# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.002 0.037 0.741 0.002 0.008 0.017 0.001 0.001 0.024 0.082 0.020 0.018 0.046 2 E 0.001 0.021 0.847 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.009 0.063 0.022 0.006 0.013 3 D 0.001 0.026 0.438 0.004 0.065 0.016 0.001 0.001 0.005 0.102 0.327 0.004 0.013 4 R 0.001 0.013 0.259 0.003 0.059 0.011 0.001 0.001 0.002 0.191 0.451 0.005 0.004 5 M 0.001 0.014 0.415 0.001 0.033 0.008 0.001 0.001 0.003 0.303 0.211 0.002 0.009 6 N 0.001 0.014 0.383 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.519 0.066 0.004 0.002 7 D 0.001 0.021 0.617 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.002 0.315 0.026 0.001 0.004 8 P 0.001 0.017 0.247 0.002 0.108 0.362 0.001 0.001 0.003 0.072 0.184 0.001 0.004 9 F 0.002 0.012 0.115 0.007 0.147 0.530 0.002 0.003 0.003 0.036 0.121 0.013 0.008 10 I 0.011 0.007 0.086 0.006 0.164 0.521 0.007 0.004 0.015 0.029 0.056 0.047 0.047 11 M 0.042 0.028 0.073 0.009 0.077 0.569 0.010 0.005 0.009 0.025 0.062 0.031 0.059 12 S 0.059 0.017 0.168 0.008 0.036 0.324 0.004 0.007 0.021 0.047 0.089 0.131 0.090 13 Q 0.025 0.011 0.139 0.010 0.080 0.393 0.002 0.003 0.006 0.089 0.098 0.031 0.114 14 N 0.016 0.013 0.122 0.039 0.097 0.406 0.001 0.002 0.003 0.094 0.123 0.035 0.049 15 E 0.008 0.009 0.188 0.012 0.111 0.402 0.001 0.002 0.005 0.064 0.127 0.029 0.043 16 V 0.005 0.019 0.304 0.003 0.086 0.215 0.001 0.002 0.007 0.079 0.185 0.032 0.061 17 K 0.002 0.005 0.063 0.006 0.017 0.036 0.001 0.001 0.001 0.056 0.800 0.010 0.003 18 G 0.001 0.001 0.103 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.145 0.731 0.002 0.002 19 K 0.003 0.004 0.567 0.007 0.002 0.001 0.003 0.006 0.065 0.287 0.030 0.015 0.010 20 K 0.014 0.006 0.282 0.011 0.001 0.001 0.033 0.084 0.419 0.060 0.005 0.016 0.068 21 V 0.014 0.001 0.011 0.015 0.001 0.001 0.071 0.627 0.225 0.006 0.001 0.021 0.009 22 G 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.078 0.839 0.067 0.001 0.001 0.001 0.003 23 V 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.861 0.052 0.001 0.001 0.002 0.001 24 V 0.010 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.082 0.725 0.154 0.002 0.001 0.003 0.005 25 G 0.006 0.005 0.286 0.003 0.004 0.002 0.017 0.092 0.440 0.116 0.009 0.012 0.007 26 H 0.001 0.016 0.398 0.004 0.014 0.012 0.004 0.012 0.189 0.318 0.022 0.001 0.011 27 F 0.001 0.015 0.572 0.001 0.039 0.030 0.001 0.001 0.039 0.278 0.023 0.002 0.001 28 P 0.001 0.004 0.232 0.001 0.224 0.136 0.001 0.001 0.004 0.227 0.169 0.001 0.002 29 H 0.001 0.015 0.232 0.001 0.272 0.149 0.001 0.001 0.002 0.127 0.198 0.002 0.001 30 L 0.001 0.003 0.092 0.001 0.516 0.300 0.001 0.001 0.001 0.023 0.062 0.001 0.002 31 E 0.001 0.001 0.049 0.001 0.420 0.401 0.001 0.001 0.001 0.024 0.104 0.001 0.001 32 S 0.001 0.001 0.075 0.001 0.435 0.304 0.001 0.001 0.001 0.029 0.152 0.001 0.002 33 L 0.002 0.026 0.151 0.001 0.227 0.335 0.001 0.001 0.017 0.071 0.142 0.002 0.023 34 L 0.001 0.046 0.218 0.016 0.117 0.302 0.001 0.002 0.010 0.153 0.116 0.013 0.006 35 E 0.001 0.005 0.302 0.009 0.204 0.155 0.001 0.001 0.002 0.197 0.108 0.005 0.013 36 P 0.001 0.005 0.194 0.004 0.157 0.224 0.001 0.001 0.005 0.175 0.217 0.004 0.012 37 I 0.001 0.020 0.278 0.005 0.080 0.162 0.002 0.006 0.060 0.146 0.206 0.011 0.021 38 C 0.003 0.018 0.552 0.017 0.012 0.023 0.003 0.005 0.076 0.155 0.081 0.041 0.014 39 D 0.009 0.023 0.545 0.019 0.010 0.011 0.006 0.005 0.094 0.083 0.056 0.027 0.113 40 L 0.028 0.012 0.306 0.012 0.008 0.004 0.030 0.025 0.205 0.029 0.013 0.169 0.159 41 S 0.046 0.014 0.144 0.020 0.011 0.008 0.048 0.035 0.342 0.020 0.006 0.151 0.155 42 I 0.071 0.012 0.066 0.023 0.026 0.008 0.074 0.061 0.353 0.013 0.017 0.056 0.220 43 L 0.079 0.011 0.081 0.290 0.023 0.009 0.058 0.061 0.221 0.019 0.016 0.059 0.073 44 E 0.053 0.011 0.159 0.005 0.020 0.008 0.010 0.013 0.147 0.054 0.013 0.401 0.107 45 W 0.020 0.023 0.239 0.012 0.019 0.007 0.005 0.003 0.032 0.109 0.045 0.008 0.478 46 S 0.001 0.029 0.643 0.003 0.020 0.006 0.001 0.001 0.007 0.187 0.044 0.053 0.007 47 P 0.001 0.008 0.202 0.005 0.104 0.019 0.001 0.001 0.001 0.168 0.475 0.001 0.017 48 E 0.001 0.005 0.217 0.005 0.069 0.009 0.001 0.001 0.001 0.265 0.411 0.016 0.002 49 E 0.001 0.006 0.121 0.001 0.100 0.012 0.001 0.001 0.003 0.162 0.575 0.002 0.016 50 G 0.001 0.009 0.195 0.003 0.024 0.010 0.003 0.001 0.008 0.382 0.354 0.009 0.003 51 D 0.001 0.055 0.510 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.009 0.356 0.030 0.005 0.021 52 Y 0.001 0.091 0.579 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.009 0.255 0.009 0.037 0.011 53 P 0.001 0.038 0.831 0.001 0.006 0.033 0.001 0.001 0.005 0.029 0.016 0.001 0.041 54 L 0.001 0.003 0.087 0.001 0.118 0.709 0.001 0.001 0.002 0.012 0.067 0.001 0.001 55 P 0.001 0.002 0.052 0.001 0.236 0.600 0.001 0.001 0.001 0.028 0.082 0.001 0.001 56 A 0.001 0.002 0.026 0.001 0.316 0.572 0.001 0.001 0.002 0.004 0.076 0.001 0.001 57 S 0.001 0.005 0.037 0.001 0.330 0.536 0.001 0.001 0.001 0.025 0.065 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.247 0.296 0.001 0.001 0.001 0.024 0.419 0.001 0.001 59 F 0.001 0.002 0.022 0.001 0.121 0.106 0.001 0.001 0.001 0.030 0.719 0.001 0.001 60 I 0.001 0.013 0.457 0.001 0.129 0.246 0.001 0.001 0.008 0.054 0.092 0.001 0.002 61 L 0.001 0.004 0.620 0.001 0.090 0.068 0.001 0.001 0.002 0.196 0.019 0.001 0.001 62 P 0.001 0.001 0.140 0.001 0.126 0.036 0.001 0.001 0.001 0.054 0.642 0.001 0.001 63 E 0.001 0.004 0.128 0.002 0.078 0.017 0.001 0.002 0.011 0.050 0.705 0.001 0.001 64 C 0.001 0.003 0.833 0.001 0.009 0.003 0.001 0.002 0.040 0.099 0.006 0.001 0.004 65 D 0.001 0.005 0.362 0.071 0.006 0.003 0.002 0.008 0.105 0.412 0.013 0.009 0.004 66 Y 0.001 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.007 0.330 0.601 0.024 0.007 0.003 0.007 67 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.825 0.161 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.883 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 69 I 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.027 0.766 0.190 0.001 0.001 0.002 0.002 70 T 0.001 0.002 0.058 0.003 0.001 0.001 0.021 0.424 0.460 0.018 0.003 0.003 0.006 71 C 0.003 0.006 0.302 0.013 0.020 0.050 0.013 0.108 0.296 0.139 0.031 0.004 0.014 72 A 0.006 0.008 0.174 0.039 0.065 0.190 0.008 0.037 0.073 0.306 0.075 0.009 0.007 73 S 0.004 0.012 0.107 0.003 0.125 0.419 0.015 0.050 0.078 0.078 0.092 0.003 0.015 74 V 0.007 0.020 0.022 0.001 0.078 0.607 0.029 0.095 0.039 0.016 0.075 0.002 0.010 75 V 0.014 0.020 0.030 0.001 0.026 0.620 0.031 0.067 0.027 0.042 0.107 0.009 0.005 76 D 0.006 0.011 0.143 0.010 0.040 0.302 0.004 0.003 0.020 0.283 0.160 0.005 0.012 77 K 0.001 0.012 0.069 0.001 0.022 0.330 0.001 0.001 0.001 0.325 0.236 0.002 0.002 78 T 0.001 0.023 0.175 0.001 0.012 0.640 0.001 0.001 0.001 0.050 0.094 0.001 0.004 79 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 80 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 81 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 84 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 0.834 0.001 0.001 0.001 0.003 0.123 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.023 0.001 0.030 0.755 0.001 0.001 0.001 0.018 0.173 0.001 0.001 86 S 0.001 0.005 0.245 0.001 0.051 0.469 0.001 0.001 0.001 0.088 0.140 0.001 0.001 87 R 0.001 0.003 0.198 0.001 0.206 0.287 0.001 0.001 0.001 0.046 0.257 0.001 0.001 88 N 0.001 0.003 0.243 0.002 0.208 0.133 0.001 0.001 0.002 0.091 0.317 0.002 0.001 89 A 0.001 0.002 0.443 0.002 0.078 0.035 0.001 0.007 0.068 0.194 0.167 0.001 0.003 90 R 0.001 0.004 0.157 0.010 0.005 0.003 0.003 0.068 0.580 0.134 0.027 0.005 0.004 91 R 0.001 0.001 0.022 0.005 0.001 0.001 0.004 0.310 0.628 0.019 0.002 0.002 0.005 92 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.006 0.813 0.167 0.003 0.001 0.001 0.001 93 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.937 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.888 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 95 V 0.001 0.002 0.027 0.003 0.001 0.001 0.027 0.611 0.317 0.006 0.003 0.001 0.002 96 G 0.001 0.003 0.434 0.002 0.003 0.001 0.002 0.027 0.359 0.145 0.012 0.009 0.002 97 P 0.001 0.020 0.466 0.002 0.011 0.005 0.004 0.012 0.077 0.303 0.076 0.001 0.023 98 G 0.001 0.057 0.441 0.001 0.024 0.010 0.001 0.003 0.020 0.337 0.102 0.003 0.001 99 T 0.001 0.007 0.253 0.001 0.071 0.029 0.001 0.001 0.004 0.500 0.132 0.001 0.002 100 P 0.001 0.009 0.340 0.001 0.105 0.075 0.001 0.001 0.001 0.272 0.192 0.003 0.001 101 L 0.001 0.029 0.294 0.001 0.099 0.195 0.001 0.001 0.002 0.213 0.150 0.001 0.016 102 A 0.001 0.007 0.500 0.001 0.014 0.356 0.001 0.001 0.001 0.096 0.022 0.002 0.001 103 P 0.001 0.001 0.019 0.001 0.025 0.919 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.001 0.001 104 V 0.001 0.002 0.020 0.001 0.046 0.879 0.001 0.001 0.001 0.013 0.036 0.002 0.001 105 L 0.001 0.001 0.029 0.001 0.081 0.837 0.001 0.001 0.002 0.005 0.038 0.001 0.004 106 F 0.001 0.008 0.023 0.008 0.078 0.686 0.001 0.001 0.001 0.022 0.171 0.001 0.001 107 E 0.001 0.002 0.035 0.001 0.077 0.428 0.001 0.001 0.001 0.027 0.423 0.003 0.003 108 H 0.001 0.002 0.117 0.001 0.036 0.153 0.001 0.001 0.001 0.165 0.524 0.001 0.001 109 G 0.001 0.010 0.428 0.003 0.011 0.031 0.001 0.001 0.008 0.236 0.264 0.005 0.002 110 L 0.002 0.019 0.536 0.004 0.013 0.017 0.002 0.005 0.076 0.168 0.038 0.016 0.105 111 Q 0.012 0.023 0.242 0.123 0.011 0.030 0.010 0.029 0.050 0.203 0.017 0.190 0.059 112 E 0.075 0.005 0.110 0.011 0.011 0.026 0.043 0.185 0.190 0.022 0.022 0.045 0.254 113 L 0.130 0.009 0.086 0.019 0.009 0.019 0.052 0.178 0.192 0.014 0.027 0.144 0.120 114 S 0.064 0.005 0.125 0.092 0.012 0.016 0.035 0.096 0.223 0.050 0.104 0.135 0.041 115 G 0.089 0.006 0.264 0.010 0.006 0.003 0.024 0.028 0.273 0.068 0.118 0.027 0.086 116 F 0.088 0.022 0.259 0.016 0.003 0.002 0.041 0.013 0.198 0.053 0.012 0.198 0.094 117 M 0.020 0.034 0.224 0.004 0.004 0.002 0.041 0.010 0.283 0.035 0.028 0.091 0.223 118 V 0.030 0.038 0.315 0.011 0.006 0.003 0.039 0.008 0.214 0.074 0.032 0.071 0.159 119 K 0.001 0.046 0.513 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.025 0.280 0.016 0.078 0.028 120 D 0.001 0.008 0.853 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.098 0.005 0.001 0.021 121 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 122 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 123 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 128 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 129 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.830 0.001 0.001 0.001 0.004 0.156 0.001 0.001 130 G 0.001 0.002 0.031 0.001 0.013 0.422 0.001 0.001 0.001 0.040 0.491 0.001 0.001 131 A 0.001 0.004 0.187 0.001 0.039 0.231 0.001 0.001 0.001 0.172 0.361 0.002 0.002 132 E 0.001 0.007 0.263 0.002 0.064 0.139 0.001 0.001 0.002 0.224 0.286 0.006 0.005 133 K 0.001 0.017 0.356 0.008 0.078 0.133 0.001 0.001 0.005 0.193 0.174 0.013 0.020 134 V 0.004 0.022 0.500 0.007 0.053 0.087 0.002 0.003 0.036 0.110 0.053 0.043 0.080 135 K 0.012 0.034 0.367 0.011 0.033 0.066 0.004 0.003 0.046 0.076 0.032 0.186 0.130 136 I 0.021 0.026 0.252 0.027 0.070 0.068 0.005 0.006 0.019 0.053 0.087 0.043 0.323 137 Y 0.035 0.030 0.311 0.052 0.067 0.054 0.004 0.005 0.017 0.102 0.159 0.092 0.071 138 S 0.019 0.011 0.304 0.025 0.052 0.025 0.001 0.002 0.008 0.163 0.172 0.058 0.160 139 A 0.019 0.007 0.198 0.076 0.037 0.025 0.001 0.001 0.004 0.199 0.342 0.044 0.048 140 G 0.114 0.007 0.283 0.034 0.019 0.015 0.006 0.001 0.008 0.132 0.101 0.111 0.168 141 Q 0.270 0.006 0.170 0.013 0.004 0.004 0.018 0.003 0.017 0.018 0.009 0.194 0.273 142 K 0.467 0.006 0.026 0.006 0.001 0.002 0.052 0.004 0.013 0.006 0.002 0.190 0.224 143 V 0.446 0.003 0.031 0.021 0.002 0.003 0.121 0.012 0.028 0.004 0.003 0.125 0.203 144 T 0.410 0.002 0.022 0.027 0.002 0.003 0.089 0.005 0.026 0.006 0.004 0.259 0.145 145 I 0.299 0.004 0.049 0.005 0.003 0.003 0.040 0.003 0.027 0.007 0.006 0.102 0.454 146 K 0.155 0.019 0.174 0.036 0.008 0.010 0.030 0.003 0.030 0.073 0.050 0.201 0.211 147 K 0.007 0.009 0.529 0.006 0.013 0.009 0.001 0.001 0.015 0.201 0.041 0.074 0.095