# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2112 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.015 0.094 0.024 0.048 0.113 0.012 0.584 2 S 0.055 0.014 0.051 0.021 0.047 0.179 0.008 0.624 3 D 0.026 0.007 0.016 0.006 0.017 0.056 0.003 0.868 4 D 0.042 0.012 0.009 0.004 0.011 0.306 0.005 0.611 5 L 0.225 0.025 0.016 0.006 0.012 0.380 0.012 0.324 6 T 0.131 0.113 0.018 0.010 0.018 0.327 0.010 0.373 7 D 0.060 0.122 0.018 0.007 0.021 0.091 0.008 0.673 8 A 0.059 0.140 0.017 0.007 0.019 0.121 0.008 0.630 9 Q 0.137 0.192 0.011 0.009 0.016 0.247 0.022 0.366 10 T 0.333 0.293 0.014 0.007 0.016 0.081 0.019 0.237 11 A 0.198 0.505 0.034 0.021 0.023 0.035 0.019 0.164 12 A 0.212 0.214 0.034 0.017 0.020 0.093 0.062 0.349 13 I 0.319 0.132 0.085 0.024 0.049 0.043 0.016 0.333 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 E 0.009 0.025 0.007 0.006 0.021 0.200 0.003 0.729 16 G 0.234 0.260 0.011 0.004 0.008 0.069 0.011 0.403 17 F 0.098 0.623 0.013 0.005 0.015 0.018 0.006 0.223 18 S 0.100 0.576 0.009 0.004 0.008 0.032 0.009 0.262 19 Q 0.181 0.579 0.015 0.004 0.004 0.020 0.022 0.174 20 L 0.189 0.672 0.011 0.004 0.006 0.009 0.024 0.085 21 N 0.139 0.381 0.038 0.010 0.014 0.039 0.046 0.333 22 W 0.160 0.285 0.072 0.011 0.013 0.048 0.039 0.373 23 S 0.334 0.184 0.048 0.009 0.013 0.092 0.050 0.270 24 R 0.132 0.181 0.150 0.022 0.024 0.075 0.030 0.387 25 G 0.024 0.077 0.052 0.011 0.016 0.098 0.010 0.712 26 F 0.127 0.096 0.102 0.028 0.056 0.169 0.016 0.405 27 G 0.145 0.190 0.046 0.033 0.047 0.103 0.014 0.422 28 R 0.156 0.172 0.097 0.064 0.083 0.100 0.028 0.300 29 Q 0.204 0.127 0.058 0.055 0.064 0.089 0.031 0.372 30 I 0.148 0.131 0.090 0.064 0.111 0.061 0.041 0.353 31 G 0.072 0.042 0.048 0.065 0.069 0.058 0.025 0.621 32 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.989 33 L 0.051 0.011 0.035 0.060 0.114 0.119 0.009 0.602 34 F 0.226 0.014 0.046 0.103 0.157 0.124 0.012 0.318 35 E 0.028 0.011 0.029 0.085 0.106 0.045 0.003 0.693 36 H 0.048 0.021 0.045 0.197 0.254 0.066 0.004 0.363 37 R 0.066 0.015 0.018 0.115 0.162 0.076 0.009 0.538 38 E 0.063 0.018 0.034 0.159 0.283 0.047 0.024 0.372 39 G 0.047 0.006 0.017 0.075 0.119 0.118 0.012 0.607 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 41 G 0.029 0.004 0.024 0.143 0.114 0.143 0.027 0.517 42 Q 0.779 0.001 0.012 0.016 0.044 0.076 0.004 0.069 43 A 0.028 0.001 0.056 0.367 0.266 0.038 0.001 0.241 44 R 0.010 0.001 0.042 0.351 0.553 0.014 0.001 0.030 45 L 0.004 0.001 0.061 0.384 0.492 0.009 0.001 0.050 46 A 0.001 0.001 0.029 0.267 0.653 0.008 0.001 0.041 47 F 0.002 0.001 0.036 0.365 0.541 0.012 0.001 0.043 48 R 0.006 0.001 0.036 0.189 0.318 0.031 0.002 0.418 49 V 0.011 0.002 0.051 0.132 0.352 0.053 0.002 0.396 50 E 0.017 0.007 0.030 0.110 0.298 0.163 0.003 0.371 51 E 0.016 0.009 0.012 0.023 0.064 0.057 0.004 0.815 52 H 0.052 0.051 0.017 0.028 0.041 0.126 0.012 0.675 53 H 0.435 0.045 0.020 0.020 0.023 0.095 0.036 0.325 54 T 0.230 0.137 0.118 0.057 0.050 0.083 0.033 0.293 55 N 0.105 0.087 0.106 0.053 0.090 0.090 0.033 0.436 56 G 0.096 0.051 0.109 0.024 0.041 0.139 0.019 0.520 57 L 0.062 0.050 0.074 0.019 0.035 0.203 0.011 0.546 58 G 0.095 0.069 0.093 0.028 0.033 0.143 0.021 0.516 59 N 0.120 0.044 0.079 0.015 0.020 0.170 0.018 0.533 60 C 0.054 0.088 0.175 0.030 0.036 0.148 0.010 0.459 61 H 0.022 0.112 0.044 0.020 0.034 0.180 0.006 0.584 62 G 0.037 0.158 0.043 0.013 0.028 0.151 0.010 0.561 63 G 0.040 0.335 0.032 0.011 0.013 0.149 0.006 0.414 64 M 0.028 0.637 0.020 0.013 0.017 0.103 0.006 0.176 65 L 0.012 0.868 0.010 0.006 0.015 0.023 0.003 0.064 66 M 0.002 0.978 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.008 67 S 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 68 F 0.020 0.958 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.012 69 A 0.029 0.939 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 0.019 70 D 0.029 0.925 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.032 71 M 0.030 0.915 0.005 0.001 0.001 0.004 0.011 0.035 72 A 0.025 0.913 0.003 0.001 0.001 0.007 0.008 0.042 73 W 0.018 0.892 0.010 0.001 0.002 0.008 0.007 0.063 74 G 0.010 0.923 0.006 0.001 0.002 0.006 0.003 0.049 75 R 0.004 0.964 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 76 I 0.004 0.972 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.015 77 I 0.010 0.963 0.003 0.002 0.004 0.002 0.003 0.013 78 S 0.022 0.950 0.002 0.003 0.002 0.002 0.006 0.014 79 L 0.154 0.719 0.013 0.007 0.005 0.003 0.053 0.045 80 Q 0.294 0.443 0.031 0.017 0.014 0.012 0.091 0.097 81 K 0.121 0.183 0.097 0.043 0.039 0.041 0.074 0.401 82 S 0.062 0.052 0.065 0.031 0.035 0.074 0.061 0.618 83 Y 0.149 0.012 0.091 0.026 0.022 0.086 0.038 0.577 84 S 0.061 0.004 0.251 0.061 0.043 0.128 0.015 0.436 85 W 0.012 0.001 0.201 0.065 0.078 0.056 0.004 0.584 86 V 0.005 0.001 0.567 0.186 0.174 0.017 0.001 0.048 87 T 0.002 0.001 0.190 0.123 0.158 0.026 0.001 0.499 88 V 0.001 0.001 0.531 0.168 0.256 0.009 0.001 0.035 89 R 0.003 0.001 0.270 0.163 0.258 0.064 0.001 0.240 90 L 0.009 0.001 0.310 0.156 0.329 0.064 0.003 0.127 91 M 0.020 0.002 0.196 0.186 0.287 0.108 0.003 0.199 92 C 0.015 0.003 0.122 0.136 0.274 0.068 0.004 0.379 93 D 0.012 0.006 0.111 0.278 0.293 0.054 0.005 0.243 94 F 0.037 0.006 0.069 0.106 0.273 0.075 0.012 0.422 95 L 0.062 0.019 0.119 0.152 0.293 0.113 0.009 0.232 96 S 0.043 0.017 0.100 0.251 0.262 0.087 0.012 0.227 97 G 0.003 0.001 0.004 0.006 0.009 0.008 0.001 0.968 98 A 0.086 0.008 0.169 0.125 0.173 0.085 0.023 0.332 99 K 0.053 0.006 0.045 0.078 0.070 0.197 0.012 0.538 100 L 0.015 0.005 0.038 0.049 0.111 0.045 0.007 0.730 101 G 0.030 0.009 0.090 0.142 0.172 0.116 0.029 0.412 102 D 0.254 0.001 0.041 0.057 0.057 0.162 0.033 0.395 103 W 0.021 0.001 0.044 0.082 0.063 0.067 0.005 0.718 104 V 0.030 0.001 0.033 0.341 0.558 0.027 0.001 0.008 105 E 0.012 0.001 0.031 0.333 0.530 0.019 0.001 0.074 106 G 0.001 0.001 0.020 0.537 0.438 0.001 0.001 0.003 107 E 0.001 0.001 0.018 0.303 0.628 0.006 0.001 0.044 108 G 0.001 0.001 0.014 0.401 0.575 0.002 0.001 0.009 109 E 0.001 0.001 0.018 0.301 0.655 0.005 0.001 0.020 110 L 0.001 0.001 0.014 0.299 0.613 0.009 0.001 0.064 111 I 0.001 0.001 0.030 0.277 0.650 0.011 0.001 0.031 112 S 0.002 0.001 0.014 0.321 0.505 0.031 0.001 0.126 113 E 0.010 0.001 0.019 0.128 0.396 0.054 0.004 0.387 114 E 0.029 0.002 0.012 0.083 0.153 0.216 0.015 0.490 115 D 0.125 0.004 0.013 0.082 0.066 0.185 0.052 0.473 116 M 0.252 0.004 0.033 0.140 0.162 0.198 0.026 0.185 117 L 0.079 0.001 0.027 0.205 0.376 0.111 0.006 0.195 118 F 0.009 0.001 0.026 0.491 0.442 0.011 0.001 0.020 119 T 0.003 0.001 0.023 0.338 0.420 0.012 0.001 0.203 120 V 0.001 0.001 0.034 0.436 0.514 0.004 0.001 0.012 121 R 0.001 0.001 0.017 0.297 0.627 0.008 0.001 0.050 122 G 0.001 0.001 0.016 0.330 0.634 0.004 0.001 0.016 123 R 0.001 0.001 0.040 0.383 0.547 0.007 0.001 0.022 124 I 0.001 0.001 0.021 0.367 0.483 0.013 0.001 0.114 125 W 0.001 0.001 0.037 0.320 0.594 0.013 0.001 0.034 126 A 0.005 0.001 0.024 0.233 0.428 0.054 0.003 0.253 127 G 0.017 0.001 0.021 0.078 0.173 0.107 0.016 0.586 128 E 0.106 0.001 0.015 0.050 0.048 0.213 0.047 0.519 129 R 0.153 0.001 0.024 0.052 0.053 0.269 0.017 0.432 130 T 0.020 0.001 0.040 0.213 0.214 0.122 0.004 0.388 131 L 0.011 0.001 0.040 0.295 0.543 0.040 0.001 0.069 132 I 0.007 0.001 0.046 0.366 0.540 0.014 0.001 0.025 133 T 0.002 0.001 0.028 0.388 0.523 0.013 0.001 0.045 134 G 0.001 0.001 0.031 0.404 0.528 0.008 0.001 0.027 135 T 0.003 0.001 0.036 0.283 0.570 0.030 0.001 0.077 136 G 0.003 0.001 0.027 0.350 0.543 0.027 0.001 0.048 137 V 0.012 0.001 0.040 0.213 0.647 0.037 0.001 0.048 138 F 0.004 0.003 0.027 0.454 0.454 0.015 0.001 0.043 139 K 0.007 0.005 0.037 0.303 0.543 0.020 0.002 0.084 140 A 0.006 0.010 0.044 0.376 0.464 0.018 0.002 0.079 141 L 0.017 0.017 0.038 0.259 0.482 0.033 0.003 0.150 142 S 0.015 0.024 0.023 0.176 0.345 0.055 0.007 0.354 143 A 0.052 0.019 0.015 0.029 0.087 0.077 0.014 0.709 144 R 0.155 0.027 0.009 0.018 0.025 0.283 0.049 0.434 145 K 0.401 0.020 0.011 0.016 0.017 0.104 0.052 0.379 146 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 147 R 0.010 0.003 0.022 0.021 0.034 0.062 0.003 0.847 148 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 149 G 0.027 0.002 0.050 0.036 0.090 0.079 0.003 0.713 150 E 0.087 0.002 0.023 0.011 0.013 0.056 0.003 0.806 151 L 0.078 0.010 0.060 0.025 0.046 0.065 0.003 0.713 152 A 0.047 0.013 0.033 0.021 0.040 0.176 0.002 0.667 153 Y 0.054 0.023 0.024 0.017 0.037 0.126 0.006 0.714 154 K 0.060 0.043 0.014 0.011 0.029 0.135 0.007 0.700 155 E 0.115 0.104 0.017 0.017 0.028 0.160 0.016 0.543 156 E 0.150 0.206 0.013 0.018 0.026 0.132 0.021 0.434 157 A 0.139 0.378 0.036 0.034 0.060 0.047 0.015 0.291