# TARGET T0322 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0322.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2131 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.616 0.209 0.098 0.053 0.020 0.004 0.001 2 S 0.676 0.193 0.077 0.037 0.013 0.003 0.001 3 D 0.499 0.236 0.142 0.087 0.030 0.006 0.001 4 D 0.522 0.304 0.114 0.044 0.013 0.003 0.001 5 L 0.162 0.183 0.260 0.257 0.117 0.019 0.001 6 T 0.543 0.299 0.109 0.036 0.010 0.002 0.001 7 D 0.684 0.231 0.061 0.019 0.004 0.001 0.001 8 A 0.249 0.223 0.222 0.196 0.090 0.019 0.001 9 Q 0.234 0.241 0.215 0.202 0.089 0.017 0.001 10 T 0.345 0.360 0.196 0.079 0.017 0.002 0.001 11 A 0.446 0.336 0.140 0.058 0.016 0.004 0.001 12 A 0.061 0.139 0.217 0.278 0.205 0.091 0.008 13 I 0.038 0.062 0.127 0.270 0.299 0.179 0.025 14 P 0.273 0.363 0.214 0.102 0.035 0.010 0.002 15 E 0.316 0.319 0.187 0.104 0.048 0.021 0.005 16 G 0.069 0.135 0.176 0.220 0.211 0.162 0.026 17 F 0.044 0.061 0.126 0.248 0.290 0.194 0.037 18 S 0.215 0.304 0.231 0.152 0.065 0.026 0.006 19 Q 0.135 0.209 0.207 0.206 0.142 0.083 0.018 20 L 0.054 0.068 0.107 0.203 0.287 0.227 0.054 21 N 0.159 0.196 0.198 0.187 0.139 0.092 0.027 22 W 0.178 0.210 0.205 0.192 0.131 0.069 0.016 23 S 0.216 0.209 0.175 0.173 0.134 0.076 0.017 24 R 0.269 0.215 0.194 0.162 0.096 0.050 0.013 25 G 0.272 0.240 0.179 0.144 0.096 0.054 0.015 26 F 0.128 0.092 0.115 0.189 0.230 0.195 0.050 27 G 0.130 0.139 0.161 0.205 0.186 0.141 0.039 28 R 0.177 0.226 0.210 0.171 0.116 0.077 0.024 29 Q 0.140 0.179 0.185 0.204 0.174 0.095 0.023 30 I 0.054 0.082 0.153 0.235 0.257 0.181 0.039 31 G 0.188 0.204 0.199 0.179 0.127 0.082 0.020 32 P 0.342 0.274 0.170 0.112 0.063 0.031 0.008 33 L 0.129 0.140 0.179 0.231 0.197 0.105 0.018 34 F 0.137 0.182 0.201 0.210 0.159 0.095 0.015 35 E 0.163 0.182 0.200 0.213 0.156 0.075 0.011 36 H 0.171 0.260 0.238 0.189 0.105 0.034 0.004 37 R 0.213 0.246 0.223 0.188 0.099 0.029 0.002 38 E 0.328 0.280 0.192 0.127 0.056 0.015 0.001 39 G 0.484 0.285 0.145 0.067 0.017 0.002 0.001 40 P 0.681 0.224 0.064 0.024 0.006 0.001 0.001 41 G 0.359 0.339 0.197 0.081 0.020 0.003 0.001 42 Q 0.098 0.257 0.312 0.227 0.084 0.020 0.001 43 A 0.013 0.027 0.063 0.171 0.356 0.331 0.039 44 R 0.010 0.091 0.246 0.329 0.224 0.085 0.015 45 L 0.004 0.012 0.029 0.114 0.303 0.449 0.088 46 A 0.007 0.062 0.165 0.290 0.278 0.166 0.032 47 F 0.006 0.032 0.089 0.212 0.315 0.297 0.049 48 R 0.031 0.204 0.309 0.261 0.133 0.053 0.009 49 V 0.013 0.035 0.098 0.275 0.374 0.188 0.017 50 E 0.218 0.339 0.247 0.130 0.049 0.015 0.002 51 E 0.400 0.341 0.157 0.070 0.023 0.007 0.001 52 H 0.281 0.261 0.203 0.146 0.073 0.030 0.005 53 H 0.147 0.187 0.206 0.221 0.154 0.074 0.012 54 T 0.215 0.203 0.177 0.171 0.132 0.079 0.023 55 N 0.166 0.183 0.181 0.185 0.149 0.101 0.035 56 G 0.174 0.189 0.168 0.156 0.141 0.113 0.059 57 L 0.111 0.119 0.137 0.181 0.190 0.175 0.086 58 G 0.079 0.113 0.139 0.169 0.183 0.202 0.116 59 N 0.059 0.081 0.116 0.170 0.208 0.220 0.146 60 C 0.019 0.024 0.037 0.074 0.155 0.339 0.353 61 H 0.014 0.020 0.031 0.070 0.157 0.309 0.399 62 G 0.012 0.024 0.036 0.057 0.094 0.237 0.539 63 G 0.004 0.008 0.012 0.033 0.100 0.265 0.578 64 M 0.002 0.005 0.011 0.028 0.069 0.202 0.683 65 L 0.001 0.003 0.006 0.014 0.030 0.143 0.803 66 M 0.001 0.002 0.003 0.010 0.032 0.156 0.795 67 S 0.001 0.003 0.007 0.029 0.101 0.267 0.593 68 F 0.001 0.002 0.005 0.015 0.044 0.202 0.732 69 A 0.001 0.002 0.003 0.007 0.023 0.172 0.793 70 D 0.001 0.004 0.012 0.039 0.122 0.291 0.531 71 M 0.001 0.003 0.012 0.047 0.125 0.313 0.500 72 A 0.001 0.004 0.007 0.019 0.049 0.226 0.694 73 W 0.001 0.004 0.009 0.023 0.044 0.207 0.712 74 G 0.001 0.004 0.015 0.046 0.110 0.278 0.546 75 R 0.002 0.005 0.016 0.060 0.160 0.372 0.384 76 I 0.004 0.006 0.010 0.028 0.093 0.405 0.455 77 I 0.002 0.007 0.011 0.035 0.133 0.465 0.347 78 S 0.005 0.026 0.065 0.161 0.285 0.341 0.116 79 L 0.009 0.056 0.120 0.223 0.300 0.242 0.049 80 Q 0.020 0.090 0.195 0.322 0.260 0.102 0.011 81 K 0.169 0.255 0.230 0.194 0.111 0.035 0.005 82 S 0.498 0.301 0.124 0.053 0.018 0.005 0.001 83 Y 0.104 0.195 0.266 0.251 0.137 0.042 0.005 84 S 0.071 0.157 0.215 0.249 0.189 0.101 0.018 85 W 0.007 0.019 0.050 0.120 0.273 0.395 0.135 86 V 0.003 0.008 0.018 0.058 0.172 0.462 0.280 87 T 0.004 0.013 0.024 0.056 0.148 0.368 0.388 88 V 0.002 0.007 0.017 0.054 0.147 0.372 0.401 89 R 0.007 0.054 0.146 0.234 0.236 0.199 0.125 90 L 0.001 0.007 0.020 0.069 0.204 0.463 0.236 91 M 0.009 0.065 0.134 0.222 0.244 0.221 0.106 92 C 0.005 0.019 0.047 0.127 0.261 0.408 0.133 93 D 0.024 0.131 0.267 0.310 0.173 0.074 0.021 94 F 0.010 0.019 0.043 0.136 0.314 0.403 0.076 95 L 0.037 0.115 0.207 0.290 0.229 0.105 0.018 96 S 0.124 0.270 0.249 0.189 0.110 0.050 0.008 97 G 0.133 0.218 0.224 0.206 0.134 0.072 0.015 98 A 0.082 0.097 0.153 0.259 0.268 0.126 0.015 99 K 0.198 0.303 0.230 0.148 0.077 0.037 0.007 100 L 0.188 0.224 0.212 0.207 0.121 0.043 0.006 101 G 0.267 0.358 0.214 0.107 0.042 0.010 0.002 102 D 0.160 0.304 0.260 0.173 0.074 0.023 0.004 103 W 0.047 0.202 0.286 0.257 0.148 0.050 0.009 104 V 0.007 0.017 0.039 0.129 0.324 0.411 0.073 105 E 0.008 0.098 0.277 0.355 0.187 0.062 0.012 106 G 0.005 0.016 0.036 0.124 0.274 0.465 0.080 107 E 0.004 0.062 0.231 0.369 0.244 0.080 0.010 108 G 0.009 0.019 0.045 0.150 0.328 0.394 0.055 109 E 0.019 0.155 0.337 0.331 0.127 0.030 0.003 110 L 0.038 0.089 0.145 0.257 0.310 0.152 0.010 111 I 0.098 0.284 0.334 0.206 0.065 0.012 0.001 112 S 0.285 0.389 0.218 0.083 0.021 0.003 0.001 113 E 0.634 0.235 0.093 0.030 0.007 0.001 0.001 114 E 0.715 0.204 0.055 0.020 0.005 0.001 0.001 115 D 0.468 0.307 0.152 0.056 0.015 0.002 0.001 116 M 0.237 0.331 0.231 0.142 0.048 0.010 0.001 117 L 0.093 0.323 0.299 0.187 0.076 0.018 0.003 118 F 0.018 0.061 0.131 0.294 0.322 0.155 0.019 119 T 0.015 0.182 0.350 0.293 0.122 0.033 0.006 120 V 0.002 0.015 0.040 0.151 0.343 0.388 0.059 121 R 0.002 0.065 0.274 0.410 0.193 0.050 0.006 122 G 0.004 0.016 0.036 0.113 0.306 0.465 0.060 123 R 0.002 0.054 0.265 0.417 0.209 0.050 0.003 124 I 0.004 0.012 0.033 0.153 0.426 0.352 0.020 125 W 0.016 0.177 0.390 0.313 0.092 0.012 0.001 126 A 0.221 0.413 0.246 0.100 0.019 0.001 0.001 127 G 0.662 0.260 0.067 0.010 0.001 0.001 0.001 128 E 0.829 0.138 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 129 R 0.451 0.354 0.150 0.038 0.007 0.001 0.001 130 T 0.116 0.232 0.248 0.243 0.133 0.028 0.001 131 L 0.041 0.156 0.222 0.260 0.211 0.097 0.013 132 I 0.029 0.067 0.113 0.261 0.297 0.202 0.031 133 T 0.014 0.153 0.320 0.295 0.148 0.059 0.010 134 G 0.009 0.022 0.046 0.153 0.336 0.356 0.079 135 T 0.015 0.115 0.268 0.309 0.184 0.087 0.022 136 G 0.020 0.045 0.085 0.168 0.263 0.349 0.071 137 V 0.005 0.057 0.230 0.358 0.236 0.097 0.017 138 F 0.004 0.007 0.018 0.072 0.276 0.513 0.110 139 K 0.020 0.117 0.232 0.329 0.219 0.074 0.009 140 A 0.039 0.109 0.175 0.287 0.273 0.111 0.006 141 L 0.081 0.235 0.327 0.254 0.090 0.013 0.001 142 S 0.391 0.388 0.160 0.052 0.009 0.001 0.001 143 A 0.591 0.261 0.105 0.035 0.007 0.001 0.001 144 R 0.758 0.177 0.044 0.017 0.004 0.001 0.001 145 K 0.578 0.244 0.114 0.050 0.013 0.001 0.001 146 P 0.487 0.259 0.154 0.078 0.020 0.002 0.001 147 R 0.496 0.303 0.136 0.050 0.014 0.002 0.001 148 P 0.515 0.268 0.131 0.064 0.019 0.003 0.001 149 G 0.515 0.236 0.125 0.079 0.036 0.009 0.001 150 E 0.408 0.240 0.166 0.116 0.054 0.015 0.001 151 L 0.355 0.237 0.180 0.144 0.064 0.019 0.002 152 A 0.443 0.291 0.155 0.080 0.025 0.005 0.001 153 Y 0.447 0.258 0.167 0.095 0.029 0.004 0.001 154 K 0.599 0.256 0.101 0.035 0.008 0.001 0.001 155 E 0.671 0.223 0.078 0.023 0.005 0.001 0.001 156 E 0.750 0.167 0.056 0.022 0.005 0.001 0.001 157 A 0.762 0.161 0.055 0.018 0.004 0.001 0.001