# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2131 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.145 0.019 0.002 0.028 0.023 0.023 0.129 0.013 0.001 0.087 0.530 2 S 0.096 0.013 0.001 0.012 0.008 0.010 0.113 0.001 0.001 0.037 0.708 3 D 0.005 0.008 0.001 0.020 0.014 0.027 0.167 0.004 0.001 0.028 0.726 4 D 0.149 0.250 0.002 0.016 0.010 0.013 0.095 0.008 0.001 0.036 0.419 5 L 0.191 0.323 0.005 0.013 0.006 0.008 0.067 0.031 0.001 0.077 0.276 6 T 0.149 0.088 0.003 0.008 0.006 0.010 0.073 0.004 0.001 0.228 0.430 7 D 0.033 0.469 0.007 0.009 0.008 0.018 0.075 0.006 0.002 0.078 0.295 8 A 0.212 0.408 0.015 0.004 0.006 0.009 0.049 0.022 0.006 0.033 0.237 9 Q 0.207 0.391 0.007 0.006 0.009 0.012 0.039 0.051 0.004 0.036 0.237 10 T 0.249 0.074 0.001 0.003 0.008 0.018 0.059 0.003 0.001 0.025 0.561 11 A 0.017 0.093 0.012 0.021 0.010 0.024 0.114 0.002 0.003 0.038 0.667 12 A 0.034 0.090 0.011 0.011 0.013 0.015 0.122 0.005 0.004 0.032 0.664 13 I 0.293 0.242 0.003 0.006 0.006 0.005 0.053 0.030 0.002 0.065 0.295 14 P 0.250 0.081 0.003 0.006 0.003 0.003 0.072 0.005 0.001 0.122 0.453 15 E 0.032 0.145 0.007 0.020 0.004 0.012 0.105 0.005 0.002 0.058 0.610 16 G 0.129 0.294 0.003 0.009 0.009 0.014 0.077 0.014 0.001 0.039 0.411 17 F 0.166 0.174 0.009 0.021 0.014 0.015 0.078 0.022 0.003 0.127 0.369 18 S 0.096 0.205 0.003 0.025 0.020 0.036 0.111 0.011 0.001 0.085 0.408 19 Q 0.131 0.071 0.008 0.035 0.019 0.042 0.111 0.008 0.003 0.103 0.470 20 L 0.063 0.085 0.006 0.064 0.036 0.046 0.160 0.009 0.002 0.063 0.466 21 N 0.119 0.058 0.004 0.032 0.020 0.043 0.132 0.006 0.002 0.048 0.535 22 W 0.043 0.074 0.003 0.038 0.024 0.032 0.117 0.010 0.001 0.042 0.615 23 S 0.128 0.204 0.003 0.014 0.015 0.028 0.098 0.015 0.002 0.030 0.463 24 R 0.082 0.245 0.005 0.024 0.017 0.029 0.078 0.017 0.002 0.057 0.444 25 G 0.096 0.245 0.012 0.017 0.026 0.042 0.073 0.009 0.005 0.099 0.376 26 F 0.116 0.310 0.021 0.023 0.031 0.052 0.073 0.015 0.008 0.074 0.276 27 G 0.279 0.048 0.020 0.016 0.029 0.047 0.059 0.016 0.011 0.064 0.412 28 R 0.232 0.010 0.002 0.017 0.024 0.038 0.079 0.004 0.001 0.043 0.548 29 Q 0.026 0.004 0.001 0.017 0.015 0.041 0.100 0.002 0.001 0.021 0.774 30 I 0.034 0.009 0.003 0.018 0.012 0.020 0.111 0.003 0.001 0.022 0.768 31 G 0.031 0.006 0.001 0.015 0.099 0.087 0.139 0.013 0.001 0.042 0.568 32 P 0.020 0.011 0.001 0.040 0.058 0.111 0.114 0.003 0.001 0.037 0.605 33 L 0.016 0.016 0.003 0.091 0.093 0.155 0.090 0.002 0.001 0.054 0.479 34 F 0.036 0.012 0.002 0.093 0.157 0.181 0.085 0.006 0.001 0.082 0.345 35 E 0.022 0.010 0.001 0.114 0.060 0.163 0.093 0.004 0.001 0.047 0.486 36 H 0.036 0.003 0.001 0.106 0.096 0.148 0.068 0.001 0.001 0.059 0.482 37 R 0.004 0.002 0.003 0.063 0.087 0.131 0.123 0.001 0.002 0.039 0.545 38 E 0.018 0.001 0.003 0.014 0.035 0.053 0.092 0.002 0.003 0.020 0.757 39 G 0.633 0.004 0.001 0.005 0.015 0.013 0.052 0.021 0.001 0.073 0.182 40 P 0.039 0.002 0.001 0.008 0.002 0.006 0.118 0.001 0.001 0.050 0.772 41 G 0.004 0.003 0.001 0.030 0.032 0.125 0.113 0.001 0.001 0.041 0.649 42 Q 0.003 0.001 0.001 0.046 0.248 0.310 0.066 0.001 0.001 0.073 0.253 43 A 0.001 0.002 0.001 0.079 0.267 0.377 0.027 0.001 0.001 0.040 0.207 44 R 0.003 0.001 0.001 0.067 0.341 0.397 0.017 0.001 0.001 0.044 0.128 45 L 0.004 0.001 0.001 0.060 0.349 0.281 0.031 0.001 0.001 0.031 0.242 46 A 0.015 0.005 0.001 0.112 0.183 0.280 0.061 0.003 0.001 0.052 0.290 47 F 0.032 0.002 0.001 0.049 0.196 0.231 0.075 0.002 0.001 0.038 0.374 48 R 0.008 0.005 0.002 0.055 0.146 0.206 0.096 0.001 0.002 0.024 0.454 49 V 0.044 0.023 0.007 0.032 0.054 0.078 0.088 0.008 0.005 0.030 0.631 50 E 0.589 0.033 0.002 0.012 0.016 0.011 0.042 0.017 0.002 0.085 0.191 51 E 0.107 0.011 0.002 0.016 0.006 0.011 0.095 0.003 0.001 0.076 0.673 52 H 0.013 0.006 0.002 0.027 0.007 0.020 0.100 0.001 0.001 0.031 0.792 53 H 0.088 0.011 0.002 0.028 0.039 0.038 0.138 0.004 0.001 0.088 0.563 54 T 0.109 0.010 0.002 0.022 0.012 0.015 0.172 0.007 0.001 0.099 0.551 55 N 0.124 0.026 0.001 0.020 0.009 0.013 0.146 0.005 0.001 0.050 0.607 56 G 0.062 0.021 0.001 0.029 0.014 0.022 0.194 0.006 0.001 0.047 0.604 57 L 0.020 0.027 0.001 0.069 0.020 0.037 0.214 0.006 0.001 0.058 0.547 58 G 0.022 0.067 0.002 0.155 0.055 0.104 0.119 0.004 0.001 0.128 0.344 59 N 0.034 0.103 0.003 0.136 0.060 0.083 0.090 0.002 0.001 0.171 0.315 60 C 0.015 0.410 0.002 0.102 0.048 0.071 0.067 0.002 0.001 0.084 0.197 61 H 0.016 0.775 0.001 0.020 0.008 0.020 0.023 0.002 0.001 0.066 0.068 62 G 0.012 0.864 0.001 0.010 0.005 0.011 0.011 0.001 0.001 0.051 0.034 63 G 0.006 0.499 0.001 0.006 0.012 0.018 0.013 0.001 0.001 0.410 0.035 64 M 0.003 0.883 0.001 0.003 0.005 0.006 0.006 0.001 0.001 0.073 0.020 65 L 0.004 0.918 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.049 0.015 66 M 0.003 0.924 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.051 0.012 67 S 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 68 F 0.005 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.009 69 A 0.009 0.894 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.067 0.021 70 D 0.008 0.837 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.102 0.037 71 M 0.011 0.835 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.103 0.033 72 A 0.006 0.915 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.036 0.028 73 W 0.011 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.019 0.027 74 G 0.008 0.345 0.002 0.006 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.580 0.041 75 R 0.011 0.809 0.005 0.004 0.002 0.003 0.016 0.003 0.001 0.102 0.044 76 I 0.084 0.685 0.014 0.012 0.004 0.009 0.019 0.019 0.002 0.078 0.075 77 I 0.093 0.324 0.022 0.036 0.011 0.016 0.057 0.010 0.011 0.143 0.278 78 S 0.100 0.034 0.015 0.019 0.016 0.030 0.127 0.005 0.011 0.163 0.480 79 L 0.081 0.014 0.021 0.027 0.010 0.023 0.118 0.010 0.014 0.098 0.585 80 Q 0.242 0.002 0.007 0.011 0.007 0.015 0.112 0.004 0.009 0.050 0.540 81 K 0.042 0.001 0.001 0.010 0.006 0.014 0.118 0.001 0.001 0.029 0.777 82 S 0.009 0.001 0.001 0.009 0.008 0.020 0.140 0.001 0.001 0.023 0.790 83 Y 0.004 0.001 0.001 0.043 0.058 0.126 0.176 0.002 0.001 0.089 0.499 84 S 0.001 0.001 0.001 0.088 0.134 0.359 0.060 0.001 0.001 0.083 0.272 85 W 0.001 0.001 0.001 0.099 0.169 0.323 0.034 0.001 0.001 0.047 0.324 86 V 0.001 0.001 0.001 0.096 0.393 0.392 0.010 0.001 0.001 0.025 0.081 87 T 0.002 0.001 0.001 0.071 0.300 0.423 0.017 0.001 0.001 0.066 0.120 88 V 0.002 0.001 0.001 0.065 0.419 0.390 0.014 0.001 0.001 0.027 0.082 89 R 0.017 0.001 0.001 0.084 0.213 0.377 0.047 0.001 0.001 0.031 0.229 90 L 0.004 0.001 0.001 0.050 0.396 0.360 0.026 0.001 0.001 0.015 0.147 91 M 0.005 0.001 0.001 0.074 0.263 0.340 0.055 0.001 0.001 0.024 0.236 92 C 0.004 0.001 0.001 0.078 0.320 0.291 0.047 0.002 0.001 0.023 0.233 93 D 0.014 0.002 0.002 0.150 0.223 0.339 0.044 0.001 0.001 0.053 0.172 94 F 0.016 0.001 0.002 0.116 0.156 0.246 0.047 0.002 0.001 0.048 0.366 95 L 0.031 0.005 0.001 0.100 0.069 0.133 0.082 0.003 0.001 0.042 0.533 96 S 0.041 0.003 0.001 0.053 0.131 0.177 0.080 0.003 0.001 0.054 0.457 97 G 0.010 0.002 0.002 0.022 0.054 0.074 0.136 0.001 0.002 0.031 0.664 98 A 0.013 0.001 0.002 0.017 0.102 0.143 0.087 0.005 0.002 0.025 0.603 99 K 0.526 0.001 0.001 0.012 0.026 0.035 0.054 0.003 0.001 0.076 0.266 100 L 0.021 0.001 0.001 0.014 0.008 0.029 0.128 0.001 0.001 0.034 0.764 101 G 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.065 0.105 0.001 0.001 0.020 0.777 102 D 0.001 0.001 0.001 0.028 0.303 0.462 0.045 0.001 0.001 0.040 0.121 103 W 0.001 0.001 0.001 0.045 0.184 0.536 0.023 0.001 0.001 0.056 0.157 104 V 0.001 0.001 0.001 0.025 0.444 0.487 0.002 0.001 0.001 0.019 0.021 105 E 0.001 0.001 0.001 0.034 0.359 0.484 0.009 0.001 0.001 0.034 0.080 106 G 0.001 0.001 0.001 0.030 0.496 0.430 0.003 0.001 0.001 0.017 0.024 107 E 0.001 0.001 0.001 0.041 0.377 0.501 0.008 0.001 0.001 0.026 0.046 108 G 0.001 0.001 0.001 0.025 0.488 0.412 0.007 0.001 0.001 0.011 0.057 109 E 0.002 0.001 0.001 0.047 0.381 0.499 0.009 0.001 0.001 0.022 0.040 110 L 0.012 0.001 0.002 0.068 0.341 0.304 0.035 0.001 0.001 0.029 0.206 111 I 0.021 0.002 0.002 0.076 0.275 0.308 0.045 0.003 0.002 0.026 0.240 112 S 0.215 0.005 0.003 0.028 0.074 0.147 0.077 0.006 0.003 0.052 0.389 113 E 0.060 0.002 0.003 0.020 0.053 0.114 0.099 0.006 0.002 0.031 0.610 114 E 0.018 0.001 0.001 0.015 0.097 0.225 0.104 0.002 0.001 0.024 0.513 115 D 0.002 0.001 0.001 0.029 0.174 0.431 0.073 0.001 0.001 0.032 0.256 116 M 0.001 0.001 0.001 0.018 0.253 0.572 0.028 0.001 0.001 0.036 0.092 117 L 0.001 0.001 0.001 0.018 0.314 0.543 0.017 0.001 0.001 0.019 0.089 118 F 0.001 0.001 0.001 0.012 0.258 0.695 0.004 0.001 0.001 0.011 0.020 119 T 0.001 0.001 0.001 0.011 0.275 0.667 0.003 0.001 0.001 0.024 0.020 120 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.388 0.583 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 121 R 0.001 0.001 0.001 0.007 0.403 0.563 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 122 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.524 0.454 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 123 R 0.001 0.001 0.001 0.019 0.429 0.514 0.004 0.001 0.001 0.018 0.015 124 I 0.002 0.001 0.001 0.030 0.380 0.480 0.009 0.001 0.001 0.023 0.073 125 W 0.453 0.001 0.001 0.022 0.096 0.187 0.028 0.004 0.002 0.077 0.130 126 A 0.108 0.001 0.001 0.012 0.007 0.017 0.063 0.001 0.001 0.033 0.758 127 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.015 0.069 0.001 0.001 0.006 0.899 128 E 0.001 0.001 0.001 0.007 0.248 0.260 0.104 0.002 0.001 0.023 0.357 129 R 0.001 0.001 0.001 0.038 0.236 0.349 0.043 0.001 0.001 0.091 0.242 130 T 0.001 0.001 0.001 0.052 0.325 0.543 0.004 0.001 0.001 0.028 0.048 131 L 0.001 0.001 0.001 0.028 0.355 0.469 0.007 0.001 0.001 0.053 0.086 132 I 0.001 0.001 0.001 0.070 0.516 0.356 0.004 0.001 0.001 0.025 0.028 133 T 0.006 0.001 0.001 0.034 0.307 0.518 0.009 0.001 0.001 0.080 0.044 134 G 0.005 0.001 0.001 0.033 0.440 0.420 0.015 0.001 0.001 0.020 0.065 135 T 0.004 0.002 0.001 0.038 0.258 0.527 0.028 0.001 0.001 0.023 0.121 136 G 0.003 0.003 0.001 0.054 0.388 0.424 0.023 0.001 0.001 0.028 0.076 137 V 0.003 0.003 0.001 0.063 0.354 0.439 0.022 0.001 0.001 0.029 0.084 138 F 0.009 0.005 0.002 0.047 0.347 0.373 0.025 0.001 0.001 0.035 0.155 139 K 0.005 0.004 0.001 0.056 0.275 0.426 0.031 0.001 0.001 0.038 0.162 140 A 0.017 0.009 0.007 0.046 0.198 0.330 0.068 0.001 0.004 0.067 0.253 141 L 0.047 0.005 0.009 0.051 0.135 0.214 0.075 0.011 0.007 0.076 0.370 142 S 0.461 0.005 0.002 0.016 0.023 0.047 0.053 0.008 0.002 0.085 0.298 143 A 0.067 0.002 0.001 0.019 0.011 0.030 0.067 0.002 0.001 0.045 0.755 144 R 0.008 0.001 0.001 0.007 0.007 0.013 0.065 0.001 0.001 0.010 0.888 145 K 0.006 0.001 0.001 0.005 0.050 0.035 0.110 0.002 0.001 0.017 0.775 146 P 0.006 0.001 0.001 0.005 0.014 0.009 0.108 0.001 0.001 0.010 0.845 147 R 0.041 0.010 0.001 0.006 0.022 0.017 0.133 0.015 0.001 0.021 0.733 148 P 0.185 0.256 0.002 0.006 0.003 0.004 0.077 0.013 0.001 0.021 0.434 149 G 0.139 0.505 0.003 0.007 0.004 0.006 0.040 0.009 0.001 0.016 0.271 150 E 0.050 0.685 0.003 0.007 0.006 0.011 0.024 0.005 0.001 0.010 0.199 151 L 0.059 0.674 0.003 0.005 0.020 0.023 0.027 0.007 0.001 0.023 0.158 152 A 0.081 0.586 0.012 0.008 0.025 0.024 0.034 0.008 0.005 0.048 0.169 153 Y 0.110 0.440 0.014 0.007 0.021 0.030 0.056 0.016 0.007 0.034 0.265 154 K 0.265 0.173 0.014 0.007 0.018 0.033 0.049 0.015 0.008 0.041 0.378 155 E 0.142 0.076 0.005 0.010 0.018 0.038 0.067 0.006 0.002 0.040 0.596 156 E 0.032 0.044 0.004 0.011 0.015 0.037 0.070 0.002 0.002 0.026 0.756 157 A 0.049 0.035 0.006 0.012 0.023 0.028 0.082 0.006 0.002 0.037 0.722