# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.115 0.026 0.012 0.027 0.125 0.009 0.604 2 W 0.081 0.206 0.030 0.011 0.031 0.149 0.011 0.480 3 E 0.062 0.379 0.018 0.009 0.016 0.187 0.008 0.322 4 I 0.041 0.665 0.005 0.004 0.005 0.038 0.004 0.237 5 Y 0.028 0.796 0.005 0.003 0.009 0.023 0.005 0.131 6 D 0.010 0.916 0.004 0.002 0.006 0.006 0.002 0.054 7 A 0.007 0.958 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.026 8 M 0.046 0.912 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.025 9 I 0.094 0.848 0.004 0.001 0.002 0.003 0.018 0.031 10 N 0.139 0.708 0.010 0.004 0.004 0.010 0.038 0.088 11 G 0.448 0.189 0.019 0.004 0.003 0.005 0.167 0.164 12 I 0.433 0.107 0.095 0.009 0.011 0.032 0.054 0.259 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 14 E 0.004 0.007 0.015 0.011 0.023 0.108 0.004 0.828 15 D 0.183 0.016 0.023 0.008 0.006 0.101 0.015 0.648 16 F 0.492 0.041 0.052 0.023 0.019 0.082 0.010 0.280 17 L 0.116 0.043 0.092 0.059 0.075 0.155 0.007 0.454 18 V 0.027 0.044 0.086 0.092 0.187 0.070 0.004 0.490 19 D 0.012 0.082 0.064 0.165 0.225 0.072 0.004 0.376 20 E 0.049 0.098 0.056 0.093 0.163 0.096 0.017 0.429 21 L 0.113 0.167 0.190 0.113 0.133 0.044 0.024 0.216 22 V 0.033 0.135 0.256 0.195 0.145 0.048 0.017 0.170 23 C 0.019 0.072 0.148 0.115 0.153 0.044 0.015 0.435 24 G 0.034 0.048 0.239 0.121 0.191 0.066 0.028 0.273 25 T 0.026 0.021 0.138 0.086 0.082 0.104 0.017 0.526 26 T 0.015 0.009 0.156 0.104 0.108 0.116 0.015 0.477 27 H 0.052 0.010 0.130 0.146 0.214 0.160 0.008 0.281 28 S 0.029 0.007 0.164 0.337 0.336 0.056 0.004 0.066 29 V 0.008 0.004 0.115 0.347 0.390 0.025 0.002 0.109 30 I 0.003 0.004 0.131 0.388 0.429 0.009 0.001 0.036 31 R 0.005 0.006 0.096 0.371 0.459 0.017 0.002 0.045 32 S 0.005 0.008 0.073 0.281 0.519 0.016 0.003 0.095 33 G 0.015 0.007 0.068 0.103 0.282 0.081 0.010 0.434 34 N 0.041 0.005 0.026 0.036 0.055 0.211 0.023 0.604 35 G 0.232 0.010 0.029 0.035 0.031 0.108 0.063 0.491 36 V 0.266 0.006 0.067 0.033 0.062 0.262 0.017 0.287 37 G 0.033 0.010 0.073 0.110 0.128 0.135 0.012 0.500 38 L 0.084 0.013 0.077 0.091 0.259 0.105 0.010 0.362 39 G 0.034 0.007 0.066 0.131 0.176 0.079 0.005 0.502 40 P 0.001 0.001 0.004 0.008 0.014 0.008 0.001 0.963 41 N 0.027 0.007 0.047 0.111 0.244 0.108 0.010 0.447 42 R 0.141 0.008 0.051 0.093 0.116 0.092 0.009 0.490 43 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.001 0.986 44 F 0.028 0.004 0.031 0.046 0.117 0.159 0.004 0.610 45 E 0.079 0.008 0.020 0.016 0.021 0.114 0.009 0.733 46 T 0.120 0.017 0.027 0.021 0.036 0.107 0.012 0.661 47 R 0.122 0.023 0.039 0.025 0.032 0.113 0.013 0.633 48 M 0.054 0.015 0.048 0.030 0.044 0.093 0.006 0.710 49 P 0.002 0.002 0.004 0.004 0.007 0.009 0.001 0.972 50 M 0.020 0.020 0.027 0.035 0.084 0.105 0.004 0.706 51 L 0.131 0.064 0.041 0.029 0.061 0.174 0.010 0.489 52 T 0.131 0.151 0.035 0.037 0.079 0.103 0.010 0.454 53 Q 0.165 0.158 0.031 0.030 0.050 0.089 0.015 0.462 54 N 0.277 0.186 0.027 0.019 0.029 0.140 0.028 0.294 55 L 0.300 0.276 0.032 0.021 0.032 0.059 0.031 0.249 56 L 0.161 0.295 0.035 0.021 0.030 0.092 0.036 0.330 57 G 0.296 0.114 0.027 0.012 0.018 0.080 0.075 0.379 58 L 0.153 0.135 0.052 0.012 0.017 0.079 0.008 0.546 59 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.994 60 L 0.028 0.130 0.014 0.012 0.037 0.125 0.004 0.650 61 R 0.042 0.560 0.012 0.007 0.009 0.043 0.004 0.323 62 V 0.018 0.773 0.005 0.004 0.007 0.034 0.002 0.157 63 A 0.005 0.967 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.020 64 A 0.002 0.982 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 65 G 0.008 0.969 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.015 66 C 0.021 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 67 V 0.032 0.928 0.003 0.002 0.003 0.002 0.008 0.021 68 K 0.042 0.844 0.010 0.004 0.005 0.009 0.015 0.072 69 S 0.103 0.661 0.016 0.005 0.005 0.013 0.032 0.165 70 W 0.122 0.444 0.057 0.005 0.007 0.019 0.036 0.310 71 N 0.041 0.254 0.022 0.005 0.005 0.129 0.016 0.527 72 Y 0.040 0.250 0.019 0.004 0.007 0.171 0.008 0.500 73 V 0.038 0.610 0.010 0.003 0.009 0.113 0.004 0.212 74 E 0.008 0.867 0.004 0.001 0.002 0.038 0.001 0.078 75 A 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.027 76 S 0.015 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 77 I 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 78 G 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 79 L 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 80 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 81 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 82 I 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 83 N 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.027 0.946 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.008 86 Y 0.127 0.826 0.005 0.001 0.001 0.003 0.019 0.018 87 N 0.117 0.727 0.018 0.002 0.002 0.005 0.068 0.060 88 N 0.297 0.266 0.052 0.006 0.005 0.024 0.070 0.280 89 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 90 Q 0.007 0.019 0.014 0.011 0.025 0.408 0.004 0.512 91 V 0.164 0.076 0.018 0.008 0.010 0.287 0.010 0.427 92 A 0.105 0.557 0.017 0.011 0.020 0.035 0.004 0.251 93 R 0.070 0.554 0.027 0.018 0.035 0.051 0.008 0.237 94 E 0.077 0.338 0.020 0.010 0.017 0.056 0.023 0.461 95 H 0.288 0.328 0.011 0.014 0.014 0.036 0.077 0.232 96 G 0.747 0.045 0.011 0.007 0.005 0.011 0.079 0.094 97 V 0.172 0.046 0.413 0.042 0.043 0.080 0.024 0.182 98 I 0.018 0.026 0.075 0.051 0.085 0.075 0.005 0.665 99 F 0.034 0.043 0.140 0.075 0.160 0.084 0.005 0.459 100 S 0.033 0.046 0.076 0.051 0.086 0.169 0.007 0.532 101 D 0.044 0.037 0.038 0.016 0.037 0.117 0.008 0.702 102 A 0.078 0.048 0.016 0.012 0.027 0.202 0.010 0.607 103 K 0.136 0.085 0.012 0.013 0.015 0.321 0.023 0.395 104 R 0.170 0.136 0.019 0.010 0.017 0.195 0.018 0.436 105 V 0.115 0.239 0.032 0.016 0.036 0.082 0.011 0.468 106 E 0.058 0.197 0.027 0.017 0.028 0.160 0.013 0.500 107 D 0.145 0.243 0.022 0.015 0.026 0.085 0.018 0.446 108 R 0.227 0.267 0.025 0.015 0.030 0.087 0.019 0.330 109 M 0.143 0.228 0.047 0.023 0.029 0.187 0.027 0.316 110 N 0.143 0.223 0.038 0.015 0.024 0.156 0.036 0.364 111 D 0.135 0.172 0.030 0.015 0.020 0.073 0.014 0.541 112 P 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.017 0.001 0.970 113 F 0.039 0.113 0.023 0.018 0.044 0.428 0.010 0.325 114 I 0.163 0.470 0.023 0.020 0.034 0.140 0.012 0.140 115 M 0.052 0.750 0.013 0.019 0.026 0.020 0.005 0.116 116 S 0.094 0.596 0.025 0.032 0.045 0.043 0.015 0.149 117 Q 0.105 0.491 0.029 0.043 0.070 0.031 0.018 0.214 118 N 0.074 0.379 0.013 0.041 0.067 0.048 0.025 0.353 119 E 0.169 0.268 0.022 0.036 0.058 0.078 0.038 0.330 120 V 0.118 0.456 0.023 0.043 0.042 0.065 0.026 0.228 121 K 0.053 0.148 0.038 0.056 0.052 0.067 0.041 0.545 122 G 0.135 0.064 0.054 0.055 0.048 0.077 0.086 0.480 123 K 0.386 0.012 0.132 0.047 0.042 0.108 0.038 0.235 124 K 0.018 0.003 0.296 0.120 0.083 0.067 0.006 0.408 125 V 0.007 0.001 0.467 0.107 0.191 0.032 0.003 0.193 126 G 0.001 0.001 0.891 0.050 0.038 0.003 0.001 0.016 127 V 0.001 0.001 0.838 0.062 0.054 0.005 0.001 0.040 128 V 0.001 0.001 0.828 0.029 0.074 0.006 0.001 0.063 129 G 0.001 0.001 0.793 0.036 0.067 0.024 0.001 0.079 130 H 0.003 0.001 0.159 0.016 0.036 0.102 0.003 0.680 131 F 0.022 0.002 0.214 0.026 0.083 0.126 0.004 0.523 132 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.996 133 H 0.010 0.006 0.011 0.010 0.020 0.125 0.003 0.816 134 L 0.233 0.073 0.020 0.012 0.025 0.068 0.010 0.560 135 E 0.103 0.271 0.028 0.017 0.047 0.077 0.009 0.449 136 S 0.097 0.282 0.010 0.011 0.021 0.100 0.012 0.468 137 L 0.193 0.469 0.010 0.006 0.007 0.037 0.021 0.257 138 L 0.234 0.514 0.013 0.007 0.010 0.032 0.048 0.142 139 E 0.147 0.447 0.045 0.023 0.028 0.046 0.025 0.239 140 P 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.985 141 I 0.125 0.205 0.025 0.028 0.057 0.096 0.030 0.435 142 C 0.235 0.252 0.062 0.040 0.025 0.045 0.049 0.293 143 D 0.094 0.126 0.120 0.059 0.060 0.076 0.040 0.426 144 L 0.104 0.049 0.236 0.066 0.086 0.085 0.013 0.362 145 S 0.051 0.049 0.286 0.275 0.181 0.055 0.009 0.095 146 I 0.014 0.016 0.252 0.111 0.150 0.043 0.006 0.406 147 L 0.011 0.014 0.473 0.189 0.223 0.028 0.004 0.059 148 E 0.018 0.024 0.244 0.252 0.284 0.050 0.005 0.123 149 W 0.021 0.019 0.157 0.116 0.328 0.035 0.017 0.307 150 S 0.037 0.009 0.103 0.122 0.185 0.112 0.008 0.425 151 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 152 E 0.009 0.001 0.008 0.014 0.066 0.555 0.004 0.343 153 E 0.314 0.002 0.005 0.003 0.005 0.098 0.011 0.562 154 G 0.196 0.033 0.017 0.013 0.011 0.063 0.010 0.657 155 D 0.204 0.007 0.024 0.006 0.010 0.092 0.016 0.640 156 Y 0.183 0.010 0.082 0.035 0.048 0.112 0.007 0.523 157 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.993 158 L 0.015 0.005 0.016 0.018 0.086 0.125 0.002 0.733 159 P 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.981 160 A 0.051 0.033 0.005 0.008 0.024 0.167 0.004 0.708 161 S 0.299 0.103 0.009 0.008 0.017 0.119 0.011 0.434 162 E 0.167 0.310 0.014 0.010 0.017 0.044 0.013 0.425 163 F 0.247 0.254 0.012 0.011 0.016 0.063 0.026 0.372 164 I 0.191 0.374 0.033 0.017 0.028 0.056 0.053 0.248 165 L 0.117 0.367 0.037 0.047 0.073 0.033 0.017 0.309 166 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 167 E 0.043 0.040 0.023 0.054 0.084 0.185 0.023 0.548 168 C 0.422 0.064 0.082 0.049 0.051 0.065 0.026 0.240 169 D 0.077 0.035 0.197 0.310 0.175 0.073 0.017 0.116 170 Y 0.037 0.007 0.130 0.045 0.081 0.066 0.004 0.631 171 V 0.003 0.002 0.784 0.128 0.063 0.005 0.002 0.012 172 Y 0.002 0.006 0.495 0.149 0.118 0.017 0.002 0.211 173 I 0.001 0.001 0.844 0.043 0.083 0.004 0.001 0.023 174 T 0.001 0.004 0.569 0.089 0.100 0.053 0.001 0.184 175 C 0.003 0.014 0.357 0.092 0.219 0.072 0.003 0.242 176 A 0.010 0.023 0.183 0.060 0.154 0.217 0.004 0.349 177 S 0.077 0.037 0.076 0.047 0.078 0.294 0.018 0.373 178 V 0.104 0.262 0.092 0.075 0.071 0.063 0.011 0.322 179 V 0.027 0.522 0.067 0.057 0.071 0.057 0.015 0.184 180 D 0.049 0.569 0.037 0.032 0.061 0.033 0.020 0.199 181 K 0.129 0.427 0.030 0.016 0.026 0.049 0.031 0.292 182 T 0.123 0.109 0.009 0.003 0.004 0.552 0.031 0.169 183 L 0.265 0.363 0.018 0.004 0.008 0.084 0.023 0.234 184 P 0.004 0.228 0.007 0.001 0.003 0.026 0.002 0.729 185 R 0.011 0.345 0.005 0.003 0.006 0.157 0.005 0.468 186 L 0.022 0.891 0.002 0.001 0.002 0.010 0.002 0.069 187 L 0.006 0.966 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.020 188 E 0.015 0.940 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.032 189 L 0.057 0.903 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 0.023 190 S 0.075 0.877 0.003 0.001 0.002 0.002 0.013 0.027 191 R 0.108 0.669 0.018 0.005 0.007 0.016 0.036 0.140 192 N 0.110 0.542 0.031 0.009 0.008 0.029 0.043 0.229 193 A 0.181 0.333 0.079 0.009 0.015 0.054 0.063 0.265 194 R 0.088 0.285 0.089 0.024 0.018 0.161 0.043 0.292 195 R 0.086 0.091 0.388 0.058 0.054 0.134 0.025 0.163 196 I 0.088 0.064 0.378 0.079 0.093 0.078 0.012 0.209 197 T 0.003 0.015 0.838 0.077 0.045 0.004 0.002 0.017 198 L 0.003 0.008 0.693 0.109 0.109 0.009 0.004 0.064 199 V 0.002 0.004 0.746 0.052 0.099 0.007 0.003 0.086 200 G 0.003 0.003 0.594 0.104 0.125 0.043 0.003 0.124 201 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.990 202 G 0.007 0.002 0.083 0.021 0.065 0.144 0.007 0.672 203 T 0.291 0.002 0.022 0.011 0.017 0.093 0.007 0.557 204 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 205 L 0.047 0.007 0.022 0.030 0.075 0.158 0.009 0.652 206 A 0.232 0.019 0.046 0.039 0.052 0.080 0.008 0.523 207 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 208 V 0.028 0.032 0.025 0.047 0.094 0.179 0.004 0.590 209 L 0.226 0.179 0.061 0.034 0.053 0.064 0.014 0.370 210 F 0.091 0.373 0.031 0.043 0.077 0.052 0.014 0.318 211 E 0.103 0.362 0.052 0.025 0.046 0.052 0.013 0.347 212 H 0.077 0.330 0.035 0.036 0.028 0.044 0.030 0.419 213 G 0.513 0.035 0.015 0.012 0.012 0.046 0.096 0.270 214 L 0.120 0.057 0.400 0.041 0.041 0.059 0.015 0.267 215 Q 0.012 0.063 0.226 0.170 0.139 0.076 0.009 0.306 216 E 0.034 0.029 0.073 0.028 0.094 0.105 0.009 0.628 217 L 0.040 0.082 0.485 0.090 0.117 0.064 0.010 0.111 218 S 0.031 0.105 0.354 0.134 0.103 0.082 0.015 0.176 219 G 0.057 0.053 0.174 0.057 0.103 0.043 0.037 0.475 220 F 0.098 0.019 0.346 0.113 0.145 0.072 0.017 0.191 221 M 0.028 0.014 0.076 0.096 0.115 0.086 0.006 0.579 222 V 0.013 0.009 0.107 0.085 0.172 0.052 0.005 0.557 223 K 0.018 0.025 0.088 0.130 0.117 0.137 0.005 0.481 224 D 0.028 0.033 0.030 0.039 0.066 0.105 0.006 0.693 225 N 0.018 0.024 0.011 0.007 0.032 0.058 0.003 0.847 226 A 0.020 0.032 0.004 0.003 0.007 0.404 0.004 0.527 227 R 0.048 0.109 0.001 0.002 0.002 0.510 0.007 0.321 228 A 0.022 0.888 0.001 0.002 0.002 0.021 0.002 0.063 229 F 0.002 0.972 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.016 230 R 0.002 0.979 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.010 231 I 0.004 0.973 0.002 0.002 0.005 0.001 0.002 0.012 232 V 0.007 0.971 0.002 0.004 0.007 0.001 0.002 0.006 233 A 0.009 0.960 0.003 0.004 0.005 0.002 0.005 0.012 234 G 0.084 0.798 0.005 0.006 0.006 0.004 0.040 0.057 235 A 0.284 0.493 0.029 0.007 0.008 0.009 0.064 0.106 236 E 0.117 0.282 0.037 0.018 0.015 0.059 0.066 0.406 237 K 0.133 0.134 0.037 0.017 0.021 0.076 0.049 0.533 238 V 0.200 0.140 0.090 0.035 0.056 0.099 0.018 0.362 239 K 0.034 0.180 0.074 0.084 0.077 0.092 0.010 0.450 240 I 0.025 0.143 0.051 0.058 0.095 0.059 0.009 0.561 241 Y 0.072 0.255 0.073 0.122 0.193 0.073 0.016 0.196 242 S 0.089 0.190 0.031 0.106 0.110 0.092 0.032 0.351 243 A 0.096 0.075 0.028 0.051 0.062 0.059 0.042 0.586 244 G 0.213 0.042 0.025 0.056 0.047 0.117 0.071 0.430 245 Q 0.420 0.014 0.047 0.077 0.091 0.144 0.038 0.169 246 K 0.035 0.008 0.048 0.153 0.180 0.083 0.004 0.489 247 V 0.010 0.003 0.047 0.324 0.413 0.031 0.001 0.171 248 T 0.005 0.004 0.041 0.300 0.359 0.020 0.001 0.271 249 I 0.004 0.005 0.083 0.336 0.457 0.013 0.001 0.102 250 K 0.004 0.011 0.061 0.339 0.444 0.027 0.001 0.113 251 K 0.009 0.019 0.039 0.138 0.390 0.052 0.004 0.349