# TARGET T0322 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2131 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.993 2 S 0.010 0.015 0.004 0.020 0.005 0.027 0.919 3 D 0.011 0.010 0.010 0.062 0.185 0.062 0.659 4 D 0.012 0.010 0.020 0.097 0.084 0.077 0.699 5 L 0.005 0.002 0.053 0.668 0.039 0.059 0.174 6 T 0.004 0.001 0.051 0.761 0.023 0.050 0.109 7 D 0.004 0.004 0.055 0.788 0.031 0.037 0.083 8 A 0.002 0.004 0.039 0.871 0.010 0.027 0.047 9 Q 0.004 0.002 0.047 0.831 0.016 0.043 0.057 10 T 0.003 0.001 0.075 0.799 0.012 0.081 0.029 11 A 0.005 0.002 0.064 0.714 0.029 0.152 0.035 12 A 0.006 0.006 0.067 0.607 0.041 0.203 0.070 13 I 0.014 0.011 0.020 0.284 0.242 0.053 0.376 14 P 0.010 0.006 0.092 0.393 0.043 0.168 0.287 15 E 0.006 0.005 0.102 0.391 0.062 0.367 0.067 16 G 0.008 0.009 0.106 0.358 0.062 0.317 0.140 17 F 0.013 0.010 0.128 0.336 0.082 0.078 0.354 18 S 0.010 0.004 0.219 0.377 0.039 0.169 0.182 19 Q 0.013 0.006 0.275 0.388 0.042 0.200 0.076 20 L 0.019 0.015 0.195 0.448 0.047 0.161 0.115 21 N 0.021 0.015 0.090 0.439 0.050 0.208 0.177 22 W 0.020 0.007 0.062 0.365 0.075 0.239 0.231 23 S 0.025 0.005 0.044 0.299 0.128 0.186 0.313 24 R 0.016 0.003 0.040 0.337 0.210 0.177 0.217 25 G 0.021 0.014 0.051 0.369 0.125 0.181 0.238 26 F 0.030 0.016 0.097 0.527 0.046 0.122 0.164 27 G 0.052 0.015 0.135 0.490 0.051 0.103 0.155 28 R 0.059 0.009 0.187 0.452 0.053 0.132 0.108 29 Q 0.053 0.009 0.169 0.414 0.067 0.190 0.098 30 I 0.089 0.016 0.080 0.240 0.118 0.201 0.256 31 G 0.071 0.005 0.032 0.046 0.121 0.117 0.607 32 P 0.233 0.011 0.046 0.038 0.091 0.129 0.453 33 L 0.469 0.016 0.028 0.026 0.059 0.048 0.355 34 F 0.720 0.028 0.015 0.015 0.033 0.021 0.168 35 E 0.841 0.007 0.007 0.014 0.017 0.007 0.106 36 H 0.851 0.006 0.006 0.016 0.030 0.006 0.085 37 R 0.792 0.007 0.006 0.010 0.032 0.010 0.142 38 E 0.567 0.016 0.007 0.009 0.113 0.070 0.218 39 G 0.308 0.011 0.005 0.001 0.174 0.079 0.421 40 P 0.026 0.001 0.009 0.001 0.216 0.686 0.062 41 G 0.141 0.001 0.011 0.001 0.284 0.473 0.089 42 Q 0.866 0.008 0.003 0.001 0.020 0.006 0.098 43 A 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 44 R 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 45 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 46 A 0.952 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.038 47 F 0.916 0.002 0.001 0.001 0.013 0.002 0.066 48 R 0.783 0.006 0.001 0.001 0.026 0.007 0.178 49 V 0.386 0.021 0.001 0.001 0.072 0.012 0.506 50 E 0.164 0.013 0.003 0.002 0.068 0.015 0.736 51 E 0.020 0.003 0.246 0.087 0.069 0.520 0.055 52 H 0.019 0.003 0.308 0.073 0.066 0.480 0.051 53 H 0.064 0.032 0.353 0.063 0.111 0.159 0.218 54 T 0.116 0.155 0.084 0.051 0.133 0.188 0.272 55 N 0.056 0.021 0.085 0.029 0.182 0.309 0.318 56 G 0.032 0.018 0.092 0.037 0.201 0.393 0.228 57 L 0.018 0.014 0.100 0.043 0.195 0.441 0.190 58 G 0.032 0.011 0.054 0.056 0.271 0.370 0.205 59 N 0.087 0.033 0.031 0.140 0.186 0.134 0.390 60 C 0.148 0.080 0.011 0.220 0.129 0.043 0.368 61 H 0.113 0.021 0.007 0.495 0.086 0.040 0.239 62 G 0.026 0.002 0.004 0.878 0.029 0.016 0.046 63 G 0.006 0.001 0.001 0.979 0.004 0.003 0.007 64 M 0.003 0.001 0.001 0.991 0.001 0.002 0.002 65 L 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.001 66 M 0.002 0.001 0.003 0.986 0.001 0.006 0.001 67 S 0.001 0.001 0.004 0.966 0.002 0.025 0.003 68 F 0.001 0.001 0.004 0.942 0.002 0.049 0.003 69 A 0.001 0.001 0.004 0.974 0.003 0.015 0.004 70 D 0.001 0.001 0.004 0.982 0.002 0.007 0.003 71 M 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.009 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.013 0.001 73 W 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 74 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 75 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 76 I 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 77 I 0.002 0.001 0.003 0.972 0.001 0.019 0.002 78 S 0.005 0.001 0.009 0.919 0.005 0.054 0.008 79 L 0.006 0.001 0.019 0.814 0.008 0.134 0.017 80 Q 0.009 0.003 0.036 0.631 0.054 0.180 0.088 81 K 0.011 0.003 0.063 0.179 0.135 0.511 0.098 82 S 0.016 0.002 0.038 0.031 0.148 0.601 0.164 83 Y 0.054 0.004 0.012 0.007 0.241 0.073 0.609 84 S 0.203 0.010 0.005 0.002 0.148 0.043 0.589 85 W 0.765 0.011 0.002 0.001 0.036 0.012 0.173 86 V 0.912 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.074 87 T 0.971 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 88 V 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 89 R 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 90 L 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 91 M 0.890 0.002 0.001 0.002 0.011 0.011 0.083 92 C 0.830 0.002 0.002 0.002 0.013 0.009 0.142 93 D 0.887 0.009 0.003 0.002 0.020 0.009 0.070 94 F 0.809 0.010 0.009 0.004 0.021 0.024 0.123 95 L 0.482 0.018 0.044 0.012 0.142 0.060 0.241 96 S 0.228 0.006 0.032 0.008 0.347 0.128 0.251 97 G 0.135 0.014 0.018 0.003 0.213 0.153 0.465 98 A 0.063 0.046 0.002 0.001 0.147 0.009 0.733 99 K 0.060 0.009 0.002 0.001 0.047 0.011 0.870 100 L 0.018 0.008 0.049 0.005 0.156 0.713 0.051 101 G 0.025 0.001 0.039 0.001 0.130 0.700 0.104 102 D 0.099 0.003 0.010 0.001 0.319 0.022 0.546 103 W 0.665 0.006 0.001 0.001 0.032 0.004 0.291 104 V 0.960 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.032 105 E 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 106 G 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 107 E 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 108 G 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 109 E 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 110 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 111 I 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.020 112 S 0.886 0.003 0.001 0.001 0.009 0.019 0.081 113 E 0.251 0.002 0.020 0.001 0.109 0.555 0.062 114 E 0.051 0.002 0.008 0.001 0.110 0.810 0.019 115 D 0.089 0.001 0.005 0.001 0.483 0.311 0.111 116 M 0.484 0.006 0.001 0.001 0.186 0.020 0.303 117 L 0.928 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.055 118 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 119 T 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 120 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 121 R 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 122 G 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 123 R 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 124 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 125 W 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.024 126 A 0.811 0.002 0.002 0.001 0.012 0.060 0.111 127 G 0.017 0.001 0.002 0.001 0.159 0.809 0.012 128 E 0.077 0.001 0.001 0.001 0.126 0.785 0.010 129 R 0.886 0.004 0.001 0.001 0.009 0.002 0.098 130 T 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 131 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 132 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 133 T 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 134 G 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 135 T 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 136 G 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 137 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 138 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 139 K 0.972 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.018 140 A 0.945 0.002 0.001 0.003 0.005 0.003 0.043 141 L 0.670 0.007 0.002 0.008 0.064 0.013 0.238 142 S 0.307 0.021 0.005 0.008 0.069 0.022 0.567 143 A 0.040 0.004 0.046 0.025 0.200 0.415 0.270 144 R 0.017 0.009 0.035 0.016 0.254 0.435 0.233 145 K 0.013 0.011 0.007 0.003 0.453 0.030 0.483 146 P 0.017 0.026 0.004 0.002 0.141 0.043 0.766 147 R 0.011 0.013 0.003 0.002 0.082 0.016 0.874 148 P 0.011 0.011 0.030 0.021 0.099 0.094 0.734 149 G 0.013 0.009 0.059 0.111 0.110 0.174 0.525 150 E 0.036 0.020 0.058 0.231 0.081 0.061 0.512 151 L 0.059 0.013 0.033 0.290 0.039 0.030 0.536 152 A 0.097 0.008 0.073 0.497 0.033 0.054 0.238 153 Y 0.128 0.006 0.089 0.487 0.046 0.064 0.180 154 K 0.110 0.012 0.114 0.414 0.064 0.078 0.209 155 E 0.075 0.015 0.058 0.322 0.125 0.136 0.271 156 E 0.042 0.019 0.025 0.215 0.024 0.169 0.506 157 A 0.002 0.001 0.001 0.007 0.004 0.002 0.982