# TARGET T0322 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2131 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.123 0.209 0.384 0.073 0.038 0.056 0.033 0.003 0.076 0.003 0.001 2 S 0.306 0.098 0.366 0.133 0.022 0.034 0.012 0.007 0.008 0.010 0.005 3 D 0.249 0.165 0.253 0.142 0.082 0.043 0.022 0.009 0.024 0.011 0.001 4 D 0.124 0.090 0.327 0.167 0.038 0.134 0.044 0.010 0.061 0.005 0.002 5 L 0.591 0.062 0.129 0.130 0.011 0.037 0.014 0.003 0.020 0.002 0.001 6 T 0.703 0.036 0.148 0.085 0.005 0.013 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 7 D 0.743 0.026 0.089 0.069 0.014 0.013 0.023 0.009 0.011 0.002 0.001 8 A 0.817 0.017 0.072 0.074 0.004 0.007 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 9 Q 0.845 0.020 0.057 0.049 0.005 0.010 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 10 T 0.878 0.012 0.039 0.058 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.817 0.018 0.044 0.095 0.008 0.003 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 12 A 0.649 0.019 0.066 0.233 0.002 0.014 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 13 I 0.192 0.139 0.490 0.005 0.019 0.021 0.008 0.001 0.117 0.009 0.001 14 P 0.573 0.003 0.351 0.021 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 15 E 0.656 0.017 0.141 0.136 0.013 0.004 0.015 0.015 0.002 0.002 0.001 16 G 0.523 0.012 0.052 0.124 0.028 0.010 0.049 0.160 0.006 0.036 0.001 17 F 0.509 0.072 0.283 0.044 0.015 0.037 0.009 0.002 0.024 0.004 0.001 18 S 0.868 0.015 0.060 0.041 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.744 0.053 0.040 0.110 0.020 0.009 0.009 0.004 0.009 0.001 0.001 20 L 0.634 0.079 0.094 0.158 0.007 0.014 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 21 N 0.468 0.089 0.082 0.153 0.022 0.077 0.064 0.008 0.034 0.002 0.001 22 W 0.520 0.128 0.132 0.133 0.030 0.023 0.011 0.004 0.014 0.005 0.001 23 S 0.443 0.133 0.157 0.148 0.026 0.038 0.020 0.007 0.025 0.005 0.001 24 R 0.358 0.074 0.237 0.216 0.021 0.022 0.043 0.005 0.020 0.003 0.001 25 G 0.252 0.018 0.095 0.034 0.059 0.005 0.062 0.319 0.003 0.152 0.001 26 F 0.620 0.061 0.109 0.156 0.016 0.012 0.011 0.003 0.007 0.004 0.001 27 G 0.580 0.051 0.137 0.090 0.045 0.010 0.026 0.031 0.005 0.024 0.001 28 R 0.585 0.109 0.142 0.083 0.032 0.021 0.013 0.002 0.011 0.002 0.001 29 Q 0.499 0.125 0.203 0.103 0.013 0.030 0.012 0.002 0.012 0.001 0.002 30 I 0.223 0.226 0.225 0.253 0.019 0.024 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 31 G 0.063 0.039 0.172 0.003 0.177 0.001 0.021 0.038 0.016 0.469 0.001 32 P 0.151 0.012 0.616 0.025 0.002 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.158 33 L 0.167 0.255 0.443 0.072 0.019 0.028 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 34 F 0.047 0.533 0.234 0.025 0.069 0.029 0.006 0.001 0.054 0.002 0.001 35 E 0.106 0.232 0.582 0.013 0.012 0.039 0.002 0.001 0.011 0.001 0.002 36 H 0.120 0.514 0.103 0.115 0.086 0.025 0.005 0.002 0.029 0.001 0.001 37 R 0.059 0.401 0.316 0.029 0.107 0.045 0.016 0.003 0.020 0.004 0.001 38 E 0.092 0.313 0.375 0.133 0.035 0.024 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 39 G 0.029 0.113 0.171 0.002 0.268 0.003 0.012 0.012 0.059 0.332 0.001 40 P 0.193 0.005 0.485 0.087 0.002 0.017 0.006 0.001 0.001 0.002 0.201 41 G 0.017 0.028 0.034 0.054 0.150 0.002 0.106 0.569 0.002 0.038 0.001 42 Q 0.017 0.665 0.180 0.031 0.073 0.014 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 43 A 0.004 0.680 0.255 0.003 0.039 0.013 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 44 R 0.004 0.911 0.028 0.005 0.041 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 45 L 0.001 0.793 0.094 0.001 0.096 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 46 A 0.005 0.817 0.078 0.006 0.051 0.016 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 47 F 0.003 0.726 0.148 0.001 0.077 0.011 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 48 R 0.012 0.292 0.605 0.003 0.006 0.061 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 49 V 0.038 0.561 0.286 0.016 0.040 0.036 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 50 E 0.035 0.422 0.278 0.010 0.131 0.034 0.011 0.001 0.066 0.011 0.001 51 E 0.526 0.066 0.268 0.057 0.031 0.020 0.005 0.004 0.005 0.004 0.013 52 H 0.297 0.141 0.112 0.259 0.067 0.028 0.039 0.025 0.026 0.005 0.001 53 H 0.113 0.177 0.280 0.157 0.043 0.098 0.056 0.006 0.065 0.003 0.002 54 T 0.188 0.382 0.120 0.182 0.032 0.042 0.009 0.002 0.039 0.003 0.001 55 N 0.051 0.033 0.146 0.183 0.024 0.143 0.312 0.008 0.090 0.011 0.001 56 G 0.229 0.021 0.064 0.178 0.038 0.012 0.079 0.285 0.004 0.086 0.004 57 L 0.201 0.070 0.155 0.427 0.022 0.017 0.070 0.010 0.022 0.005 0.001 58 G 0.038 0.005 0.046 0.019 0.049 0.002 0.043 0.482 0.001 0.313 0.001 59 N 0.336 0.166 0.176 0.185 0.039 0.044 0.019 0.007 0.017 0.009 0.001 60 C 0.337 0.182 0.216 0.131 0.039 0.034 0.017 0.008 0.022 0.013 0.001 61 H 0.591 0.067 0.157 0.075 0.024 0.026 0.031 0.009 0.010 0.009 0.002 62 G 0.875 0.007 0.022 0.028 0.011 0.002 0.008 0.026 0.001 0.020 0.001 63 G 0.976 0.002 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 64 M 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 M 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 S 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 F 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 W 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 I 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 S 0.934 0.005 0.006 0.050 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.600 0.030 0.036 0.303 0.009 0.007 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 80 Q 0.385 0.100 0.158 0.200 0.020 0.046 0.043 0.005 0.041 0.003 0.001 81 K 0.281 0.150 0.289 0.126 0.047 0.041 0.023 0.004 0.027 0.011 0.001 82 S 0.192 0.044 0.122 0.313 0.052 0.054 0.144 0.034 0.023 0.019 0.002 83 Y 0.126 0.193 0.198 0.170 0.115 0.026 0.099 0.038 0.021 0.013 0.001 84 S 0.127 0.324 0.226 0.158 0.072 0.029 0.028 0.009 0.022 0.004 0.001 85 W 0.024 0.495 0.276 0.018 0.149 0.015 0.006 0.003 0.011 0.003 0.001 86 V 0.010 0.811 0.089 0.008 0.053 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 87 T 0.008 0.738 0.154 0.004 0.067 0.018 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 88 V 0.010 0.803 0.042 0.009 0.109 0.010 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 89 R 0.004 0.726 0.158 0.002 0.050 0.028 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 90 L 0.011 0.784 0.112 0.006 0.052 0.017 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 91 M 0.021 0.637 0.190 0.010 0.046 0.054 0.008 0.001 0.031 0.001 0.001 92 C 0.026 0.743 0.083 0.008 0.101 0.015 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 93 D 0.098 0.363 0.286 0.047 0.025 0.108 0.017 0.001 0.051 0.001 0.001 94 F 0.100 0.395 0.263 0.041 0.105 0.048 0.012 0.003 0.028 0.003 0.002 95 L 0.226 0.353 0.239 0.106 0.018 0.032 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 96 S 0.064 0.275 0.226 0.084 0.241 0.009 0.039 0.010 0.029 0.023 0.001 97 G 0.059 0.048 0.265 0.061 0.140 0.016 0.078 0.214 0.006 0.108 0.003 98 A 0.032 0.368 0.475 0.017 0.071 0.015 0.002 0.001 0.014 0.003 0.001 99 K 0.019 0.286 0.617 0.005 0.014 0.029 0.004 0.001 0.023 0.001 0.002 100 L 0.061 0.040 0.853 0.015 0.001 0.019 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 101 G 0.025 0.002 0.017 0.009 0.029 0.001 0.035 0.665 0.001 0.215 0.001 102 D 0.047 0.135 0.597 0.054 0.045 0.072 0.021 0.002 0.021 0.002 0.004 103 W 0.034 0.572 0.315 0.022 0.034 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 104 V 0.007 0.762 0.133 0.008 0.055 0.020 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 105 E 0.005 0.819 0.104 0.004 0.041 0.012 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 106 G 0.004 0.691 0.045 0.003 0.243 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 107 E 0.003 0.831 0.090 0.004 0.029 0.027 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 108 G 0.002 0.523 0.098 0.002 0.361 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 109 E 0.001 0.800 0.114 0.001 0.028 0.021 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 110 L 0.001 0.054 0.867 0.001 0.001 0.075 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 111 I 0.419 0.030 0.004 0.541 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.001 0.509 0.029 0.001 0.455 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 113 E 0.144 0.527 0.071 0.113 0.052 0.016 0.010 0.002 0.062 0.003 0.001 114 E 0.084 0.185 0.066 0.123 0.316 0.012 0.115 0.024 0.035 0.039 0.001 115 D 0.042 0.119 0.141 0.319 0.113 0.039 0.159 0.029 0.025 0.012 0.001 116 M 0.017 0.542 0.235 0.044 0.131 0.014 0.004 0.002 0.008 0.002 0.001 117 L 0.004 0.819 0.097 0.007 0.056 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 118 F 0.001 0.757 0.059 0.003 0.172 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 119 T 0.001 0.897 0.040 0.001 0.057 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 120 V 0.001 0.899 0.042 0.001 0.048 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 121 R 0.002 0.884 0.054 0.005 0.038 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 122 G 0.001 0.781 0.025 0.001 0.189 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 123 R 0.001 0.929 0.046 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 124 I 0.003 0.846 0.115 0.001 0.012 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 125 W 0.016 0.749 0.117 0.016 0.033 0.032 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 126 A 0.058 0.257 0.301 0.110 0.073 0.036 0.074 0.003 0.077 0.010 0.001 127 G 0.019 0.005 0.022 0.016 0.054 0.001 0.113 0.306 0.001 0.463 0.001 128 E 0.086 0.202 0.231 0.257 0.049 0.042 0.090 0.015 0.021 0.004 0.004 129 R 0.011 0.583 0.319 0.005 0.025 0.017 0.009 0.001 0.029 0.001 0.001 130 T 0.031 0.307 0.561 0.004 0.004 0.078 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 131 L 0.035 0.740 0.127 0.013 0.047 0.019 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 132 I 0.028 0.606 0.114 0.018 0.196 0.022 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 133 T 0.006 0.806 0.048 0.006 0.118 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 134 G 0.013 0.517 0.094 0.008 0.342 0.009 0.003 0.002 0.006 0.005 0.001 135 T 0.017 0.759 0.088 0.013 0.106 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 136 G 0.008 0.599 0.060 0.003 0.320 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 137 V 0.007 0.901 0.047 0.002 0.029 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 138 F 0.012 0.742 0.190 0.001 0.023 0.019 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 139 K 0.025 0.841 0.042 0.007 0.037 0.013 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 140 A 0.024 0.336 0.536 0.003 0.011 0.061 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 141 L 0.210 0.354 0.258 0.084 0.023 0.039 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 142 S 0.101 0.241 0.393 0.038 0.127 0.045 0.014 0.003 0.030 0.009 0.001 143 A 0.486 0.113 0.174 0.152 0.038 0.009 0.010 0.005 0.006 0.006 0.001 144 R 0.237 0.078 0.135 0.428 0.014 0.043 0.027 0.009 0.027 0.001 0.001 145 K 0.033 0.268 0.468 0.013 0.024 0.031 0.044 0.001 0.116 0.002 0.001 146 P 0.051 0.010 0.851 0.007 0.001 0.030 0.002 0.001 0.004 0.001 0.045 147 R 0.016 0.072 0.855 0.001 0.003 0.015 0.002 0.001 0.033 0.001 0.002 148 P 0.072 0.003 0.884 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 149 G 0.149 0.034 0.238 0.020 0.139 0.004 0.015 0.228 0.004 0.168 0.001 150 E 0.551 0.064 0.299 0.033 0.022 0.013 0.003 0.003 0.005 0.005 0.002 151 L 0.454 0.120 0.317 0.056 0.016 0.022 0.002 0.002 0.007 0.002 0.001 152 A 0.700 0.094 0.113 0.043 0.024 0.011 0.004 0.002 0.007 0.002 0.001 153 Y 0.740 0.066 0.105 0.042 0.015 0.015 0.004 0.002 0.007 0.002 0.001 154 K 0.745 0.078 0.069 0.052 0.015 0.017 0.008 0.002 0.012 0.001 0.001 155 E 0.671 0.091 0.118 0.071 0.014 0.015 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 156 E 0.448 0.078 0.216 0.148 0.020 0.036 0.020 0.005 0.025 0.002 0.001 157 A 0.515 0.086 0.180 0.106 0.035 0.017 0.027 0.011 0.011 0.012 0.001