# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2131 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.013 0.014 0.021 0.015 0.020 0.035 0.005 0.001 0.002 0.785 2 S 0.035 0.003 0.006 0.014 0.008 0.013 0.073 0.002 0.001 0.003 0.844 3 D 0.020 0.001 0.006 0.009 0.002 0.004 0.041 0.001 0.001 0.002 0.915 4 D 0.036 0.001 0.001 0.012 0.004 0.005 0.277 0.001 0.001 0.004 0.660 5 L 0.187 0.005 0.004 0.015 0.003 0.004 0.144 0.001 0.001 0.013 0.625 6 T 0.029 0.021 0.001 0.018 0.003 0.006 0.304 0.001 0.001 0.005 0.612 7 D 0.071 0.035 0.001 0.013 0.005 0.007 0.341 0.001 0.001 0.015 0.512 8 A 0.195 0.214 0.002 0.011 0.006 0.011 0.218 0.003 0.001 0.013 0.327 9 Q 0.101 0.511 0.003 0.015 0.015 0.019 0.116 0.006 0.001 0.007 0.206 10 T 0.074 0.642 0.003 0.006 0.005 0.008 0.034 0.006 0.001 0.003 0.219 11 A 0.108 0.622 0.002 0.003 0.003 0.005 0.026 0.018 0.001 0.002 0.210 12 A 0.314 0.491 0.009 0.005 0.005 0.005 0.019 0.058 0.001 0.003 0.090 13 I 0.303 0.458 0.049 0.008 0.005 0.011 0.027 0.017 0.001 0.002 0.122 14 P 0.006 0.041 0.008 0.004 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.929 15 E 0.055 0.051 0.002 0.010 0.004 0.007 0.049 0.006 0.001 0.001 0.815 16 G 0.564 0.067 0.003 0.008 0.003 0.004 0.055 0.013 0.001 0.005 0.278 17 F 0.176 0.377 0.018 0.030 0.006 0.014 0.052 0.005 0.001 0.003 0.318 18 S 0.029 0.181 0.003 0.024 0.012 0.022 0.071 0.003 0.001 0.001 0.655 19 Q 0.180 0.284 0.001 0.020 0.015 0.019 0.046 0.008 0.001 0.004 0.422 20 L 0.244 0.452 0.006 0.012 0.013 0.018 0.050 0.012 0.001 0.004 0.190 21 N 0.123 0.434 0.016 0.027 0.033 0.040 0.079 0.022 0.001 0.005 0.221 22 W 0.149 0.326 0.020 0.030 0.030 0.053 0.054 0.015 0.001 0.006 0.318 23 S 0.140 0.189 0.015 0.034 0.032 0.050 0.084 0.023 0.001 0.005 0.428 24 R 0.088 0.069 0.019 0.026 0.011 0.018 0.078 0.009 0.001 0.005 0.678 25 G 0.037 0.025 0.012 0.014 0.008 0.010 0.109 0.002 0.001 0.004 0.780 26 F 0.093 0.052 0.008 0.022 0.017 0.030 0.257 0.002 0.001 0.012 0.508 27 G 0.097 0.150 0.003 0.040 0.035 0.052 0.152 0.003 0.001 0.006 0.462 28 R 0.128 0.231 0.002 0.017 0.026 0.028 0.072 0.004 0.001 0.005 0.487 29 Q 0.239 0.286 0.005 0.010 0.019 0.037 0.053 0.007 0.001 0.008 0.337 30 I 0.245 0.210 0.014 0.023 0.040 0.077 0.050 0.024 0.001 0.008 0.309 31 G 0.115 0.047 0.014 0.017 0.042 0.043 0.051 0.015 0.001 0.005 0.651 32 P 0.021 0.003 0.014 0.011 0.009 0.014 0.012 0.001 0.001 0.001 0.914 33 L 0.044 0.003 0.010 0.048 0.039 0.071 0.079 0.002 0.001 0.004 0.700 34 F 0.103 0.005 0.008 0.124 0.082 0.109 0.066 0.001 0.001 0.007 0.495 35 E 0.019 0.006 0.002 0.108 0.073 0.107 0.052 0.001 0.001 0.002 0.631 36 H 0.027 0.005 0.001 0.216 0.160 0.230 0.060 0.001 0.001 0.003 0.297 37 R 0.023 0.004 0.001 0.101 0.079 0.158 0.048 0.001 0.001 0.003 0.583 38 E 0.020 0.005 0.002 0.119 0.114 0.227 0.087 0.002 0.001 0.005 0.419 39 G 0.039 0.003 0.001 0.039 0.085 0.110 0.150 0.001 0.001 0.006 0.565 40 P 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.974 41 G 0.020 0.001 0.001 0.014 0.023 0.039 0.243 0.001 0.001 0.012 0.649 42 Q 0.637 0.002 0.003 0.012 0.013 0.017 0.065 0.001 0.001 0.030 0.221 43 A 0.067 0.021 0.004 0.067 0.109 0.114 0.124 0.001 0.001 0.004 0.490 44 R 0.015 0.007 0.002 0.124 0.184 0.392 0.068 0.001 0.001 0.003 0.204 45 L 0.013 0.012 0.001 0.138 0.212 0.368 0.032 0.001 0.001 0.002 0.223 46 A 0.009 0.012 0.001 0.085 0.232 0.390 0.035 0.001 0.001 0.002 0.233 47 F 0.011 0.008 0.002 0.055 0.183 0.363 0.043 0.001 0.001 0.003 0.331 48 R 0.017 0.009 0.002 0.095 0.139 0.251 0.057 0.001 0.001 0.004 0.423 49 V 0.016 0.008 0.004 0.064 0.101 0.238 0.071 0.001 0.001 0.005 0.494 50 E 0.024 0.012 0.002 0.058 0.106 0.202 0.101 0.001 0.001 0.004 0.490 51 E 0.015 0.008 0.001 0.015 0.029 0.047 0.035 0.001 0.001 0.002 0.846 52 H 0.060 0.022 0.001 0.019 0.067 0.099 0.135 0.002 0.001 0.006 0.588 53 H 0.266 0.035 0.002 0.014 0.045 0.050 0.117 0.005 0.001 0.013 0.452 54 T 0.244 0.099 0.010 0.023 0.045 0.060 0.110 0.005 0.001 0.010 0.392 55 N 0.061 0.039 0.005 0.016 0.042 0.054 0.169 0.004 0.001 0.006 0.603 56 G 0.081 0.012 0.006 0.011 0.017 0.023 0.071 0.003 0.001 0.009 0.768 57 L 0.109 0.007 0.013 0.016 0.016 0.024 0.181 0.002 0.001 0.013 0.618 58 G 0.073 0.004 0.011 0.029 0.023 0.024 0.175 0.001 0.001 0.011 0.649 59 N 0.065 0.009 0.007 0.057 0.029 0.050 0.239 0.001 0.001 0.009 0.534 60 C 0.030 0.024 0.004 0.149 0.070 0.134 0.170 0.001 0.001 0.006 0.411 61 H 0.025 0.056 0.002 0.137 0.055 0.133 0.172 0.001 0.001 0.005 0.413 62 G 0.041 0.053 0.002 0.063 0.021 0.048 0.088 0.002 0.001 0.006 0.676 63 G 0.052 0.164 0.004 0.033 0.009 0.023 0.231 0.001 0.001 0.010 0.473 64 M 0.017 0.320 0.003 0.018 0.010 0.013 0.207 0.001 0.001 0.003 0.408 65 L 0.003 0.805 0.001 0.007 0.003 0.006 0.053 0.001 0.001 0.001 0.123 66 M 0.009 0.874 0.001 0.002 0.002 0.002 0.021 0.005 0.001 0.001 0.083 67 S 0.014 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.020 68 F 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.029 69 A 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 70 D 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 71 M 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 72 A 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 73 W 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 74 G 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 75 R 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 76 I 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 77 I 0.005 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.005 78 S 0.016 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.007 79 L 0.092 0.811 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.039 80 Q 0.195 0.591 0.055 0.004 0.005 0.005 0.006 0.070 0.001 0.001 0.068 81 K 0.067 0.179 0.110 0.010 0.013 0.014 0.034 0.059 0.001 0.003 0.512 82 S 0.070 0.039 0.027 0.019 0.012 0.014 0.055 0.026 0.001 0.004 0.734 83 Y 0.224 0.016 0.027 0.020 0.010 0.012 0.078 0.007 0.001 0.016 0.591 84 S 0.188 0.009 0.025 0.051 0.023 0.020 0.142 0.003 0.001 0.012 0.528 85 W 0.062 0.005 0.028 0.114 0.065 0.086 0.105 0.001 0.001 0.009 0.526 86 V 0.009 0.002 0.002 0.351 0.237 0.266 0.059 0.001 0.001 0.002 0.071 87 T 0.004 0.003 0.001 0.232 0.176 0.299 0.043 0.001 0.001 0.002 0.240 88 V 0.001 0.001 0.001 0.336 0.280 0.340 0.013 0.001 0.001 0.001 0.028 89 R 0.003 0.003 0.001 0.207 0.142 0.300 0.057 0.001 0.001 0.003 0.284 90 L 0.006 0.003 0.001 0.283 0.255 0.355 0.028 0.001 0.001 0.003 0.066 91 M 0.008 0.003 0.001 0.140 0.147 0.261 0.116 0.001 0.001 0.006 0.317 92 C 0.016 0.003 0.003 0.141 0.163 0.228 0.062 0.001 0.001 0.008 0.375 93 D 0.013 0.004 0.002 0.114 0.140 0.204 0.151 0.001 0.001 0.006 0.365 94 F 0.035 0.008 0.003 0.050 0.075 0.129 0.107 0.001 0.001 0.011 0.579 95 L 0.060 0.019 0.004 0.104 0.144 0.259 0.126 0.002 0.001 0.013 0.269 96 S 0.069 0.015 0.004 0.050 0.106 0.139 0.161 0.002 0.001 0.009 0.445 97 G 0.036 0.007 0.004 0.024 0.038 0.053 0.037 0.001 0.001 0.004 0.797 98 A 0.055 0.009 0.005 0.059 0.147 0.254 0.116 0.002 0.001 0.009 0.343 99 K 0.059 0.008 0.003 0.031 0.111 0.130 0.162 0.002 0.001 0.008 0.485 100 L 0.018 0.004 0.002 0.019 0.033 0.050 0.043 0.001 0.001 0.004 0.827 101 G 0.037 0.003 0.002 0.027 0.054 0.086 0.240 0.001 0.001 0.016 0.534 102 D 0.259 0.003 0.006 0.037 0.039 0.036 0.129 0.001 0.001 0.034 0.456 103 W 0.086 0.005 0.016 0.098 0.088 0.117 0.159 0.001 0.001 0.015 0.415 104 V 0.011 0.001 0.003 0.265 0.308 0.270 0.060 0.001 0.001 0.003 0.078 105 E 0.003 0.002 0.001 0.278 0.180 0.345 0.048 0.001 0.001 0.001 0.142 106 G 0.001 0.001 0.001 0.234 0.294 0.420 0.013 0.001 0.001 0.001 0.036 107 E 0.002 0.002 0.001 0.196 0.217 0.406 0.035 0.001 0.001 0.002 0.141 108 G 0.003 0.001 0.001 0.154 0.237 0.417 0.026 0.001 0.001 0.003 0.158 109 E 0.004 0.002 0.001 0.171 0.249 0.370 0.057 0.001 0.001 0.004 0.142 110 L 0.012 0.003 0.001 0.083 0.223 0.311 0.043 0.001 0.001 0.006 0.317 111 I 0.007 0.003 0.001 0.092 0.300 0.424 0.041 0.001 0.001 0.003 0.128 112 S 0.012 0.004 0.001 0.047 0.274 0.351 0.064 0.001 0.001 0.004 0.242 113 E 0.012 0.005 0.001 0.030 0.135 0.165 0.074 0.001 0.001 0.005 0.572 114 E 0.031 0.006 0.001 0.031 0.110 0.178 0.241 0.001 0.001 0.020 0.380 115 D 0.174 0.007 0.004 0.018 0.052 0.058 0.224 0.002 0.001 0.059 0.402 116 M 0.186 0.010 0.011 0.062 0.121 0.089 0.206 0.002 0.001 0.029 0.283 117 L 0.056 0.004 0.017 0.073 0.153 0.189 0.165 0.001 0.001 0.016 0.326 118 F 0.004 0.001 0.003 0.173 0.406 0.330 0.035 0.001 0.001 0.001 0.047 119 T 0.001 0.001 0.001 0.111 0.196 0.462 0.038 0.001 0.001 0.001 0.190 120 V 0.001 0.001 0.001 0.138 0.377 0.464 0.005 0.001 0.001 0.001 0.014 121 R 0.001 0.001 0.001 0.201 0.207 0.369 0.034 0.001 0.001 0.001 0.187 122 G 0.001 0.001 0.001 0.217 0.289 0.378 0.015 0.001 0.001 0.002 0.097 123 R 0.001 0.001 0.001 0.205 0.275 0.374 0.029 0.001 0.001 0.002 0.114 124 I 0.002 0.001 0.001 0.120 0.229 0.371 0.034 0.001 0.001 0.003 0.239 125 W 0.004 0.001 0.001 0.124 0.310 0.376 0.059 0.001 0.001 0.003 0.123 126 A 0.004 0.001 0.001 0.019 0.049 0.080 0.069 0.001 0.001 0.003 0.774 127 G 0.014 0.001 0.001 0.014 0.028 0.051 0.170 0.001 0.001 0.014 0.706 128 E 0.384 0.002 0.004 0.013 0.016 0.023 0.140 0.001 0.001 0.085 0.333 129 R 0.147 0.006 0.014 0.027 0.057 0.040 0.220 0.001 0.001 0.019 0.468 130 T 0.017 0.004 0.005 0.079 0.166 0.206 0.141 0.001 0.001 0.004 0.379 131 L 0.008 0.005 0.001 0.120 0.224 0.467 0.042 0.001 0.001 0.002 0.131 132 I 0.003 0.007 0.001 0.121 0.318 0.439 0.031 0.001 0.001 0.001 0.079 133 T 0.003 0.012 0.001 0.056 0.254 0.458 0.039 0.001 0.001 0.001 0.177 134 G 0.007 0.017 0.001 0.152 0.264 0.458 0.028 0.001 0.001 0.003 0.070 135 T 0.013 0.028 0.002 0.105 0.155 0.364 0.085 0.002 0.001 0.010 0.235 136 G 0.015 0.016 0.004 0.153 0.286 0.388 0.035 0.002 0.001 0.009 0.091 137 V 0.015 0.029 0.010 0.139 0.253 0.417 0.038 0.001 0.001 0.005 0.091 138 F 0.004 0.024 0.003 0.159 0.353 0.391 0.013 0.001 0.001 0.001 0.052 139 K 0.003 0.023 0.001 0.159 0.306 0.430 0.015 0.001 0.001 0.001 0.061 140 A 0.008 0.032 0.002 0.145 0.247 0.436 0.024 0.002 0.001 0.002 0.102 141 L 0.008 0.032 0.002 0.202 0.225 0.403 0.042 0.002 0.001 0.002 0.082 142 S 0.018 0.022 0.002 0.109 0.156 0.252 0.136 0.004 0.001 0.005 0.295 143 A 0.019 0.009 0.004 0.041 0.029 0.050 0.084 0.002 0.001 0.005 0.757 144 R 0.112 0.010 0.004 0.037 0.024 0.039 0.285 0.007 0.001 0.021 0.462 145 K 0.501 0.007 0.011 0.009 0.005 0.007 0.115 0.003 0.001 0.013 0.329 146 P 0.022 0.002 0.009 0.009 0.002 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.936 147 R 0.026 0.001 0.002 0.016 0.008 0.015 0.093 0.001 0.001 0.001 0.838 148 P 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.975 149 G 0.005 0.001 0.001 0.009 0.002 0.006 0.039 0.001 0.001 0.001 0.938 150 E 0.100 0.002 0.001 0.014 0.003 0.008 0.104 0.001 0.001 0.004 0.766 151 L 0.170 0.039 0.001 0.040 0.006 0.012 0.112 0.001 0.001 0.003 0.617 152 A 0.154 0.105 0.001 0.030 0.008 0.014 0.115 0.001 0.001 0.004 0.568 153 Y 0.134 0.209 0.002 0.017 0.008 0.017 0.106 0.002 0.001 0.004 0.501 154 K 0.093 0.346 0.003 0.010 0.009 0.018 0.047 0.003 0.001 0.002 0.468 155 E 0.092 0.449 0.003 0.007 0.011 0.018 0.053 0.008 0.001 0.003 0.356 156 E 0.151 0.525 0.006 0.005 0.010 0.018 0.034 0.011 0.001 0.003 0.237 157 A 0.118 0.558 0.007 0.005 0.010 0.013 0.026 0.016 0.001 0.002 0.245