0.566 36 H 0.084 0.011 0.033 0.085 0.115 0.116 0.050 0.506 37 R 0.015 0.004 0.023 0.051 0.112 0.125 0.054 0.616 38 E 0.056 0.003 0.009 0.012 0.021 0.095 0.026 0.777 39 G 0.660 0.015 0.004 0.018 0.016 0.042 0.045 0.200 40 P 0.031 0.010 0.007 0.007 0.027 0.108 0.010 0.800 41 G 0.015 0.011 0.034 0.043 0.294 0.104 0.026 0.473 42 Q 0.006 0.008 0.042 0.269 0.380 0.049 0.041 0.206 43 A 0.003 0.006 0.064 0.332 0.409 0.024 0.022 0.140 44 R 0.004 0.003 0.068 0.348 0.462 0.012 0.026 0.078 45 L 0.007 0.003 0.061 0.432 0.369 0.015 0.021 0.092 46 A 0.010 0.006 0.092 0.248 0.421 0.023 0.020 0.180 47 F 0.017 0.012 0.043 0.285 0.324 0.047 0.018 0.254 48 R 0.012 0.016 0.054 0.192 0.242 0.074 0.042 0.366 49 V 0.043 0.028 0.030 0.069 0.087 0.095 0.058 0.592 50 E 0.347 0.047 0.018 0.058 0.043 0.052 0.240 0.195 51 E 0.067 0.029 0.017 0.023 0.032 0.106 0.133 0.593 52 H 0.052 0.019 0.027 0.021 0.045 0.126 0.063 0.648 53 H 0.093 0.013 0.023 0.031 0.045 0.153 0.057 0.586 54 T 0.042 0.007 0.020 0.015 0.029 0.138 0.052 0.696 55 N 0.098 0.010 0.026 0.016 0.030 0.184 0.055 0.581 56 G 0.081 0.015 0.019 0.017 0.026 0.165 0.058 0.619 57 L 0.021 0.014 0.033 0.015 0.030 0.155 0.037 0.695 58 G 0.022 0.039 0.135 0.041 0.100 0.141 0.119 0.403 59 N 0.025 0.149 0.133 0.058 0.071 0.112 0.081 0.370 60 C 0.050 0.393 0.110 0.047 0.042 0.066 0.044 0.248 61 H 0.026 0.786 0.026 0.012 0.020 0.019 0.038 0.072 62 G 0.014 0.854 0.013 0.006 0.015 0.013 0.041 0.044 63 G 0.007 0.304 0.025 0.013 0.020 0.016 0.582 0.033 64 M 0.003 0.806 0.008 0.011 0.011 0.005 0.144 0.011 65 L 0.008 0.922 0.005 0.002 0.005 0.003 0.044 0.010 66 M 0.009 0.744 0.017 0.013 0.010 0.007 0.181 0.019 67 S 0.008 0.842 0.008 0.004 0.005 0.007 0.105 0.021 68 F 0.019 0.935 0.003 0.001 0.001 0.003 0.027 0.013 69 A 0.017 0.660 0.004 0.001 0.001 0.006 0.288 0.023 70 D 0.008 0.766 0.002 0.001 0.001 0.007 0.182 0.034 71 M 0.006 0.928 0.001 0.001 0.001 0.006 0.040 0.019 72 A 0.005 0.965 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.008 73 W 0.013 0.940 0.002 0.001 0.001 0.005 0.026 0.013 74 G 0.008 0.476 0.014 0.001 0.001 0.010 0.458 0.031 75 R 0.012 0.786 0.020 0.002 0.003 0.012 0.141 0.024 76 I 0.120 0.557 0.073 0.005 0.008 0.029 0.141 0.067 77 I 0.158 0.240 0.089 0.020 0.018 0.071 0.134 0.270 78 S 0.035 0.026 0.093 0.019 0.023 0.062 0.197 0.547 79 L 0.067 0.012 0.026 0.013 0.015 0.109 0.085 0.673 80 Q 0.263 0.004 0.024 0.010 0.012 0.104 0.083 0.501 81 K 0.070 0.001 0.005 0.002 0.004 0.084 0.011 0.823 82 S 0.024 0.002 0.010 0.002 0.010 0.087 0.020 0.845 83 Y 0.006 0.002 0.041 0.016 0.035 0.153 0.034 0.714 84 S 0.005 0.004 0.292 0.099 0.205 0.069 0.099 0.227 85 W 0.002 0.004 0.221 0.114 0.131 0.033 0.062 0.432 86 V 0.002 0.002 0.470 0.249 0.185 0.014 0.026 0.051 87 T 0.004 0.005 0.406 0.126 0.193 0.018 0.087 0.161 88 V 0.009 0.008 0.259 0.329 0.258 0.020 0.039 0.078 89 R 0.016 0.008 0.223 0.117 0.219 0.043 0.065 0.308 90 L 0.008 0.010 0.133 0.245 0.233 0.071 0.057 0.243 91 M 0.018 0.015 0.151 0.114 0.205 0.076 0.075 0.346 92 C 0.041 0.016 0.073 0.139 0.164 0.071 0.134 0.361 93 D 0.033 0.013 0.129 0.178 0.215 0.071 0.113 0.249 94 F 0.040 0.012 0.074 0.092 0.182 0.076 0.093 0.431 95 L 0.028 0.005 0.081 0.131 0.157 0.074 0.038 0.487 96 S 0.074 0.005 0.046 0.124 0.151 0.096 0.049 0.457 97 G 0.011 0.002 0.032 0.048 0.094 0.117 0.039 0.656 98 A 0.025 0.001 0.042 0.042 0.070 0.144 0.030 0.647 99 K 0.430 0.005 0.029 0.036 0.030 0.077 0.081 0.312 100 L 0.064 0.007 0.013 0.018 0.036 0.113 0.020 0.730 101 G 0.013 0.004 0.025 0.013 0.072 0.077 0.016 0.780 102 D 0.018 0.009 0.054 0.257 0.412 0.064 0.042 0.143 103 W 0.004 0.006 0.094 0.167 0.322 0.042 0.032 0.335 104 V 0.002 0.004 0.067 0.383 0.479 0.010 0.010 0.046 105 E 0.003 0.005 0.102 0.276 0.506 0.014 0.025 0.069 106 G 0.003 0.010 0.055 0.442 0.410 0.011 0.017 0.051 107 E 0.009 0.017 0.048 0.278 0.540 0.014 0.022 0.072 108 G 0.008 0.010 0.038 0.312 0.431 0.022 0.068 0.111 109 E 0.004 0.005 0.026 0.449 0.446 0.010 0.024 0.036 110 L 0.010 0.005 0.023 0.280 0.471 0.022 0.051 0.139 111 I 0.018 0.003 0.041 0.341 0.329 0.034 0.053 0.180 112 S 0.191 0.003 0.015 0.103 0.148 0.044 0.043 0.452 113 E 0.107 0.003 0.006 0.019 0.032 0.050 0.018 0.765 114 E 0.018 0.002 0.021 0.040 0.169 0.123 0.025 0.602 115 D 0.004 0.001 0.025 0.073 0.255 0.079 0.046 0.517 116 M 0.002 0.001 0.042 0.335 0.438 0.025 0.036 0.121 117 L 0.001 0.001 0.072 0.325 0.427 0.014 0.025 0.135 118 F 0.001 0.001 0.091 0.361 0.501 0.006 0.009 0.031 119 T 0.001 0.001 0.162 0.284 0.452 0.008 0.025 0.067 120 V 0.002 0.001 0.076 0.497 0.357 0.010 0.013 0.043 121 R 0.003 0.002 0.084 0.263 0.511 0.018 0.025 0.094 122 G 0.002 0.001 0.041 0.375 0.468 0.014 0.019 0.079 123 R 0.001 0.001 0.063 0.413 0.461 0.008 0.016 0.039 124 I 0.004 0.001 0.044 0.363 0.401 0.018 0.031 0.139 125 W 0.094 0.001 0.076 0.254 0.261 0.030 0.058 0.226 126 A 0.170 0.001 0.018 0.045 0.068 0.064 0.030 0.605 127 G 0.015 0.001 0.008 0.009 0.031 0.060 0.006 0.870 128 E 0.006 0.001 0.025 0.038 0.175 0.117 0.016 0.622 129 R 0.001 0.001 0.064 0.201 0.361 0.054 0.045 0.274 130 T 0.001 0.001 0.074 0.413 0.417 0.007 0.025 0.063 131 L 0.001 0.001 0.103 0.379 0.336 0.010 0.048 0.122 132 I 0.001 0.001 0.174 0.395 0.372 0.006 0.019 0.032 133 T 0.009 0.008 0.143 0.257 0.441 0.012 0.060 0.071 134 G 0.011 0.023 0.104 0.304 0.388 0.026 0.031 0.113 135 T 0.008 0.019 0.066 0.157 0.572 0.027 0.022 0.128 136 G 0.005 0.010 0.034 0.292 0.542 0.017 0.025 0.074 137 V 0.005 0.009 0.050 0.324 0.532 0.012 0.017 0.050 138 F 0.003 0.005 0.039 0.382 0.452 0.013 0.020 0.086 139 K 0.003 0.006 0.055 0.439 0.370 0.020 0.019 0.087 140 A 0.011 0.007 0.088 0.291 0.330 0.034 0.042 0.196 141 L 0.123 0.015 0.049 0.172 0.152 0.059 0.062 0.368 142 S 0.475 0.015 0.016 0.047 0.044 0.037 0.064 0.301 143 A 0.043 0.005 0.007 0.013 0.022 0.083 0.022 0.805 144 R 0.026 0.003 0.010 0.014 0.028 0.088 0.022 0.810 145 K 0.043 0.004 0.010 0.024 0.029 0.116 0.037 0.737 146 P 0.038 0.003 0.013 0.018 0.024 0.110 0.027 0.766 147 R 0.075 0.007 0.022 0.030 0.044 0.117 0.037 0.669 148 P 0.035 0.006 0.017 0.015 0.023 0.086 0.021 0.796 149 G 0.066 0.022 0.038 0.037 0.046 0.115 0.040 0.636 150 E 0.035 0.027 0.038 0.028 0.039 0.112 0.035 0.686 151 L 0.075 0.041 0.039 0.031 0.036 0.108 0.052 0.617 152 A 0.151 0.055 0.050 0.038 0.037 0.093 0.102 0.475 153 Y 0.167 0.059 0.019 0.021 0.033 0.086 0.057 0.557 154 K 0.090 0.028 0.024 0.021 0.037 0.088 0.060 0.651 155 E 0.038 0.021 0.019 0.033 0.053 0.119 0.048 0.669 156 E 0.045 0.022 0.018 0.033 0.060 0.104 0.053 0.665 157 A 0.043 0.022 0.018 0.044 0.061 0.115 0.049 0.647