# TARGET T0322 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2131 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.014 0.087 0.025 0.057 0.127 0.008 0.594 2 S 0.018 0.007 0.027 0.009 0.020 0.075 0.003 0.841 3 D 0.032 0.008 0.016 0.005 0.011 0.078 0.004 0.846 4 D 0.121 0.015 0.010 0.004 0.007 0.280 0.009 0.555 5 L 0.151 0.048 0.031 0.006 0.015 0.128 0.008 0.613 6 T 0.029 0.049 0.011 0.004 0.012 0.534 0.004 0.357 7 D 0.065 0.107 0.006 0.003 0.008 0.355 0.005 0.450 8 A 0.049 0.737 0.004 0.003 0.005 0.041 0.003 0.158 9 Q 0.052 0.759 0.007 0.004 0.009 0.048 0.009 0.113 10 T 0.072 0.760 0.008 0.005 0.008 0.019 0.014 0.113 11 A 0.155 0.659 0.009 0.005 0.008 0.016 0.024 0.124 12 A 0.252 0.532 0.018 0.007 0.010 0.023 0.056 0.103 13 I 0.329 0.349 0.044 0.021 0.027 0.031 0.033 0.166 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 E 0.013 0.043 0.015 0.014 0.034 0.168 0.006 0.706 16 G 0.424 0.087 0.014 0.004 0.005 0.063 0.025 0.378 17 F 0.314 0.275 0.042 0.010 0.024 0.052 0.011 0.273 18 S 0.068 0.207 0.032 0.011 0.020 0.092 0.009 0.562 19 Q 0.160 0.241 0.024 0.008 0.015 0.070 0.018 0.463 20 L 0.325 0.415 0.026 0.012 0.019 0.050 0.025 0.129 21 N 0.244 0.306 0.045 0.027 0.034 0.072 0.048 0.224 22 W 0.139 0.214 0.098 0.025 0.037 0.041 0.025 0.420 23 S 0.148 0.147 0.053 0.024 0.043 0.164 0.034 0.386 24 R 0.162 0.120 0.083 0.024 0.031 0.075 0.030 0.476 25 G 0.036 0.065 0.037 0.012 0.017 0.086 0.013 0.734 26 F 0.169 0.050 0.084 0.022 0.051 0.172 0.018 0.435 27 G 0.128 0.103 0.056 0.033 0.048 0.140 0.015 0.478 28 R 0.132 0.127 0.077 0.052 0.073 0.120 0.023 0.396 29 Q 0.166 0.111 0.062 0.038 0.055 0.093 0.022 0.453 30 I 0.151 0.139 0.093 0.060 0.117 0.076 0.030 0.334 31 G 0.059 0.061 0.052 0.066 0.082 0.075 0.019 0.585 32 P 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.007 0.001 0.979 33 L 0.088 0.028 0.038 0.063 0.115 0.117 0.015 0.536 34 F 0.216 0.029 0.047 0.093 0.123 0.118 0.018 0.356 35 E 0.032 0.022 0.033 0.081 0.102 0.053 0.004 0.672 36 H 0.057 0.036 0.047 0.179 0.222 0.071 0.006 0.383 37 R 0.081 0.024 0.019 0.108 0.145 0.081 0.011 0.531 38 E 0.071 0.025 0.044 0.156 0.255 0.049 0.028 0.372 39 G 0.050 0.008 0.019 0.075 0.112 0.113 0.013 0.609 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 41 G 0.030 0.004 0.025 0.142 0.110 0.138 0.029 0.522 42 Q 0.779 0.001 0.012 0.015 0.043 0.075 0.004 0.071 43 A 0.026 0.001 0.054 0.354 0.253 0.038 0.001 0.272 44 R 0.010 0.001 0.041 0.348 0.555 0.015 0.001 0.031 45 L 0.004 0.001 0.060 0.379 0.488 0.010 0.001 0.058 46 A 0.001 0.001 0.029 0.268 0.650 0.009 0.001 0.043 47 F 0.003 0.001 0.035 0.357 0.544 0.013 0.001 0.047 48 R 0.006 0.001 0.036 0.191 0.320 0.032 0.002 0.412 49 V 0.012 0.002 0.050 0.133 0.347 0.053 0.002 0.400 50 E 0.017 0.007 0.031 0.116 0.303 0.157 0.003 0.366 51 E 0.015 0.009 0.012 0.023 0.065 0.055 0.004 0.817 52 H 0.051 0.049 0.018 0.028 0.042 0.130 0.012 0.669 53 H 0.429 0.043 0.021 0.020 0.023 0.098 0.036 0.330 54 T 0.225 0.130 0.120 0.057 0.050 0.085 0.032 0.302 55 N 0.100 0.082 0.109 0.053 0.090 0.095 0.031 0.439 56 G 0.090 0.051 0.108 0.024 0.042 0.140 0.018 0.526 57 L 0.064 0.053 0.076 0.020 0.038 0.223 0.012 0.515 58 G 0.100 0.073 0.091 0.028 0.033 0.146 0.022 0.507 59 N 0.120 0.049 0.078 0.015 0.020 0.169 0.018 0.531 60 C 0.054 0.097 0.170 0.030 0.036 0.145 0.011 0.457 61 H 0.022 0.118 0.042 0.019 0.032 0.175 0.006 0.587 62 G 0.039 0.165 0.041 0.012 0.027 0.151 0.010 0.556 63 G 0.042 0.354 0.031 0.010 0.012 0.141 0.006 0.404 64 M 0.026 0.649 0.019 0.013 0.015 0.100 0.006 0.173 65 L 0.011 0.873 0.009 0.006 0.013 0.023 0.002 0.063 66 M 0.002 0.981 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.008 67 S 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 68 F 0.018 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 69 A 0.027 0.943 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.018 70 D 0.026 0.932 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.029 71 M 0.027 0.921 0.004 0.001 0.001 0.003 0.010 0.033 72 A 0.023 0.916 0.003 0.001 0.001 0.006 0.008 0.042 73 W 0.015 0.898 0.009 0.001 0.002 0.007 0.006 0.063 74 G 0.009 0.925 0.005 0.001 0.001 0.006 0.003 0.049 75 R 0.004 0.968 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 76 I 0.003 0.977 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 77 I 0.008 0.966 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.012 78 S 0.016 0.961 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.011 79 L 0.112 0.794 0.009 0.005 0.004 0.003 0.038 0.035 80 Q 0.268 0.524 0.023 0.013 0.010 0.009 0.081 0.073 81 K 0.177 0.256 0.092 0.040 0.035 0.035 0.087 0.278 82 S 0.081 0.086 0.075 0.033 0.039 0.075 0.070 0.541 83 Y 0.132 0.023 0.093 0.029 0.025 0.080 0.046 0.573 84 S 0.074 0.007 0.170 0.049 0.037 0.133 0.019 0.511 85 W 0.013 0.002 0.136 0.048 0.053 0.052 0.004 0.692 86 V 0.010 0.001 0.483 0.208 0.194 0.027 0.002 0.074 87 T 0.003 0.001 0.144 0.119 0.150 0.030 0.001 0.553 88 V 0.001 0.001 0.416 0.214 0.314 0.010 0.001 0.044 89 R 0.004 0.001 0.238 0.179 0.278 0.059 0.002 0.240 90 L 0.011 0.001 0.281 0.178 0.338 0.060 0.004 0.128 91 M 0.020 0.003 0.189 0.202 0.304 0.094 0.003 0.184 92 C 0.014 0.003 0.121 0.143 0.298 0.064 0.004 0.355 93 D 0.010 0.006 0.106 0.279 0.305 0.052 0.004 0.238 94 F 0.036 0.006 0.066 0.106 0.279 0.075 0.012 0.419 95 L 0.066 0.020 0.114 0.153 0.298 0.117 0.010 0.223 96 S 0.048 0.019 0.092 0.246 0.259 0.090 0.013 0.234 97 G 0.004 0.002 0.004 0.006 0.010 0.008 0.001 0.964 98 A 0.097 0.009 0.154 0.121 0.167 0.087 0.024 0.341 99 K 0.057 0.007 0.044 0.081 0.073 0.199 0.013 0.526 100 L 0.015 0.006 0.036 0.048 0.109 0.045 0.007 0.734 101 G 0.031 0.008 0.088 0.141 0.170 0.116 0.028 0.418 102 D 0.222 0.001 0.039 0.056 0.054 0.158 0.031 0.438 103 W 0.026 0.001 0.050 0.089 0.075 0.078 0.006 0.675 104 V 0.033 0.001 0.034 0.349 0.547 0.027 0.001 0.008 105 E 0.011 0.001 0.031 0.334 0.519 0.019 0.001 0.085 106 G 0.001 0.001 0.021 0.537 0.436 0.001 0.001 0.003 107 E 0.001 0.001 0.018 0.298 0.628 0.006 0.001 0.048 108 G 0.001 0.001 0.013 0.400 0.575 0.002 0.001 0.010 109 E 0.001 0.001 0.018 0.300 0.656 0.006 0.001 0.020 110 L 0.001 0.001 0.013 0.299 0.614 0.009 0.001 0.064 111 I 0.001 0.001 0.029 0.282 0.649 0.010 0.001 0.029 112 S 0.002 0.001 0.014 0.333 0.503 0.029 0.001 0.117 113 E 0.010 0.001 0.021 0.143 0.432 0.050 0.004 0.339 114 E 0.027 0.002 0.014 0.097 0.179 0.202 0.015 0.464 115 D 0.115 0.004 0.013 0.087 0.075 0.183 0.048 0.476 116 M 0.248 0.004 0.031 0.140 0.170 0.201 0.025 0.182 117 L 0.085 0.002 0.026 0.206 0.382 0.113 0.006 0.182 118 F 0.009 0.001 0.025 0.499 0.433 0.011 0.001 0.021 119 T 0.003 0.001 0.022 0.335 0.412 0.013 0.001 0.213 120 V 0.001 0.001 0.031 0.427 0.524 0.004 0.001 0.013 121 R 0.001 0.001 0.015 0.297 0.630 0.008 0.001 0.049 122 G 0.001 0.001 0.014 0.333 0.633 0.004 0.001 0.016 123 R 0.001 0.001 0.036 0.388 0.546 0.007 0.001 0.023 124 I 0.001 0.001 0.019 0.372 0.481 0.013 0.001 0.113 125 W 0.001 0.001 0.033 0.322 0.598 0.012 0.001 0.033 126 A 0.005 0.001 0.023 0.235 0.430 0.054 0.003 0.250 127 G 0.017 0.001 0.020 0.080 0.172 0.106 0.017 0.586 128 E 0.114 0.001 0.015 0.053 0.048 0.208 0.052 0.509 129 R 0.174 0.001 0.024 0.054 0.059 0.293 0.017 0.377 130 T 0.021 0.001 0.037 0.232 0.232 0.123 0.004 0.351 131 L 0.010 0.001 0.035 0.300 0.560 0.037 0.001 0.057 132 I 0.006 0.001 0.039 0.372 0.548 0.013 0.001 0.021 133 T 0.002 0.001 0.023 0.395 0.531 0.011 0.001 0.037 134 G 0.001 0.001 0.026 0.405 0.538 0.007 0.001 0.022 135 T 0.002 0.001 0.032 0.289 0.580 0.027 0.001 0.068 136 G 0.003 0.001 0.024 0.357 0.549 0.024 0.001 0.042 137 V 0.011 0.001 0.038 0.212 0.656 0.035 0.001 0.045 138 F 0.003 0.002 0.027 0.464 0.451 0.014 0.001 0.038 139 K 0.006 0.004 0.036 0.304 0.550 0.019 0.002 0.080 140 A 0.005 0.008 0.046 0.382 0.467 0.017 0.002 0.073 141 L 0.015 0.014 0.039 0.265 0.488 0.032 0.003 0.145 142 S 0.013 0.020 0.024 0.179 0.365 0.053 0.006 0.339 143 A 0.046 0.016 0.015 0.029 0.097 0.073 0.012 0.713 144 R 0.137 0.024 0.008 0.015 0.024 0.310 0.043 0.439 145 K 0.415 0.023 0.009 0.014 0.013 0.102 0.044 0.379 146 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 147 R 0.012 0.004 0.011 0.010 0.022 0.084 0.003 0.853 148 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 149 G 0.004 0.001 0.003 0.003 0.007 0.025 0.001 0.957 150 E 0.148 0.008 0.014 0.007 0.013 0.138 0.004 0.668 151 L 0.096 0.050 0.016 0.010 0.015 0.091 0.003 0.719 152 A 0.081 0.149 0.017 0.018 0.043 0.158 0.004 0.529 153 Y 0.085 0.310 0.014 0.014 0.032 0.119 0.006 0.419 154 K 0.081 0.512 0.007 0.009 0.025 0.080 0.009 0.277 155 E 0.077 0.698 0.005 0.007 0.011 0.029 0.012 0.162 156 E 0.115 0.673 0.005 0.007 0.009 0.024 0.023 0.145 157 A 0.112 0.621 0.013 0.010 0.014 0.018 0.023 0.188