# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5759 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.152 0.305 0.312 0.072 0.055 0.035 0.015 0.005 0.042 0.006 0.001 2 E 0.302 0.147 0.366 0.046 0.045 0.028 0.018 0.006 0.023 0.017 0.002 3 D 0.347 0.103 0.298 0.101 0.039 0.053 0.023 0.010 0.017 0.004 0.006 4 R 0.317 0.244 0.174 0.171 0.023 0.031 0.008 0.003 0.029 0.001 0.001 5 M 0.215 0.258 0.299 0.104 0.054 0.025 0.014 0.005 0.015 0.010 0.001 6 N 0.187 0.082 0.109 0.262 0.036 0.098 0.146 0.021 0.050 0.009 0.002 7 D 0.053 0.215 0.371 0.018 0.051 0.047 0.032 0.001 0.208 0.002 0.001 8 P 0.586 0.015 0.287 0.057 0.001 0.024 0.003 0.002 0.002 0.001 0.023 9 F 0.297 0.154 0.208 0.166 0.034 0.054 0.042 0.014 0.026 0.004 0.001 10 I 0.287 0.318 0.171 0.101 0.030 0.042 0.011 0.002 0.034 0.002 0.001 11 M 0.225 0.250 0.274 0.054 0.047 0.051 0.023 0.002 0.070 0.003 0.001 12 S 0.409 0.072 0.351 0.089 0.011 0.046 0.005 0.003 0.008 0.002 0.005 13 Q 0.468 0.194 0.118 0.128 0.042 0.017 0.008 0.003 0.019 0.003 0.001 14 N 0.294 0.076 0.175 0.177 0.031 0.094 0.103 0.013 0.030 0.005 0.001 15 E 0.427 0.131 0.141 0.219 0.022 0.024 0.013 0.004 0.016 0.001 0.001 16 V 0.205 0.353 0.200 0.122 0.024 0.033 0.008 0.002 0.049 0.001 0.001 17 K 0.099 0.066 0.522 0.106 0.013 0.028 0.132 0.005 0.015 0.012 0.001 18 G 0.010 0.004 0.016 0.020 0.044 0.001 0.095 0.760 0.001 0.048 0.001 19 K 0.016 0.404 0.459 0.029 0.024 0.036 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 20 K 0.002 0.245 0.706 0.001 0.003 0.036 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 21 V 0.014 0.858 0.058 0.019 0.022 0.013 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 22 G 0.002 0.717 0.208 0.001 0.049 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 23 V 0.003 0.784 0.125 0.001 0.014 0.040 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 24 V 0.009 0.601 0.181 0.012 0.010 0.059 0.002 0.001 0.124 0.001 0.001 25 G 0.018 0.044 0.104 0.010 0.479 0.007 0.015 0.086 0.002 0.234 0.001 26 H 0.117 0.282 0.161 0.216 0.072 0.075 0.028 0.009 0.023 0.014 0.002 27 F 0.071 0.183 0.241 0.009 0.086 0.029 0.056 0.002 0.289 0.033 0.001 28 P 0.514 0.002 0.227 0.023 0.001 0.027 0.002 0.002 0.001 0.001 0.200 29 H 0.141 0.066 0.172 0.128 0.021 0.268 0.022 0.009 0.169 0.003 0.002 30 L 0.808 0.021 0.035 0.092 0.002 0.029 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 31 E 0.979 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 S 0.888 0.003 0.006 0.089 0.006 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 33 L 0.830 0.005 0.015 0.144 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.749 0.026 0.050 0.132 0.005 0.015 0.011 0.002 0.008 0.002 0.001 35 E 0.570 0.114 0.202 0.021 0.025 0.006 0.011 0.002 0.042 0.008 0.001 36 P 0.726 0.003 0.220 0.025 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 37 I 0.297 0.059 0.079 0.447 0.019 0.018 0.032 0.028 0.020 0.002 0.001 38 C 0.114 0.206 0.493 0.057 0.057 0.021 0.020 0.004 0.020 0.007 0.001 39 D 0.080 0.165 0.277 0.232 0.028 0.109 0.064 0.007 0.034 0.002 0.002 40 L 0.004 0.622 0.305 0.005 0.036 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 41 S 0.005 0.783 0.150 0.002 0.025 0.022 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 42 I 0.004 0.776 0.171 0.001 0.010 0.023 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 43 L 0.014 0.819 0.058 0.008 0.051 0.020 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 44 E 0.015 0.618 0.219 0.004 0.110 0.023 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 45 W 0.069 0.496 0.209 0.114 0.038 0.041 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 46 S 0.007 0.263 0.284 0.001 0.059 0.022 0.016 0.001 0.343 0.005 0.001 47 P 0.596 0.003 0.266 0.021 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 48 E 0.239 0.146 0.309 0.111 0.051 0.046 0.038 0.009 0.040 0.006 0.003 49 E 0.179 0.096 0.462 0.205 0.011 0.017 0.010 0.002 0.013 0.001 0.005 50 G 0.022 0.006 0.041 0.017 0.051 0.001 0.051 0.585 0.001 0.224 0.001 51 D 0.158 0.126 0.305 0.289 0.021 0.065 0.016 0.002 0.014 0.002 0.002 52 Y 0.009 0.412 0.374 0.005 0.032 0.038 0.012 0.001 0.116 0.001 0.001 53 P 0.027 0.010 0.857 0.005 0.001 0.082 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 54 L 0.130 0.085 0.711 0.004 0.015 0.021 0.002 0.001 0.029 0.002 0.002 55 P 0.571 0.004 0.393 0.011 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 56 A 0.694 0.016 0.100 0.146 0.011 0.009 0.006 0.011 0.005 0.003 0.001 57 S 0.561 0.051 0.240 0.079 0.028 0.014 0.008 0.006 0.007 0.005 0.001 58 E 0.747 0.023 0.112 0.092 0.009 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 59 F 0.492 0.065 0.085 0.246 0.045 0.013 0.018 0.020 0.011 0.003 0.001 60 I 0.336 0.194 0.265 0.104 0.015 0.051 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 61 L 0.182 0.186 0.371 0.007 0.010 0.048 0.013 0.001 0.179 0.001 0.001 62 P 0.521 0.003 0.438 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 63 E 0.317 0.008 0.022 0.568 0.005 0.006 0.017 0.052 0.003 0.001 0.001 64 C 0.014 0.073 0.828 0.004 0.024 0.042 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 65 D 0.645 0.001 0.002 0.351 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 Y 0.003 0.735 0.006 0.003 0.251 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.003 0.936 0.021 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 68 Y 0.010 0.738 0.133 0.001 0.012 0.055 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 69 I 0.019 0.572 0.083 0.011 0.026 0.162 0.002 0.001 0.123 0.001 0.001 70 T 0.075 0.410 0.329 0.028 0.039 0.081 0.003 0.002 0.028 0.003 0.001 71 C 0.290 0.204 0.130 0.032 0.077 0.079 0.139 0.009 0.025 0.013 0.002 72 A 0.736 0.102 0.105 0.015 0.018 0.015 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 73 S 0.899 0.042 0.024 0.007 0.010 0.008 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 74 V 0.944 0.016 0.007 0.025 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.855 0.027 0.012 0.087 0.002 0.007 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 76 D 0.595 0.018 0.031 0.250 0.008 0.014 0.068 0.005 0.006 0.005 0.001 77 K 0.265 0.007 0.016 0.113 0.017 0.028 0.447 0.094 0.008 0.004 0.001 78 T 0.580 0.040 0.068 0.271 0.009 0.024 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 79 L 0.952 0.003 0.018 0.008 0.001 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 80 P 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 R 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.675 0.001 0.002 0.319 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 S 0.423 0.035 0.218 0.209 0.008 0.040 0.030 0.009 0.025 0.003 0.001 87 R 0.571 0.039 0.255 0.085 0.011 0.018 0.012 0.002 0.004 0.003 0.001 88 N 0.170 0.034 0.134 0.499 0.033 0.037 0.044 0.027 0.016 0.004 0.001 89 A 0.147 0.116 0.424 0.126 0.039 0.046 0.049 0.023 0.028 0.003 0.001 90 R 0.182 0.252 0.314 0.142 0.042 0.034 0.012 0.004 0.017 0.001 0.001 91 R 0.061 0.393 0.389 0.047 0.023 0.058 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 92 I 0.007 0.830 0.086 0.004 0.035 0.009 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 93 T 0.003 0.833 0.116 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 94 L 0.009 0.397 0.416 0.003 0.003 0.154 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 95 V 0.019 0.662 0.106 0.024 0.037 0.040 0.004 0.001 0.109 0.001 0.001 96 G 0.020 0.210 0.293 0.001 0.293 0.021 0.028 0.001 0.104 0.025 0.003 97 P 0.233 0.006 0.523 0.043 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 98 G 0.154 0.084 0.283 0.150 0.097 0.047 0.050 0.089 0.018 0.023 0.005 99 T 0.091 0.256 0.299 0.009 0.092 0.028 0.045 0.005 0.158 0.015 0.001 100 P 0.349 0.010 0.461 0.044 0.001 0.068 0.003 0.001 0.004 0.001 0.058 101 L 0.395 0.104 0.222 0.163 0.017 0.053 0.019 0.008 0.014 0.001 0.002 102 A 0.400 0.092 0.391 0.011 0.014 0.021 0.018 0.003 0.044 0.006 0.001 103 P 0.871 0.003 0.105 0.006 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 104 V 0.945 0.015 0.014 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 L 0.909 0.011 0.022 0.045 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 106 F 0.918 0.017 0.018 0.026 0.005 0.004 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 107 E 0.846 0.020 0.016 0.082 0.005 0.010 0.015 0.002 0.003 0.001 0.001 108 H 0.267 0.053 0.089 0.567 0.016 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 109 G 0.024 0.001 0.008 0.005 0.008 0.001 0.094 0.782 0.001 0.076 0.001 110 L 0.191 0.240 0.473 0.011 0.017 0.060 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 111 Q 0.844 0.021 0.014 0.112 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 E 0.172 0.631 0.049 0.012 0.116 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 113 L 0.263 0.497 0.117 0.040 0.011 0.033 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 114 S 0.113 0.392 0.134 0.115 0.210 0.008 0.005 0.003 0.017 0.003 0.001 115 G 0.060 0.100 0.122 0.068 0.331 0.013 0.076 0.143 0.012 0.074 0.001 116 F 0.028 0.507 0.284 0.028 0.118 0.014 0.004 0.001 0.013 0.002 0.001 117 M 0.029 0.649 0.209 0.007 0.026 0.045 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 118 V 0.026 0.245 0.612 0.003 0.003 0.095 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 119 K 0.340 0.328 0.109 0.111 0.033 0.039 0.007 0.001 0.030 0.002 0.001 120 D 0.043 0.185 0.227 0.017 0.256 0.106 0.026 0.001 0.130 0.009 0.001 121 N 0.935 0.002 0.005 0.045 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 122 A 0.946 0.003 0.005 0.040 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 123 R 0.946 0.008 0.009 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.984 0.003 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 F 0.986 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.984 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 I 0.982 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 V 0.943 0.018 0.005 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 129 A 0.783 0.040 0.037 0.119 0.008 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 130 G 0.340 0.030 0.083 0.245 0.076 0.006 0.077 0.088 0.009 0.045 0.001 131 A 0.300 0.050 0.219 0.194 0.070 0.015 0.046 0.047 0.012 0.044 0.001 132 E 0.330 0.087 0.211 0.139 0.118 0.011 0.027 0.026 0.005 0.045 0.001 133 K 0.291 0.158 0.224 0.158 0.087 0.028 0.023 0.010 0.009 0.011 0.001 134 V 0.111 0.488 0.203 0.072 0.071 0.020 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 135 K 0.089 0.407 0.338 0.018 0.034 0.055 0.011 0.001 0.046 0.001 0.001 136 I 0.127 0.355 0.363 0.032 0.014 0.080 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 137 Y 0.202 0.280 0.230 0.157 0.052 0.042 0.010 0.002 0.021 0.003 0.001 138 S 0.100 0.345 0.172 0.065 0.223 0.015 0.027 0.011 0.024 0.017 0.001 139 A 0.173 0.113 0.235 0.178 0.097 0.013 0.118 0.026 0.016 0.030 0.001 140 G 0.067 0.045 0.159 0.050 0.180 0.003 0.056 0.294 0.003 0.142 0.001 141 Q 0.040 0.548 0.294 0.024 0.058 0.020 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 142 K 0.014 0.567 0.361 0.004 0.014 0.028 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 143 V 0.013 0.834 0.076 0.008 0.044 0.011 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 144 T 0.007 0.752 0.159 0.002 0.041 0.020 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 145 I 0.015 0.729 0.167 0.007 0.028 0.030 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 146 K 0.030 0.474 0.360 0.013 0.030 0.048 0.003 0.001 0.040 0.001 0.001 147 K 0.146 0.315 0.317 0.037 0.083 0.029 0.024 0.009 0.025 0.014 0.001