# TARGET T0322 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2112 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 2 S 0.008 0.011 0.003 0.029 0.005 0.017 0.927 3 D 0.012 0.007 0.034 0.235 0.210 0.162 0.340 4 D 0.016 0.005 0.068 0.215 0.113 0.219 0.364 5 L 0.020 0.012 0.090 0.234 0.129 0.094 0.420 6 T 0.017 0.011 0.040 0.236 0.131 0.091 0.474 7 D 0.016 0.012 0.049 0.346 0.179 0.085 0.313 8 A 0.012 0.011 0.112 0.416 0.108 0.127 0.213 9 Q 0.032 0.006 0.148 0.221 0.141 0.236 0.217 10 T 0.071 0.033 0.169 0.203 0.097 0.195 0.233 11 A 0.094 0.059 0.074 0.149 0.177 0.168 0.278 12 A 0.058 0.032 0.041 0.088 0.125 0.179 0.477 13 I 0.020 0.007 0.091 0.319 0.080 0.054 0.428 14 P 0.010 0.005 0.216 0.469 0.032 0.081 0.188 15 E 0.007 0.005 0.323 0.425 0.032 0.124 0.084 16 G 0.011 0.007 0.268 0.505 0.025 0.122 0.063 17 F 0.010 0.005 0.341 0.453 0.030 0.109 0.052 18 S 0.005 0.002 0.267 0.409 0.027 0.250 0.040 19 Q 0.005 0.003 0.232 0.443 0.037 0.238 0.042 20 L 0.017 0.011 0.109 0.311 0.202 0.117 0.233 21 N 0.015 0.009 0.117 0.255 0.057 0.327 0.221 22 W 0.021 0.008 0.124 0.262 0.093 0.305 0.186 23 S 0.043 0.016 0.062 0.292 0.155 0.106 0.328 24 R 0.026 0.007 0.061 0.404 0.147 0.166 0.189 25 G 0.028 0.011 0.076 0.356 0.083 0.238 0.207 26 F 0.039 0.013 0.134 0.390 0.053 0.205 0.166 27 G 0.065 0.017 0.144 0.348 0.079 0.168 0.179 28 R 0.085 0.015 0.155 0.307 0.106 0.160 0.173 29 Q 0.084 0.023 0.109 0.255 0.118 0.233 0.178 30 I 0.094 0.020 0.049 0.106 0.110 0.153 0.468 31 G 0.043 0.004 0.012 0.012 0.043 0.027 0.858 32 P 0.157 0.013 0.036 0.021 0.048 0.062 0.662 33 L 0.413 0.019 0.043 0.025 0.087 0.069 0.344 34 F 0.638 0.029 0.025 0.018 0.044 0.034 0.212 35 E 0.817 0.009 0.009 0.019 0.018 0.010 0.117 36 H 0.841 0.007 0.006 0.020 0.031 0.007 0.089 37 R 0.785 0.008 0.006 0.011 0.032 0.011 0.148 38 E 0.559 0.016 0.007 0.009 0.122 0.074 0.211 39 G 0.295 0.011 0.005 0.001 0.181 0.076 0.430 40 P 0.026 0.001 0.009 0.001 0.230 0.667 0.067 41 G 0.144 0.001 0.011 0.001 0.289 0.466 0.090 42 Q 0.873 0.007 0.003 0.001 0.019 0.005 0.093 43 A 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 44 R 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 45 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 46 A 0.954 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.037 47 F 0.922 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.061 48 R 0.794 0.005 0.001 0.001 0.026 0.007 0.167 49 V 0.410 0.021 0.001 0.001 0.075 0.014 0.478 50 E 0.171 0.012 0.003 0.003 0.080 0.018 0.713 51 E 0.022 0.003 0.247 0.092 0.075 0.500 0.061 52 H 0.021 0.004 0.308 0.080 0.070 0.462 0.056 53 H 0.064 0.031 0.354 0.068 0.107 0.165 0.211 54 T 0.112 0.143 0.093 0.056 0.129 0.217 0.250 55 N 0.053 0.019 0.084 0.031 0.182 0.346 0.286 56 G 0.032 0.017 0.085 0.035 0.222 0.368 0.241 57 L 0.018 0.013 0.091 0.042 0.204 0.438 0.194 58 G 0.032 0.011 0.048 0.052 0.270 0.380 0.206 59 N 0.094 0.034 0.027 0.129 0.187 0.119 0.411 60 C 0.165 0.082 0.010 0.205 0.117 0.037 0.384 61 H 0.132 0.022 0.006 0.475 0.085 0.036 0.245 62 G 0.032 0.002 0.004 0.864 0.030 0.016 0.052 63 G 0.007 0.001 0.001 0.977 0.004 0.003 0.008 64 M 0.004 0.001 0.002 0.989 0.002 0.002 0.002 65 L 0.003 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.001 66 M 0.003 0.001 0.004 0.983 0.001 0.007 0.001 67 S 0.001 0.001 0.004 0.961 0.002 0.029 0.003 68 F 0.001 0.001 0.005 0.931 0.002 0.058 0.003 69 A 0.001 0.001 0.004 0.970 0.003 0.017 0.005 70 D 0.001 0.001 0.005 0.980 0.003 0.008 0.004 71 M 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.010 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.015 0.001 73 W 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 74 G 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 75 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 76 I 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.012 0.001 77 I 0.004 0.001 0.006 0.957 0.002 0.029 0.002 78 S 0.012 0.001 0.013 0.873 0.007 0.083 0.011 79 L 0.014 0.003 0.027 0.734 0.015 0.177 0.031 80 Q 0.022 0.005 0.042 0.473 0.118 0.149 0.192 81 K 0.013 0.002 0.067 0.098 0.157 0.566 0.097 82 S 0.019 0.002 0.033 0.015 0.121 0.665 0.144 83 Y 0.100 0.007 0.010 0.004 0.170 0.048 0.661 84 S 0.342 0.011 0.004 0.001 0.124 0.034 0.483 85 W 0.866 0.006 0.001 0.001 0.022 0.008 0.097 86 V 0.937 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.054 87 T 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.016 88 V 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 89 R 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 90 L 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 91 M 0.872 0.003 0.001 0.002 0.012 0.013 0.098 92 C 0.819 0.002 0.002 0.002 0.014 0.010 0.152 93 D 0.880 0.010 0.003 0.002 0.021 0.009 0.074 94 F 0.806 0.010 0.009 0.004 0.022 0.023 0.127 95 L 0.481 0.018 0.043 0.011 0.140 0.057 0.251 96 S 0.226 0.006 0.031 0.008 0.349 0.124 0.256 97 G 0.125 0.014 0.017 0.003 0.214 0.149 0.478 98 A 0.062 0.048 0.002 0.001 0.151 0.009 0.727 99 K 0.056 0.010 0.002 0.001 0.046 0.011 0.875 100 L 0.014 0.007 0.048 0.005 0.131 0.753 0.042 101 G 0.020 0.001 0.040 0.001 0.126 0.721 0.091 102 D 0.092 0.003 0.011 0.001 0.328 0.020 0.546 103 W 0.598 0.007 0.001 0.001 0.038 0.005 0.351 104 V 0.956 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.035 105 E 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 106 G 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 107 E 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 108 G 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 109 E 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 110 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 111 I 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.020 112 S 0.871 0.003 0.001 0.001 0.009 0.018 0.097 113 E 0.207 0.002 0.020 0.001 0.111 0.599 0.060 114 E 0.040 0.002 0.008 0.001 0.104 0.828 0.017 115 D 0.081 0.001 0.005 0.001 0.480 0.323 0.110 116 M 0.460 0.006 0.001 0.001 0.187 0.020 0.326 117 L 0.930 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.054 118 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 119 T 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 120 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 121 R 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 122 G 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 123 R 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 124 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 125 W 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.024 126 A 0.821 0.002 0.002 0.001 0.011 0.048 0.115 127 G 0.020 0.001 0.002 0.001 0.163 0.801 0.014 128 E 0.075 0.001 0.001 0.001 0.116 0.797 0.011 129 R 0.869 0.005 0.001 0.001 0.010 0.002 0.114 130 T 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 131 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 132 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 133 T 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 134 G 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 135 T 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 136 G 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 137 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 138 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 139 K 0.971 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.019 140 A 0.945 0.002 0.001 0.003 0.005 0.003 0.042 141 L 0.675 0.007 0.002 0.007 0.063 0.013 0.233 142 S 0.327 0.020 0.005 0.007 0.070 0.022 0.548 143 A 0.049 0.004 0.042 0.021 0.216 0.376 0.291 144 R 0.021 0.009 0.031 0.013 0.286 0.408 0.231 145 K 0.018 0.012 0.004 0.002 0.480 0.021 0.461 146 P 0.021 0.024 0.002 0.001 0.107 0.022 0.823 147 R 0.021 0.018 0.001 0.001 0.072 0.013 0.873 148 P 0.032 0.026 0.020 0.011 0.108 0.070 0.732 149 G 0.037 0.014 0.041 0.040 0.168 0.101 0.599 150 E 0.079 0.027 0.043 0.061 0.137 0.062 0.590 151 L 0.066 0.026 0.023 0.057 0.090 0.023 0.716 152 A 0.082 0.017 0.029 0.074 0.043 0.046 0.708 153 Y 0.065 0.006 0.048 0.107 0.075 0.068 0.631 154 K 0.089 0.011 0.109 0.128 0.075 0.088 0.499 155 E 0.098 0.015 0.096 0.106 0.138 0.116 0.430 156 E 0.046 0.019 0.017 0.032 0.017 0.045 0.823 157 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993