# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.927 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 0.010 2 W 0.005 0.923 0.001 0.001 0.001 0.002 0.059 0.008 3 E 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.010 4 I 0.006 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.006 5 Y 0.029 0.923 0.004 0.001 0.001 0.002 0.034 0.007 6 D 0.064 0.349 0.030 0.002 0.001 0.010 0.490 0.055 7 A 0.063 0.296 0.051 0.004 0.003 0.037 0.262 0.285 8 M 0.606 0.060 0.036 0.002 0.002 0.039 0.040 0.215 9 I 0.339 0.010 0.013 0.002 0.001 0.055 0.053 0.527 10 N 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.045 0.007 0.933 11 G 0.003 0.004 0.006 0.001 0.001 0.084 0.011 0.890 12 I 0.147 0.040 0.016 0.010 0.004 0.144 0.045 0.594 13 P 0.711 0.035 0.009 0.002 0.002 0.033 0.039 0.170 14 E 0.075 0.081 0.019 0.004 0.008 0.075 0.033 0.705 15 D 0.017 0.022 0.059 0.007 0.023 0.086 0.037 0.749 16 F 0.009 0.022 0.124 0.080 0.056 0.156 0.087 0.467 17 L 0.042 0.049 0.152 0.050 0.065 0.099 0.102 0.439 18 V 0.242 0.037 0.115 0.033 0.036 0.085 0.118 0.334 19 D 0.027 0.020 0.089 0.067 0.094 0.084 0.080 0.540 20 E 0.011 0.006 0.132 0.036 0.140 0.086 0.057 0.533 21 L 0.013 0.005 0.176 0.155 0.210 0.096 0.074 0.272 22 V 0.010 0.004 0.192 0.158 0.246 0.056 0.085 0.251 23 C 0.013 0.008 0.164 0.143 0.257 0.072 0.056 0.287 24 G 0.022 0.007 0.170 0.121 0.213 0.117 0.080 0.270 25 T 0.023 0.015 0.102 0.107 0.161 0.101 0.091 0.400 26 T 0.018 0.036 0.111 0.092 0.200 0.120 0.076 0.346 27 H 0.012 0.021 0.098 0.121 0.305 0.067 0.083 0.294 28 S 0.008 0.010 0.141 0.319 0.338 0.024 0.096 0.063 29 V 0.006 0.008 0.145 0.218 0.336 0.032 0.090 0.165 30 I 0.007 0.003 0.145 0.354 0.333 0.027 0.045 0.087 31 R 0.026 0.003 0.126 0.188 0.258 0.075 0.077 0.247 32 S 0.105 0.005 0.045 0.051 0.082 0.139 0.060 0.513 33 G 0.063 0.004 0.026 0.031 0.051 0.137 0.044 0.645 34 N 0.029 0.004 0.032 0.018 0.049 0.163 0.038 0.667 35 G 0.034 0.006 0.083 0.064 0.134 0.133 0.077 0.469 36 V 0.022 0.004 0.080 0.128 0.148 0.112 0.074 0.432 37 G 0.009 0.002 0.131 0.111 0.195 0.083 0.083 0.385 38 L 0.031 0.003 0.090 0.100 0.156 0.086 0.058 0.475 39 G 0.155 0.004 0.069 0.125 0.113 0.107 0.080 0.346 40 P 0.016 0.002 0.030 0.025 0.060 0.127 0.027 0.713 41 N 0.024 0.003 0.029 0.024 0.066 0.124 0.028 0.702 42 R 0.075 0.007 0.027 0.054 0.058 0.149 0.076 0.554 43 P 0.046 0.008 0.028 0.031 0.040 0.129 0.065 0.654 44 F 0.129 0.015 0.027 0.035 0.055 0.095 0.055 0.589 45 E 0.109 0.013 0.020 0.023 0.032 0.098 0.045 0.660 46 T 0.025 0.014 0.027 0.026 0.041 0.112 0.030 0.727 47 R 0.036 0.024 0.026 0.022 0.041 0.123 0.024 0.704 48 M 0.069 0.026 0.029 0.034 0.035 0.110 0.129 0.568 49 P 0.075 0.063 0.035 0.031 0.040 0.121 0.140 0.494 50 M 0.084 0.073 0.026 0.022 0.036 0.112 0.108 0.539 51 L 0.113 0.146 0.029 0.027 0.033 0.091 0.060 0.500 52 T 0.156 0.191 0.018 0.015 0.030 0.080 0.057 0.453 53 Q 0.043 0.061 0.062 0.039 0.061 0.112 0.125 0.497 54 N 0.238 0.060 0.035 0.027 0.050 0.101 0.056 0.433 55 L 0.292 0.026 0.030 0.025 0.020 0.091 0.096 0.420 56 L 0.013 0.054 0.014 0.009 0.020 0.115 0.020 0.756 57 G 0.014 0.140 0.008 0.004 0.012 0.064 0.018 0.739 58 L 0.028 0.540 0.009 0.024 0.010 0.061 0.056 0.272 59 P 0.013 0.940 0.002 0.001 0.002 0.004 0.025 0.012 60 L 0.013 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.007 61 R 0.014 0.826 0.016 0.006 0.005 0.006 0.109 0.020 62 V 0.014 0.907 0.007 0.003 0.004 0.007 0.031 0.028 63 A 0.060 0.804 0.014 0.003 0.005 0.012 0.062 0.040 64 A 0.118 0.573 0.023 0.008 0.008 0.026 0.105 0.139 65 G 0.049 0.170 0.020 0.011 0.015 0.059 0.267 0.407 66 C 0.050 0.212 0.026 0.008 0.011 0.093 0.235 0.365 67 V 0.111 0.158 0.045 0.020 0.024 0.117 0.170 0.354 68 K 0.071 0.139 0.022 0.007 0.008 0.092 0.065 0.596 69 S 0.056 0.581 0.006 0.002 0.002 0.040 0.030 0.284 70 W 0.028 0.730 0.014 0.002 0.002 0.036 0.021 0.168 71 N 0.035 0.852 0.003 0.001 0.001 0.013 0.031 0.063 72 Y 0.029 0.234 0.007 0.001 0.001 0.010 0.690 0.029 73 V 0.009 0.401 0.002 0.001 0.001 0.006 0.566 0.016 74 E 0.014 0.388 0.003 0.001 0.001 0.007 0.549 0.037 75 A 0.005 0.924 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.028 76 S 0.005 0.898 0.002 0.001 0.001 0.007 0.060 0.027 77 I 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.007 78 G 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.003 79 L 0.008 0.731 0.009 0.001 0.001 0.004 0.241 0.006 80 A 0.002 0.941 0.011 0.001 0.001 0.002 0.038 0.004 81 A 0.010 0.867 0.069 0.001 0.001 0.005 0.031 0.016 82 I 0.045 0.522 0.239 0.004 0.002 0.018 0.134 0.037 83 N 0.129 0.185 0.211 0.005 0.005 0.035 0.288 0.143 84 A 0.113 0.078 0.069 0.003 0.004 0.090 0.132 0.512 85 Y 0.112 0.058 0.079 0.007 0.007 0.148 0.082 0.507 86 Y 0.027 0.021 0.017 0.004 0.005 0.107 0.031 0.789 87 N 0.024 0.039 0.012 0.003 0.005 0.102 0.020 0.794 88 N 0.171 0.281 0.015 0.007 0.008 0.094 0.045 0.379 89 P 0.144 0.384 0.015 0.006 0.007 0.077 0.037 0.330 90 Q 0.123 0.307 0.033 0.010 0.011 0.063 0.060 0.392 91 V 0.070 0.179 0.065 0.020 0.020 0.099 0.141 0.407 92 A 0.137 0.077 0.091 0.013 0.016 0.096 0.133 0.436 93 R 0.604 0.039 0.018 0.008 0.009 0.046 0.052 0.224 94 E 0.100 0.021 0.008 0.004 0.007 0.062 0.021 0.777 95 H 0.011 0.013 0.014 0.006 0.022 0.110 0.013 0.811 96 G 0.016 0.014 0.033 0.027 0.048 0.133 0.049 0.681 97 V 0.036 0.038 0.058 0.100 0.056 0.128 0.065 0.520 98 I 0.113 0.076 0.068 0.030 0.037 0.096 0.044 0.535 99 F 0.128 0.069 0.059 0.040 0.043 0.094 0.082 0.485 100 S 0.101 0.071 0.036 0.018 0.023 0.079 0.058 0.615 101 D 0.154 0.125 0.020 0.016 0.022 0.078 0.078 0.507 102 A 0.055 0.098 0.021 0.016 0.022 0.119 0.041 0.629 103 K 0.052 0.104 0.027 0.020 0.030 0.112 0.053 0.602 104 R 0.102 0.149 0.022 0.016 0.022 0.106 0.065 0.518 105 V 0.170 0.161 0.024 0.018 0.022 0.087 0.105 0.414 106 E 0.076 0.077 0.028 0.019 0.028 0.091 0.143 0.537 107 D 0.081 0.060 0.027 0.019 0.027 0.100 0.138 0.548 108 R 0.092 0.051 0.032 0.020 0.022 0.149 0.071 0.563 109 M 0.027 0.037 0.016 0.009 0.015 0.131 0.028 0.737 110 N 0.072 0.116 0.014 0.006 0.010 0.098 0.053 0.631 111 D 0.159 0.398 0.011 0.008 0.010 0.073 0.067 0.273 112 P 0.044 0.218 0.033 0.013 0.026 0.104 0.205 0.357 113 F 0.036 0.279 0.039 0.023 0.045 0.081 0.235 0.262 114 I 0.068 0.209 0.057 0.052 0.083 0.090 0.196 0.244 115 M 0.047 0.192 0.059 0.048 0.076 0.099 0.121 0.357 116 S 0.063 0.191 0.050 0.061 0.106 0.069 0.128 0.331 117 Q 0.116 0.085 0.029 0.072 0.083 0.085 0.108 0.423 118 N 0.034 0.017 0.050 0.088 0.101 0.087 0.169 0.454 119 E 0.178 0.005 0.024 0.026 0.045 0.094 0.081 0.548 120 V 0.502 0.002 0.011 0.008 0.009 0.049 0.054 0.366 121 K 0.019 0.001 0.010 0.005 0.013 0.105 0.008 0.840 122 G 0.001 0.001 0.031 0.007 0.048 0.136 0.020 0.757 123 K 0.001 0.001 0.168 0.146 0.208 0.129 0.055 0.292 124 K 0.001 0.001 0.507 0.208 0.144 0.016 0.063 0.061 125 V 0.001 0.001 0.608 0.135 0.111 0.011 0.054 0.080 126 G 0.001 0.001 0.850 0.054 0.061 0.003 0.014 0.015 127 V 0.004 0.001 0.630 0.125 0.151 0.010 0.042 0.037 128 V 0.016 0.003 0.552 0.096 0.128 0.040 0.051 0.115 129 G 0.016 0.005 0.229 0.102 0.170 0.128 0.052 0.298 130 H 0.018 0.017 0.084 0.025 0.060 0.160 0.035 0.600 131 F 0.132 0.072 0.053 0.024 0.036 0.147 0.075 0.461 132 P 0.070 0.068 0.051 0.024 0.023 0.124 0.188 0.451 133 H 0.116 0.242 0.029 0.011 0.013 0.093 0.121 0.375 134 L 0.280 0.251 0.027 0.008 0.009 0.044 0.156 0.225 135 E 0.316 0.240 0.015 0.008 0.011 0.054 0.047 0.309 136 S 0.057 0.056 0.011 0.009 0.014 0.065 0.082 0.706 137 L 0.019 0.065 0.015 0.014 0.018 0.115 0.122 0.631 138 L 0.143 0.138 0.020 0.017 0.025 0.101 0.132 0.425 139 E 0.190 0.059 0.024 0.024 0.020 0.090 0.081 0.512 140 P 0.129 0.058 0.018 0.014 0.034 0.064 0.062 0.620 141 I 0.068 0.016 0.045 0.014 0.037 0.146 0.100 0.574 142 C 0.029 0.013 0.074 0.054 0.086 0.140 0.069 0.535 143 D 0.023 0.015 0.063 0.043 0.092 0.097 0.041 0.626 144 L 0.005 0.006 0.107 0.069 0.155 0.097 0.051 0.508 145 S 0.004 0.003 0.253 0.230 0.369 0.026 0.048 0.067 146 I 0.008 0.002 0.124 0.226 0.356 0.027 0.042 0.216 147 L 0.008 0.002 0.191 0.337 0.258 0.033 0.021 0.150 148 E 0.005 0.002 0.106 0.201 0.343 0.057 0.026 0.260 149 W 0.013 0.002 0.055 0.074 0.105 0.111 0.030 0.610 150 S 0.113 0.009 0.044 0.090 0.076 0.129 0.095 0.444 151 P 0.181 0.006 0.014 0.011 0.013 0.111 0.043 0.620 152 E 0.382 0.010 0.008 0.009 0.014 0.078 0.046 0.454 153 E 0.048 0.003 0.007 0.006 0.012 0.097 0.021 0.805 154 G 0.024 0.005 0.015 0.014 0.040 0.146 0.026 0.730 155 D 0.031 0.007 0.014 0.021 0.028 0.131 0.029 0.738 156 Y 0.032 0.016 0.019 0.022 0.020 0.157 0.023 0.711 157 P 0.093 0.047 0.013 0.006 0.008 0.099 0.083 0.651 158 L 0.238 0.219 0.015 0.007 0.006 0.075 0.159 0.281 159 P 0.160 0.314 0.011 0.004 0.005 0.071 0.046 0.390 160 A 0.203 0.272 0.013 0.006 0.008 0.053 0.120 0.325 161 S 0.299 0.263 0.007 0.006 0.012 0.054 0.106 0.252 162 E 0.189 0.071 0.009 0.007 0.012 0.085 0.087 0.541 163 F 0.014 0.031 0.017 0.022 0.027 0.142 0.080 0.666 164 I 0.022 0.018 0.019 0.011 0.023 0.124 0.084 0.698 165 L 0.223 0.021 0.041 0.014 0.013 0.137 0.208 0.343 166 P 0.223 0.030 0.036 0.007 0.008 0.113 0.084 0.500 167 E 0.086 0.018 0.037 0.003 0.008 0.154 0.044 0.650 168 C 0.004 0.005 0.122 0.007 0.019 0.262 0.060 0.521 169 D 0.002 0.003 0.652 0.023 0.045 0.068 0.093 0.115 170 Y 0.002 0.004 0.651 0.023 0.032 0.028 0.137 0.125 171 V 0.001 0.003 0.894 0.026 0.021 0.008 0.027 0.021 172 Y 0.002 0.004 0.896 0.019 0.029 0.009 0.020 0.021 173 I 0.004 0.007 0.767 0.039 0.042 0.028 0.074 0.038 174 T 0.022 0.041 0.514 0.021 0.040 0.094 0.144 0.124 175 C 0.112 0.128 0.130 0.017 0.036 0.171 0.151 0.255 176 A 0.042 0.085 0.121 0.016 0.040 0.123 0.260 0.314 177 S 0.077 0.127 0.135 0.028 0.061 0.106 0.196 0.269 178 V 0.085 0.065 0.103 0.047 0.061 0.111 0.195 0.333 179 V 0.071 0.075 0.055 0.024 0.036 0.105 0.259 0.375 180 D 0.081 0.098 0.026 0.011 0.020 0.120 0.155 0.490 181 K 0.013 0.066 0.024 0.015 0.015 0.138 0.099 0.629 182 T 0.044 0.782 0.007 0.002 0.002 0.025 0.017 0.121 183 L 0.100 0.855 0.002 0.001 0.001 0.006 0.014 0.022 184 P 0.030 0.856 0.008 0.002 0.002 0.010 0.026 0.066 185 R 0.043 0.864 0.005 0.001 0.002 0.009 0.025 0.051 186 L 0.090 0.345 0.027 0.003 0.004 0.026 0.438 0.066 187 L 0.078 0.351 0.025 0.007 0.007 0.030 0.386 0.115 188 E 0.040 0.158 0.023 0.005 0.007 0.047 0.206 0.512 189 L 0.048 0.136 0.038 0.013 0.013 0.083 0.181 0.489 190 S 0.180 0.083 0.038 0.015 0.019 0.097 0.164 0.405 191 R 0.170 0.014 0.018 0.005 0.006 0.108 0.059 0.621 192 N 0.098 0.016 0.024 0.004 0.008 0.108 0.074 0.668 193 A 0.009 0.005 0.052 0.006 0.011 0.259 0.068 0.590 194 R 0.002 0.002 0.331 0.019 0.058 0.156 0.099 0.334 195 R 0.001 0.001 0.638 0.052 0.057 0.038 0.107 0.105 196 I 0.001 0.001 0.834 0.031 0.028 0.017 0.033 0.056 197 T 0.001 0.001 0.884 0.028 0.035 0.007 0.027 0.019 198 L 0.003 0.001 0.670 0.068 0.105 0.025 0.062 0.066 199 V 0.018 0.001 0.623 0.043 0.074 0.067 0.051 0.123 200 G 0.117 0.003 0.136 0.058 0.078 0.184 0.130 0.294 201 P 0.013 0.003 0.050 0.010 0.029 0.199 0.042 0.656 202 G 0.038 0.005 0.023 0.007 0.020 0.157 0.031 0.718 203 T 0.166 0.026 0.029 0.027 0.023 0.193 0.117 0.419 204 P 0.035 0.041 0.020 0.012 0.016 0.167 0.035 0.673 205 L 0.117 0.124 0.023 0.010 0.019 0.102 0.040 0.566 206 A 0.275 0.214 0.018 0.017 0.016 0.085 0.101 0.274 207 P 0.159 0.225 0.026 0.017 0.023 0.053 0.080 0.417 208 V 0.128 0.178 0.053 0.030 0.057 0.097 0.085 0.370 209 L 0.049 0.027 0.108 0.028 0.037 0.098 0.141 0.514 210 F 0.323 0.059 0.028 0.035 0.038 0.074 0.064 0.378 211 E 0.084 0.022 0.013 0.006 0.012 0.079 0.043 0.741 212 H 0.011 0.029 0.046 0.019 0.039 0.186 0.028 0.642 213 G 0.060 0.092 0.036 0.027 0.065 0.089 0.062 0.568 214 L 0.052 0.058 0.071 0.059 0.043 0.115 0.176 0.425 215 Q 0.025 0.068 0.236 0.094 0.141 0.074 0.147 0.214 216 E 0.099 0.054 0.177 0.053 0.114 0.075 0.125 0.303 217 L 0.034 0.019 0.255 0.074 0.095 0.080 0.074 0.368 218 S 0.030 0.011 0.155 0.097 0.227 0.072 0.066 0.342 219 G 0.020 0.007 0.086 0.090 0.222 0.090 0.054 0.430 220 F 0.008 0.006 0.122 0.188 0.288 0.077 0.028 0.283 221 M 0.012 0.016 0.086 0.154 0.233 0.086 0.046 0.368 222 V 0.012 0.047 0.072 0.105 0.112 0.107 0.034 0.511 223 K 0.037 0.182 0.055 0.050 0.034 0.078 0.099 0.465 224 D 0.077 0.873 0.002 0.001 0.001 0.004 0.024 0.018 225 N 0.031 0.912 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.022 226 A 0.013 0.869 0.003 0.003 0.003 0.008 0.053 0.048 227 R 0.012 0.905 0.002 0.002 0.003 0.008 0.042 0.026 228 A 0.009 0.929 0.002 0.002 0.003 0.006 0.030 0.019 229 F 0.016 0.826 0.008 0.006 0.012 0.011 0.083 0.037 230 R 0.020 0.608 0.026 0.030 0.024 0.025 0.165 0.102 231 I 0.130 0.438 0.088 0.022 0.033 0.046 0.123 0.119 232 V 0.329 0.155 0.098 0.028 0.027 0.066 0.117 0.180 233 A 0.049 0.048 0.059 0.014 0.018 0.090 0.052 0.669 234 G 0.037 0.072 0.022 0.006 0.012 0.073 0.027 0.752 235 A 0.088 0.138 0.031 0.024 0.023 0.128 0.046 0.522 236 E 0.047 0.129 0.039 0.033 0.050 0.115 0.039 0.549 237 K 0.071 0.178 0.022 0.028 0.055 0.071 0.076 0.499 238 V 0.050 0.071 0.052 0.101 0.089 0.072 0.216 0.349 239 K 0.036 0.064 0.044 0.161 0.151 0.075 0.157 0.311 240 I 0.044 0.031 0.048 0.072 0.111 0.084 0.085 0.525 241 Y 0.168 0.024 0.035 0.058 0.077 0.089 0.052 0.498 242 S 0.295 0.027 0.010 0.026 0.037 0.046 0.041 0.518 243 A 0.041 0.017 0.007 0.013 0.043 0.093 0.017 0.768 244 G 0.011 0.007 0.027 0.049 0.148 0.107 0.083 0.569 245 Q 0.014 0.015 0.026 0.213 0.238 0.064 0.089 0.341 246 K 0.010 0.010 0.044 0.194 0.264 0.041 0.042 0.395 247 V 0.008 0.004 0.049 0.292 0.318 0.035 0.022 0.272 248 T 0.011 0.003 0.050 0.271 0.343 0.032 0.047 0.243 249 I 0.028 0.003 0.039 0.160 0.174 0.063 0.049 0.484 250 K 0.053 0.007 0.027 0.150 0.186 0.071 0.058 0.449 251 K 0.025 0.004 0.009 0.041 0.066 0.070 0.022 0.762