# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2131 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.122 0.047 0.017 0.019 0.024 0.120 0.057 0.595 2 S 0.174 0.097 0.013 0.011 0.014 0.087 0.172 0.433 3 D 0.034 0.130 0.013 0.009 0.011 0.104 0.062 0.638 4 D 0.065 0.524 0.011 0.006 0.008 0.058 0.033 0.296 5 L 0.158 0.572 0.008 0.004 0.005 0.038 0.053 0.164 6 T 0.045 0.187 0.018 0.004 0.005 0.041 0.543 0.157 7 D 0.050 0.547 0.011 0.004 0.004 0.035 0.200 0.150 8 A 0.127 0.465 0.030 0.005 0.007 0.057 0.065 0.244 9 Q 0.153 0.538 0.011 0.005 0.007 0.033 0.055 0.199 10 T 0.181 0.333 0.013 0.002 0.004 0.042 0.105 0.321 11 A 0.025 0.253 0.026 0.008 0.006 0.099 0.083 0.500 12 A 0.035 0.181 0.054 0.006 0.006 0.094 0.093 0.531 13 I 0.491 0.298 0.012 0.002 0.002 0.031 0.060 0.105 14 P 0.284 0.162 0.025 0.002 0.003 0.053 0.166 0.307 15 E 0.019 0.183 0.030 0.002 0.004 0.076 0.071 0.615 16 G 0.058 0.294 0.027 0.003 0.006 0.078 0.056 0.478 17 F 0.118 0.256 0.060 0.014 0.010 0.090 0.163 0.289 18 S 0.129 0.316 0.036 0.004 0.008 0.075 0.063 0.370 19 Q 0.107 0.128 0.069 0.008 0.012 0.080 0.206 0.390 20 L 0.047 0.090 0.073 0.019 0.021 0.127 0.133 0.490 21 N 0.127 0.086 0.062 0.015 0.024 0.103 0.112 0.470 22 W 0.070 0.120 0.025 0.010 0.014 0.122 0.035 0.604 23 S 0.067 0.139 0.034 0.008 0.015 0.096 0.076 0.566 24 R 0.069 0.168 0.030 0.015 0.017 0.126 0.078 0.497 25 G 0.097 0.178 0.056 0.018 0.023 0.105 0.140 0.381 26 F 0.197 0.133 0.058 0.021 0.025 0.080 0.179 0.307 27 G 0.234 0.080 0.037 0.017 0.031 0.073 0.102 0.425 28 R 0.053 0.020 0.031 0.021 0.027 0.100 0.056 0.692 29 Q 0.016 0.020 0.031 0.017 0.034 0.131 0.045 0.705 30 I 0.050 0.030 0.038 0.022 0.037 0.144 0.039 0.640 31 G 0.124 0.055 0.037 0.037 0.042 0.126 0.044 0.535 32 P 0.074 0.091 0.036 0.023 0.045 0.094 0.073 0.565 33 L 0.058 0.057 0.044 0.044 0.082 0.106 0.099 0.509 34 F 0.073 0.037 0.067 0.115 0.123 0.090 0.099 0.395 35 E 0.045 0.013 0.036 0.073 0.093 0.087 0.042 0.610 36 H 0.081 0.011 0.037 0.085 0.113 0.115 0.051 0.507 37 R 0.015 0.003 0.025 0.057 0.118 0.128 0.055 0.599 38 E 0.058 0.002 0.010 0.013 0.022 0.092 0.026 0.776 39 G 0.651 0.015 0.004 0.020 0.017 0.043 0.047 0.204 40 P 0.030 0.009 0.007 0.007 0.029 0.107 0.010 0.801 41 G 0.016 0.010 0.033 0.045 0.305 0.101 0.025 0.466 42 Q 0.006 0.007 0.040 0.277 0.386 0.047 0.038 0.199 43 A 0.003 0.006 0.060 0.331 0.416 0.023 0.021 0.139 44 R 0.004 0.003 0.062 0.355 0.464 0.011 0.025 0.076 45 L 0.007 0.003 0.057 0.430 0.372 0.015 0.021 0.095 46 A 0.009 0.006 0.083 0.253 0.430 0.023 0.019 0.177 47 F 0.016 0.011 0.041 0.286 0.327 0.046 0.017 0.256 48 R 0.011 0.014 0.053 0.204 0.255 0.072 0.042 0.350 49 V 0.041 0.023 0.029 0.072 0.090 0.094 0.058 0.593 50 E 0.364 0.043 0.017 0.060 0.044 0.050 0.232 0.189 51 E 0.069 0.027 0.016 0.023 0.032 0.106 0.116 0.613 52 H 0.047 0.017 0.026 0.021 0.046 0.127 0.059 0.658 53 H 0.074 0.012 0.023 0.032 0.047 0.155 0.055 0.602 54 T 0.042 0.008 0.021 0.017 0.032 0.141 0.054 0.686 55 N 0.114 0.012 0.027 0.018 0.032 0.180 0.063 0.553 56 G 0.084 0.016 0.021 0.018 0.027 0.163 0.060 0.612 57 L 0.022 0.014 0.034 0.015 0.031 0.152 0.036 0.697 58 G 0.023 0.039 0.133 0.043 0.103 0.141 0.120 0.399 59 N 0.027 0.153 0.127 0.058 0.072 0.114 0.079 0.371 60 C 0.055 0.396 0.103 0.047 0.043 0.067 0.044 0.245 61 H 0.025 0.786 0.024 0.013 0.021 0.020 0.035 0.077 62 G 0.014 0.854 0.012 0.005 0.016 0.013 0.040 0.046 63 G 0.006 0.293 0.023 0.014 0.021 0.016 0.597 0.031 64 M 0.003 0.811 0.007 0.011 0.011 0.005 0.140 0.011 65 L 0.008 0.926 0.004 0.002 0.005 0.003 0.042 0.009 66 M 0.008 0.739 0.017 0.014 0.010 0.006 0.187 0.018 67 S 0.008 0.853 0.008 0.004 0.005 0.007 0.096 0.020 68 F 0.020 0.933 0.003 0.001 0.001 0.003 0.027 0.013 69 A 0.017 0.670 0.003 0.001 0.001 0.006 0.278 0.023 70 D 0.008 0.752 0.002 0.001 0.001 0.007 0.194 0.037 71 M 0.005 0.924 0.001 0.001 0.001 0.005 0.045 0.019 72 A 0.005 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.007 73 W 0.012 0.942 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.012 74 G 0.007 0.488 0.011 0.001 0.001 0.008 0.458 0.026 75 R 0.009 0.814 0.015 0.002 0.002 0.010 0.131 0.018 76 I 0.079 0.675 0.055 0.004 0.006 0.022 0.111 0.048 77 I 0.121 0.355 0.090 0.015 0.015 0.058 0.138 0.208 78 S 0.049 0.047 0.111 0.018 0.020 0.059 0.250 0.447 79 L 0.084 0.021 0.033 0.015 0.016 0.106 0.115 0.610 80 Q 0.205 0.005 0.030 0.010 0.012 0.107 0.088 0.543 81 K 0.090 0.001 0.006 0.003 0.004 0.084 0.015 0.795 82 S 0.029 0.002 0.008 0.002 0.008 0.074 0.018 0.858 83 Y 0.006 0.002 0.034 0.012 0.027 0.151 0.028 0.740 84 S 0.007 0.004 0.236 0.082 0.193 0.092 0.097 0.289 85 W 0.003 0.004 0.192 0.106 0.124 0.041 0.061 0.470 86 V 0.002 0.003 0.467 0.230 0.192 0.017 0.029 0.060 87 T 0.004 0.005 0.396 0.130 0.195 0.018 0.088 0.164 88 V 0.008 0.007 0.275 0.334 0.249 0.018 0.036 0.073 89 R 0.015 0.008 0.254 0.121 0.221 0.038 0.065 0.279 90 L 0.008 0.010 0.138 0.260 0.232 0.066 0.053 0.233 91 M 0.018 0.015 0.163 0.108 0.200 0.075 0.075 0.345 92 C 0.041 0.018 0.075 0.145 0.167 0.070 0.134 0.351 93 D 0.033 0.015 0.132 0.180 0.215 0.068 0.112 0.246 94 F 0.042 0.014 0.073 0.093 0.182 0.075 0.095 0.426 95 L 0.030 0.006 0.080 0.133 0.157 0.073 0.040 0.480 96 S 0.079 0.005 0.043 0.122 0.146 0.093 0.049 0.462 97 G 0.012 0.002 0.030 0.047 0.091 0.114 0.038 0.666 98 A 0.023 0.001 0.041 0.041 0.069 0.149 0.031 0.644 99 K 0.388 0.005 0.029 0.036 0.031 0.084 0.081 0.346 100 L 0.069 0.007 0.013 0.018 0.033 0.112 0.022 0.727 101 G 0.013 0.004 0.026 0.013 0.071 0.083 0.019 0.770 102 D 0.017 0.009 0.064 0.239 0.416 0.065 0.045 0.145 103 W 0.004 0.006 0.101 0.163 0.315 0.040 0.035 0.336 104 V 0.002 0.005 0.076 0.394 0.458 0.010 0.010 0.046 105 E 0.003 0.005 0.112 0.267 0.497 0.015 0.027 0.074 106 G 0.004 0.012 0.061 0.432 0.406 0.012 0.019 0.055 107 E 0.009 0.021 0.054 0.269 0.526 0.016 0.025 0.080 108 G 0.008 0.012 0.042 0.300 0.418 0.024 0.081 0.115 109 E 0.004 0.007 0.028 0.447 0.438 0.010 0.029 0.037 110 L 0.012 0.007 0.025 0.275 0.462 0.022 0.058 0.139 111 I 0.019 0.003 0.044 0.329 0.330 0.035 0.055 0.184 112 S 0.169 0.004 0.016 0.110 0.162 0.046 0.044 0.450 113 E 0.095 0.003 0.006 0.021 0.036 0.052 0.020 0.767 114 E 0.019 0.003 0.022 0.046 0.185 0.123 0.028 0.575 115 D 0.005 0.001 0.024 0.078 0.259 0.077 0.048 0.508 116 M 0.002 0.001 0.041 0.329 0.443 0.026 0.036 0.122 117 L 0.001 0.001 0.071 0.316 0.441 0.015 0.025 0.132 118 F 0.001 0.001 0.083 0.370 0.500 0.006 0.009 0.031 119 T 0.001 0.001 0.153 0.286 0.457 0.008 0.024 0.069 120 V 0.003 0.001 0.070 0.490 0.368 0.010 0.013 0.044 121 R 0.003 0.002 0.079 0.264 0.519 0.017 0.024 0.091 122 G 0.002 0.001 0.038 0.376 0.469 0.014 0.018 0.082 123 R 0.001 0.001 0.058 0.423 0.460 0.007 0.014 0.037 124 I 0.003 0.001 0.041 0.363 0.405 0.018 0.029 0.141 125 W 0.102 0.001 0.074 0.258 0.260 0.030 0.061 0.214 126 A 0.175 0.001 0.018 0.043 0.064 0.063 0.029 0.607 127 G 0.016 0.001 0.007 0.009 0.030 0.058 0.006 0.872 128 E 0.006 0.001 0.024 0.038 0.176 0.120 0.016 0.619 129 R 0.001 0.001 0.063 0.201 0.375 0.053 0.044 0.262 130 T 0.001 0.001 0.070 0.424 0.414 0.007 0.025 0.058 131 L 0.001 0.001 0.101 0.383 0.335 0.010 0.047 0.121 132 I 0.001 0.001 0.173 0.391 0.379 0.006 0.018 0.031 133 T 0.009 0.007 0.139 0.261 0.444 0.012 0.059 0.070 134 G 0.011 0.021 0.105 0.296 0.393 0.028 0.030 0.116 135 T 0.007 0.016 0.064 0.155 0.584 0.026 0.021 0.126 136 G 0.004 0.008 0.033 0.292 0.552 0.016 0.024 0.070 137 V 0.004 0.007 0.050 0.330 0.535 0.011 0.016 0.047 138 F 0.003 0.004 0.039 0.390 0.453 0.012 0.018 0.081 139 K 0.003 0.006 0.060 0.433 0.373 0.021 0.018 0.087 140 A 0.010 0.008 0.096 0.291 0.327 0.035 0.039 0.195 141 L 0.113 0.019 0.056 0.171 0.150 0.059 0.059 0.372 142 S 0.538 0.020 0.016 0.041 0.039 0.034 0.064 0.249 143 A 0.053 0.006 0.008 0.014 0.022 0.079 0.027 0.790 144 R 0.037 0.004 0.008 0.013 0.025 0.076 0.018 0.820 145 K 0.054 0.005 0.008 0.020 0.023 0.113 0.034 0.744 146 P 0.024 0.006 0.009 0.014 0.018 0.129 0.015 0.786 147 R 0.048 0.019 0.011 0.012 0.018 0.107 0.020 0.766 148 P 0.088 0.077 0.009 0.009 0.009 0.091 0.023 0.694 149 G 0.138 0.381 0.013 0.010 0.011 0.057 0.041 0.349 150 E 0.067 0.590 0.010 0.006 0.009 0.044 0.030 0.244 151 L 0.066 0.671 0.015 0.008 0.009 0.032 0.048 0.151 152 A 0.054 0.604 0.023 0.018 0.016 0.037 0.077 0.172 153 Y 0.111 0.521 0.017 0.012 0.019 0.036 0.084 0.198 154 K 0.208 0.173 0.025 0.021 0.026 0.058 0.184 0.305 155 E 0.111 0.065 0.013 0.020 0.025 0.083 0.143 0.541 156 E 0.050 0.037 0.006 0.010 0.019 0.075 0.064 0.737 157 A 0.031 0.024 0.008 0.017 0.029 0.117 0.041 0.733