# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.037 0.015 0.032 0.045 0.215 0.657 2 E 0.045 0.023 0.083 0.065 0.285 0.499 3 D 0.032 0.022 0.142 0.069 0.365 0.370 4 R 0.025 0.025 0.082 0.069 0.464 0.334 5 M 0.021 0.023 0.032 0.041 0.440 0.442 6 N 0.022 0.020 0.013 0.034 0.393 0.517 7 D 0.014 0.010 0.004 0.017 0.299 0.657 8 P 0.015 0.007 0.074 0.414 0.307 0.183 9 F 0.058 0.012 0.086 0.410 0.282 0.151 10 I 0.090 0.014 0.089 0.419 0.264 0.123 11 M 0.167 0.020 0.049 0.399 0.187 0.178 12 S 0.165 0.027 0.053 0.459 0.135 0.161 13 Q 0.084 0.008 0.092 0.582 0.125 0.109 14 N 0.094 0.007 0.155 0.444 0.154 0.147 15 E 0.132 0.025 0.204 0.280 0.225 0.134 16 V 0.111 0.026 0.086 0.085 0.657 0.034 17 K 0.063 0.007 0.035 0.029 0.808 0.058 18 G 0.030 0.002 0.013 0.005 0.867 0.083 19 K 0.304 0.009 0.004 0.001 0.540 0.142 20 K 0.836 0.006 0.001 0.001 0.033 0.124 21 V 0.987 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 22 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 23 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 24 V 0.942 0.002 0.001 0.001 0.014 0.040 25 G 0.633 0.005 0.003 0.003 0.102 0.254 26 H 0.269 0.011 0.010 0.010 0.218 0.483 27 F 0.087 0.012 0.029 0.019 0.369 0.485 28 P 0.049 0.015 0.054 0.081 0.424 0.376 29 H 0.031 0.027 0.133 0.197 0.354 0.257 30 L 0.012 0.006 0.223 0.503 0.187 0.069 31 E 0.009 0.002 0.314 0.514 0.126 0.036 32 S 0.012 0.002 0.352 0.453 0.143 0.037 33 L 0.046 0.012 0.219 0.419 0.211 0.093 34 L 0.065 0.019 0.074 0.336 0.254 0.252 35 E 0.081 0.014 0.048 0.136 0.294 0.428 36 P 0.069 0.009 0.057 0.079 0.345 0.442 37 I 0.063 0.011 0.266 0.052 0.407 0.202 38 C 0.149 0.006 0.135 0.019 0.458 0.234 39 D 0.387 0.006 0.038 0.010 0.299 0.260 40 L 0.814 0.004 0.002 0.002 0.047 0.131 41 S 0.951 0.002 0.001 0.001 0.010 0.036 42 I 0.981 0.002 0.001 0.001 0.004 0.012 43 L 0.964 0.002 0.001 0.001 0.005 0.027 44 E 0.892 0.003 0.001 0.001 0.018 0.084 45 W 0.531 0.025 0.002 0.002 0.060 0.380 46 S 0.117 0.019 0.004 0.001 0.309 0.550 47 P 0.020 0.009 0.034 0.003 0.608 0.325 48 E 0.008 0.007 0.048 0.003 0.840 0.094 49 E 0.006 0.004 0.067 0.003 0.873 0.047 50 G 0.008 0.004 0.030 0.003 0.739 0.216 51 D 0.074 0.132 0.031 0.011 0.420 0.332 52 Y 0.079 0.079 0.012 0.015 0.213 0.603 53 P 0.056 0.040 0.010 0.026 0.212 0.655 54 L 0.011 0.006 0.169 0.196 0.314 0.304 55 P 0.006 0.004 0.300 0.282 0.287 0.123 56 A 0.002 0.003 0.543 0.290 0.137 0.025 57 S 0.007 0.013 0.416 0.267 0.213 0.084 58 E 0.010 0.005 0.297 0.295 0.286 0.107 59 F 0.019 0.011 0.178 0.343 0.278 0.171 60 I 0.034 0.036 0.084 0.358 0.242 0.245 61 L 0.024 0.030 0.045 0.142 0.505 0.253 62 P 0.005 0.002 0.215 0.151 0.486 0.141 63 E 0.018 0.004 0.264 0.112 0.470 0.132 64 C 0.173 0.033 0.067 0.040 0.552 0.136 65 D 0.216 0.006 0.015 0.047 0.244 0.472 66 Y 0.871 0.008 0.005 0.044 0.027 0.044 67 V 0.971 0.002 0.001 0.018 0.004 0.004 68 Y 0.955 0.001 0.002 0.032 0.004 0.006 69 I 0.755 0.004 0.007 0.162 0.021 0.051 70 T 0.215 0.004 0.031 0.256 0.075 0.420 71 C 0.048 0.002 0.113 0.718 0.046 0.074 72 A 0.034 0.002 0.210 0.637 0.078 0.040 73 S 0.014 0.002 0.068 0.886 0.024 0.007 74 V 0.009 0.003 0.026 0.922 0.026 0.015 75 V 0.003 0.003 0.030 0.909 0.033 0.022 76 D 0.004 0.002 0.056 0.728 0.163 0.048 77 K 0.002 0.002 0.025 0.819 0.096 0.056 78 T 0.001 0.002 0.007 0.857 0.031 0.102 79 L 0.001 0.001 0.008 0.966 0.014 0.011 80 P 0.001 0.001 0.012 0.962 0.015 0.010 81 R 0.001 0.001 0.012 0.968 0.012 0.006 82 L 0.001 0.001 0.013 0.976 0.007 0.002 83 L 0.001 0.001 0.013 0.974 0.008 0.004 84 E 0.001 0.001 0.021 0.941 0.020 0.017 85 L 0.002 0.002 0.038 0.828 0.066 0.065 86 S 0.007 0.007 0.061 0.500 0.269 0.156 87 R 0.004 0.003 0.156 0.244 0.446 0.147 88 N 0.007 0.001 0.158 0.074 0.508 0.252 89 A 0.052 0.008 0.146 0.045 0.516 0.232 90 R 0.232 0.006 0.021 0.017 0.289 0.435 91 R 0.780 0.004 0.005 0.006 0.060 0.146 92 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 93 T 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 94 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 95 V 0.800 0.005 0.001 0.004 0.027 0.164 96 G 0.214 0.009 0.003 0.005 0.203 0.566 97 P 0.055 0.012 0.006 0.022 0.393 0.512 98 G 0.018 0.026 0.017 0.059 0.478 0.403 99 T 0.016 0.015 0.022 0.055 0.499 0.393 100 P 0.013 0.019 0.077 0.288 0.294 0.308 101 L 0.015 0.049 0.081 0.417 0.154 0.284 102 A 0.014 0.019 0.056 0.506 0.116 0.291 103 P 0.007 0.002 0.112 0.708 0.097 0.076 104 V 0.007 0.005 0.118 0.776 0.072 0.022 105 L 0.004 0.004 0.069 0.847 0.068 0.008 106 F 0.002 0.001 0.043 0.899 0.041 0.013 107 E 0.001 0.001 0.032 0.919 0.031 0.017 108 H 0.001 0.001 0.017 0.872 0.035 0.074 109 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.977 110 L 0.067 0.015 0.018 0.233 0.107 0.559 111 Q 0.305 0.012 0.028 0.086 0.169 0.400 112 E 0.644 0.015 0.044 0.100 0.081 0.115 113 L 0.832 0.008 0.020 0.050 0.041 0.050 114 S 0.824 0.003 0.022 0.053 0.042 0.056 115 G 0.682 0.002 0.009 0.067 0.053 0.187 116 F 0.776 0.006 0.007 0.025 0.042 0.145 117 M 0.844 0.008 0.004 0.016 0.045 0.084 118 V 0.757 0.011 0.005 0.008 0.089 0.130 119 K 0.343 0.025 0.003 0.020 0.202 0.406 120 D 0.041 0.006 0.003 0.024 0.169 0.758 121 N 0.001 0.001 0.037 0.936 0.016 0.010 122 A 0.001 0.001 0.052 0.933 0.011 0.003 123 R 0.001 0.001 0.028 0.963 0.006 0.001 124 A 0.003 0.001 0.003 0.984 0.005 0.003 125 F 0.009 0.001 0.004 0.975 0.008 0.003 126 R 0.016 0.001 0.004 0.967 0.010 0.002 127 I 0.021 0.001 0.003 0.965 0.008 0.003 128 V 0.016 0.001 0.004 0.963 0.013 0.003 129 A 0.030 0.002 0.009 0.892 0.049 0.017 130 G 0.025 0.003 0.016 0.558 0.177 0.221 131 A 0.034 0.012 0.029 0.161 0.389 0.375 132 E 0.121 0.016 0.032 0.066 0.356 0.408 133 K 0.348 0.016 0.041 0.071 0.254 0.269 134 V 0.524 0.018 0.035 0.056 0.172 0.195 135 K 0.700 0.014 0.024 0.034 0.088 0.140 136 I 0.684 0.021 0.033 0.036 0.088 0.138 137 Y 0.586 0.026 0.038 0.029 0.168 0.153 138 S 0.374 0.012 0.041 0.022 0.330 0.220 139 A 0.200 0.005 0.056 0.046 0.492 0.200 140 G 0.303 0.006 0.018 0.011 0.413 0.249 141 Q 0.716 0.008 0.005 0.006 0.115 0.150 142 K 0.889 0.004 0.002 0.008 0.030 0.067 143 V 0.946 0.002 0.002 0.007 0.014 0.029 144 T 0.959 0.001 0.001 0.006 0.008 0.024 145 I 0.865 0.004 0.001 0.012 0.016 0.102 146 K 0.476 0.008 0.001 0.016 0.057 0.442 147 K 0.107 0.003 0.001 0.006 0.079 0.804