# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.192 0.099 0.033 0.083 0.092 0.097 0.126 0.101 0.084 0.056 0.036 2 E 0.497 0.177 0.057 0.117 0.073 0.036 0.020 0.010 0.007 0.003 0.002 3 D 0.303 0.162 0.076 0.149 0.100 0.071 0.064 0.031 0.025 0.013 0.007 4 R 0.110 0.118 0.053 0.124 0.113 0.101 0.136 0.094 0.065 0.049 0.037 5 M 0.121 0.128 0.049 0.123 0.108 0.111 0.133 0.098 0.065 0.039 0.025 6 N 0.338 0.213 0.126 0.155 0.089 0.043 0.017 0.010 0.006 0.003 0.001 7 D 0.187 0.108 0.052 0.109 0.117 0.120 0.116 0.075 0.060 0.036 0.020 8 P 0.140 0.134 0.039 0.140 0.131 0.113 0.105 0.081 0.064 0.034 0.019 9 F 0.024 0.022 0.021 0.046 0.059 0.092 0.160 0.152 0.176 0.138 0.109 10 I 0.062 0.093 0.108 0.206 0.156 0.121 0.107 0.064 0.040 0.025 0.016 11 M 0.009 0.016 0.024 0.057 0.060 0.075 0.162 0.144 0.163 0.161 0.130 12 S 0.033 0.032 0.035 0.065 0.068 0.078 0.147 0.142 0.158 0.140 0.103 13 Q 0.084 0.080 0.076 0.194 0.165 0.128 0.123 0.060 0.048 0.027 0.014 14 N 0.141 0.088 0.123 0.135 0.105 0.099 0.117 0.062 0.062 0.043 0.024 15 E 0.130 0.129 0.059 0.169 0.132 0.110 0.131 0.066 0.040 0.022 0.012 16 V 0.141 0.099 0.055 0.072 0.070 0.089 0.142 0.124 0.095 0.069 0.045 17 K 0.217 0.284 0.080 0.187 0.110 0.058 0.033 0.017 0.008 0.004 0.002 18 G 0.334 0.194 0.074 0.113 0.103 0.077 0.046 0.026 0.020 0.009 0.004 19 K 0.175 0.101 0.040 0.159 0.145 0.123 0.108 0.053 0.048 0.029 0.019 20 K 0.037 0.052 0.031 0.154 0.186 0.184 0.180 0.085 0.054 0.025 0.012 21 V 0.001 0.001 0.003 0.007 0.011 0.020 0.072 0.121 0.198 0.269 0.299 22 G 0.001 0.001 0.005 0.009 0.020 0.034 0.101 0.190 0.213 0.212 0.216 23 V 0.001 0.001 0.005 0.007 0.012 0.017 0.054 0.123 0.221 0.270 0.290 24 V 0.001 0.001 0.006 0.007 0.015 0.026 0.076 0.132 0.230 0.242 0.263 25 G 0.002 0.005 0.009 0.026 0.044 0.067 0.149 0.168 0.222 0.168 0.139 26 H 0.003 0.010 0.011 0.034 0.042 0.066 0.162 0.154 0.198 0.171 0.148 27 F 0.014 0.014 0.011 0.048 0.067 0.103 0.214 0.164 0.152 0.120 0.094 28 P 0.138 0.088 0.072 0.148 0.104 0.095 0.124 0.079 0.071 0.048 0.034 29 H 0.034 0.096 0.034 0.130 0.130 0.128 0.173 0.114 0.081 0.049 0.032 30 L 0.009 0.010 0.006 0.018 0.028 0.050 0.141 0.150 0.206 0.193 0.188 31 E 0.280 0.123 0.129 0.217 0.128 0.059 0.037 0.013 0.008 0.004 0.002 32 S 0.139 0.111 0.147 0.243 0.154 0.097 0.067 0.024 0.012 0.005 0.001 33 L 0.005 0.007 0.011 0.012 0.014 0.027 0.106 0.131 0.215 0.236 0.236 34 L 0.037 0.067 0.053 0.136 0.157 0.169 0.215 0.091 0.043 0.023 0.010 35 E 0.115 0.098 0.527 0.148 0.063 0.027 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 36 P 0.130 0.098 0.114 0.164 0.142 0.145 0.138 0.044 0.017 0.007 0.003 37 I 0.153 0.093 0.063 0.097 0.077 0.082 0.129 0.116 0.099 0.061 0.031 38 C 0.026 0.033 0.032 0.055 0.079 0.123 0.205 0.166 0.124 0.092 0.065 39 D 0.092 0.211 0.225 0.227 0.139 0.066 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 40 L 0.004 0.004 0.007 0.015 0.026 0.060 0.148 0.149 0.199 0.206 0.183 41 S 0.068 0.086 0.049 0.190 0.185 0.136 0.128 0.081 0.044 0.021 0.011 42 I 0.001 0.002 0.005 0.012 0.014 0.021 0.075 0.113 0.214 0.275 0.267 43 L 0.008 0.009 0.027 0.030 0.046 0.058 0.124 0.147 0.188 0.192 0.171 44 E 0.022 0.039 0.083 0.166 0.142 0.120 0.155 0.093 0.086 0.060 0.034 45 W 0.020 0.031 0.042 0.072 0.084 0.113 0.203 0.135 0.121 0.103 0.074 46 S 0.148 0.131 0.044 0.145 0.113 0.096 0.133 0.085 0.055 0.032 0.018 47 P 0.266 0.146 0.047 0.110 0.093 0.078 0.089 0.065 0.049 0.034 0.023 48 E 0.486 0.240 0.045 0.097 0.064 0.032 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 49 E 0.336 0.178 0.033 0.106 0.101 0.073 0.064 0.044 0.033 0.019 0.012 50 G 0.378 0.151 0.038 0.104 0.098 0.073 0.064 0.037 0.030 0.016 0.010 51 D 0.409 0.174 0.080 0.157 0.086 0.042 0.023 0.014 0.009 0.004 0.002 52 Y 0.036 0.034 0.017 0.041 0.065 0.108 0.177 0.172 0.147 0.113 0.091 53 P 0.111 0.220 0.064 0.165 0.106 0.084 0.080 0.070 0.050 0.028 0.022 54 L 0.074 0.064 0.034 0.103 0.115 0.127 0.160 0.109 0.091 0.071 0.052 55 P 0.474 0.202 0.086 0.126 0.059 0.026 0.012 0.007 0.004 0.002 0.001 56 A 0.098 0.128 0.029 0.150 0.140 0.130 0.136 0.083 0.060 0.031 0.015 57 S 0.031 0.027 0.015 0.038 0.052 0.080 0.149 0.145 0.185 0.154 0.125 58 E 0.137 0.096 0.133 0.264 0.158 0.093 0.067 0.024 0.016 0.008 0.004 59 F 0.043 0.054 0.168 0.192 0.148 0.127 0.129 0.062 0.038 0.026 0.013 60 I 0.003 0.007 0.011 0.016 0.020 0.036 0.127 0.168 0.209 0.215 0.187 61 L 0.024 0.031 0.032 0.070 0.092 0.129 0.195 0.171 0.116 0.084 0.056 62 P 0.150 0.140 0.249 0.179 0.113 0.069 0.040 0.025 0.019 0.011 0.005 63 E 0.111 0.139 0.064 0.185 0.189 0.146 0.090 0.043 0.022 0.009 0.004 64 C 0.002 0.002 0.001 0.005 0.009 0.023 0.081 0.116 0.226 0.258 0.276 65 D 0.025 0.060 0.042 0.219 0.209 0.170 0.144 0.063 0.038 0.019 0.011 66 Y 0.001 0.003 0.015 0.043 0.055 0.081 0.182 0.150 0.162 0.169 0.137 67 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 0.028 0.103 0.154 0.212 0.235 0.243 68 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.061 0.137 0.241 0.272 0.264 69 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.012 0.049 0.119 0.229 0.272 0.309 70 T 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.024 0.089 0.176 0.259 0.220 0.214 71 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 0.062 0.140 0.259 0.254 0.264 72 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.016 0.076 0.147 0.253 0.237 0.258 73 S 0.001 0.001 0.004 0.008 0.017 0.030 0.122 0.185 0.224 0.203 0.206 74 V 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.019 0.071 0.130 0.226 0.243 0.289 75 V 0.001 0.002 0.005 0.009 0.020 0.043 0.146 0.177 0.232 0.186 0.180 76 D 0.034 0.035 0.065 0.127 0.132 0.134 0.185 0.102 0.089 0.058 0.040 77 K 0.118 0.093 0.076 0.205 0.136 0.132 0.137 0.053 0.029 0.014 0.007 78 T 0.012 0.040 0.015 0.040 0.050 0.068 0.161 0.171 0.182 0.151 0.109 79 L 0.009 0.017 0.007 0.037 0.054 0.112 0.244 0.180 0.147 0.102 0.092 80 P 0.247 0.116 0.229 0.207 0.118 0.050 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 81 R 0.024 0.036 0.049 0.202 0.207 0.189 0.194 0.066 0.020 0.009 0.003 82 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.021 0.066 0.235 0.326 0.343 83 L 0.001 0.001 0.006 0.011 0.038 0.102 0.259 0.216 0.177 0.123 0.065 84 E 0.010 0.024 0.718 0.141 0.063 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 85 L 0.001 0.004 0.018 0.041 0.062 0.154 0.394 0.184 0.083 0.042 0.019 86 S 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.006 0.043 0.099 0.243 0.311 0.286 87 R 0.043 0.075 0.195 0.225 0.192 0.139 0.093 0.023 0.009 0.004 0.002 88 N 0.072 0.123 0.501 0.152 0.078 0.044 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 89 A 0.023 0.023 0.026 0.050 0.067 0.127 0.282 0.158 0.123 0.072 0.048 90 R 0.111 0.090 0.079 0.139 0.114 0.137 0.159 0.072 0.056 0.029 0.014 91 R 0.017 0.029 0.152 0.187 0.150 0.134 0.151 0.070 0.052 0.038 0.020 92 I 0.001 0.004 0.019 0.028 0.044 0.080 0.224 0.176 0.148 0.147 0.128 93 T 0.001 0.002 0.009 0.013 0.016 0.024 0.077 0.138 0.226 0.259 0.235 94 L 0.001 0.002 0.012 0.014 0.026 0.044 0.108 0.161 0.202 0.225 0.205 95 V 0.003 0.007 0.017 0.034 0.054 0.074 0.138 0.160 0.193 0.167 0.153 96 G 0.004 0.007 0.007 0.026 0.040 0.064 0.138 0.155 0.208 0.187 0.164 97 P 0.010 0.014 0.009 0.037 0.049 0.063 0.130 0.143 0.190 0.186 0.168 98 G 0.012 0.020 0.011 0.054 0.069 0.085 0.158 0.148 0.167 0.144 0.130 99 T 0.007 0.008 0.006 0.023 0.032 0.045 0.107 0.130 0.200 0.217 0.226 100 P 0.038 0.041 0.028 0.093 0.104 0.106 0.157 0.126 0.124 0.098 0.085 101 L 0.015 0.032 0.018 0.069 0.073 0.078 0.148 0.136 0.153 0.146 0.131 102 A 0.019 0.021 0.011 0.044 0.063 0.082 0.160 0.152 0.178 0.148 0.123 103 P 0.121 0.067 0.057 0.129 0.110 0.091 0.117 0.079 0.095 0.075 0.058 104 V 0.101 0.112 0.053 0.228 0.176 0.120 0.116 0.047 0.026 0.014 0.007 105 L 0.015 0.014 0.012 0.022 0.024 0.032 0.094 0.121 0.188 0.234 0.244 106 F 0.063 0.098 0.032 0.119 0.132 0.136 0.173 0.108 0.069 0.042 0.028 107 E 0.268 0.209 0.160 0.165 0.104 0.049 0.020 0.012 0.008 0.004 0.001 108 H 0.095 0.048 0.022 0.069 0.100 0.144 0.190 0.138 0.092 0.062 0.041 109 G 0.191 0.240 0.050 0.159 0.127 0.078 0.055 0.046 0.034 0.014 0.007 110 L 0.002 0.002 0.002 0.006 0.011 0.026 0.086 0.116 0.209 0.251 0.288 111 Q 0.060 0.088 0.134 0.232 0.196 0.123 0.082 0.036 0.025 0.014 0.010 112 E 0.005 0.012 0.023 0.089 0.083 0.104 0.230 0.148 0.128 0.112 0.066 113 L 0.002 0.004 0.007 0.014 0.018 0.026 0.078 0.130 0.187 0.255 0.279 114 S 0.006 0.009 0.009 0.025 0.036 0.061 0.147 0.197 0.224 0.172 0.115 115 G 0.062 0.091 0.131 0.206 0.202 0.122 0.072 0.047 0.036 0.021 0.011 116 F 0.017 0.013 0.013 0.029 0.043 0.076 0.173 0.150 0.197 0.165 0.125 117 M 0.106 0.117 0.043 0.196 0.160 0.108 0.115 0.073 0.048 0.024 0.012 118 V 0.016 0.010 0.013 0.017 0.021 0.041 0.122 0.141 0.203 0.215 0.200 119 K 0.176 0.237 0.116 0.235 0.121 0.062 0.033 0.011 0.005 0.002 0.001 120 D 0.047 0.120 0.051 0.093 0.088 0.104 0.166 0.120 0.100 0.071 0.038 121 N 0.198 0.180 0.045 0.170 0.144 0.111 0.079 0.037 0.021 0.010 0.005 122 A 0.534 0.130 0.084 0.108 0.064 0.041 0.020 0.009 0.007 0.002 0.001 123 R 0.049 0.069 0.064 0.224 0.213 0.160 0.132 0.054 0.021 0.010 0.004 124 A 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.010 0.051 0.088 0.221 0.291 0.325 125 F 0.002 0.004 0.037 0.043 0.083 0.137 0.244 0.164 0.130 0.102 0.052 126 R 0.004 0.016 0.351 0.176 0.132 0.112 0.101 0.051 0.029 0.020 0.008 127 I 0.001 0.002 0.012 0.019 0.030 0.068 0.224 0.200 0.186 0.157 0.101 128 V 0.003 0.002 0.007 0.007 0.009 0.018 0.077 0.134 0.244 0.272 0.228 129 A 0.034 0.045 0.122 0.132 0.131 0.129 0.168 0.089 0.069 0.048 0.031 130 G 0.076 0.139 0.156 0.195 0.151 0.112 0.090 0.043 0.023 0.011 0.005 131 A 0.097 0.054 0.025 0.056 0.063 0.090 0.167 0.144 0.137 0.095 0.071 132 E 0.318 0.233 0.051 0.135 0.089 0.063 0.052 0.027 0.019 0.009 0.005 133 K 0.195 0.171 0.085 0.178 0.136 0.093 0.069 0.034 0.024 0.012 0.005 134 V 0.096 0.044 0.042 0.078 0.093 0.112 0.170 0.114 0.109 0.080 0.061 135 K 0.146 0.127 0.110 0.236 0.142 0.096 0.079 0.033 0.020 0.009 0.004 136 I 0.014 0.024 0.060 0.065 0.056 0.070 0.152 0.132 0.153 0.157 0.117 137 Y 0.018 0.031 0.042 0.067 0.089 0.129 0.224 0.150 0.112 0.082 0.056 138 S 0.129 0.142 0.229 0.219 0.119 0.071 0.046 0.021 0.014 0.007 0.003 139 A 0.143 0.116 0.103 0.168 0.135 0.124 0.108 0.056 0.027 0.014 0.006 140 G 0.130 0.096 0.057 0.090 0.088 0.098 0.131 0.108 0.106 0.060 0.036 141 Q 0.063 0.070 0.056 0.117 0.111 0.133 0.179 0.099 0.084 0.055 0.033 142 K 0.080 0.099 0.192 0.228 0.170 0.105 0.066 0.027 0.018 0.010 0.004 143 V 0.019 0.015 0.043 0.056 0.061 0.100 0.221 0.150 0.139 0.118 0.077 144 T 0.043 0.072 0.082 0.174 0.127 0.115 0.153 0.102 0.066 0.041 0.025 145 I 0.007 0.009 0.019 0.020 0.027 0.049 0.133 0.158 0.206 0.210 0.162 146 K 0.115 0.150 0.136 0.210 0.151 0.097 0.071 0.033 0.019 0.011 0.007 147 K 0.211 0.152 0.110 0.170 0.116 0.088 0.074 0.034 0.026 0.013 0.005