# TARGET T0322 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2112 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.357 0.154 0.019 0.176 0.011 0.027 0.069 0.042 0.045 0.030 2 S 0.031 0.398 0.210 0.024 0.130 0.011 0.014 0.070 0.055 0.043 0.014 3 D 0.018 0.059 0.044 0.013 0.043 0.018 0.042 0.383 0.323 0.046 0.011 4 D 0.052 0.052 0.032 0.006 0.072 0.006 0.036 0.364 0.168 0.164 0.048 5 L 0.047 0.083 0.025 0.008 0.073 0.011 0.034 0.315 0.172 0.202 0.031 6 T 0.030 0.137 0.093 0.036 0.074 0.031 0.061 0.327 0.104 0.087 0.021 7 D 0.056 0.134 0.092 0.024 0.125 0.013 0.020 0.199 0.134 0.159 0.044 8 A 0.031 0.108 0.039 0.010 0.068 0.010 0.030 0.385 0.230 0.072 0.018 9 Q 0.035 0.046 0.018 0.007 0.054 0.009 0.048 0.448 0.189 0.119 0.028 10 T 0.048 0.062 0.020 0.010 0.075 0.020 0.076 0.342 0.173 0.147 0.027 11 A 0.057 0.254 0.083 0.015 0.183 0.013 0.031 0.184 0.070 0.074 0.036 12 A 0.096 0.259 0.127 0.010 0.189 0.007 0.020 0.117 0.046 0.090 0.039 13 I 0.070 0.196 0.101 0.008 0.158 0.003 0.008 0.325 0.081 0.024 0.025 14 P 0.010 0.063 0.018 0.009 0.035 0.017 0.042 0.621 0.160 0.020 0.006 15 E 0.019 0.032 0.020 0.006 0.024 0.007 0.039 0.655 0.135 0.053 0.011 16 G 0.004 0.010 0.012 0.013 0.006 0.010 0.021 0.686 0.157 0.074 0.006 17 F 0.013 0.021 0.004 0.003 0.018 0.004 0.015 0.608 0.258 0.045 0.011 18 S 0.005 0.013 0.005 0.003 0.009 0.011 0.057 0.684 0.191 0.018 0.003 19 Q 0.008 0.012 0.008 0.003 0.012 0.005 0.041 0.559 0.186 0.158 0.008 20 L 0.068 0.175 0.067 0.009 0.134 0.008 0.020 0.264 0.139 0.077 0.039 21 N 0.049 0.081 0.036 0.022 0.082 0.039 0.097 0.368 0.131 0.062 0.033 22 W 0.041 0.037 0.017 0.008 0.045 0.007 0.029 0.189 0.187 0.380 0.059 23 S 0.071 0.168 0.107 0.031 0.154 0.019 0.044 0.147 0.088 0.123 0.048 24 R 0.024 0.145 0.097 0.058 0.065 0.052 0.104 0.248 0.132 0.058 0.018 25 G 0.048 0.058 0.050 0.045 0.053 0.029 0.070 0.281 0.129 0.177 0.059 26 F 0.032 0.098 0.041 0.027 0.065 0.028 0.050 0.226 0.194 0.204 0.035 27 G 0.060 0.115 0.066 0.044 0.111 0.029 0.037 0.214 0.172 0.111 0.042 28 R 0.048 0.085 0.069 0.022 0.061 0.034 0.115 0.323 0.166 0.054 0.023 29 Q 0.067 0.054 0.036 0.025 0.071 0.050 0.199 0.245 0.089 0.125 0.040 30 I 0.073 0.241 0.131 0.058 0.128 0.025 0.039 0.062 0.053 0.139 0.051 31 G 0.013 0.068 0.226 0.376 0.022 0.120 0.021 0.037 0.030 0.066 0.023 32 P 0.134 0.192 0.061 0.014 0.241 0.008 0.021 0.095 0.071 0.101 0.060 33 L 0.261 0.120 0.036 0.008 0.279 0.008 0.012 0.047 0.059 0.077 0.093 34 F 0.027 0.503 0.192 0.011 0.196 0.006 0.009 0.025 0.016 0.012 0.004 35 E 0.525 0.047 0.011 0.003 0.248 0.008 0.022 0.024 0.011 0.014 0.087 36 H 0.103 0.194 0.059 0.052 0.264 0.087 0.064 0.040 0.037 0.055 0.044 37 R 0.294 0.143 0.052 0.010 0.350 0.008 0.013 0.022 0.014 0.038 0.057 38 E 0.171 0.132 0.076 0.151 0.135 0.062 0.041 0.051 0.035 0.076 0.070 39 G 0.006 0.026 0.276 0.605 0.011 0.053 0.006 0.006 0.004 0.005 0.003 40 P 0.013 0.040 0.022 0.181 0.019 0.216 0.271 0.171 0.046 0.015 0.007 41 G 0.016 0.020 0.024 0.061 0.017 0.021 0.013 0.035 0.067 0.650 0.076 42 Q 0.122 0.239 0.072 0.035 0.381 0.020 0.019 0.028 0.023 0.044 0.016 43 A 0.315 0.067 0.004 0.001 0.589 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 44 R 0.292 0.058 0.008 0.007 0.574 0.009 0.006 0.002 0.001 0.005 0.037 45 L 0.274 0.078 0.008 0.001 0.613 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 46 A 0.416 0.034 0.006 0.004 0.344 0.005 0.006 0.004 0.002 0.033 0.146 47 F 0.076 0.410 0.103 0.004 0.389 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 48 R 0.256 0.219 0.031 0.001 0.413 0.001 0.002 0.005 0.003 0.013 0.056 49 V 0.155 0.311 0.088 0.033 0.241 0.020 0.017 0.021 0.025 0.036 0.053 50 E 0.007 0.338 0.457 0.085 0.053 0.011 0.005 0.017 0.016 0.008 0.003 51 E 0.023 0.046 0.030 0.021 0.038 0.039 0.100 0.403 0.265 0.025 0.010 52 H 0.030 0.044 0.031 0.025 0.044 0.028 0.097 0.236 0.197 0.219 0.050 53 H 0.126 0.062 0.018 0.013 0.118 0.021 0.070 0.134 0.107 0.244 0.087 54 T 0.089 0.154 0.093 0.039 0.165 0.031 0.045 0.098 0.093 0.132 0.061 55 N 0.033 0.105 0.204 0.183 0.048 0.072 0.066 0.063 0.068 0.123 0.036 56 G 0.037 0.080 0.117 0.147 0.044 0.049 0.040 0.112 0.092 0.226 0.055 57 L 0.033 0.166 0.066 0.059 0.075 0.067 0.155 0.139 0.122 0.089 0.028 58 G 0.027 0.047 0.067 0.167 0.031 0.085 0.054 0.075 0.112 0.251 0.084 59 N 0.102 0.130 0.060 0.020 0.175 0.018 0.051 0.143 0.118 0.136 0.046 60 C 0.082 0.149 0.086 0.024 0.120 0.029 0.054 0.191 0.118 0.094 0.052 61 H 0.033 0.083 0.065 0.048 0.054 0.027 0.064 0.350 0.140 0.103 0.033 62 G 0.006 0.026 0.033 0.027 0.012 0.012 0.014 0.536 0.240 0.085 0.007 63 G 0.001 0.004 0.004 0.004 0.003 0.003 0.008 0.860 0.106 0.005 0.001 64 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.924 0.063 0.002 0.001 65 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.952 0.038 0.002 0.001 66 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.918 0.073 0.003 0.001 67 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.941 0.041 0.001 0.001 68 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.928 0.056 0.009 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.893 0.099 0.002 0.001 70 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.910 0.071 0.002 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.921 0.067 0.003 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.902 0.092 0.003 0.001 73 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.043 0.001 0.001 74 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 75 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.970 0.027 0.001 0.001 76 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.930 0.060 0.006 0.001 77 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.803 0.157 0.013 0.001 78 S 0.005 0.010 0.002 0.001 0.008 0.003 0.065 0.724 0.141 0.038 0.003 79 L 0.016 0.018 0.010 0.005 0.018 0.018 0.185 0.423 0.192 0.101 0.013 80 Q 0.086 0.132 0.054 0.027 0.115 0.022 0.068 0.193 0.134 0.119 0.048 81 K 0.027 0.113 0.055 0.049 0.058 0.070 0.121 0.239 0.176 0.075 0.018 82 S 0.050 0.065 0.043 0.027 0.073 0.023 0.065 0.141 0.152 0.304 0.056 83 Y 0.082 0.198 0.078 0.025 0.180 0.015 0.030 0.085 0.096 0.149 0.062 84 S 0.157 0.174 0.086 0.022 0.326 0.014 0.029 0.047 0.039 0.050 0.055 85 W 0.193 0.188 0.036 0.003 0.523 0.003 0.004 0.009 0.007 0.010 0.022 86 V 0.183 0.239 0.033 0.003 0.496 0.002 0.006 0.009 0.003 0.008 0.018 87 T 0.479 0.046 0.007 0.005 0.400 0.004 0.004 0.003 0.001 0.003 0.048 88 V 0.135 0.130 0.010 0.014 0.601 0.027 0.034 0.024 0.005 0.007 0.012 89 R 0.394 0.028 0.002 0.001 0.523 0.002 0.003 0.006 0.001 0.005 0.035 90 L 0.155 0.119 0.007 0.002 0.687 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.019 91 M 0.467 0.015 0.001 0.001 0.359 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.136 92 C 0.262 0.141 0.017 0.001 0.535 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.035 93 D 0.209 0.136 0.020 0.007 0.379 0.014 0.038 0.039 0.027 0.065 0.065 94 F 0.252 0.162 0.067 0.011 0.385 0.006 0.011 0.021 0.014 0.027 0.044 95 L 0.158 0.123 0.062 0.044 0.215 0.068 0.069 0.075 0.058 0.066 0.063 96 S 0.021 0.201 0.276 0.157 0.097 0.072 0.065 0.053 0.020 0.024 0.014 97 G 0.099 0.132 0.113 0.072 0.115 0.033 0.019 0.033 0.052 0.227 0.105 98 A 0.088 0.461 0.155 0.009 0.243 0.003 0.004 0.007 0.005 0.008 0.017 99 K 0.005 0.107 0.787 0.062 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 100 L 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.111 0.744 0.098 0.012 0.001 0.001 101 G 0.007 0.007 0.010 0.015 0.004 0.007 0.004 0.006 0.057 0.763 0.121 102 D 0.030 0.582 0.063 0.001 0.288 0.001 0.001 0.005 0.011 0.015 0.003 103 W 0.442 0.048 0.003 0.001 0.468 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 104 V 0.255 0.096 0.009 0.003 0.613 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 105 E 0.372 0.032 0.009 0.006 0.510 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 0.049 106 G 0.098 0.285 0.184 0.067 0.319 0.016 0.002 0.002 0.001 0.003 0.024 107 E 0.402 0.045 0.005 0.001 0.256 0.001 0.003 0.002 0.002 0.034 0.251 108 G 0.118 0.349 0.087 0.002 0.426 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 109 E 0.007 0.769 0.043 0.001 0.181 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.765 0.010 0.003 0.001 0.141 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 111 I 0.002 0.004 0.002 0.153 0.005 0.598 0.212 0.009 0.009 0.003 0.002 112 S 0.297 0.142 0.119 0.006 0.365 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.049 113 E 0.178 0.029 0.011 0.225 0.076 0.151 0.031 0.049 0.073 0.078 0.100 114 E 0.015 0.034 0.076 0.486 0.035 0.130 0.082 0.042 0.060 0.027 0.012 115 D 0.167 0.115 0.020 0.035 0.205 0.027 0.022 0.018 0.038 0.212 0.141 116 M 0.170 0.142 0.021 0.013 0.379 0.006 0.012 0.023 0.038 0.147 0.049 117 L 0.507 0.026 0.003 0.004 0.380 0.007 0.006 0.002 0.002 0.007 0.056 118 F 0.134 0.112 0.009 0.002 0.737 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 119 T 0.436 0.013 0.001 0.001 0.521 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 120 V 0.285 0.085 0.010 0.004 0.584 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 121 R 0.531 0.011 0.001 0.001 0.248 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.196 122 G 0.179 0.164 0.027 0.002 0.619 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 123 R 0.321 0.052 0.004 0.001 0.594 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 124 I 0.336 0.132 0.007 0.001 0.494 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 125 W 0.503 0.035 0.009 0.008 0.298 0.004 0.003 0.001 0.002 0.019 0.118 126 A 0.002 0.001 0.003 0.703 0.002 0.272 0.010 0.002 0.002 0.002 0.001 127 G 0.001 0.002 0.012 0.862 0.001 0.070 0.023 0.019 0.009 0.002 0.001 128 E 0.010 0.007 0.013 0.034 0.008 0.011 0.016 0.030 0.085 0.743 0.044 129 R 0.008 0.612 0.206 0.009 0.142 0.002 0.004 0.008 0.006 0.003 0.001 130 T 0.465 0.071 0.005 0.001 0.399 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.051 131 L 0.270 0.102 0.029 0.025 0.427 0.041 0.030 0.008 0.008 0.015 0.046 132 I 0.333 0.091 0.015 0.009 0.459 0.011 0.011 0.007 0.003 0.014 0.049 133 T 0.407 0.057 0.014 0.016 0.380 0.013 0.009 0.006 0.002 0.020 0.076 134 G 0.248 0.129 0.034 0.016 0.521 0.007 0.003 0.004 0.001 0.009 0.029 135 T 0.366 0.042 0.007 0.016 0.348 0.018 0.021 0.016 0.009 0.036 0.121 136 G 0.103 0.336 0.088 0.014 0.426 0.004 0.002 0.003 0.001 0.006 0.017 137 V 0.312 0.072 0.004 0.001 0.534 0.002 0.005 0.006 0.004 0.014 0.046 138 F 0.355 0.089 0.015 0.003 0.495 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.032 139 K 0.096 0.303 0.030 0.002 0.540 0.001 0.003 0.006 0.003 0.004 0.012 140 A 0.323 0.161 0.038 0.003 0.402 0.003 0.006 0.009 0.003 0.013 0.039 141 L 0.063 0.446 0.132 0.032 0.221 0.018 0.027 0.025 0.010 0.008 0.017 142 S 0.078 0.339 0.197 0.020 0.280 0.009 0.010 0.017 0.013 0.017 0.021 143 A 0.028 0.100 0.044 0.017 0.081 0.022 0.066 0.344 0.241 0.045 0.011 144 R 0.052 0.086 0.079 0.027 0.088 0.028 0.086 0.107 0.099 0.291 0.057 145 K 0.031 0.366 0.388 0.028 0.129 0.007 0.014 0.017 0.005 0.008 0.008 146 P 0.028 0.385 0.396 0.017 0.123 0.007 0.012 0.014 0.004 0.007 0.007 147 R 0.030 0.364 0.419 0.024 0.107 0.009 0.016 0.017 0.004 0.003 0.007 148 P 0.032 0.307 0.240 0.063 0.090 0.038 0.059 0.075 0.037 0.036 0.023 149 G 0.024 0.238 0.250 0.107 0.093 0.048 0.026 0.066 0.057 0.068 0.023 150 E 0.135 0.199 0.074 0.008 0.272 0.011 0.034 0.101 0.054 0.068 0.043 151 L 0.073 0.369 0.167 0.011 0.237 0.005 0.012 0.054 0.020 0.027 0.025 152 A 0.077 0.326 0.137 0.027 0.200 0.018 0.025 0.098 0.034 0.033 0.026 153 Y 0.093 0.164 0.084 0.020 0.164 0.018 0.027 0.209 0.107 0.069 0.045 154 K 0.092 0.108 0.049 0.021 0.122 0.023 0.043 0.259 0.120 0.105 0.057 155 E 0.064 0.153 0.068 0.028 0.114 0.024 0.062 0.257 0.113 0.085 0.032 156 E 0.059 0.089 0.076 0.038 0.078 0.031 0.061 0.236 0.120 0.162 0.050 157 A 0.053 0.195 0.108 0.036 0.107 0.025 0.032 0.241 0.105 0.071 0.028