# TARGET T0321 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.883 0.019 0.095 2 W 0.001 0.001 0.002 0.976 0.005 0.016 3 E 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.005 4 I 0.001 0.001 0.009 0.983 0.004 0.004 5 Y 0.002 0.001 0.005 0.978 0.006 0.008 6 D 0.004 0.001 0.007 0.965 0.010 0.013 7 A 0.003 0.001 0.006 0.938 0.023 0.029 8 M 0.001 0.001 0.005 0.960 0.016 0.017 9 I 0.003 0.001 0.010 0.896 0.044 0.046 10 N 0.001 0.001 0.034 0.825 0.100 0.039 11 G 0.001 0.001 0.042 0.637 0.215 0.103 12 I 0.001 0.002 0.040 0.353 0.335 0.269 13 P 0.003 0.008 0.081 0.222 0.530 0.156 14 E 0.004 0.005 0.085 0.226 0.508 0.171 15 D 0.010 0.002 0.072 0.177 0.449 0.290 16 F 0.061 0.008 0.024 0.144 0.331 0.431 17 L 0.264 0.035 0.009 0.117 0.096 0.478 18 V 0.538 0.008 0.008 0.188 0.045 0.212 19 D 0.718 0.003 0.014 0.174 0.027 0.064 20 E 0.855 0.003 0.009 0.093 0.011 0.029 21 L 0.888 0.002 0.008 0.076 0.010 0.017 22 V 0.928 0.002 0.004 0.042 0.010 0.014 23 C 0.868 0.005 0.007 0.047 0.035 0.038 24 G 0.738 0.010 0.008 0.034 0.102 0.108 25 T 0.541 0.006 0.053 0.037 0.221 0.142 26 T 0.523 0.007 0.070 0.021 0.257 0.120 27 H 0.615 0.004 0.066 0.027 0.198 0.090 28 S 0.862 0.007 0.014 0.015 0.059 0.044 29 V 0.948 0.002 0.003 0.009 0.019 0.019 30 I 0.940 0.002 0.003 0.010 0.022 0.023 31 R 0.924 0.005 0.002 0.008 0.030 0.030 32 S 0.730 0.009 0.007 0.014 0.177 0.062 33 G 0.244 0.006 0.021 0.024 0.605 0.099 34 N 0.054 0.003 0.033 0.020 0.814 0.075 35 G 0.076 0.012 0.038 0.029 0.731 0.115 36 V 0.340 0.016 0.021 0.024 0.311 0.287 37 G 0.698 0.022 0.015 0.019 0.108 0.138 38 L 0.768 0.012 0.014 0.014 0.077 0.115 39 G 0.764 0.020 0.020 0.015 0.080 0.102 40 P 0.616 0.009 0.025 0.018 0.133 0.200 41 N 0.537 0.018 0.021 0.013 0.158 0.252 42 R 0.288 0.021 0.020 0.015 0.277 0.378 43 P 0.136 0.021 0.034 0.015 0.411 0.383 44 F 0.075 0.018 0.040 0.018 0.495 0.353 45 E 0.061 0.010 0.043 0.022 0.452 0.411 46 T 0.109 0.020 0.034 0.027 0.359 0.451 47 R 0.161 0.030 0.031 0.030 0.265 0.483 48 M 0.213 0.038 0.028 0.034 0.224 0.465 49 P 0.166 0.034 0.036 0.046 0.260 0.458 50 M 0.093 0.026 0.048 0.085 0.300 0.448 51 L 0.056 0.016 0.080 0.145 0.343 0.361 52 T 0.028 0.011 0.123 0.230 0.401 0.208 53 Q 0.024 0.011 0.129 0.202 0.439 0.195 54 N 0.020 0.010 0.147 0.264 0.412 0.148 55 L 0.018 0.020 0.144 0.322 0.374 0.121 56 L 0.015 0.007 0.101 0.331 0.369 0.176 57 G 0.015 0.005 0.032 0.196 0.372 0.381 58 L 0.022 0.017 0.014 0.179 0.252 0.516 59 P 0.022 0.028 0.010 0.184 0.101 0.655 60 L 0.001 0.001 0.008 0.974 0.007 0.009 61 R 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 62 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 63 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 64 A 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 65 G 0.001 0.001 0.009 0.974 0.014 0.003 66 C 0.001 0.001 0.010 0.966 0.015 0.008 67 V 0.001 0.002 0.016 0.939 0.026 0.017 68 K 0.001 0.001 0.029 0.861 0.064 0.045 69 S 0.002 0.002 0.013 0.505 0.129 0.350 70 W 0.002 0.001 0.010 0.462 0.118 0.408 71 N 0.002 0.002 0.005 0.339 0.091 0.561 72 Y 0.001 0.001 0.004 0.967 0.013 0.015 73 V 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.003 74 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 75 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 76 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 77 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 78 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 82 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.004 83 N 0.001 0.001 0.001 0.982 0.007 0.010 84 A 0.001 0.001 0.004 0.974 0.012 0.009 85 Y 0.001 0.001 0.006 0.967 0.015 0.011 86 Y 0.001 0.001 0.010 0.920 0.029 0.040 87 N 0.001 0.001 0.015 0.716 0.079 0.188 88 N 0.003 0.002 0.028 0.511 0.158 0.297 89 P 0.007 0.011 0.045 0.591 0.195 0.152 90 Q 0.017 0.011 0.100 0.513 0.236 0.123 91 V 0.023 0.006 0.100 0.435 0.267 0.169 92 A 0.025 0.013 0.093 0.389 0.267 0.214 93 R 0.025 0.014 0.063 0.193 0.457 0.248 94 E 0.025 0.008 0.131 0.147 0.497 0.192 95 H 0.039 0.010 0.132 0.135 0.476 0.207 96 G 0.078 0.023 0.098 0.108 0.441 0.253 97 V 0.128 0.047 0.051 0.108 0.319 0.346 98 I 0.132 0.028 0.062 0.114 0.357 0.306 99 F 0.114 0.024 0.066 0.109 0.450 0.238 100 S 0.097 0.023 0.058 0.085 0.475 0.261 101 D 0.080 0.018 0.027 0.064 0.531 0.280 102 A 0.086 0.031 0.028 0.078 0.428 0.350 103 K 0.073 0.028 0.025 0.066 0.452 0.356 104 R 0.060 0.019 0.077 0.110 0.486 0.247 105 V 0.056 0.021 0.089 0.137 0.419 0.278 106 E 0.053 0.014 0.091 0.140 0.396 0.306 107 D 0.053 0.022 0.087 0.233 0.323 0.282 108 R 0.052 0.017 0.085 0.345 0.261 0.240 109 M 0.070 0.013 0.056 0.401 0.224 0.235 110 N 0.045 0.005 0.040 0.491 0.200 0.220 111 D 0.033 0.005 0.031 0.476 0.204 0.251 112 P 0.035 0.008 0.067 0.670 0.133 0.088 113 F 0.097 0.014 0.096 0.563 0.142 0.089 114 I 0.148 0.007 0.136 0.487 0.124 0.098 115 M 0.209 0.007 0.111 0.474 0.104 0.095 116 S 0.203 0.011 0.065 0.470 0.105 0.147 117 Q 0.232 0.011 0.057 0.394 0.135 0.172 118 N 0.281 0.017 0.037 0.246 0.162 0.258 119 E 0.199 0.030 0.035 0.180 0.232 0.324 120 V 0.071 0.021 0.018 0.059 0.735 0.095 121 K 0.032 0.008 0.013 0.016 0.855 0.076 122 G 0.022 0.003 0.006 0.002 0.872 0.095 123 K 0.180 0.017 0.002 0.001 0.633 0.167 124 K 0.587 0.009 0.001 0.001 0.064 0.338 125 V 0.967 0.004 0.001 0.001 0.004 0.025 126 G 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 127 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 128 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 129 G 0.861 0.002 0.001 0.002 0.024 0.109 130 H 0.394 0.009 0.005 0.005 0.094 0.493 131 F 0.028 0.006 0.006 0.004 0.099 0.857 132 P 0.012 0.003 0.222 0.091 0.264 0.407 133 H 0.002 0.003 0.449 0.202 0.238 0.106 134 L 0.002 0.004 0.436 0.458 0.089 0.012 135 E 0.001 0.001 0.149 0.695 0.130 0.024 136 S 0.001 0.001 0.102 0.740 0.121 0.035 137 L 0.002 0.005 0.082 0.803 0.091 0.017 138 L 0.003 0.005 0.058 0.799 0.109 0.025 139 E 0.010 0.004 0.113 0.692 0.153 0.029 140 P 0.015 0.002 0.095 0.564 0.224 0.100 141 I 0.034 0.006 0.068 0.324 0.314 0.254 142 C 0.064 0.015 0.033 0.106 0.321 0.461 143 D 0.181 0.009 0.019 0.023 0.258 0.511 144 L 0.561 0.005 0.009 0.016 0.121 0.289 145 S 0.852 0.003 0.002 0.007 0.029 0.106 146 I 0.959 0.003 0.001 0.003 0.005 0.030 147 L 0.930 0.002 0.001 0.004 0.009 0.055 148 E 0.859 0.008 0.001 0.005 0.017 0.110 149 W 0.439 0.008 0.003 0.005 0.063 0.481 150 S 0.079 0.010 0.004 0.003 0.268 0.636 151 P 0.034 0.016 0.021 0.005 0.461 0.463 152 E 0.012 0.015 0.038 0.004 0.756 0.175 153 E 0.009 0.012 0.243 0.007 0.659 0.070 154 G 0.010 0.004 0.139 0.009 0.697 0.140 155 D 0.027 0.015 0.168 0.009 0.565 0.216 156 Y 0.040 0.109 0.015 0.006 0.324 0.505 157 P 0.020 0.020 0.015 0.019 0.333 0.593 158 L 0.002 0.001 0.302 0.304 0.291 0.099 159 P 0.002 0.001 0.321 0.472 0.171 0.033 160 A 0.001 0.001 0.331 0.546 0.110 0.011 161 S 0.003 0.002 0.167 0.667 0.107 0.054 162 E 0.003 0.003 0.424 0.381 0.167 0.023 163 F 0.002 0.002 0.530 0.257 0.178 0.032 164 I 0.003 0.003 0.427 0.165 0.328 0.074 165 L 0.002 0.004 0.464 0.066 0.376 0.087 166 P 0.005 0.002 0.492 0.043 0.366 0.092 167 E 0.012 0.002 0.631 0.031 0.289 0.035 168 C 0.074 0.002 0.184 0.029 0.556 0.155 169 D 0.297 0.002 0.079 0.020 0.284 0.320 170 Y 0.970 0.002 0.001 0.002 0.008 0.017 171 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 172 Y 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 173 I 0.980 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 174 T 0.750 0.004 0.016 0.047 0.042 0.141 175 C 0.135 0.002 0.344 0.180 0.187 0.152 176 A 0.069 0.008 0.514 0.137 0.190 0.082 177 S 0.038 0.008 0.566 0.175 0.159 0.054 178 V 0.080 0.013 0.389 0.204 0.209 0.106 179 V 0.076 0.008 0.215 0.261 0.212 0.228 180 D 0.018 0.002 0.195 0.428 0.254 0.102 181 K 0.006 0.003 0.204 0.500 0.226 0.062 182 T 0.013 0.030 0.103 0.629 0.121 0.103 183 L 0.001 0.001 0.018 0.972 0.008 0.001 184 P 0.001 0.001 0.009 0.987 0.003 0.001 185 R 0.001 0.001 0.010 0.987 0.002 0.001 186 L 0.001 0.001 0.006 0.990 0.004 0.001 187 L 0.001 0.001 0.010 0.978 0.011 0.001 188 E 0.001 0.001 0.019 0.929 0.045 0.007 189 L 0.001 0.001 0.026 0.768 0.152 0.054 190 S 0.005 0.017 0.021 0.303 0.432 0.221 191 R 0.008 0.006 0.047 0.070 0.630 0.240 192 N 0.021 0.005 0.086 0.035 0.597 0.255 193 A 0.124 0.004 0.175 0.024 0.500 0.173 194 R 0.467 0.006 0.067 0.013 0.225 0.222 195 R 0.894 0.002 0.008 0.005 0.032 0.058 196 I 0.973 0.003 0.001 0.002 0.006 0.015 197 T 0.983 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 198 L 0.965 0.001 0.001 0.003 0.006 0.023 199 V 0.812 0.013 0.001 0.009 0.029 0.136 200 G 0.245 0.013 0.015 0.009 0.490 0.229 201 P 0.062 0.003 0.018 0.005 0.713 0.199 202 G 0.050 0.009 0.024 0.004 0.779 0.134 203 T 0.145 0.041 0.010 0.004 0.667 0.134 204 P 0.253 0.024 0.007 0.008 0.375 0.332 205 L 0.217 0.035 0.030 0.017 0.332 0.369 206 A 0.211 0.026 0.035 0.019 0.339 0.370 207 P 0.141 0.009 0.186 0.046 0.308 0.310 208 V 0.171 0.013 0.247 0.058 0.344 0.166 209 L 0.127 0.029 0.392 0.121 0.266 0.065 210 F 0.065 0.010 0.272 0.187 0.371 0.094 211 E 0.045 0.004 0.124 0.180 0.496 0.150 212 H 0.046 0.005 0.054 0.132 0.458 0.306 213 G 0.061 0.005 0.007 0.010 0.308 0.610 214 L 0.385 0.006 0.004 0.003 0.158 0.443 215 Q 0.849 0.006 0.003 0.002 0.041 0.101 216 E 0.952 0.007 0.001 0.001 0.012 0.026 217 L 0.934 0.002 0.003 0.002 0.025 0.034 218 S 0.906 0.001 0.003 0.003 0.038 0.049 219 G 0.899 0.002 0.003 0.002 0.044 0.049 220 F 0.899 0.005 0.003 0.002 0.038 0.053 221 M 0.888 0.006 0.003 0.002 0.039 0.062 222 V 0.767 0.013 0.007 0.003 0.078 0.131 223 K 0.460 0.045 0.004 0.006 0.133 0.353 224 D 0.093 0.015 0.003 0.021 0.193 0.675 225 N 0.001 0.001 0.018 0.952 0.022 0.007 226 A 0.001 0.001 0.008 0.979 0.011 0.002 227 R 0.001 0.001 0.007 0.987 0.005 0.001 228 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 229 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 230 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 231 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 232 V 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.003 233 A 0.001 0.001 0.005 0.979 0.010 0.004 234 G 0.001 0.001 0.004 0.945 0.025 0.025 235 A 0.005 0.001 0.005 0.432 0.167 0.390 236 E 0.017 0.005 0.006 0.130 0.239 0.603 237 K 0.067 0.015 0.018 0.115 0.315 0.469 238 V 0.158 0.018 0.067 0.250 0.252 0.254 239 K 0.328 0.010 0.095 0.216 0.198 0.154 240 I 0.462 0.012 0.093 0.142 0.153 0.138 241 Y 0.482 0.019 0.049 0.131 0.161 0.158 242 S 0.311 0.009 0.057 0.168 0.311 0.143 243 A 0.147 0.004 0.079 0.227 0.376 0.166 244 G 0.227 0.008 0.055 0.177 0.321 0.211 245 Q 0.423 0.022 0.041 0.165 0.181 0.167 246 K 0.551 0.012 0.024 0.126 0.092 0.194 247 V 0.746 0.006 0.015 0.090 0.040 0.103 248 T 0.730 0.007 0.011 0.068 0.043 0.141 249 I 0.619 0.013 0.005 0.052 0.046 0.265 250 K 0.287 0.016 0.004 0.048 0.054 0.591 251 K 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 0.981