# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.7373 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.056 0.021 0.011 0.046 0.060 0.094 0.056 0.002 0.001 0.005 0.649 2 E 0.025 0.016 0.002 0.039 0.070 0.117 0.148 0.001 0.001 0.004 0.577 3 D 0.070 0.017 0.002 0.020 0.031 0.046 0.088 0.002 0.001 0.005 0.719 4 R 0.140 0.054 0.004 0.032 0.030 0.050 0.136 0.004 0.001 0.008 0.541 5 M 0.145 0.036 0.006 0.021 0.020 0.038 0.224 0.004 0.001 0.020 0.485 6 N 0.207 0.045 0.013 0.027 0.018 0.030 0.151 0.005 0.001 0.018 0.486 7 D 0.157 0.038 0.007 0.013 0.011 0.012 0.172 0.003 0.001 0.007 0.580 8 P 0.008 0.012 0.004 0.004 0.003 0.004 0.028 0.001 0.001 0.002 0.935 9 F 0.027 0.033 0.002 0.018 0.043 0.102 0.410 0.002 0.001 0.015 0.349 10 I 0.200 0.179 0.003 0.039 0.046 0.123 0.188 0.005 0.001 0.014 0.203 11 M 0.067 0.600 0.001 0.027 0.043 0.045 0.013 0.005 0.001 0.001 0.198 12 S 0.068 0.573 0.004 0.014 0.034 0.050 0.024 0.004 0.001 0.002 0.228 13 Q 0.093 0.357 0.008 0.028 0.069 0.125 0.050 0.019 0.001 0.004 0.247 14 N 0.116 0.241 0.017 0.026 0.055 0.070 0.060 0.028 0.001 0.004 0.383 15 E 0.193 0.197 0.015 0.033 0.064 0.064 0.089 0.028 0.001 0.010 0.305 16 V 0.237 0.171 0.014 0.026 0.057 0.078 0.124 0.019 0.001 0.015 0.258 17 K 0.045 0.051 0.006 0.011 0.024 0.020 0.080 0.010 0.001 0.004 0.748 18 G 0.133 0.017 0.004 0.014 0.016 0.024 0.116 0.016 0.001 0.022 0.638 19 K 0.509 0.003 0.046 0.020 0.022 0.018 0.087 0.005 0.001 0.036 0.254 20 K 0.027 0.001 0.069 0.098 0.062 0.036 0.117 0.001 0.001 0.005 0.585 21 V 0.002 0.001 0.011 0.343 0.143 0.205 0.047 0.001 0.001 0.001 0.248 22 G 0.001 0.001 0.001 0.658 0.145 0.182 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 23 V 0.001 0.001 0.001 0.760 0.096 0.114 0.008 0.001 0.001 0.001 0.022 24 V 0.001 0.001 0.001 0.831 0.062 0.093 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 25 G 0.001 0.001 0.001 0.842 0.038 0.081 0.010 0.001 0.001 0.001 0.029 26 H 0.002 0.001 0.001 0.477 0.072 0.202 0.032 0.001 0.001 0.003 0.211 27 F 0.006 0.001 0.001 0.179 0.081 0.304 0.064 0.001 0.001 0.006 0.357 28 P 0.002 0.001 0.001 0.017 0.008 0.027 0.016 0.001 0.001 0.001 0.929 29 H 0.016 0.003 0.001 0.014 0.018 0.022 0.036 0.001 0.001 0.001 0.888 30 L 0.082 0.035 0.001 0.011 0.014 0.027 0.053 0.001 0.001 0.002 0.775 31 E 0.053 0.177 0.001 0.019 0.033 0.046 0.079 0.002 0.001 0.002 0.588 32 S 0.124 0.269 0.001 0.005 0.006 0.014 0.102 0.001 0.001 0.003 0.474 33 L 0.193 0.429 0.002 0.005 0.008 0.013 0.056 0.004 0.001 0.002 0.288 34 L 0.272 0.461 0.010 0.006 0.009 0.016 0.039 0.007 0.001 0.005 0.175 35 E 0.128 0.335 0.031 0.009 0.014 0.032 0.036 0.008 0.001 0.003 0.404 36 P 0.018 0.069 0.005 0.005 0.005 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.883 37 I 0.195 0.105 0.003 0.016 0.023 0.027 0.036 0.018 0.001 0.003 0.574 38 C 0.309 0.172 0.017 0.027 0.020 0.037 0.037 0.008 0.001 0.005 0.369 39 D 0.056 0.202 0.007 0.058 0.070 0.090 0.062 0.007 0.001 0.002 0.446 40 L 0.090 0.110 0.010 0.090 0.045 0.143 0.044 0.002 0.001 0.005 0.461 41 S 0.042 0.080 0.004 0.206 0.196 0.250 0.048 0.004 0.001 0.003 0.167 42 I 0.053 0.089 0.011 0.221 0.158 0.168 0.055 0.002 0.001 0.003 0.240 43 L 0.015 0.057 0.004 0.192 0.231 0.330 0.031 0.002 0.001 0.001 0.137 44 E 0.011 0.027 0.001 0.196 0.207 0.427 0.028 0.003 0.001 0.002 0.097 45 W 0.033 0.039 0.008 0.145 0.129 0.247 0.061 0.009 0.001 0.004 0.326 46 S 0.052 0.015 0.007 0.093 0.168 0.212 0.072 0.007 0.001 0.004 0.370 47 P 0.002 0.001 0.002 0.009 0.006 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.957 48 E 0.012 0.001 0.001 0.023 0.019 0.039 0.214 0.001 0.001 0.005 0.685 49 E 0.255 0.002 0.002 0.013 0.006 0.009 0.082 0.001 0.001 0.014 0.616 50 G 0.139 0.011 0.001 0.030 0.012 0.010 0.134 0.001 0.001 0.004 0.657 51 D 0.256 0.005 0.005 0.021 0.007 0.014 0.155 0.001 0.001 0.011 0.524 52 Y 0.115 0.006 0.007 0.085 0.026 0.047 0.123 0.001 0.001 0.003 0.587 53 P 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.970 54 L 0.038 0.001 0.002 0.031 0.009 0.041 0.133 0.001 0.001 0.003 0.742 55 P 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.982 56 A 0.025 0.006 0.001 0.015 0.007 0.013 0.269 0.001 0.001 0.004 0.662 57 S 0.198 0.045 0.001 0.017 0.004 0.009 0.236 0.001 0.001 0.007 0.484 58 E 0.087 0.419 0.001 0.013 0.005 0.005 0.075 0.001 0.001 0.001 0.392 59 F 0.173 0.517 0.002 0.007 0.010 0.015 0.067 0.003 0.001 0.005 0.202 60 I 0.196 0.598 0.007 0.003 0.007 0.014 0.016 0.004 0.001 0.002 0.152 61 L 0.095 0.677 0.009 0.015 0.022 0.058 0.012 0.011 0.001 0.001 0.101 62 P 0.009 0.053 0.001 0.002 0.005 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.919 63 E 0.190 0.095 0.003 0.035 0.050 0.043 0.029 0.042 0.001 0.004 0.510 64 C 0.459 0.058 0.058 0.061 0.028 0.044 0.028 0.016 0.001 0.009 0.239 65 D 0.033 0.019 0.021 0.396 0.191 0.159 0.045 0.003 0.001 0.002 0.132 66 Y 0.005 0.001 0.007 0.520 0.159 0.208 0.018 0.001 0.001 0.001 0.080 67 V 0.001 0.001 0.001 0.707 0.129 0.154 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 68 Y 0.001 0.001 0.001 0.814 0.076 0.090 0.005 0.001 0.001 0.001 0.014 69 I 0.001 0.001 0.001 0.851 0.052 0.087 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 70 T 0.001 0.001 0.001 0.668 0.106 0.162 0.019 0.001 0.001 0.001 0.041 71 C 0.001 0.001 0.001 0.390 0.080 0.179 0.023 0.001 0.001 0.003 0.323 72 A 0.001 0.001 0.001 0.180 0.130 0.368 0.116 0.001 0.001 0.005 0.198 73 S 0.076 0.009 0.001 0.085 0.111 0.140 0.112 0.002 0.001 0.023 0.443 74 V 0.085 0.104 0.003 0.071 0.151 0.169 0.132 0.003 0.001 0.013 0.269 75 V 0.071 0.135 0.005 0.078 0.134 0.183 0.160 0.003 0.001 0.011 0.218 76 D 0.095 0.198 0.005 0.043 0.040 0.056 0.205 0.009 0.001 0.010 0.338 77 K 0.236 0.117 0.025 0.017 0.013 0.019 0.141 0.007 0.001 0.022 0.403 78 T 0.153 0.066 0.039 0.007 0.008 0.012 0.501 0.004 0.001 0.020 0.190 79 L 0.108 0.106 0.029 0.027 0.009 0.019 0.233 0.005 0.001 0.013 0.452 80 P 0.006 0.081 0.006 0.004 0.001 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 0.869 81 R 0.022 0.174 0.001 0.007 0.014 0.021 0.187 0.003 0.001 0.004 0.569 82 L 0.088 0.615 0.001 0.004 0.004 0.016 0.036 0.002 0.001 0.002 0.232 83 L 0.011 0.926 0.001 0.002 0.004 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.046 84 E 0.020 0.921 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.051 85 L 0.057 0.893 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.040 86 S 0.067 0.875 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.033 87 R 0.068 0.790 0.009 0.002 0.003 0.004 0.007 0.020 0.001 0.001 0.096 88 N 0.119 0.432 0.020 0.002 0.006 0.006 0.021 0.030 0.001 0.001 0.362 89 A 0.170 0.277 0.035 0.012 0.013 0.019 0.028 0.025 0.001 0.007 0.415 90 R 0.121 0.072 0.034 0.082 0.071 0.103 0.124 0.039 0.001 0.014 0.340 91 R 0.120 0.020 0.082 0.278 0.189 0.127 0.031 0.008 0.001 0.004 0.141 92 I 0.003 0.003 0.003 0.705 0.155 0.116 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 93 T 0.001 0.001 0.001 0.650 0.146 0.163 0.008 0.001 0.001 0.001 0.031 94 L 0.001 0.001 0.001 0.733 0.112 0.147 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 95 V 0.001 0.001 0.001 0.821 0.049 0.080 0.013 0.001 0.001 0.001 0.036 96 G 0.002 0.001 0.001 0.606 0.111 0.116 0.046 0.001 0.001 0.001 0.116 97 P 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.952 98 G 0.003 0.001 0.001 0.097 0.027 0.084 0.245 0.001 0.001 0.010 0.533 99 T 0.406 0.001 0.001 0.025 0.007 0.014 0.115 0.001 0.001 0.032 0.400 100 P 0.016 0.001 0.001 0.012 0.004 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.945 101 L 0.065 0.004 0.003 0.039 0.016 0.052 0.153 0.001 0.001 0.008 0.660 102 A 0.232 0.020 0.002 0.074 0.047 0.113 0.120 0.001 0.001 0.006 0.385 103 P 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.981 104 V 0.033 0.011 0.001 0.023 0.042 0.070 0.213 0.001 0.001 0.004 0.603 105 L 0.290 0.052 0.002 0.045 0.025 0.051 0.089 0.001 0.001 0.007 0.438 106 F 0.075 0.330 0.001 0.091 0.085 0.096 0.058 0.005 0.001 0.003 0.255 107 E 0.173 0.170 0.004 0.012 0.012 0.044 0.061 0.004 0.001 0.007 0.513 108 H 0.229 0.153 0.009 0.031 0.029 0.048 0.042 0.017 0.001 0.004 0.439 109 G 0.254 0.029 0.013 0.024 0.035 0.023 0.104 0.023 0.001 0.012 0.483 110 L 0.071 0.012 0.361 0.038 0.025 0.037 0.046 0.001 0.001 0.006 0.403 111 Q 0.003 0.008 0.002 0.259 0.183 0.205 0.095 0.001 0.001 0.001 0.244 112 E 0.026 0.015 0.002 0.239 0.097 0.147 0.067 0.001 0.001 0.004 0.402 113 L 0.014 0.051 0.001 0.319 0.155 0.307 0.038 0.001 0.001 0.002 0.111 114 S 0.009 0.035 0.001 0.284 0.169 0.330 0.055 0.001 0.001 0.003 0.113 115 G 0.039 0.042 0.002 0.193 0.133 0.216 0.040 0.006 0.001 0.008 0.322 116 F 0.054 0.039 0.012 0.189 0.219 0.277 0.037 0.005 0.001 0.009 0.159 117 M 0.021 0.025 0.012 0.146 0.153 0.204 0.098 0.006 0.001 0.004 0.332 118 V 0.027 0.017 0.021 0.139 0.058 0.130 0.064 0.003 0.001 0.005 0.536 119 K 0.040 0.022 0.010 0.171 0.077 0.180 0.185 0.003 0.001 0.008 0.305 120 D 0.044 0.017 0.004 0.026 0.016 0.029 0.286 0.002 0.001 0.006 0.570 121 N 0.015 0.016 0.003 0.012 0.003 0.004 0.070 0.001 0.001 0.002 0.874 122 A 0.011 0.024 0.001 0.004 0.003 0.005 0.382 0.001 0.001 0.011 0.558 123 R 0.037 0.057 0.001 0.002 0.004 0.006 0.680 0.002 0.001 0.019 0.191 124 A 0.033 0.821 0.001 0.002 0.002 0.004 0.025 0.002 0.001 0.001 0.109 125 F 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 126 R 0.014 0.935 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.036 127 I 0.034 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.015 128 V 0.018 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.010 129 A 0.025 0.875 0.005 0.004 0.005 0.008 0.002 0.026 0.001 0.001 0.050 130 G 0.128 0.599 0.014 0.005 0.006 0.012 0.011 0.049 0.001 0.001 0.175 131 A 0.275 0.340 0.072 0.011 0.006 0.009 0.017 0.026 0.001 0.002 0.242 132 E 0.078 0.136 0.060 0.031 0.020 0.030 0.066 0.013 0.001 0.005 0.561 133 K 0.066 0.053 0.041 0.035 0.029 0.038 0.072 0.006 0.001 0.006 0.652 134 V 0.109 0.095 0.017 0.057 0.046 0.089 0.071 0.003 0.001 0.006 0.506 135 K 0.052 0.080 0.004 0.079 0.080 0.102 0.064 0.003 0.001 0.003 0.531 136 I 0.072 0.091 0.004 0.051 0.079 0.122 0.058 0.003 0.001 0.004 0.516 137 Y 0.066 0.125 0.004 0.081 0.159 0.270 0.057 0.004 0.001 0.004 0.229 138 S 0.067 0.130 0.004 0.044 0.104 0.165 0.102 0.006 0.001 0.006 0.374 139 A 0.077 0.075 0.005 0.021 0.038 0.061 0.080 0.006 0.001 0.007 0.630 140 G 0.181 0.055 0.013 0.022 0.041 0.067 0.170 0.009 0.001 0.024 0.418 141 Q 0.220 0.058 0.048 0.031 0.059 0.067 0.160 0.005 0.001 0.022 0.331 142 K 0.039 0.060 0.021 0.045 0.075 0.139 0.104 0.002 0.001 0.006 0.509 143 V 0.028 0.044 0.004 0.072 0.194 0.266 0.049 0.001 0.001 0.003 0.339 144 T 0.032 0.056 0.002 0.077 0.181 0.274 0.055 0.001 0.001 0.003 0.318 145 I 0.018 0.060 0.004 0.068 0.199 0.354 0.040 0.002 0.001 0.002 0.252 146 K 0.015 0.050 0.002 0.089 0.187 0.423 0.046 0.002 0.001 0.003 0.182 147 K 0.025 0.049 0.002 0.048 0.091 0.191 0.064 0.003 0.001 0.004 0.522