# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.162 0.284 0.374 0.055 0.042 0.031 0.009 0.005 0.031 0.006 0.001 2 E 0.292 0.164 0.316 0.065 0.050 0.035 0.022 0.008 0.027 0.020 0.001 3 D 0.320 0.084 0.219 0.180 0.042 0.057 0.049 0.015 0.023 0.006 0.005 4 R 0.265 0.202 0.153 0.227 0.047 0.030 0.025 0.012 0.033 0.003 0.001 5 M 0.219 0.178 0.363 0.109 0.045 0.029 0.021 0.008 0.013 0.012 0.002 6 N 0.217 0.141 0.179 0.257 0.050 0.056 0.043 0.018 0.028 0.008 0.002 7 D 0.013 0.160 0.383 0.008 0.039 0.075 0.028 0.001 0.292 0.001 0.001 8 P 0.714 0.011 0.162 0.071 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 9 F 0.446 0.129 0.163 0.156 0.034 0.032 0.013 0.007 0.016 0.004 0.001 10 I 0.345 0.231 0.167 0.129 0.028 0.042 0.013 0.003 0.040 0.001 0.001 11 M 0.400 0.175 0.250 0.089 0.018 0.034 0.010 0.002 0.021 0.001 0.001 12 S 0.299 0.217 0.261 0.108 0.045 0.038 0.007 0.004 0.016 0.004 0.001 13 Q 0.397 0.225 0.160 0.098 0.052 0.024 0.014 0.003 0.022 0.004 0.001 14 N 0.284 0.127 0.233 0.140 0.047 0.073 0.050 0.010 0.030 0.005 0.001 15 E 0.465 0.137 0.157 0.166 0.022 0.024 0.011 0.003 0.014 0.001 0.001 16 V 0.215 0.379 0.176 0.097 0.027 0.028 0.009 0.002 0.065 0.002 0.001 17 K 0.100 0.053 0.599 0.096 0.007 0.030 0.089 0.003 0.013 0.009 0.001 18 G 0.009 0.004 0.013 0.019 0.033 0.001 0.127 0.760 0.001 0.034 0.001 19 K 0.014 0.432 0.440 0.025 0.023 0.035 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 20 K 0.002 0.236 0.716 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 21 V 0.013 0.861 0.057 0.017 0.022 0.013 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 22 G 0.001 0.706 0.219 0.001 0.049 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 23 V 0.002 0.789 0.123 0.001 0.015 0.037 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 24 V 0.009 0.606 0.184 0.011 0.010 0.059 0.002 0.001 0.117 0.001 0.001 25 G 0.018 0.049 0.106 0.010 0.496 0.007 0.014 0.081 0.002 0.216 0.001 26 H 0.119 0.279 0.159 0.215 0.075 0.077 0.027 0.009 0.023 0.015 0.002 27 F 0.081 0.181 0.225 0.010 0.090 0.028 0.054 0.003 0.288 0.039 0.001 28 P 0.534 0.001 0.209 0.022 0.001 0.028 0.002 0.002 0.001 0.001 0.199 29 H 0.162 0.047 0.135 0.159 0.015 0.281 0.025 0.010 0.160 0.003 0.003 30 L 0.791 0.022 0.037 0.099 0.002 0.033 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 31 E 0.976 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 32 S 0.896 0.004 0.005 0.079 0.007 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 33 L 0.843 0.005 0.013 0.133 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.785 0.021 0.039 0.118 0.004 0.012 0.010 0.002 0.007 0.002 0.001 35 E 0.650 0.087 0.167 0.022 0.018 0.005 0.010 0.002 0.033 0.006 0.001 36 P 0.741 0.003 0.205 0.027 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 37 I 0.303 0.059 0.082 0.430 0.019 0.017 0.037 0.030 0.020 0.002 0.001 38 C 0.115 0.203 0.491 0.061 0.057 0.021 0.022 0.005 0.019 0.007 0.001 39 D 0.080 0.181 0.279 0.217 0.028 0.109 0.062 0.006 0.035 0.002 0.002 40 L 0.004 0.617 0.310 0.005 0.034 0.015 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 41 S 0.005 0.761 0.169 0.002 0.024 0.026 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 42 I 0.004 0.783 0.164 0.001 0.010 0.023 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 43 L 0.014 0.821 0.057 0.008 0.050 0.019 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 44 E 0.016 0.605 0.231 0.005 0.106 0.026 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 45 W 0.062 0.509 0.197 0.107 0.044 0.042 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 46 S 0.007 0.268 0.294 0.001 0.055 0.022 0.017 0.001 0.330 0.005 0.001 47 P 0.486 0.003 0.346 0.019 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 48 E 0.200 0.159 0.359 0.089 0.061 0.041 0.032 0.010 0.037 0.007 0.004 49 E 0.168 0.100 0.501 0.168 0.011 0.018 0.010 0.002 0.014 0.001 0.006 50 G 0.025 0.005 0.040 0.016 0.053 0.001 0.040 0.567 0.001 0.251 0.001 51 D 0.149 0.118 0.321 0.291 0.022 0.063 0.015 0.003 0.014 0.002 0.003 52 Y 0.011 0.420 0.368 0.006 0.037 0.033 0.014 0.001 0.109 0.001 0.001 53 P 0.028 0.009 0.853 0.005 0.001 0.083 0.001 0.001 0.005 0.001 0.016 54 L 0.151 0.069 0.711 0.005 0.012 0.021 0.002 0.001 0.026 0.002 0.002 55 P 0.684 0.003 0.285 0.011 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 56 A 0.712 0.013 0.075 0.161 0.008 0.007 0.006 0.010 0.005 0.002 0.001 57 S 0.550 0.048 0.254 0.084 0.024 0.015 0.009 0.006 0.006 0.004 0.001 58 E 0.746 0.023 0.112 0.093 0.009 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 59 F 0.489 0.068 0.088 0.241 0.049 0.012 0.018 0.021 0.011 0.003 0.001 60 I 0.337 0.192 0.270 0.103 0.015 0.050 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 61 L 0.183 0.184 0.370 0.007 0.010 0.048 0.013 0.001 0.182 0.001 0.001 62 P 0.521 0.003 0.437 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 63 E 0.322 0.008 0.022 0.561 0.006 0.006 0.016 0.054 0.003 0.001 0.001 64 C 0.014 0.072 0.829 0.004 0.024 0.042 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 65 D 0.646 0.001 0.002 0.350 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 Y 0.003 0.734 0.006 0.003 0.252 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.003 0.936 0.021 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 68 Y 0.010 0.736 0.133 0.001 0.012 0.056 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 69 I 0.019 0.569 0.084 0.011 0.026 0.163 0.002 0.001 0.124 0.001 0.001 70 T 0.077 0.409 0.327 0.028 0.039 0.082 0.003 0.002 0.028 0.003 0.001 71 C 0.297 0.203 0.129 0.031 0.075 0.080 0.136 0.009 0.025 0.012 0.002 72 A 0.743 0.099 0.102 0.014 0.018 0.015 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 73 S 0.903 0.040 0.023 0.007 0.009 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 74 V 0.946 0.015 0.006 0.025 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.858 0.026 0.011 0.086 0.002 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 76 D 0.602 0.017 0.030 0.248 0.008 0.014 0.066 0.005 0.006 0.005 0.001 77 K 0.275 0.008 0.016 0.115 0.017 0.029 0.434 0.093 0.008 0.004 0.001 78 T 0.590 0.039 0.065 0.265 0.008 0.024 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 79 L 0.956 0.003 0.017 0.008 0.001 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 80 P 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 R 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.670 0.001 0.002 0.324 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 S 0.414 0.036 0.223 0.211 0.008 0.040 0.030 0.009 0.025 0.003 0.001 87 R 0.560 0.039 0.262 0.087 0.011 0.018 0.012 0.002 0.004 0.003 0.001 88 N 0.164 0.036 0.141 0.488 0.035 0.039 0.046 0.027 0.017 0.004 0.001 89 A 0.157 0.114 0.413 0.129 0.038 0.046 0.049 0.023 0.028 0.003 0.001 90 R 0.190 0.247 0.312 0.143 0.041 0.033 0.011 0.004 0.016 0.001 0.001 91 R 0.068 0.377 0.390 0.053 0.022 0.060 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 92 I 0.007 0.827 0.088 0.004 0.036 0.009 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 93 T 0.003 0.831 0.118 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 94 L 0.009 0.390 0.424 0.003 0.003 0.153 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 95 V 0.019 0.661 0.106 0.025 0.036 0.040 0.004 0.001 0.109 0.001 0.001 96 G 0.020 0.209 0.293 0.001 0.295 0.021 0.028 0.001 0.103 0.025 0.003 97 P 0.233 0.007 0.524 0.043 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 98 G 0.152 0.085 0.284 0.149 0.098 0.046 0.049 0.090 0.018 0.024 0.005 99 T 0.090 0.256 0.301 0.009 0.092 0.028 0.044 0.005 0.159 0.015 0.001 100 P 0.345 0.010 0.466 0.043 0.001 0.068 0.003 0.001 0.004 0.001 0.058 101 L 0.390 0.105 0.225 0.165 0.018 0.053 0.019 0.008 0.014 0.001 0.002 102 A 0.393 0.093 0.397 0.011 0.014 0.021 0.018 0.003 0.044 0.006 0.001 103 P 0.870 0.003 0.106 0.006 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 104 V 0.946 0.015 0.014 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 L 0.911 0.011 0.021 0.044 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 106 F 0.921 0.016 0.017 0.025 0.005 0.004 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 107 E 0.850 0.019 0.016 0.080 0.005 0.010 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 108 H 0.268 0.052 0.087 0.571 0.015 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 109 G 0.023 0.001 0.008 0.005 0.007 0.001 0.095 0.786 0.001 0.073 0.001 110 L 0.185 0.241 0.478 0.011 0.017 0.060 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 111 Q 0.836 0.024 0.016 0.114 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 112 E 0.169 0.632 0.051 0.012 0.115 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 113 L 0.254 0.502 0.120 0.041 0.011 0.033 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 114 S 0.110 0.392 0.135 0.113 0.214 0.007 0.005 0.003 0.017 0.004 0.001 115 G 0.059 0.102 0.122 0.068 0.331 0.014 0.078 0.143 0.012 0.072 0.001 116 F 0.026 0.515 0.282 0.025 0.118 0.014 0.003 0.001 0.013 0.002 0.001 117 M 0.028 0.657 0.208 0.006 0.024 0.044 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 118 V 0.026 0.239 0.618 0.003 0.002 0.097 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 119 K 0.360 0.314 0.105 0.112 0.032 0.038 0.007 0.001 0.029 0.002 0.001 120 D 0.046 0.186 0.226 0.017 0.260 0.103 0.026 0.001 0.125 0.009 0.001 121 N 0.938 0.002 0.005 0.043 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 122 A 0.948 0.003 0.005 0.038 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 123 R 0.947 0.007 0.008 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.985 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 F 0.988 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.987 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 I 0.985 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 V 0.951 0.015 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 129 A 0.808 0.034 0.031 0.109 0.007 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 130 G 0.368 0.028 0.077 0.260 0.068 0.006 0.070 0.079 0.008 0.037 0.001 131 A 0.310 0.046 0.209 0.192 0.068 0.015 0.049 0.051 0.013 0.045 0.001 132 E 0.368 0.083 0.208 0.131 0.106 0.012 0.023 0.022 0.005 0.041 0.001 133 K 0.336 0.143 0.197 0.171 0.071 0.029 0.024 0.009 0.010 0.009 0.001 134 V 0.126 0.453 0.207 0.088 0.069 0.021 0.007 0.002 0.027 0.001 0.001 135 K 0.109 0.375 0.339 0.021 0.035 0.056 0.015 0.001 0.046 0.001 0.001 136 I 0.153 0.327 0.356 0.035 0.015 0.083 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 137 Y 0.230 0.255 0.214 0.175 0.046 0.042 0.011 0.002 0.021 0.003 0.001 138 S 0.119 0.337 0.176 0.068 0.210 0.015 0.026 0.011 0.023 0.015 0.001 139 A 0.201 0.111 0.226 0.176 0.088 0.013 0.114 0.028 0.015 0.026 0.001 140 G 0.086 0.055 0.183 0.054 0.185 0.004 0.055 0.253 0.003 0.121 0.001 141 Q 0.051 0.556 0.272 0.027 0.061 0.018 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 142 K 0.018 0.580 0.341 0.005 0.017 0.026 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 143 V 0.018 0.832 0.077 0.009 0.040 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 144 T 0.010 0.759 0.152 0.003 0.043 0.019 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 145 I 0.019 0.722 0.164 0.008 0.028 0.032 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 146 K 0.032 0.513 0.312 0.019 0.033 0.036 0.004 0.001 0.049 0.001 0.001 147 K 0.123 0.205 0.388 0.029 0.110 0.023 0.033 0.022 0.017 0.050 0.001